BRE_3002    1959 ..    1986 +  -7.9  -5.10208   ATAACTCAAATCTTA        TAGAGAGGAAA TAACTT TTTTCTCTCTA         TTTTTATTGCAATTA 100 60
    BRE_3007    9330 ..    9358 + -12.6  -3.48914   AATAGTATTTAAAAG        GAGAGTCTTCTT GTTGA AAGGAGACTCTC        TTAGGTTTTATTTAA 100 81
    BRE_3008   10517 ..   10529 +  -4.9  -3.53012   TGATGTAAATTTAAT                GTTAA ATA TTAAC                TTTAAAGGAGAGAAA  56 127
    BRE_3009   11873 ..   11907 +  -7.4   -5.8096   TATGTGTAGATTTGT     AAATGCAATATATTAA AAA TAAATATATTGCATTG     TTTTTATTTTTTGTA 100 156
         bdr   16828 ..   16838 +    -4  -4.21314   AAATTTTCAACTTTT                 TGTA CAA TACA                 TTTTACACTGTTATT  58 200
       vlp-a   22433 ..   22450 +    -7  -5.95539   AAATATTAGTAGATA             GAGAGC AATAAA GCTCTC              TTTTTTTATTTGCAG 100 156
       vsp_1   23655 ..   23681 +  -8.1  -5.31091   AAGTTATGAAGATAA         GATACTTAGAG TTAAT CTCTTAGTATC         TTTTGTTTTATTGTG 100 103
     vlp-d_2   25009 ..   25027 +  -3.8  -5.95539   AAAATAATTAGTTAA             GAGGGC TTCTTTT GCTCTC             TTTTTTTATTTGCGG  83 117
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     vlp-d_3   28524 ..   28544 +    -4  -5.83822   AAGAATGCTGATAAA            GAGAGC ACTAATGAA GCTCTC            TTTTTTTTGAGTGTA  83 78
       vsp_3   29403 ..   29428 +  -6.9  -5.20781   GTTAATAGAGATAAA         GATACTGGGAG TAAT CTCTTGGTATC          TTTTATTTTATAGTG   0 98
    BRE_3017   19428 ..   19439 -    -3  -3.05935   AGACGTCTTAGTGAA                CAAT TCAT ATTG                 TTTCTTAGACTCCTA  44 94
       ppap1 NONE
        pf32   18078 ..   18093 -  -3.2  -5.25735   TCAAAAAACTAAAAA              GGTTCG CTTG CGAACA               AATATATTTTATTTA  69 55
       vlp-c   14679 ..   14707 - -11.1   -5.9218   GACACAATAAAAAAA        GGATACTAAGAGC TTA ACTCCCAGTATCC        TTTTACTTCACAATT 100 88
     vlp-d_1   13116 ..   13133 -  -5.5  -5.95539   CTGTAAATAAAAAAA             GAGAACC TCAT GGCTCCC              TTTACTAATATTCTT 100 63
    BRE_3006    7079 ..    7094 -  -3.4  -3.57918   ACTGAGATTATACAA              TATATA CCAT TATATA               AATCATTCCATATTT  48 194
        thyX    5998 ..    6011 -  -2.5  -3.52909   TTAAATCATCAAATA               TATTT TTTA AAATA                CCAAAGATTATTATT  46 205
    BRE_3003    2325 ..    2351 -  -5.4  -3.55447   TTACTCATCATATAA         TAAAATTATTAT ATT ATAATATTTTTA         TCAAAGGGCATAAAA  59 7