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   CKC_00060 NONE
   CKC_00065   12449 ..   12463 +  -2.9  -4.29508   CGCGCTCAAATATTT               TTATC CAATC GATAA               TTTATTCGTATACAT  55 249
   CKC_00070   13182 ..   13192 +  -5.4  -3.14931   CCATTATAGATTTTG                 GGAT ATC ATCC                 TTAATAGAACCTGAA  55 218
   CKC_00085   16368 ..   16385 +  -2.7  -3.35046   ATATTTGCAGAGACT             TATTAGC TTAT GCTAAAA              TATTTGAAGAAATAA  45 231
   CKC_00090   17394 ..   17428 + -13.9  -3.24747   ACTGATGCTATTTTT    CATCTCCAAGATC-AT CATA ATAGATCTTGGAGATG     TTACTACTGTAGAAA 100 57
   CKC_00095   19355 ..   19368 +  -3.9  -3.66288   TTAAATATTTCTTAT               TATCT ATTA AGATA                TTATCTTACAAGGTA  52 48
   CKC_00100   20186 ..   20196 +  -5.4  -3.14211   AAACCTCCCCTATCA                 GTAC GTC GTAC                 TTAATAGGAAAGAAT  54 11
   CKC_00105   21100 ..   21118 +  -3.2  -3.66177   TTACACATGAAAAAT             CTATAAAT GAT ATTAATAG             TATTTAATATTTTTT  50 66
   CKC_00110   21822 ..   21844 +    -2  -2.83822   AAATTGTCTCGTAAA           TTCTTGCATC ATA GATTTGAGAA           TAATTGTAGAATGGA  40 27
   CKC_00115   22821 ..   22833 +  -4.1  -2.63723   ATTCTTTTTGCTAGA                TTCGA CTA TCGGA                ATTCCTTCATACAAA  45 191
   CKC_00125   24508 ..   24522 +  -2.2  -3.26387   GGGACTAGCATTTTT               TATATT ATC AATGTA               TGTATTATCTCTATA  44 172
   CKC_00130   25014 ..   25030 +  -4.5  -4.40894   TAAGTTCTTATAAAA              TTCATTT CGT GAATGAA              TTTTACTGTCCTTTA  67 83
   CKC_00140   26379 ..   26400 +  -3.9  -3.39556   AATTCTTAGCACATT           TTTATTGTT CTAT AATAATAAA            TCTTATTGGACAATT  50 265
   CKC_00150 NONE
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   CKC_00160   29554 ..   29565 +  -4.4   -4.1897   AACGGAATTATGGCG                TGGT TTTT ACCA                 TTTCTATCTATCATT  59 40
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   CKC_00170   31381 ..   31392 +  -4.4  -3.46167   GGGAAAGAATAATAA                TGCA TCCT TGCA                 CTTTTTAGGTTATAA  52 354
   CKC_00175   31722 ..   31732 +  -2.6  -3.65046   AGCCAATTGTTACAA                 TTAT TTT ATAA                 TTCTATAGTATTTTT  48 7
   CKC_00180   32084 ..   32096 +  -2.7  -4.75472   AACCCTAACCCCCGC                TTGTT CTA AACGA                TTTTATTGGTATACC  62 225
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   CKC_00210   35581 ..   35596 +  -4.8  -3.89822   ACTTTCTAACTTAAG              CTATTT TAAA AAATAG               TTTCTGAAATCAATC  61 64
   CKC_00220   37269 ..   37279 +  -2.6  -2.61383   ATCTTTCTGAATACT                 TTTT ACT AAAA                 CTTATACATAAGGAT  40 79
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   CKC_00250   45682 ..   45694 +  -3.3  -4.91712   TAGAAGATCTCCCCC                CCCTA AAA TCGGG                TTTTTCTCCATTCAA  70 273
   CKC_00270   50659 ..   50669 +    -4  -3.19602   TACTATAACAAAGAA                 CAAT CCC ATTG                 TATTGCTCTAAAAGA  49 43
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   CKC_00295 NONE
   CKC_00300   60392 ..   60410 +  -5.4  -2.62157   AAATTGAACCATTTA             TAAAACTT GTT AAGTTTTG             ATTATAAAATTAATG  51 34
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        dnaA   82244 ..   82287 +  -9.9  -4.06964   GATAATACATAATAC GAGAAGATCTTTCGTTTACA TACAC TGTAAGCGA-AGATATTCTC TTTCATTGTATATCT  91 226
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   CKC_00435   90768 ..   90779 +    -3  -3.14463   AAATCTGTAGTTTGT                TCTT TTAA AAGA                 TTCGTAGAACACATT  45 31
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        fliG  107076 ..  107096 +  -4.7  -2.98823   GCTGAAAAAATAAAA            TCAGATCTT ATA AGGAACTGA            TGTGTCTGAAAACGA  51 54
   CKC_00535  108216 ..  108227 +  -2.2  -3.37522   TATATCCAAAACGAA                TTGC TTTT GCGA                 TTGCTTGAATGCGAT  44 79
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   CKC_00645  133225 ..  133237 +  -4.9  -3.10409   GAAAATATATTTGTA                GATAT CAA ATATC                TTAACTAAATTAATC  52 132
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   CKC_00770 NONE
   CKC_00775  154935 ..  154945 +    -4  -3.72576   TGAGGGATAAAGAAC                 CAAA AAG TTTG                 TTTGCTCAAAAAGAA  55 31
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   CKC_00800  159514 ..  159528 +  -2.8  -2.89177   AGATAGGAAATTAGC               GATGAT AAA ATCTTC               TCTGATATATACAAT  42 62
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   CKC_00810  160693 ..  160716 +  -2.4  -2.66234   TGAAAAGTATATGCC          TGATCAGG AAAAATAA CCTGAACA           ATGTCTTTCTTAATT  39 100
   CKC_00815  163739 ..  163757 +  -8.2  -2.78015   AAAAAAATTGAGACA             TCTTCTAG CCC CTGGAAGA             ATTTCGACTAATTAA  68 257
   CKC_00825 NONE
   CKC_00830  170891 ..  170906 +  -4.8  -2.70525   TGATCAGAAACTAGT              TTTCTA AGAA TAGAAA               CTTCGTTTACGCCAA  49 443
   CKC_00845  173551 ..  173571 +  -2.7  -4.46267   AAAAAATATCTATGT            TATTTAATA AAA TATCAAATA            TTTTCATTAAATTAT  58 146
        glyQ  174647 ..  174669 +  -5.6  -5.07053   CGCTTGCAATGCTAC           CAAAGATCTG TAA TAGAGCTTTG           TTTTTTACCATCATT  79 84
   CKC_00855  175783 ..  175799 +    -3  -3.15544   CCCCAATAGCCGATA             TGC-GGT TTTC ACCAGCA              TTAATAAGAATCGGG  45 453
   CKC_00865  176571 ..  176591 +  -5.4  -3.36515   GTTAAGACGGCTAAA            GGGCTTTT ATCAA AATAGCCC            TCTTTAACACTCCAC  57 116
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   CKC_01315  256185 ..  256196 +    -3   -2.7634   AAGATGCATTTGAAG                GTTT TTTC AAAC                 ATTTAGAATAGCATT  42 180
   CKC_01325  259149 ..  259166 +  -2.1   -2.6155   ATTCAATTTGATAAG             TATTTAA TTCT TTAGATA              GTTAGTCTTAAAGCA  39 40
   CKC_01330  260419 ..  260431 +  -3.4  -2.73771   ATACATAAACCGTTC                TTGC TTTGT GCAA                TAATATGTCTCATGC  43 172
   CKC_01335  261467 ..  261484 +  -3.5  -4.17089   CACAAAACAATGTCT             TCTATAT CACA ATATGGA              TTTTAAAAATTTGAA  57 2
   CKC_01340  261937 ..  261953 +  -2.4  -3.00704   AAAAGCAAAATATAA              TTTTTT CTTTA AAAAAA              TATCCTTTAAAAGAT  41 26
   CKC_01345  262961 ..  262978 +  -2.1  -3.26712   AAATCTATGAAACCT             GCATAATT TAT AATT-TGC             TATATTCTTCAAGAT  44 31
   CKC_01360  267513 ..  267527 +  -2.2  -4.81851   TTGAATGTATATGGG               TAAAAA ACA TTTTTG               TTTTTCCATTTCAAT  64 414
   CKC_01370 NONE
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   CKC_01380  271835 ..  271848 +  -6.7  -3.10247   GGAGATACCTATAAT               GCCAT TATA ATGGC                TGAATTTTTTTTTGG  62 460
   CKC_01385  272362 ..  272375 +  -3.9  -5.59564   TTTTTTTGAACAACA               TCTTT TTTA AAAGA                TTTTTTTAAATTTAT  81 202
   CKC_01430  282386 ..  282396 +  -2.6  -4.38141   ATTTTCTTCGATTCT                 TTTT GAA AAAA                 TTCTTTTATATCGAG  60 469
   CKC_01465  288486 ..  288500 +  -5.7  -4.30885   AAAACGTAGTAAAAA               GAGAG ACGAA CTCTC               TTTTAAATCTATTTT  70 32
   CKC_01470  290014 ..  290045 +  -8.2  -4.28049   ACTATTTTATAGCGT      GTAGATATAGAAGA ATTT TTTTCGATATCTAC       TTTTACGATTTTCAC  81 216
   CKC_01500  302422 ..  302436 +  -7.2  -2.75343   GAAGTGATTTTTCCC               CTTGTT TAG AACAAG               ATTTGCACGTCTGCG  60 249
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   CKC_01515  306086 ..  306097 +  -2.2  -3.49687   ACGGGTGAGTAACGC                GTGG GAAT CTAC                 CTTTTTCTACGGGAT  45 438
   CKC_01570  322968 ..  322984 +  -2.1  -3.68256   TTTGGGTACTTTGAT              CCCTCCC GCA GAGATGG              CTTTTTTCATGACAG  47 155
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   CKC_01585  325834 ..  325852 +  -3.2  -3.41229   GATGCATTTTTATAT             TTTTTGAA AAG TACAAAAA             TTATGATCGGGATAT  48 354
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   CKC_02355  508379 ..  508397 +  -3.2   -4.4267   TTCGTAGAAAAAATT             CTATTATA ATC TATCATAG             TTTTGACTTTTAAAA  60 34
   CKC_02370  512194 ..  512204 +    -4  -4.61482   TTAGTGTTTTTCTAT                 TGAA CAT TTCA                 TTGTTTTTTGAAAGA  65 75
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   CKC_02385  516825 ..  516840 +  -3.3  -4.36595   TTGATTAGGTATTTA              TTGCT TAAGTT AGCAA               TTTTCCCTTTCCATG  60 69
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   CKC_03510  749159 ..  749170 +  -7.2  -4.45083   TTAACATATGTGCAT                GCGG ATCA CCGC                 TTTTATGCCTCTCAA  79 194
   CKC_03520 NONE
   CKC_03535  751460 ..  751474 +  -7.2  -3.35046   CTAATGCCTTTCGCA               TCTTCT TTT AGAAGA               TATTTACAAACATAA  66 15
   CKC_03550  752754 ..  752764 +  -2.6  -4.88407   AAAGAATTTTCCTAA                 TTTT ATT AAAA                 TTTTCTTCATTTATT  64 280
   CKC_03555  753376 ..  753390 +  -7.2  -3.35046   CTAATGCCTTTCGCA               TCTTCT TTT AGAAGA               TATTTACAAACATAA  65 258
   CKC_03565  754289 ..  754311 +  -6.4  -2.73529   TTGAAAGACATAAAC           TAACTTTTCT GAA AGAAAAGCTA           TAACTTTATCTCCCA  57 408
   CKC_03575  756129 ..  756141 +  -3.3   -4.9448   ACTCATTCTATGAAT                GCGAC TAG GTCCC                TTTTCTTTGATAGCT  70 262
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   CKC_03615  759407 ..  759419 +  -2.6  -4.19238   TTTAAAAATAATTCT                GCTC GGATA GGGC                TTTTAAGATTCGGGA  53 143
   CKC_03620  762089 ..  762125 +  -5.5  -4.35116   TACATTGTTTAGCAA    CTATATTATATAATA AAAATAA TTTTATATAATATAG    TTTTAATATAAAATA  70 321
   CKC_03625  763690 ..  763703 +  -3.9  -2.72144   TTGTATATTATGAGA               TTCAT TAAA ATGAA                ATTTAAAGAAAATAA  44 186
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   CKC_03640  765582 ..  765597 +  -6.2  -4.01853   GTTTAAATAAAGCAA              CCATAT TACG ATATGG               TTTCTCATCATATTC  68 394
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   CKC_03670  771287 ..  771305 +  -5.4  -2.53409   TAGTGATTAATAAAA             TATTATAG ATC CTATAGTA             GTTAGTCAGTTAGTG  51 166
   CKC_03675  772074 ..  772085 +    -3  -5.18357   AAACCCTTCCTTATG                TTTC TCCT GAAA                 TTTTTTAATACCTTC  71 6
   CKC_03685  774016 ..  774030 +  -5.8  -3.23929   ATGAAGTGTGCTGTT               TCATTT TTC AAATGA               TCTTGCTATGCTTTG  59 72
   CKC_03690  776584 ..  776596 +  -4.1  -3.93695   ATAAATAGTGCATAA                TACCT TTA AGGTG                TTTATAGATGGTCGG  57 107
   CKC_03695  779220 ..  779230 +    -4  -3.33815   ATATACGAAAATTCT                 TTTC CAA GAAA                 TTAGTTAAAACAAAT  50 360
   CKC_03705  781174 ..  781185 +  -5.8  -2.94412   GGAGCTTTTAAAATC                GCTG TTCA CAGC                 TAGTTTAACCTTAAA  56 276
   CKC_03710  781766 ..  781780 +  -2.8  -3.97051   GGCAATAACTCCGAT               TGTTGA TAA TCGGCA               TTATTTAAGGTGTTT  52 284
   CKC_03730  783544 ..  783554 +  -5.4  -2.51045   AATCGGTAAACAACA                 TGTC AAA GACA                 GTGTCTTATCAATCC  51 42
   CKC_03735  784411 ..  784422 +  -4.4  -4.80853   TATTTTACAGCAGAT                CATC TGCA GATG                 TTATTTTTTTCCAAT  68 515
   CKC_03745  786228 ..  786261 +  -5.5  -2.62018   TATGCCAATAAACTA     CAATTAATTTTAGAT TTTT ATCAAAAATCAATTG      ATTAATTAAAATATT  54 50
   CKC_03775  792560 ..  792575 +  -7.6  -3.53444   TAAGATGGCTTCGGT              GGTATC ATTA GATACC               TTTAGAAAAAAATAA  71 15
   CKC_03790  797089 ..  797099 +  -4.6  -3.61371   CCTATTTGGTCTTGC                 TCCC AAC GGGG                 TTTACCCTGCCATTT  57 450
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   CKC_03835  805726 ..  805756 + -11.4  -2.95894   TGAAAAAGATTGATA       TATCTATGATAGTA ATA TACGATCATAGATA       TATATGAATATTATA  87 57
   CKC_03840  806906 ..  806926 +  -2.7  -3.97947   AAGAATCAAAATTAA            TTTAAAAAT GAT AGTTTTAAA            TTTATGCTACCTGAA  52 43
        pyrE  807771 ..  807781 +  -2.6  -3.44801   ATACCCTACCTTTTC                 TATT ATG AATA                 TGATTTTTTATCACA  46 118
   CKC_03870  813022 ..  813058 +  -5.2  -3.51774   GCGAAGACAAAAAAA    TGATCCCTAGCCTATA AATAA TAAAGACTAAGGATCA    TAATTTTTTATTGAT  57 9
   CKC_03955  829021 ..  829034 +  -4.5  -4.43669   CTTTTAAAACCTTAG               TGGGT GTAT GCCCA                TTTAATTTTTTAAAT  67 26
   CKC_03960 NONE
   CKC_03965  831989 ..  832007 +    -4  -2.55104   AATTTTTTTGATAAC             TATTTTTA CAT TAGAAATA             AATTTGTATTTTCAG  46 41
   CKC_03970  832718 ..  832731 +  -6.7   -3.6422   AAAAACAGATAAATC               CACCA TAGA TGGTG                TATTTTAAAAAAATA  67 40
   CKC_03985 NONE
   CKC_03990  839901 ..  839913 +  -4.1  -3.53811   CATAAAAAAATAAAA                CAGAG ATT TTCTG                TTTGAAAGGGATGAA  52 89
   CKC_04005  842692 ..  842719 +   -10  -2.91383   GTCGTATAAATATTT        TTGTCCTATAGA ATTT TCTACAGGACAA         TATATCGATAGACCT  77 32
   CKC_04010  843017 ..  843033 +  -3.7   -3.9122   GCGATACTCTAAATA              GGAATCA ATA TCATTCC              TTCTTTGCCGCAATA  56 29
   CKC_04015  843198 ..  843225 + -11.5  -2.91383   GCCGTGTAAAGATTT        TTGTCCTATAG AATTCC CTATAGGACAA         TATATCAATAGACCT  87 15
   CKC_04030  846105 ..  846116 +    -3  -2.78266   CAAAGAAGTGGTGAT                GAAT AATT ATTC                 TAATATTCGTAAGTT  43 20
   CKC_04035 NONE
   CKC_04045  847361 ..  847383 +  -3.2  -2.75183   AGCATCTTAAAATCA           CCCCCGCCCT TTA AAGGCGGGAA           TAATTCAGTCCAACT  43 129
   CKC_04050  847650 ..  847675 +  -9.7  -4.07687   GATTAAATCAAAAAA         GCCCCTTGAGA AGAA TATCAGGGGGC          TTTTAAGCAACAAAT  91 35
   CKC_04055  848428 ..  848441 +  -3.9  -3.08032   GTGTTATATTTGATT               TTATC TTAG GATAA                TGATTTTCCAAACCC  47 484
   CKC_04060  850011 ..  850027 +  -2.4  -3.36117   ATGATGAATGATATC              TTTATT TAAAT AATAAA              ATTTTATATAATTCG  44 46
   CKC_04065  852000 ..  852043 +  -3.4  -2.87012   CTAAATCAATAATAA TTTTATGATCAGTAACATAA AAAA TTAAGTTCTTGATAATAAAA TGCTTGATTGCTATT  43 95
   CKC_04075  853618 ..  853631 +  -2.4  -3.57615   AAAAAACGCTCTTCT               CATC CCTCTA GATG                TTTAGAGAGTATTCA  47 246
   CKC_04080  854908 ..  854921 +  -3.9  -3.06969   GATCCCTAACCAGAA               TCATA CATA TATGA                TATTACGATACCTTG  47 366
   CKC_04140  869196 ..  869206 +  -3.2   -3.1634   ATCAATGTTTTACTT                 CTCG GCA TGAG                 TTGGATGATTTAAAG  45 212
   CKC_04145  869547 ..  869557 +    -4  -3.33815   ATATACGAAAATTCT                 TTTC CAA GAAA                 TTAGTTGAAACAAAT  50 72
   CKC_04155  870921 ..  870942 +  -6.6  -3.75169   ATTTCAAAACGTCAT           CTCCTCTT AATGGA AAGAGGGG            TTTAATCCAGTGCTC  66 264
        gltX  874654 ..  874664 +    -4  -2.57132   ACAGCTCGTTTTTTC                 TCTA ATT TAGA                 ATTATAAGAAAGAAG  46 16
        lysS  876311 ..  876325 +  -7.2  -2.84878   TTGATATCCGAGGAA               CTCTTT TAG AAAGAG               ATTTCAATTGACCAC  61 165
   CKC_04190  878951 ..  878967 +  -2.2    -4.371   TTATAATTTCTCGTC              CCTATG ATTTA CAAAGG              TTTTAATCTCATGAA  56 3
   CKC_04195  881017 ..  881031 +  -6.4  -3.58726   TGTCGTAACCGTTTG               CCCTTT AGC AGAGGG               TTCTGTATCAACGAC  64 238
   CKC_04205 NONE
   CKC_04210  884029 ..  884041 +  -3.3   -3.3344   TCCTTATTGTTATAT                CGCAA TTA TAGCG                TTATACGCATTACGT  47 316
   CKC_04215 NONE
   CKC_04220 NONE
   CKC_04225  886405 ..  886417 +  -7.7  -3.35597   ACCTGAGGGTTATGA                GGCTT TTA AAGCC                TATTTCAAAGATCAA  69 139
   CKC_04230  886788 ..  886798 +  -3.2  -3.64703   AGATGACGGACTTGA                 TCCT TTT AGGG                 TTTAAATGAGCAGAA  50 10
   CKC_04235  887366 ..  887377 +    -3  -3.02986   TTGATATTGCAAAAA                TCAA AGAA TTGA                 ATGTTTTTATGGATA  44 132
   CKC_04240 NONE
   CKC_04260  891314 ..  891344 +  -4.9  -2.84919   TTTTTTCGTTTTTTA      TAATG-ATATCTCG TGCC CGAGATATGCATGA       TGCTTCTCAATCAAT  50 23
   CKC_04265  896379 ..  896402 +  -8.9  -2.62389   AAAAGTTTACACGAT          GCTCGTTCA TGCTTC TGAGCGAGC           CTTGTAAATAGATTA  70 76
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   CKC_04290  901042 ..  901054 +  -6.3  -4.30844   TTTTCTTTGGAATCT                CATTG AAG CAATG                TTTTCATAGTGCCCT  72 4
   CKC_04295  901760 ..  901771 +    -3  -4.10478   ATTTGCGTTTTAATC                CTAT AAAA ATAG                 ATTTTTTTCTATTTG  55 45
   CKC_04300  903324 ..  903335 +    -3  -3.33425   GCTTTGAGTAACTGA                CAAA AACT TTTG                 ATTTTAGTTTCGATA  47 67
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   CKC_04390  921854 ..  921866 +  -4.9  -4.19258   CGAACTCTCACGGAA                TTCTT TGC AAGAA                TTTTCCATGAAATAT  62 83
   CKC_04395  923381 ..  923400 +  -3.7  -4.26475   GCTTATACACTTTGC            TTCTTTT CTTGAA AAAAGAA             TATTTTTTATAGCGT  61 354
   CKC_04415  927958 ..  927978 +  -7.1  -3.24232   CCAATATAAAAAATA            TATATTTAT ATC ATAAATATA            TCTATTTACAAAAAA  66 85
   CKC_04420  928654 ..  928672 +  -4.6  -3.00658   TAAACGATCATCGAA             CCTTTTCA TCC TGAAAAAG             ATGTTTTTAGTATCC  51 189
   CKC_04425  929458 ..  929482 +   -10  -3.57144   GGCTTAGGATCGAAA          GAGGGCTTCT GTCAA AGATGCCCTC          TTTCACACTCCACCA  83 254
   CKC_04445  933052 ..  933067 +  -3.2  -4.05788   ACAGTTTTTTCTCAC              GCCC TTGCTTTC GGGC               TTTGGTTTAAGACCC  55 100
   CKC_04450  933722 ..  933745 +  -4.6  -3.17274   AAACCTTCTTATTGA          TCGTTTGTAT CCCT AAACGAACGA           TATCTATTCTCATTA  52 500
   CKC_04460  934635 ..  934650 +  -3.2  -3.84185   ATAATAAATCAAAAT              GAGAGA ACTC TCTCCC               TTATCTTTAGATAGA  52 104
   CKC_04465  935915 ..  935925 +    -4  -4.59773   TTCTTTTCAATCTTA                 GAAA GTT TTTC                 TTTTTCCAACTGCAA  66 252
   CKC_04480  942069 ..  942080 +    -3  -3.87373   CAATATACTATACTG                TCTA GATA TAGA                 TTTATAGACAATATC  54 179
   CKC_04485  944175 ..  944187 +  -4.8  -4.40963   AATCAATATCTCTTT                CGAG CCGTA CTCG                TTCTTTTTCAAGGAT  67 420
   CKC_04540  958204 ..  958214 +    -4  -2.93361   AATAAAAATAACATC                 GAAA AAA TTTC                 TCTAATTAGAATTTT  48 97
   CKC_04550  962384 ..  962406 +  -2.1  -2.76162   AACGACTATGCTGAA           TGATAAAAA CCATT TTTTAATCA           ATTTAAAATCACATC  40 23
   CKC_04565 NONE
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