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    CLM_0997 1055127 .. 1055147 +  -2.7  -3.58269   TGGTATAGTATGTAT            TAAAATCAA AGT TTAATTTTA            TTTGAAAGTGAGTTG  45 46
    CLM_0998 1055952 .. 1055998 +    -5  -4.63932   AAAACTTTTAGAAAA TAGATAACTATAAAAATAA AGTACTCTAG TTATTTT-ATAGTTATCTA TTTTATTCAAAAGTA  68 284
    CLM_1001 1058510 .. 1058521 +    -3  -4.24338   TAAAATATCGTATTG                TTCA GAAA TGAA                 TTTTACGATGTTTTT  53 93
        lipA 1060272 .. 1060299 + -10.8  -5.31275   AATAATAAGATAAAA        TTAGCTTATCAT ACTT ATGATAAGCTAG         TTTTTTATACTAAAA 100 49
    CLM_1006 1063962 .. 1063972 +    -4  -3.99216   GATCTTATTGGAGAT                 TAGA TTA TCTA                 TTTGAATTTTATCTT  54 23
    CLM_1007 1064886 .. 1064924 + -10.5  -5.19879   ATCTCACCACAAAAA   TGTGGAGATTTAGCCAG GTTAA TTGGATAAATTTCCACA   TTTTTGTGTTTAAGA 100 229
    CLM_1011 1069041 .. 1069079 +  -9.7   -4.9041   AAGCATGGTTATAAG   GAAGCTGTCTCAAAATA TATTT TATTATGAGGCAGCCTC   TTGTTTTTTTATAGT  95 27
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    CLM_1016 NONE
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        argS 1286097 .. 1286115 +  -2.5   -5.5762   CTACTAAAGCTTATT             TATATGT TTATT ACATGTA             TTTTTTATCTTTGCT  70 273
        arcT 1287481 .. 1287498 +  -3.5  -3.86194   TTCATAAAACTATTT             TCATATG TAAA TATATGA              TTTATGGAGGGAATT  52 128
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        hisI 1845555 .. 1845573 +    -4  -3.14344   TTTATACACCATTAA             TATAAATG TAT TATTTATA             TTAATAGAAAAAATC  48 21
        hisE 1846079 .. 1846092 +  -2.5  -2.65532   ATTAATATATTAAAA               TAAAT GTAT ATTTA                TAAATTTCAAATAAT  39 85
    CLM_1816 NONE
    CLM_1817 NONE
    CLM_1818 1847610 .. 1847654 + -14.9  -5.06414   GTAGGTACGCTAATA TTAAAGAAGTTTATATTAT AAAATAG ATAATATAAACTTCTTTAA TTTTTATTAGCAGAA 100 5
    CLM_1820 NONE
    CLM_1821 1851889 .. 1851939 +  -2.1   -3.0792   TTTAAATAACTATAA GGATT-CTATGGTTCAAAAGGAGCT TTT ATCTCAATT-GAACCATAGCAATTC TTAACTAGCCTATTA  40 67
    CLM_1822 1853340 .. 1853379 + -11.8  -4.77757   TATTATAGAAAGAAA  TCACTAAAAATCAAC-TAC AGT GTAAGTTGTTTTTTAGTGA  TTTTAATTTTTAAAA 100 109
    CLM_1823 NONE
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    CLM_1827 1857897 .. 1857936 + -16.2   -4.4078   TATTATAAAAATAAA  TCACTAAAAATTAATTAG AGTT CTGATTAATTTTTAGTGA   TTTTAATTGGAAAAA 100 98
        arcA 1859620 .. 1859673 + -12.4  -4.58424   TTTAAGATAACCCAA TTATTTAGAT-ATGTTAACATAATT TATAT AATTATGTTAACATAATCTATATAA TTTTGTATAATAATC 100 31
        arcD 1861328 .. 1861348 +  -7.6  -4.89852   ATATAAATAATAAAA            GGATAGCC TTAGT GGTTATCC            TTTTTCTACATATAC  86 218
    CLM_1831 1863010 .. 1863022 +  -2.7  -4.32482   GAAGAAACTAAAATA                TAAGG TCT CTTTA                TTTTAAGTTGTAAAT  53 64
    CLM_1832 1863298 .. 1863314 +  -2.4  -4.23794   AGCAATTGCAAGTTT              TTATAA AATAA TTATAA              TTTATATTAGGTTGG  52 76
    CLM_1833 1863911 .. 1863942 +  -5.2  -4.68994   AATAATTGTTTGAAA      CATCGTATTATTCA AATC TGAATTTTACGGTG       TTTTTAGGTCGTACT  68 36
    CLM_1838 NONE
    CLM_1839 1871765 .. 1871779 +  -4.4  -3.09933   TTATCTATAAGTTCA               TTAAAA ACT TTTTAA               TTACGTCAATTAAGA  50 66
    CLM_1840 1872406 .. 1872441 +  -3.4  -5.71712   TAGATAATGAAAAAA    CCAGACAATACATAGAT TTA ATCTGTG-ATATTCTGG    TTTTTTTATATGAAG  77 34
    CLM_1841 1873788 .. 1873812 +  -2.2  -6.17033   AATAAACTATAAAAA          TGTTCTAAAG TGATT TTTTGGAGCA          TTTTTTATTTTTTTT  82 46
    CLM_1842 NONE
    CLM_1843 1877435 .. 1877466 + -11.1   -5.2166   AAATAAGGAGAAGAA      TAAAAGGATAGCC TTAACT GGCTATTCTTTTA       TTTTTTAAATTATTA 100 64
    CLM_1844 1878986 .. 1879002 +  -5.3  -3.18264   AAAATCAAATAAAAT              TAATATT ATT AATATTA              TTAATAAATAAAAAC  56 222
    CLM_1845 1880118 .. 1880164 +  -7.7  -3.44146   GAATAAAAAATGAGT TTATAACTATAAGTATTAGTTC TAAA GGACTAGTACTTATAGT-AGAA TTAATTATAGAAGAG  70 105
    CLM_1846 NONE
    CLM_1847 NONE
    CLM_1848 1884454 .. 1884506 + -15.2  -3.41761   ATTTAAAAAAGTAAG AGGACAGTTCACAAAGTTTAAGTT ATTTG AACTTAAAGTATGTGAACTGTCCA TATTAATTTTCAGCT 100 35
    CLM_1849 1885408 .. 1885445 + -13.9  -2.69601   CATAAGGCAATAACA   CTTTAAATCTTCTTATCT TAA AG-TAAGAAGATTTAAAG   TGAGTTTGATATAGA 100 141
    CLM_1851 1887900 .. 1887911 +    -3   -2.8547   AACATTTTTTTATGT                CTAT TAAT ATAG                 TGTAGTATAGGACGT  40 116
    CLM_1852 1888466 .. 1888502 + -14.2  -3.28924   TAAAGTAAATCATAA    CTAAATACATAATAAT ATACC ATTATTATGTATTTAG    TTATAAAAAAGCATA 100 69
    CLM_1855 1893364 .. 1893387 +    -7   -4.8543   TTTTAATATTAAAAA          TAATTAAATA AATT TATTTAATTA           TTTTTGTAAACGTTA  81 19
    CLM_1859 1896742 .. 1896752 +    -4  -3.54027   AATATATTATTTTGA                 TTTC CTA GAAA                 CTTTATTTTTACTCC  51 154
    CLM_1860 1897025 .. 1897069 + -16.1  -4.21314   TTAGAAGTAAATAAG TGAGGGGATATTTCAAGATTA AAT TTATTTTGAAATATCCCCTTA TTTTAAAATATTATT 100 68
        metF 1902159 .. 1902174 +  -4.8   -3.3062   ATAGCAGTTTAAAAA              CTAATA CTTA TATTAG               TTCATGGTGTTTGCA  55 29
    CLM_1864 NONE
    CLM_1865 1905388 .. 1905428 +   -10  -4.73864   AAAATATTTAAGTTT  ATACAAAACACTTACC AGTATTGAA GGTAAGTGTTTTGTAG  TTTTGTGTTAATTAA 100 55
    CLM_1867 NONE
    CLM_1868 1908623 .. 1908650 +  -7.8  -5.68023   ATAAATAAGCAAAAA        GAGTATTTCACT AAAA GGTGAGATGCTC         TTTTTTTAATTCTAG 100 67
        acoR 1910952 .. 1910969 + -11.3  -5.46706   AAATAATCTTTAGAA             GCCTTGC AAAT GCAAGGC              TTTTTCTTTTGGCAT 100 94
    CLM_1870 NONE
        acoA NONE
        acoB 1913418 .. 1913431 +  -4.5  -2.63901   CTGAAGGAATATAAA               GGGAG ATTT TTCCC                CTTACTTAATAGGGT  48 42
    CLM_1873 NONE
        acoC NONE
        acoL NONE
    CLM_1876 1918359 .. 1918385 +  -8.8  -4.88295   AAAGTAAATAAGAAA         GAGTATTTCGCT AAA AGTGAGATGCTC         TTTTTCCCTTTGTTT  93 165
    CLM_1877 NONE
    CLM_1878 1921427 .. 1921463 +  -5.4  -5.64274   TTCTATATAAAGCAA   TAGTGGTAGTTATATAT TAGG AT-TTTAACTACCGCTA    TTTTTTTATAAATAA  86 123
        thrC NONE
        thrB NONE
    CLM_1881 1925451 .. 1925464 +  -5.3  -3.61328   AATACTTTTATAAAA               TAGCT AAAA AGCTA                TTTAGAAATATTGGT  59 23
         hom 1927224 .. 1927237 +  -2.5  -3.35723   CTTGGAGTGTTAAAT               TTAAA TCTT TTTAA                TATATTATTTAGATG  44 297
    CLM_1883 1929693 .. 1929727 +   -11  -5.65496   TTTATACAGTAAAAA     GCAATATAATGTATAG TTT TTATACATCATATTGC     TTTTTATTTTTAGTG 100 170
    CLM_1884 1931282 .. 1931303 + -10.3  -4.14243   CTTATAACTTTAAGA           CTTCCTTTT TAAA AAAAGGAAG            TTTTAGAGTCGCATA  95 84
    CLM_1885 NONE
        gltA 1933837 .. 1933858 +  -7.4  -5.83211   ATCAATTATAAAAAA           CTTCAACA AAATGA TGTTGAAG            TTTTTTATTTTAATA  95 41
    CLM_1887 NONE
    CLM_1888 1936943 .. 1936966 +  -6.7  -5.16133   GTGTATGTACTAAAG          GGCACTTGG TTAATT CTAGGTGCC           TTTTTATATTATAAT  83 246
    CLM_1889 1938239 .. 1938266 +  -7.8  -4.67353   ATTAAATATCAAAGA        GCACTTAAGG AATATAAA CCTTAGGTGC         TTTTTGCATACCTAA  83 40
    CLM_1890 1938673 .. 1938696 +    -4  -4.07885   GAGGGACATATAAAA          TAGTATTGAG AAAC TTCAATATTA           TTTTAAAGGAGAATA  56 162
    CLM_1891 1938996 .. 1939029 + -11.3  -3.46858   CTTATATTAACTAAG     GGTCATCTATAAA TAATTAAT TTTATAGATGACC      TGTGTTTTAATCTAA  93 84
    CLM_1892 1939467 .. 1939480 +  -3.8  -6.09196   GGTTAAGTTTTAAAG               GGCT AATAAG AGCC                TTTTTTTATTTTCAA  86 35
    CLM_1893 1940299 .. 1940326 +    -2  -4.09739   AATATAAAGGGGGAT        GACTAAATGAAA AAAA TTGCAATTGGTC         TTTTAACAGCATTGA  50 205
    CLM_1894 1940682 .. 1940726 + -13.9   -2.8655   ATACAAACGTCCTTA TTTAAACAAAAAGAACCCC AATAAAA GGGGTTCTTTTTGTGTGAA TCTAATATAGGTCGG 100 178
    CLM_1895 1941242 .. 1941269 +  -7.1   -4.9445   AAAGTAAAAGCCAAA        GAGGTAGCTTT CTAAAT GAAGCTATCTC         TTTTTAATTACTTGT  83 34
    CLM_1896 1941945 .. 1941985 + -10.7  -4.38712   AATTAAACTAAACAT  ATAAACAAAAACCGTAC TAAAAAC GTACGGTTTTTGTTTGG  TTTTATAAAAATAGA 100 30
    CLM_1897 1942496 .. 1942516 +  -7.1  -2.72463   CAAGATACTTTGAAA            TTTTTATAT ATA ATATAAAAA            TAATTAGAAATAGCT  62 256
    CLM_1898 NONE
    CLM_1899 NONE
         alr 1945921 .. 1945952 +    -6  -2.62246   TTAAATATATTTATA      CATATTACCTTTTT ATAT AAAAAGGTAAAAGG       CTTAATTAAAATTGA  57 354
    CLM_1901 1947561 .. 1947584 +  -4.1  -3.48506   AGGAAATATAATTGA          TTATATTAA TAGTTT TTAATATAA           TATTTAATGCATTAT  51 63
    CLM_1902 1948987 .. 1949022 +  -7.8  -4.72729   AAAATAAATAATGAA    CCCTGTTTAATTAT TGAGAAGC ATAACTAAACAGGG     TTTTAATTTTGCTTC  83 61
    CLM_1903 1950098 .. 1950133 +  -7.7  -5.56264   TTTAAAAGATGGAGA    CCTATGAAATCCTTA TAATTT TAAGGAAATCATAGG     TTTTTTATATTTAAA 100 99
    CLM_1905 1953622 .. 1953643 + -15.9  -4.22652   AATAGGTGTTATAAA           GCCCCATGG TAAT CCATGGGGC            TTTTCAATAATATGA 100 40
    CLM_1906 1955559 .. 1955597 + -11.9  -5.50723   TTTTATGTTCATACA   TCCCTATTTAGCTAGGT GAGAA GCATGGCTAAATAGGGA   TTTTTATTTTAATAA 100 51
    CLM_1908 1959834 .. 1959878 + -17.6  -3.00476   TTTAAATTTTAAATA TAAGATGGTGTCTGAAAATA TATTT TATTTTGAGACACCATCTTA TGTGTAATTAAGGGT 100 29
    CLM_1910 NONE
    CLM_1911 1961358 .. 1961370 +  -3.5  -2.78596   TTTTTTAAAAAATAA                TAAAT TAC ATTTA                TGTAGTGAAAAAATA  43 91
    CLM_1912 1963001 .. 1963029 +  -2.5  -3.42459   GTATCTCATAGTAAA        TTAACTTATTTAC AAA GGAAATAAGGTAG        TTGATATTATGAATA  44 2
    CLM_1913 NONE
    CLM_1914 NONE
    CLM_1915 1966668 .. 1966699 + -10.4  -2.58249   GTTAAATAAAGAAAA      TAAAGGCGTACCATA GCT TA-GGTATGCCTTTA      ATTATAGCAAATATC  81 143
    CLM_1917 1968704 .. 1968731 + -12.1  -2.85297   TTGTAAAATTATAAA        GCAGCCTCTAT GAGTGA ATAGGGGCTGC         TAATATTTAAAGTGA  89 104
    CLM_1918 1969601 .. 1969645 + -11.2  -5.10029   ATTTAGTATTATTAG AAAGATAGTGTATCAAAAATA AATC TA-TTTTGATACACTATCTTC TTTTTTCAAATTAAT 100 95
    CLM_1920 1971766 .. 1971782 +  -8.1  -3.64703   AGTATACAAAATAAA              TGGTATA TTA TATACCA              TTTACATAAAGGAGA  75 136
    CLM_1921 NONE
    CLM_1922 1972559 .. 1972586 +  -3.6  -4.27192   ACAAGAATAGTGGAG        GTGATAATATAA TGAT TTATACTATTAC         TTTTAATCCAGCTTT  58 40
        pfkB 1973558 .. 1973589 +  -8.9  -3.15574   GGTTTAATAAATTAA      TAAAAATCCCACA ATAAAA TGTGGGACTTTTA       TATTAATCAAATTGC  75 108
    CLM_1925 1975595 .. 1975615 +  -5.5  -5.42259   TTTATAAATAATAGG            TATGCATTA GGG TAAAGCATA            TTTTTTTGGACATCA  81 70
    CLM_1926 1976741 .. 1976786 + -16.7  -3.41422   ATATACATGAGTTAA TTCTATATGTATTACTTCAAA ACTC TTTAAAGTAATACATATAGAA TTATAAGCTTATTTT 100 90
    CLM_1928 1977732 .. 1977748 +  -2.4  -3.23447   TGGTGGATTATTTGA              TAAATA GATAA TATTTA              TATTGTGGAGGTTAC  41 19
    CLM_1929 1978830 .. 1978857 + -14.4  -5.33405   TTTTAACAATAAAAA        TCTGTGAGTAAA ATAT TTTACTCACAGA         TTTTTATTTAATGCC 100 127
    CLM_1932 1982761 .. 1982797 +  -9.7  -5.49234   AATTTAAAATATGAA    TTGAAGAAGTATGGTGA TGC TTAGTATACTTCTTCAA    TTTTTTATTAAATAT 100 47
    CLM_1934 1986057 .. 1986101 + -14.6  -3.38727   TCATTTGTCATAGGA TTAAGCGACTCGCTGCAAAT CTGTT ATTTGTAGTGAATCGCTTAA TTAGTTAGAATTATT 100 180
    CLM_1936 1988660 .. 1988698 + -10.4  -5.08255   TTAATAACATAAAAA   GGTGGTGTCTTAAAATAA AAG TTATTTTGAGGCTCCTCC   TTTTGTTTTGAAAAT 100 42
    CLM_1937 1989811 .. 1989846 +  -2.8  -4.99947   TAAATAAAAGAAAAA   GCATCTGCTATATTGG ATATAA CCAA-A-AGTAGATGC    TTTTATTTAATTAAA  62 34
        deaD 1991481 .. 1991516 + -11.6   -4.1552   GTCAGAATAATTTAA    TCTATTTATATAATAT TTGG GTATTATATAAATAGA     TTTATTAAGAAAATA 100 79
    CLM_1939 1996083 .. 1996131 + -11.5  -2.67717   TTTAATTTAAAATCA CAAAGGGATTTAACATATAATT ATTAAA AATTA-GTGTTAGATCCCTTTG TAGATTCTTAAATTT  86 68
    CLM_1940 2000552 .. 2000587 + -11.6  -5.06052   TATATAGGAATAAAG    GAGAATTAACATTTTTA TAT TAAAAA-GTTAATTCTC    TTTTCTATTTTTTAG 100 75
    CLM_1941 2001865 .. 2001903 +  -7.8  -4.43309   CTAGTAAATTATTAA  TACTCCCTATTATCACAA CTAGA TTGTGA-A-TAGGGAGTA  TTTTAATTAAAATTG  81 55
    CLM_1943 NONE
        cheX 2004300 .. 2004329 +  -8.1  -4.24726   TTTGTTTAATATAAA       TAAGCACTTAT AACTTTGA ATAAGTGCTTA        TTTTAAAATTATTCT  80 81
    CLM_1946 NONE
    CLM_1947 2007036 .. 2007070 + -11.7  -4.42851   AAGCAATTTAATTGA     GGAATCATACAAGAA TTTAT TTCTTATATGATTCC     TTTTAAATTTATTAG 100 82
        xerC 2009597 .. 2009647 + -10.8  -4.08164   ATATGCTATAATTGA TAAAGCACTTTAAAATCATATAGA CTC TATGTAGGATTTTAAAGTGCTTGA TTTATATCAAATTTT  95 224
        lexA 2011163 .. 2011202 +  -9.7   -5.1485   GATTGTTAATAAAAA  TAATTCCTAGGAGT-ATT AAGTG AATAACTTCTAGGAATTA  TTTTTATATTAATTC 100 97
    CLM_1959 2022027 .. 2022074 + -11.7  -3.04269   ACGTACTGGATAAAA TAAATTATCTCCTTTTAGGTT AAAATA AAACTAGAAGGAGATGATTTA TGTGTATGATGTAAA  90 61
    CLM_1960 2022229 .. 2022239 +  -2.6  -3.79565   CCAAGAGAGAATATA                 TTTT ATT AAAA                 TTTAAATATATTTAT  47 17
        aspB 2023487 .. 2023503 +  -7.3   -5.8901   ATAGCAAATAAAAAA              TAACCCT TTT GGGGTTA              TTTTTTATTTTATGT  95 30
    CLM_1974 2039253 .. 2039290 + -16.5  -5.99154   TATAAAACTAACAAA   GCAAAGATGCCCGCTGT TTTT ATAGCGGGTATTTTTGC    TTTTTTTATTTCCTC 100 80
    CLM_1975 2041613 .. 2041656 + -18.6  -3.37727   TTAAACTTTAACTAA TATAAAATGGAACCTAGATT AAAA AATCCAGGTTCCATTTTATA TTCCTATATATATTA 100 30
    CLM_1980 2046276 .. 2046329 + -18.1  -3.34236   ACGATAAAGATTAAA TTAAAAGGCTATAATTTCT-AGAATA TTA TATTCTTAGAAGTTATAGCCTTTTGA TTATAAAATAAGTTT 100 49
    CLM_1986 NONE
    CLM_1987 NONE
    CLM_1988 2052155 .. 2052169 +  -2.2   -4.4773   GTTTTTAATAAATTA               TTATTA TAA TGATAA               TTTTAATTCATCTAC  54 99
    CLM_1989 2053981 .. 2054008 +   -10  -3.45118   AGTAGTTAATTTAAG        GTGGAAAAGTCA TTTT TGGCTTTTTCAC         TTAGTTCTCACATCC  87 50
    CLM_1999 2064529 .. 2064571 + -10.1  -2.76964   GTGGTTGTACGTTTT CCACCTTGGGCTATAGATGA TTTT TCAT-TATAGCTTAAGGGGG TGGTATTGGATATGC  80 398
    CLM_2000 2064872 .. 2064896 + -11.5  -4.54821   AAACGTTCTAGGATC          GGCTTAGTGTT CTC AGCACTGAGCC          TTTTCTAATTAGAAT 100 153
    CLM_2003 2070513 .. 2070537 + -13.7  -4.54821   AAACGTTCTAGAATC          GGCTTAGTGTT CTC AGCACTAAGCC          TTTTCTAATTAGGAT 100 152
    CLM_2004 2071840 .. 2071850 +  -2.6  -5.07941   TTTATACTAGCCCTT                 TTTA TTT TAAA                 TTTTTATATAATTTT  62 254
    CLM_2012 2082864 .. 2082888 +  -5.9  -3.51475   ATATTTTTTTGAAGT          CATAATTATTT TTA ACATAATTATG          TATCTTTGTTGTTTC  60 443
    CLM_2014 2084395 .. 2084435 +  -5.1  -3.48772   AGAGCATAAAATAAA  TTTATTAATGAAATTTTTA AGA TAAAAAATCTATTAATAAA  TTATATAAGGAGGTT  56 32
        ytfJ 2084903 .. 2084925 +  -6.3   -4.2243   GAAATCTAAATAAAA           GCCCCTA TTACATACT TAGGGGC           TTTTACACTATTTCT  70 32
    CLM_2029 2095726 .. 2095739 +  -3.1  -4.49716   TCTCTAAAAGATTCT               TTGCC ATTG GGTAA                TTTTACCTTTTGTTT  60 520
    CLM_2040 2105930 .. 2105976 + -24.2  -4.63486   ATTTCTGCATAATAA CAGGAGCAATTTTATCTCTAAA AAG TTAAGAGATAAAATTGCTCCTG TTTTATTAGAAAGCT 100 29
    CLM_2082 2139878 .. 2139900 +  -5.6   -5.5208   TTAGAGGTAATAAAG           GGCTAGGA TTAAATT TCCTAGTC           TTTTTTATATTGTAA  82 20
    CLM_2083 2141467 .. 2141491 +  -6.5  -5.37865   TACATCAACAGAAAA          GAATGAGAGAA ATG TTTACTCATTC          TTTTTTAATTATTAA  87 64
    CLM_2130 NONE
        truA 2182160 .. 2182210 + -10.9   -3.5834   TCTGTTTATATTTAA TAGAAAATACATGTAATAAATGC ATAAA GTGATTATTACATGTATTTTTTA TATTAATTTTTTATT  95 199
    CLM_2134 2185039 .. 2185062 + -10.4  -3.02144   CATGGCCGCTCTTTA          CTCCCATTTT AAAG AAGATGGGAG           TATTAGAGCGGGTAG  85 297
    CLM_2138 NONE
    CLM_2139 NONE
    CLM_2140 2193688 .. 2193725 +  -7.9  -4.74453   ATGAATAAATGAAGA   TAACTAGATATAAGCAT AAAA GTGCTCTTATCTAGTTA    TTTTTAAATATATTA  86 172
    CLM_2147 2200790 .. 2200801 +  -4.4  -3.21099   CATTTAATTTTACAT                TGCT TCCA AGCA                 TTAATAGTAAGAAAA  51 94
    CLM_2150 2206366 .. 2206411 + -22.5  -4.07877   TGCTTTTTAAAACTA TTACCCCTTAATTTATTATTA TATA TAATAATAAATTAAGGGGTAA TTATTTATGGAATAA 100 180
    CLM_2169 2225434 .. 2225481 +  -7.2  -4.30104   TTTATCATAAATAAA TCACCCCTTTATAGTTAATT TATTTTGT GACTAACTATAAAGGGGCGG TTCTTTATTGCTTTA  75 200
    CLM_2172 2229972 .. 2230011 +  -2.2  -4.63044   AGAAACTTTAGAAAG  TGACTTAACATAGTATAG GCAT CTGCCATATGTTGAGTCA   TTTATTTCTGTACCT  56 13
    CLM_2173 2231032 .. 2231066 + -13.8  -3.62478   CTTTATACGTTAATC     TAGGAAGAGTCAACAA GAA TTGTTGACTCTTCTGA     TTTAGAAATTCCTTC 100 28
    CLM_2175 NONE
    CLM_2176 2235720 .. 2235751 + -11.8  -4.66625   TAAGACTCATAAAAG      GCAGTGCTAAGTATA TTA TA-ACTTGGCACTGC      TTTCTTTCTATATGT 100 136
    CLM_2182 2242997 .. 2243047 + -15.1  -5.27477   CAAAGATAGTAAACT GTACCCTGTAAGATAAACACAG AAAAGAGG CTGTGTTAA-CTTACAGGGTAC TTTTTTCCTTCCAAT 100 32
    CLM_2183 NONE
    CLM_2184 2246616 .. 2246651 + -10.7  -5.26316   CGTTAAGCATATGTA    AGTAGGTAAATTTGT TCTTAC ACAAATTTACCTACA     TTTTTTATAGCATAA 100 70
    CLM_2192 NONE
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    CLM_2194 NONE
    CLM_2195 NONE
    CLM_2196 2260786 .. 2260801 +  -2.6  -3.76811   TATATGAGGGGTGTC              TGG-CAT GCT ATGTCCA              TATTTTAATCCTATG  50 269
        pcaC NONE
    CLM_2199 2262625 .. 2262662 +   -16  -5.23644   ACAGCATAGTAAAAA   CCAAAATACAGAATTT ATAATA AAATTCTGTATTTTGG    TTTTTATATTTGCTT 100 32
    CLM_2200 2263861 .. 2263878 +  -6.3  -3.38726   TTGCTTTAATTACAG             TTGCTCC ATTA GGAGTAA              TAATTTTTTCCCCTC  63 332
    CLM_2203 2269916 .. 2269959 +  -9.8  -4.40692   TATTTATACTATTAT AAGGACTTATTTGGGTTTAT TTCT AAAAGCTCAAATAAGTCCTA TTATTATTTTTTACA 100 158
        treP 2271711 .. 2271743 +  -8.7  -2.67021   AATTATATCCTAAAA     TAGAAAAGG-AGGA TTAAAT TCCTTCCTTTTCTA      ATTCATATTTAAACA  72 44
        treC NONE
        treR 2274251 .. 2274292 + -19.2  -4.00684   GATAGGTTTATATTT GCGCCTTTAAAATAAAAT TAAATC ATTTTATTTTAAAGGCGC  TTCTTCCTTTTATAT 100 92
    CLM_2213 2280701 .. 2280741 +  -4.3  -5.45802   GGAGGTGTCTCAAAA  TAGTCTTAATTTTAAAA CCGTAAA TATAAAAATTAAGACTA  TTTTTATTTTGAGAC  78 83
        gldA 2283401 .. 2283414 +  -3.1  -3.79164   TGTTAATTATTTAAC               CTCTT TAGA AAGGG                TTCATTTATTTATAG  50 70
    CLM_2221 2288945 .. 2288992 + -19.1  -5.13344   CCCTCTTCAAATACA TCTATGTGAATATATATTTTA AAACCA TAAAATATATATTCACATAGA TTTTTATATTGGTCT 100 58
    CLM_2228 2296798 .. 2296831 + -12.7  -3.52316   GAAAACTTTAACAAA     TTCTAAAGAGGATAA CAAA TAATCCTCTTTAGAA      TTGATTATATATCCA  95 4
    CLM_2229 2297955 .. 2297984 + -16.7  -3.71378   TATAGAACATATAAA       TAATAGGAACTGC TTTA GCAGTTCCTATTA        TTTAAATATAAAATA 100 44
    CLM_2231 2300690 .. 2300735 + -17.1  -3.37902   TCATCGGATAACCAT TTCCTAAGCTTTAGTAGGAGT AAAT ACTCCCCCTGAAGCTTAGGAA TCTGTTTATAGTATT 100 273
        pepQ NONE
       pepIP 2316498 .. 2316525 + -10.6   -4.7268   CACGTAAATTACAAA        GGAGCTGTCATG CAAA TATGACAGCCCC         TTTTATTAAGTCTTT 100 80
    CLM_2250 NONE
    CLM_2251 2321449 .. 2321469 + -11.9  -3.80014   TCTGTAAAGCCATAG            CCATCCGTT AAA AACGGGTGG            TTTACTCATCCCTAT  95 60
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    CLM_2271 NONE
        rfbB NONE
    CLM_2273 2343960 .. 2343973 +  -5.3  -3.11634   TGGAAAGAGAATTTA               GAAGT CTTT ACTTC                TTAGATAGTCTGGAG  55 8
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    CLM_2375 2451564 .. 2451590 +  -3.1   -5.0133   ATACAAAACAAAAAA        CTAGATATGGAT ATAA ACCCAT-TCTAG         TTTTTTGCAAAGGTA  65 91
    CLM_2383 2459391 .. 2459442 + -14.3  -2.71684   ACTATAGGCCTATTA TTTAATAAAAATCAGGACCTAC TTTATCATT GTAGGTCCTGATTTTT-TTAAA ATTGTATCAATCATT 100 21
    CLM_2384 2460936 .. 2460954 +  -8.8  -4.61199   AAGCATTTATAAAAA             GCCCTCAC AAT GTGAGAGC             TTTTCTCTATAAAGT  89 64
    CLM_2390 2467038 .. 2467089 +  -5.4  -3.23094   AAAGAAACTGGATAA GGATTTCTAAGTTTAAGAGGGAAT AAAA ACTTACTCTTAAGCTTAAAAATTC GTTTGTTAATTTCCA  56 65
    CLM_2391 2468941 .. 2468955 +  -5.8  -3.35857   TAAATATGAAAAGTC               TACATT CTC AATGTA               TCTCTTATTATTAAT  59 306
    CLM_2402 2483194 .. 2483205 +    -3  -2.85712   AAGGAGGTATTTAAA                TATG TTTG CATA                 TACTTGTAAATATGC  40 27
        bcrA 2485152 .. 2485162 +    -4  -3.23881   TTTCACATTCTTTTG                 CAAA ATT TTTG                 ATTTATCTTTATAAT  48 291
        fosX 2489415 .. 2489442 +  -7.8  -3.60899   TTTATTAAAGTAAAA        TTCAGCTGAAAT AAAA ACTTCAGCTGGA         TTCATTTACATTTTA  72 149
    CLM_2412 2495434 .. 2495444 +    -4  -4.85599   TCCGCAGGCTCCCCA                 CAAA TTC TTTG                 TTTTTATAACATACA  70 510
    CLM_2414 2497971 .. 2498005 + -14.5  -3.48505   CGGTAACTTTTTAAA     GGGACTATCCCAAAA ATAAA TTTTGAGATAGTCCC     TCTTCATTTTTAACA 100 112
    CLM_2416 2499905 .. 2499918 +  -3.9  -4.01137   TGTTATATCCTTTAA               CAAAA TTAT TTTTG                TTTCTCCCTTGTATG  54 337
    CLM_2419 2503127 .. 2503165 + -12.1  -2.85668   ATTGATTCTCAAAAA   TATTTAACCTACTATAA ACAAA TTTTAGTAGGTTAAATA   TGTGATCTAAAAATA  89 36
        hypA NONE
        hypB 2508439 .. 2508466 +  -5.6  -3.04274   AAATTTGCAATTTAA        TAGGTGGTTAAT TAAA ACTAACCACCCA         TGTACTTATTCGTTG  55 15
    CLM_2433 2514359 .. 2514385 +  -7.6  -3.29626   TTTCTATGATGATGG         TTAAATTTTATG CTA TATAAAATTTAA         TTAATATCCGTATTC  68 448
    CLM_2441 2524090 .. 2524102 +  -9.1  -4.13767   TTTTTTTGCTATTTC                GGGAG TAG CTCCC                TTTTGAGGTCCAAAA  88 514
    CLM_2443 2526347 .. 2526374 +   -10  -3.08046   ATTTTTATAAAAAAA        CTACCTTATACT TTAA AGTACAAGGTAG         GTTTTAAAATCAAAA  82 196
    CLM_2448 2530369 .. 2530403 +   -11  -4.91573   CAACAAAAGTAAAAA     TGCTGTCTTAAAAT ATATTTA ATTTTGAGACAGCA     TTTTTGCTCTATTTT 100 103
    CLM_2452 2535049 .. 2535070 +    -8  -5.94214   CTACTTGATAAATAC           TGCCTGCT TTAAAT AGCAGGCG            TTTTTTTGTTATCTT 100 43
    CLM_2456 NONE
    CLM_2457 NONE
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    CLM_2472 NONE
    CLM_2473 2550556 .. 2550576 +  -8.3  -5.47218   ATTCCATACAAAAAA            GAACCCTAT TTA ATAGGGCTC            TTTTTTTAAGTAAGG 100 211
    CLM_2478 2553089 .. 2553125 +   -14  -3.46602   AATTTAGTATAATAT    AGGACAGCTTAATATA TTTTT TATATTAAGCTGTCCA    TTCTAATATAAAAAA 100 39
    CLM_2485 2557227 .. 2557256 +  -9.5  -4.51699   TGAGTATAATATATG       GCAATTTTATATG TTTT CATATGAAGTTGC        TTTTATAATAATTAT  93 42
    CLM_2486 2558193 .. 2558210 + -11.3  -3.98016   GCAATTAACAACTAA             GGAGCCT TAAT AGGCTCC              TATTTTATTGGTGGT 100 16
    CLM_2491 2561472 .. 2561490 +  -6.7  -5.02777   AGCGACATGGGATAA             GTCTAGC CTTCT GCTAGGC             TTTATTTTTATCTCT  80 158
    CLM_2494 2563174 .. 2563194 +    -9  -4.89567   AAATCCACGCAAAAA            GAACCCCG TTTAT TGGGGTTC            TTTTGTATTTTGGAG  93 124
    CLM_2575 NONE
    CLM_2576 2610074 .. 2610096 +  -4.2  -4.88485   TTCCATTAGAACTTC           TCAAACTTAA ATT TAAGGTTTGA           TTATTTTTTTAATTA  68 3
    CLM_2577 2611598 .. 2611624 +  -3.8  -4.51847   AAAGTAGAATCTGCA         TAAAGTCTCATA TTT TATGGGCTTTTA         TTTTATACCTTATTT  60 23
    CLM_2578 2613425 .. 2613436 +    -3  -2.90508   TTCTCAGCTATCTGG                CAAA AAAT TTTG                 TGATTGTATAAATTG  40 133
    CLM_2579 2614578 .. 2614611 +  -8.4  -2.72012   TTGACATAGTATCCC     TCCTTTCAATTTCA ACTATA TAAAATTGAAAGGA      TACTATGTAATAATT  69 296
    CLM_2594 2628154 .. 2628176 +  -7.8  -4.82333   GATAAGATAAAGAAA           GAGTAGATAA ATT TTTTCTACTC           TTTTTAAATTATTAT  86 20
    CLM_2605 2637110 .. 2637122 +  -4.9  -4.00912   TAGTACTATTGCACC                GAAAT CAT ATTTC                ATTTTTTCTTCTTTG  61 329
    CLM_2621 2649230 .. 2649263 +    -4  -4.48903   TTCGACATCTAAGAA     GCTTTCCATGAT AAAATAATAA ATCATAGAAAGC      TTTTACTATCTTTTA  60 29
    CLM_2628 2654895 .. 2654911 +  -5.3  -4.68724   ATATTGTTTTACTTT              TATAAAA TAA TTTTATA              TTTTCTATTGCATAC  71 351
    CLM_2629 2655132 .. 2655154 +  -8.5  -2.83112   CAAAATACTTAAACA           GTTGGGACT TAAAT AGTCCTAAC           TGTGATAGATTAAAT  69 10
    CLM_2630 2655641 .. 2655660 + -10.7  -3.89617   GTAATTTTAAAAAGA            GCCCTGG TTTATC CCAGGGC             TTTAAGTTTATGACT  95 47
    CLM_2665 2681167 .. 2681198 + -10.2  -2.72839   AAATAAAAATTAGTG      GCCGTAGGGGAAAT TTAT ACTTCCCTTATGGC       TAATTAAAAATAATT  79 35
    CLM_2685 NONE
    CLM_2686 NONE
    CLM_2687 2698614 .. 2698633 +  -9.3  -4.32233   TAGTATAAAAATTTA            GGAGCCA AGATTA TGGCTCC             TTTTAAAATTTTTAT  89 33
    CLM_2689 2700795 .. 2700805 +  -5.4  -3.69836   GTCTTGCATGTAAAC                 CAGT TGA ACTG                 TTTACAGTTAATTCT  59 274
    CLM_2732 NONE
    CLM_2733 2749886 .. 2749905 +  -2.2  -5.21506   TTATTATCTACTAAG            GCTATA TTGTAGCT TATAGC             TTTTTCTCTTATTAT  68 475
    CLM_2768 2783599 .. 2783629 +  -8.5   -5.9003   AAATTAATGAAAAAA       TCTATCTGATTAT AAGTA AGAATCAGATAGA       TTTTTTTATTAATTT 100 39
    CLM_2781 2795228 .. 2795247 +  -9.4  -3.75153   TTTATAATAAAAAAA            TAAAGGCA TTTC TGCCTTTA             TTTAGATTGAAGACA  84 195
    CLM_2790 2802296 .. 2802310 +  -4.4    -3.695   AATAAAAAATACTAT               TTATTA ATG TAATAA               TATTTAATTTTAAAA  56 19
    CLM_2791 2803598 .. 2803622 +  -2.8   -5.5353   CTCTACACTTTCTTC          TAAAGAAGCC GCAAA GGCTTCTAAA          TTTTTTCTTAATATA  76 95
        rpmB 2810147 .. 2810196 +  -9.7  -5.75538   AGGTACAACGTGCTA TATAACACAAAAAATGCAGTTGT TTAA ACAATTGCATTTTTTATTTTATG TTTTTATTTTTTAAC 100 21
    CLM_2818 2829053 .. 2829065 +  -4.9  -3.53563   CAATATGTATTATCA                CAATA ATA TATTG                TTTAAAAGAAGATAT  56 471
    CLM_2822 2831569 .. 2831615 + -10.5  -4.17417   AAGATAATGTAAAAA GCACTAATCTAAAAGGTAAAAG ACAT CTTCTACCTTT-AGATTAGTAC TTTATATATAATTAA  95 29
    CLM_2842 2852106 .. 2852137 + -16.2  -3.03243   AGATTATATGATATT      TTAAAAAAAGGACC AAAA GGTCCTTTTTTTAA       TATTACCAAATGCAT 100 22
    CLM_2849 2857778 .. 2857788 +    -4  -5.33866   ATTATCCCATATTTC                 TATC TTT GATA                 TTTTTTATCGATTTC  72 380
    CLM_2859 2863102 .. 2863116 +  -8.6  -2.78933   AATCCTACAAACCAG               GCATCT GAA AGATGC               TCCATTTTACCTTTA  71 391
    CLM_2881 2887169 .. 2887189 + -12.7  -4.99134   AAGTATATAATAAAA            GCAGGAATT TTC AATTCCTGC            TTTTTAATTTACACT 100 104
    CLM_2885 2892972 .. 2893008 +  -9.7  -5.04601   TTTTTGAAAAAAACA    CCCTATTTAGTTATA ATTTCTC TTTAACTAAATAGGG    TTTTTAATTTATAAA 100 70
    CLM_2903 NONE
    CLM_2904 2916835 .. 2916861 + -16.8  -3.73953   GGGCATGTTATGAAA         TAAGGAAAGTGC TAC GCACTTTCCTTA         TTTCATAAACATAGT 100 68
    CLM_2908 2918820 .. 2918842 +  -3.5   -4.1043   AGTGAATATATGACT           TTTTAACCT AATAA AGGTTTAAA           TTTATAATCTTTAGA  54 103
    CLM_2909 2924013 .. 2924027 +  -5.8   -2.6574   GAAAATATTATGGAA               GATTAA AAA TTAATC               TAATATAAATAATTA  53 20
    CLM_2910 2925466 .. 2925480 +  -2.8  -3.86981   TATTTTTAAGGGAGT               GTTCTT ATG GAGGAC               TTGTTCCTTGTAATA  49 173
    CLM_2911 2926520 .. 2926552 + -15.9  -3.77437   TAAAAAAAATTAATA      GCAAATAAGCTTAAA ATT TTTAGGCTTATTTGC      TTATATCTTATTAAT 100 18
    CLM_2912 2927713 .. 2927723 +    -4  -3.39908   ACTCGAACAATAATT                 TGAA ACA TTCA                 TATATTTTGCAAAAA  49 180
    CLM_2960 2963623 .. 2963642 + -10.8  -5.06451   TTAGAAATAGTTAAA            GACTAGGA ATTT TCCTAGTC             TTTTTTCAGATAATA 100 20
    CLM_2962 2964805 .. 2964850 + -10.8  -4.55673   CAGTTATGAATAAAA GAAGTCTAAAGCATTAAG AGTTTCTGTA CTTAATTCTTTAGACTTC TTTTCTACTGTATTT 100 94
    CLM_2978 2979061 .. 2979093 +  -5.9  -6.06529   CTATAAATCAAAAAA     GTATGTATTAGAGA GCTACA TCT-TAATACATAC      TTTTTTTTATATATA  95 165
    CLM_2980 2980787 .. 2980804 +  -9.9  -4.35327   ATACAAATAAAACAA             CCACAGA TTTA TCTGTGG              TTTCATTTTTAATAG  95 31
    CLM_2986 2986646 .. 2986662 + -12.3  -5.26918   TCTACATATAAAAAA              GCAGCAG TAG CTGCTGC              TTTTTTATACCATAT 100 96
    CLM_3001 3004555 .. 3004602 +  -9.7  -3.76125   ATTAATATAATAAAA TAAATAGCTATAAAAATAA TCAAAATACT TTATTTTTGTAGCTATTTA TTTAAATTAAAATAC  84 128
    CLM_3039 3038947 .. 3038960 +  -2.3  -4.64361   ATTTTGTAGGTTTTT               GCAGT TTGT ACAGC                TTTTACTGTTTTTTG  58 272
    CLM_3128 3130759 .. 3130771 +  -3.5    -5.186   TTCATCTTTTACTAT                TAATT TAA AATTA                TTTTTATATATTTTA  73 445
    CLM_3131 3136799 .. 3136813 +  -2.1   -4.5577   ACTAAAGCTTATTCA               TATGC TTATT GCATG               TATTTTTTTATATTT  56 242
    CLM_3134 NONE
    CLM_3135 3141818 .. 3141828 +    -4  -4.84246   GGAATATTCTTTACT                 TTAG TCT CTAA                 TTTGTTTATTATTTT  68 359
    CLM_3140 NONE
    CLM_3141 3150063 .. 3150075 +    -2  -3.60798   TAAAGAAATATATTG                TTGT AAAAA ACAA                TTAATTTATAAAAAT  44 414
    CLM_3142 3150331 .. 3150345 +  -2.8  -3.72576   TAAAAAATAAAATTT               CTACTT TAA AAGGAG               TTTAATAAAGACGAG  47 6
    CLM_3143 3151256 .. 3151292 + -16.2  -3.20901   CAAAAACAAGCTTTA    CGAAATAAGGAAAGTG CTATA CACTTTCCTTATTTTG    TTACATTCCTGGAGT 100 18
    CLM_3149 3160310 .. 3160353 + -11.5  -3.01924   CTTTTAGTGAAAATA GATAGCTATAAAAATAA TTAGTATTCC TTATTTTTATAGCTATC TATTAAACAAAAGTA  90 108
    CLM_3152 3163995 .. 3164030 +  -8.6  -3.61421   TTTAATATAAAAAAA    TGCTAGTAAT-ATTAAC TTA GTTATTAATTACTAGCA    CTTTTTATATCATTA  75 55
         hcp 3170400 .. 3170413 +  -3.9  -3.16683   AGGACTTCAAAAAAA               TTTTC GATA GAAAA                TTAATGCGGTAGCAT  48 344
    CLM_3159 3171633 .. 3171669 +  -5.3  -6.04953   TAACTTAAGATAAAA    TACTATGCAAACTTTAT CAA ACAAAAATTGCATAGTA    TTTTTTTATTTATAT  95 123
    CLM_3160 3173149 .. 3173182 + -15.7  -3.30159   CCTCATGACTAATAA     TTCTTACAACATTTT ATAT AAAATGTTGTAAGAA      TTATGAAGAAATTGA 100 102
    CLM_3168 3181659 .. 3181695 +  -6.1   -5.2197   TTTAAAAATTAAAAA    GCTATATATTTGTAA CCATATA TTACAAATGCATAGC    TTTTTAATTTTTATA  80 67
    CLM_3171 3184596 .. 3184614 +  -8.9  -3.01918   ATATTAAAATCTTCA             CATACCC ATATG GGGTATG             TAATTTCTGAAATGA  74 125
    CLM_3172 3185375 .. 3185426 + -14.9  -3.80461   CACTAAATAGATTTA TATGGCTATGAAAATAAATTTGT TTTTAT ACAAATTTACCTTCATAGCCATA TTTAATGATAAATTC 100 120
    CLM_3179 3197376 .. 3197386 +  -2.6  -4.02034   AATAAAAAAAATTAT                 TATT TTA AATA                 TATTATTTTTTATTT  51 201
    CLM_3180 3198509 .. 3198525 +  -8.1  -3.39471   TTTGATACAGTAAGC              CCTATAA GTC TTATAGG              TTCCTTAAAATTTAT  73 246
    CLM_3188 3209283 .. 3209295 +  -4.9  -4.57755   CTCTACCAATTGTAA                TATGA GGC TCATA                TTTTCTATCCTCAAT  68 295
    CLM_3194 3214759 .. 3214772 +  -2.5  -4.18934   AAAAGGTTAAGTAAT               TATTA AATT TAATA                TTTATTAAAATCATA  51 27
    CLM_3195 3216938 .. 3216982 + -12.7  -4.58644   ATTTAATATTCCAAA TAAA-AAATGTCAAGCTAAA CTTACT TTTAGCTTGACATTTATTTA TTTTACTTATTACTT 100 65
    CLM_3200 3223573 .. 3223613 +   -10   -3.1876   ATTTTTATACCAAAA  GGCGTAATACCAATAT CCATAAATT ATATTAGTATTACGCC  TTAATAAATAAACTT  85 159
        nagE 3226314 .. 3226357 + -15.8  -3.05333   TTCTTATGTATAACT TAAAAGCCTACAAATATA TGAATATT TATATTTGTAGGCTTTTA TCTATAGTTATCTAT 100 65
    CLM_3203 3228149 .. 3228181 + -12.3  -3.84901   GAATATATATTTAGA      TAAAAGGTGACAT TTATGTT ATGTCACCTTTTA      TTCATTTTTAGTCAA 100 51
    CLM_3207 3231811 .. 3231843 +  -6.4  -5.10004   AAAAATAAGCAAAAA      TAAAAGGTGACACA TATAC TATGCCACCTTTTA      TTTTTGCTTATTTTT  83 217
    CLM_3215 NONE
    CLM_3216 NONE
    CLM_3217 3242024 .. 3242050 +  -7.4  -5.63103   TAAACAAAAAAATAA         GGGATTTGCTAT TTT GTAGTAAATTCC         TTTTTTTGCTTGAAA  91 171
    CLM_3218 NONE
    CLM_3219 3243996 .. 3244025 + -10.1   -4.4648   AATAAAAATATTTGA       TACCGGCAATTAC TTTT GTAGTTGGCGGTA        TTTTATGCTACAGAT 100 186
    CLM_3231 3254915 .. 3254928 +  -2.5  -6.23317   ATAATAATAAACTTT               TATAA AAAC TTATA                TTTTTTTATTTTTGT  82 461
    CLM_3239 3262829 .. 3262862 +  -4.7   -5.8187   ATATTTCAAGATAAA     TAGCATCCTTG GCGGTATGGAAG CGAGGATGCTA      TTTTTTTATTGAATG  88 79
    CLM_3240 3263881 .. 3263892 +    -3  -3.46205   AATTTTTCAAAAACG                GATA AGGT TATC                 TTGTGGCTTGGTTTC  44 61
    CLM_3241 3264505 .. 3264519 +  -2.8  -3.49486   AAAAGGCAATATTAT               CGATAA AAA TTAGCG               TGTATTTCTTTAAAT  45 20
    CLM_3257 NONE
    CLM_3258 3280934 .. 3280964 + -12.8  -3.15574   CTCCTAAAGGATAAC       GAATTCTAAGGAGT AAA ACTACTTAGAATTC       TGTTAATAAGCTTCA  95 331
    CLM_3265 3288135 .. 3288151 +  -5.3  -3.07439   GTCACTATAACCAGC              TATTAAA CTT TTTAATA              TATAATCTTTTTATA  55 227
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    CLM_3287 NONE
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    CLM_3292 3322665 .. 3322714 +  -6.4  -3.51934   ACGTCTCTGGATAAC GATTTCTAAGCTTCAGAGGGAG CAAAAA CCCCCTCTAAAGCCAAGAACTC TGTTTATGAAAGGAG  66 132
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    CLM_3294 3324293 .. 3324314 +  -6.1  -3.73512   TTTTGTTATTTGAAA           TATTATTTT ATTT AAAATAATA            TTATATATTAATTAT  65 49
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    CLM_3318 3349240 .. 3349250 +  -2.6  -2.78015   GAAATTTTATATTAA                 TTTT AAT AAAA                 GTTTAAAATAATTAG  40 26
    CLM_3319 NONE
    CLM_3320 3350446 .. 3350482 +  -5.4  -4.99134   TATAAATACTTAAAA   GCTATGAAAT-TAAGGT ATTA ACTATATATTTCATAGC    TTTTTCATTTAAAAT  75 138
    CLM_3325 3357508 .. 3357531 +    -2  -4.54306   TTATTTCTTCTATCT          TA-AATATAAA ATT TTTATATTCTA          TGTTTTTTTCTTCAG  58 181
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        rpsT 3395775 .. 3395804 +  -7.3  -5.89659   TTATTATTAATAATT       CTACTTCTGTT TGCGTATT AACGGAAGTAG        TTTTTATTTTTTTAT  95 92
    CLM_3374 3411675 .. 3411724 +  -6.7   -5.9873   ATATTATTTTTAATA CAAAAGCTATGAAATATAGATTT AATA ACATCTTAATTTCATAGCTTTTA TTTTTTTTATGGTAA  93 28
    CLM_3404 3437789 .. 3437811 +  -6.4  -5.64873   GTAGTAAATAAAAAA           CTTCATCT GCTAAAA AGATGAAG           TTTTTTATTATTCCA  90 54
    CLM_3448 3472823 .. 3472838 +    -4  -3.53224   GATATTAAAATATAC              TTGAAC ACAT GTTCGA               TTTGAGAAAGGAGTC  51 289
    CLM_3449 NONE
    CLM_3451 NONE
    CLM_3452 3477427 .. 3477458 + -13.4  -2.53688   CCTTTTATCTTTAAA      TATATTACAAACTT AATT AAGTTTGTAATATA       AGTTTGTGTTATTTT  91 423
    CLM_3458 3479273 .. 3479317 + -13.9  -3.90582   GACACGAATACTTAA TAGATAAAATAAGGAAAGCGC ATA GCACTTTCCTTATTTTATTAA TCTTCTTTTTCTATT 100 19
         hpt 3507215 .. 3507237 + -12.2  -5.35815   AAAGAATAATAAAAA           TGTAAAGCTT ACA AAGCTTTACA           TTTTTGTTTAATCTC 100 32
    CLM_3488 3510565 .. 3510606 + -14.1  -4.19953   AAAAGAACAAACGAT AAAAAGAATAAAAACTCCT TTTT GGGAGTTTTTATTCTTTTG  TTTTAGGATTAAATA 100 24
    CLM_3495 3514876 .. 3514890 +  -5.8  -2.63596   TTTAATTTCATTAAT               GTATTA GGG TAATAC               TCATATAAACTACCA  54 427
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    CLM_3523 3556953 .. 3556965 +  -4.9  -6.02919   TTATTAAATCTTATA                GAAAA AGA TTTTC                TTTTTTTATTTATAC  93 401
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         ldh 1792601 .. 1792613 -  -6.3  -2.71763   TGGACAATGATATGA                TACCT TTA AGGTA                GACAGATTAAAAAAT  57 122
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         psd   24976 ..   24997 - -11.7  -5.40464   CACCATAAATAAAAA           GTCTTTCGA TTTA TCGAAAGAC            TTTTTATTTTTTGCT 100 29
