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        pcaC NONE
    CLD_2643 2123889 .. 2123926 +   -16  -5.23644   ACAGCATAGTAAAAA   CCAAAATACAGAATTT TATTAT AAATTCTGTATTTTGG    TTTTTATATTTGCTT 100 32
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    CLD_2639 2131178 .. 2131217 + -10.2  -3.78069   TTTATACTATTATAA  GGACTTATTTGGGTTTAT TTCT AAAAGCTCGAATAAGTCC   TATTATTATTTTTTA  90 160
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        gldA 2146162 .. 2146175 +  -3.9  -3.33922   TTTTTCAACATTTTT               GTTAA TTAT TTAAC                CTTTTTAGAGAGGGT  49 56
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        pepQ 2178822 .. 2178832 +  -2.6  -3.16647   AGAAATTGGTTAAAA                 TTTT TAT AAAA                 CTTTTAATAACTAAA  42 47
       pepIP 2179817 .. 2179848 + -13.9  -3.78556   CTTACGCAAATTGCA      GAGGGTCTGTCAT TAAAAT ATGACAGACTCTC       TTATTAAGTTCTTCT 100 80
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        hypA NONE
        hypB 2417600 .. 2417627 +  -5.6  -3.04274   AAATTTGCAATTTAA        TAGGTGGTTAAT TAAA ACTAACCACCCA         TGTACTTATTCGTTG  55 15
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    CLD_1805 2947161 .. 2947185 + -10.1  -3.71552   CTAAAGGATAACGAC          TTCTAAGGAGT AAA ACTCCTAAGAA          TTCTGTTAATAAGCT  90 132
    CLD_1800 NONE
    CLD_1799 2955424 .. 2955437 +  -3.9  -3.18134   GGTGCTAAAACAGAT               CATTA TAAG TAATG                TATTAAATTCCTTAA  48 14
    CLD_1798 2956114 .. 2956128 +  -2.8  -3.72576   TAAAAAATAAAATTT               CTACTT TAA AAGGAG               TTTAATAAAGACGAG  47 6
    CLD_1797 2957039 .. 2957075 + -16.2  -3.29013   CAAAAACAAGCTTTA    CGAAATAAGGAAAGTG CTATA CACTTTCCTTATTTTG    TTACATTCTTGGAGT 100 18
    CLD_1791 2966128 .. 2966142 +    -5  -2.97181   AACATTCTACCTTAC               TGTGCA AAA TGTACA               ATTATATTTTCCAAT  52 155
    CLD_1790 2966700 .. 2966713 +  -5.3  -3.51235   GCTGCTCCTAATGCT               GTAGT CTCT ACTAC                TTCTGGTCTATCTAC  57 375
    CLD_1787 2969850 .. 2969885 +  -8.6  -3.61421   TTTAATATAAAAAAA    TGCTAGTAAT-ATTAAC TTA GTTATTAATTACTAGCA    CTTTTTATATCATTA  75 55
    CLD_1781 2975991 .. 2976013 +  -4.2  -2.90075   AAAAAGAATTATACT           TATCCTTTGT CTA AAAAGGGATA           TGTGGTTAGAAAGGC  49 60
    CLD_1780 2977115 .. 2977129 +  -4.4  -4.06562   TGTGCAGAATTTTTA               TATAAT ATA ATTATA               TTTATAATTCAAATT  59 113
    CLD_1779 2978545 .. 2978594 + -11.3  -4.36127   CACCTTATTTTTTAA TGAAAAGGATATGAATTT-AAATA CAA TATTACAAATTCATATCTTTTTCA TTTTCAATTATTAAA 100 67
    CLD_1770 2987409 .. 2987445 +  -6.1   -5.2197   TTTAAAAATTAAAAA    GCTATATATTTGTAA CCATATA TTACAAATGCATAGC    TTTTTAATTTTTATA  80 67
    CLD_1767 2991136 .. 2991187 + -10.5  -3.80461   ATTTATACTCTCAAA TATGGCTATGAAGATAAATTTGT TTTTAT GTAAAGTTACCTTCATAGCCATA TTTAATGATAAATTC  91 130
    CLD_1759 3003877 .. 3003887 +  -2.6  -4.02034   AATAAAAAAAATTAT                 TATT TTA AATA                 TATTATTTTTTATTT  51 200
    CLD_1758 3005010 .. 3005026 +  -8.1  -3.39471   TTTGATACAGTAAGC              CCTATAA GTC TTATAGG              TTCCTTAAAATTTAT  73 246
    CLD_1749 3016204 .. 3016245 +  -9.7  -2.91457   AAAAGCATAATTTCT GCATAAAATTAGTATGCCA TATA TGGTATACCAATTTTATAC  TAAATTTTTATATGT  76 20
    CLD_1744 3021877 .. 3021890 +  -2.5  -4.18934   AAAAGGTTAAGTAAT               TATTA AATT TAATA                TTTATTAAAATCATA  51 27
    CLD_1743 3024045 .. 3024089 + -12.7  -4.58644   ACTTAATATTCCAAA TAAA-AAATGTCAAGCTAAA TTTACT TTTAGCTTGACATTTATTTA TTTTACTTATTACTT 100 65
    CLD_1735 3033737 .. 3033777 +   -10   -3.1876   ATTTTTATACCAAAA  GGCGTAATACCAATAT CCATAAATT ATATTAGTATTACGCC  TTAATAAATAAACTT  85 159
        nagE 3036478 .. 3036521 + -15.8  -4.18441   ATTCCTTATATAACT TAAAAGCCTACAAATATA TGAATATT TATATTTGTAGGCTTTTA TTTATAATTATTTAT 100 63
    CLD_1732 3038379 .. 3038411 + -12.3  -3.84901   GAATATATATTTAGA      TAAAAGGTGACAT TTATGCT ATGTCACCTTTTA      TTCATTTTTAGTCAA 100 51
    CLD_1728 3042031 .. 3042083 +   -16   -5.4659   CATTAAATAAAAAAA TAAGCGAAAATAAAAGGTGACACA TATAC TATGCCACCTTTTATTTTTGCTTA TTTTTATTTATATTA 100 207
    CLD_1723 NONE
    CLD_1722 3049933 .. 3049962 + -10.1   -4.4648   AATAAAAATATTTGA       TACCGGCAATTAC TTTT GTAGTTGGCGGTA        TTTTATGCTACAGAT 100 186
    CLD_1717 NONE
    CLD_1716 NONE
    CLD_1715 3059506 .. 3059551 + -12.2  -3.31175   AATTGTAAAATAAAA TCTAGTAGGATGGAGAATGT AGTATC ATATTCTCCATCCTATTAAA ATTTTCTAATATATA  95 127
    CLD_1707 3070613 .. 3070633 +  -5.5  -5.47431   TTGATATTGAAGAAT            GTATAGTTT CGC AAACTTTAC            TTTTTTCTGTATTCA  82 247
    CLD_1703 3073466 .. 3073506 + -18.7  -4.30719   GTAAGTCATTTATAA  TAACTATCATTTTTAGTGC CTG GCACCAAAAATGATAGTTA  TTTCTTATAAAGACC 100 26
    CLD_1700 3077172 .. 3077185 +  -6.7  -2.99471   TCTGCACCTTGAAAA               GTAGC ATTA GCTAC                TGTATCTGCCACTGG  61 197
    CLD_1694 3081421 .. 3081433 +  -3.4  -4.17491   TGGAAAAAATAAAAA                TTCC TTTGT GGAA                TTTTACACATTTAAT  54 29
    CLD_1693 3082762 .. 3082785 +  -5.4  -4.35327   AATTGTAACTAGTTT          TTTAACAAAG CTTT CTATGTTAAA           TTTAATTTTTCATAG  66 51
    CLD_1692 3083316 .. 3083331 +  -3.4  -5.02606   CAAATCATTTATAAA              TTATTT TACT AAATAA               TTTTATTATTTAGTA  65 48
    CLD_1685 3087353 .. 3087374 +  -2.3  -4.03179   TAATTAATCATCTCC           TTACCATAG TTTC TTTTGGTAA            TTTAATTATAATCTA  50 462
    CLD_1681 NONE
    CLD_1680 3093569 .. 3093626 +    -3  -5.49579   AATTAATGAAGATTA AAGCAGATATAAGCTAAGATGCAAT AAATTTAAA ATCGC-TCTTAACTTGTATCTGCTC TTTTATTTTTTATCC  70 167
    CLD_1674 3101105 .. 3101121 +  -5.3  -3.07439   GTCACTATAACCAGC              TATTAAA CTT TTTAATA              TATAATCTTTTTATA  55 227
    CLD_1670 3107777 .. 3107803 +  -2.5  -3.01915   TATTTATAAATTAAA        GC-AAAAATATG ATTC TATATTTTTAGC         CTATTTTTCTAAAAG  41 50
    CLD_1669 3109337 .. 3109357 +  -6.9  -4.42513   GCTGCTATAACACAA            GTGGAATAA GCT TTTTTCCAC            TTTATGTTTGTACTT  76 438
    CLD_1652 NONE
    CLD_1651 NONE
    CLD_1650 NONE
    CLD_1649 NONE
    CLD_1648 NONE
    CLD_1647 NONE
    CLD_1646 3139369 .. 3139379 +  -2.6  -4.67755   ACCTTTTAATTCTAA                 TTTA AAA TAAA                 TTTTTACATAACTAT  57 16
    CLD_1645 3140624 .. 3140652 + -10.5   -5.1286   TAAATAAATAAAAAA        TCCTAGTTCATTT AAT AAATGAATTAGGG        TTTTTCTACTTTTTA 100 34
    CLD_1644 3141109 .. 3141130 +  -6.1  -3.73512   TTTTGTTATTTGAAA           TATTATTTT ATTT AAAATAATA            TTATATATTAATTAT  65 49
    CLD_1643 3142096 .. 3142111 +  -4.8  -4.76963   AATTATTATCTTCCA              TTTTCT TTTT AGAAAA               TTTTATATTCTCTAG  71 336
    CLD_1633 3158949 .. 3158962 +  -6.7  -3.52192   GTAAAAAAAGTAGAA               CCTCT ATTT AGAGG                TTCTATAAAATTAAA  66 37
    CLD_1624 3167474 .. 3167499 + -16.3  -5.03405   TTATTGTGTTTTCAA         CTCCCCTTAAG GTTA CTTAAGGGGAG          TTTTTATGTGCTATT 100 407
        ribB 3168559 .. 3168589 +    -4  -3.19522   CGTCCTGTGGCAGCA       GAGCTAAGTAAACA TCC TGTTTACTTCACAC       TTAAATATTAGCTCA  48 155
    CLD_1621 3170565 .. 3170575 +  -2.6  -2.78015   GAAATTTTATATTAA                 TTTT AAT AAAA                 GTTTAAAATAATTAG  40 26
    CLD_1620 NONE
    CLD_1619 3171715 .. 3171751 +  -4.6  -5.10154   TGCAAGCATACAAAA   GCTATGAAA-TTAAGGT ATTA ACCCTATTTTTCATAGC    TTTTTCATTTTAAAT  73 106
    CLD_1614 3178756 .. 3178779 +    -2  -4.54306   TTATTTCTTCTATCT          TA-AATATAAA ATT TTTATATTCTA          TGTTTTTTTCTTCAG  58 181
    CLD_1605 3189723 .. 3189752 + -10.9  -2.95322   AGCTTTCCAACACCA       GTTTGGTCTATTC TTTG GAATGGATCAAAC        TCATATATTTTTTTA  83 290
        rpsT 3217149 .. 3217178 +  -7.3  -5.89659   TTATTATTAATAATT       CTACTTCTGTT TGCGTATT AACGGAAGTAG        TTTTTATTTTTTTAT  95 92
    CLD_1571 3225257 .. 3225277 +  -4.9  -3.70405   ATACTTTAATAAAAT            TTAATTTTT TTT AAAAATTAG            TTACTTATTTTAGTA  58 274
    CLD_1565 3233063 .. 3233112 +  -6.7  -5.67063   ATATTATTTTTAATA CAAAAGCTATGAAATATAGATTT AATA ACATCTTAATTTCATAGCTTTTA TTTTTTTATGGTAAC  90 28
    CLD_1536 3259337 .. 3259359 +  -6.4  -5.64873   GTAGTAAATAAAAAA           CTTCATCT GCTAAAA AGATGAAG           TTTTTTATTATTCCA  90 54
    CLD_1497 3290855 .. 3290870 +    -4  -3.53224   GATATTAAAATATAG              TTGAAC ACAT GTTCGA               TTTGAGAAAGGAGTC  51 287
    CLD_1496 NONE
    CLD_1494 NONE
    CLD_1493 3295476 .. 3295507 + -14.8  -2.53688   CCCTTTATCTCTAAA      TATATTACAAGCTT AATT AAGCTTGTAATATA       AGTTTGTGTTATTTT 100 427
    CLD_1487 3297343 .. 3297387 + -13.9  -3.90582   GACACGAATACTTAA TAGATAAAATAAGGAAAGCGC ATC GCACTTTCCTTATTTTATTAA TCTTCTTTTTCTATT 100 19
         hpt 3325415 .. 3325437 + -12.2  -5.35815   AAAGAATAATAAAAA           TGTAAAGCTT ATA AAGCTTTACA           TTTTTGTTTAATCTC 100 32
    CLD_1457 3328759 .. 3328800 + -14.1  -4.19953   ATAAAAACAAACAAT AAAAAGAATAAAAACTCCT TCTG GGGAGTTTTTATTCTTTTG  TTTTAGGATTAAATA 100 24
    CLD_1449 3335548 .. 3335585 +  -5.1  -4.98531   TTTTTATAATAAAAA   GCTATGAGTTTAACAATA TAA TATTGC-AAATTCGTAGC   TTTTTAATTTAAAAA  72 57
    CLD_1423 3375465 .. 3375477 +  -4.9  -6.02919   TTATTAAATCTTATA                GAAAA AGA TTTTC                TTTTTTTATTTATAC  93 401
    CLD_1415 3388254 .. 3388311 +  -4.5  -4.86902   ATCAACTATATTTTG TCCTATTACTATTCCAAGGC-CAAC TTTTCTTATC GTTAAGCCTTGGAA-AGTATTAGGA TTTTGTTGTCCTTTA  72 268
    CLD_1413 3389283 .. 3389318 + -15.8  -5.74086   CTTATTATAAAAAAA    TAACCGTACACACATTA GCA TAA-GTGTGTACGGTTA    TTTTTTATTTACTTT 100 3
    CLD_1401 3402580 .. 3402617 +  -4.3  -5.59534   TAGTAAATATAAAAA   TACACATCATAAACATA TAAA TTTGTTTATAACGTGTA    TTTTTTGTTATCCTT  78 131
         asd NONE
        dapA 3416048 .. 3416068 +  -9.8  -3.93038   TTAATGTAATATAAA            GTGTAGAG TTTAT CTCTACAC            TTTACTATTAAGATA  93 32
      dapB-2 3417158 .. 3417174 +  -5.9  -3.67417   GCAGAGCAGAGCTAA              GTAAACG TCC TGTTTAC              TTTACGCTTAAATAT  65 164
    CLD_1380 3419778 .. 3419835 + -12.5  -5.60556   ATTAATTTATTTAAA TATAC-TTGAGAATAGTATGTACAACTT AAA AAGTTGTACATACTATTCTTTATGCATG TTTTTCTTTTATATT 100 92
    CLD_1376 3422762 .. 3422788 + -10.3  -3.00342   ATTATAATACTAAAA         TACCTGTAGGT TCTCC ACCTATAGGTA         TGGATTTTTTATTGT  85 42
    CLD_1374 3424529 .. 3424539 +  -5.4  -5.69793   CTAAGGCTAATATAA                 CTGT AAT ACAG                 TTTTTTATTTGATGT  91 522
    CLD_1362 3442220 .. 3442233 +  -2.4  -3.97602   ATTTAGAACTACTTA               GCAA AATGAA TTGC                TTTATGAATGTATTA  48 282
    CLD_1360 NONE
    CLD_1359 3448505 .. 3448540 +  -8.6  -5.81412   AATTTTTTATTTTAA    TAGGTCTATTTAGAAA TTTT TTTCTGAATAGATTTA     TTTTTTTTGCATAAA 100 45
    CLD_1358 3449064 .. 3449095 + -11.8   -4.6902   TTAATCTATATAAAA      TGCTAGTAACTTTT ATAT AAAAGCTACTAGCA       TTTTTACCATTCTCC 100 113
    CLD_1354 3453195 .. 3453205 +  -2.6  -3.44622   AAGAAACTTATGTCT                 TATT TTA AATA                 TTAATTCTAAAAATA  44 11
    CLD_1353 NONE
    CLD_1352 3454568 .. 3454596 +  -4.5  -4.11897   TTTATAAAAAACTAG        GGGTAGAACTTAT AGA ATAAGCTCCCCCC        TTTATATAAATTTGT  59 6
    CLD_1341 3467293 .. 3467306 +  -3.1  -3.67597   AGATTTTGTTGTTAA               TGTTC AAAA GAACG                TTCTTAAATAAGAAA  50 1
    CLD_1340 3468489 .. 3468513 + -11.6  -5.52347   AAATAATTTTTTGGA          TGAACACCTA ATTAA TAGGTGTTCA          TTTTTTAATTTTATT 100 35
    CLD_1338 NONE
    CLD_1337 NONE
    CLD_1336 3472061 .. 3472089 +  -8.9  -5.32599   ATGAAATAAAAAAAA        CAACAGAGCACTT AAT AATGGCTCTGTTG        TTTTTATATTTTATC 100 43
    CLD_1320 3488192 .. 3488216 + -10.1  -3.71552   CTAAAGGATAACGAC          TTCTAAGGAGT AAA ACTCCTAAGAA          TTCTGTTAATAAGCT  90 168
    CLD_1312 3498080 .. 3498118 + -13.6  -3.17586   CAGAAAATTAGTAAT   TAATAAGCACTTAAAT CTATCTA ATTTAAGTGCTTATTA   TATTGCTACCTTAAT 100 30
    CLD_1310 3500467 .. 3500492 +  -7.1  -2.52795   TGGGGGGTTGTTGCA         TCAAATATATA AATT TATATGTTTGA          TGCATTAGGGAGATT  62 77
    CLD_1260 3528157 .. 3528203 + -21.4  -5.13473   CTTTATATACACTTA AAAATTAATATGAGGATATTGC AAT GCAATATCCTCATATTAATTTA TTTTTTGGATATAAT 100 18
    CLD_1259 3528473 .. 3528492 +    -8  -3.11291   TTTTCTTTATAATAA            TATTACCA TCTA TGGTAATA             TATTGCCCTTGTACC  68 66
    CLD_1246 3544479 .. 3544517 +   -12  -4.08651   ACTATAGAATTAAAA   TAGGATGTCTCAAAAT TAAGGCT ATTTTGAGACATCCTC   TTCTTTAATTAAAAT 100 96
    CLD_1241 3548543 .. 3548553 +  -2.6  -2.75765   AAAATATTCAATCTC                 TTAA ACA TTAA                 ATTGTATATCAAATT  39 206
        ldhA 3550088 .. 3550098 +  -6.8  -3.65832   TCATAAGAATCTAAG                 GCTG CTC CAGC                 TATTTTACCAGATTT  67 446
    CLD_1226 3568908 .. 3568957 + -11.2  -2.53112   TATTATATTAACTAC AAAAATAAAAATAAGAAACTCT ATATAA AGAGTCTCTTATTTTTATTTTC ATTAATACATTCCAT  82 53
    CLD_1222 3571846 .. 3571871 +  -6.3  -4.81752   CATATTGTATAAAAA         TATGAGAAAAT TATA ATTTCCTCATA          TTTTTCCCTATTTTT  76 10
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