CLI_A0001     260 ..     274 +  -3.6  -2.79492   TATATTTAAAGGAGG               TTTTCA TAA TGAAAG               ATTTAAACTTACAAA  45 45
   CLI_A0002     480 ..     499 +  -5.7  -4.43477   TTAACAATAATCAAA            GCAGGGA TTTATT TCTCTGC             TTTTACTTAAATAAA  68 37
   CLI_A0003    1002 ..    1016 +  -8.6  -3.38294   TTTAGTAACTGGCAA               GTTGAC TAT GTCAAC               TATATTTCTATCGAA  74 131
   CLI_A0005 NONE
   CLI_A0006    1910 ..    1952 + -15.4  -4.27617   TAATAAACATTAGAA TATAATGAGCTTAAAAAA TAATTAT TTTTTTAAGCTCATTATA TTTTAGTAAAATCTA 100 38
   CLI_A0009    3606 ..    3657 + -11.1  -3.06509   TTTTTCTAAACAAAT GATTTGGCG-AAGTCAGACTAGCC TTAAT GGCTTGTTTTACTTACGCTAAATC TCTCCTTGTTTAGAG  87 152
   CLI_A0010    4167 ..    4187 +  -9.7  -5.18726   CTGAATTGTATACTA            CAGGGTGCT GGC AACACCCTG            TTTTTATTATACGCA 100 105
   CLI_A0011    5361 ..    5405 + -16.8  -3.32993   TATTAAATCAAAAAA GTCACCAGATACCACA-AC TTAAATTT GTCTGTGGTATCTGGTGAC TTCATGTATAAATAA 100 47
   CLI_A0014    8003 ..    8021 +    -9  -2.84812   AAAATATCTCCTTAA             TGTAGATA TTA TATCTACA             TCTAATGATATCCAT  73 296
   CLI_A0016 NONE
   CLI_A0017    9931 ..    9954 +  -8.9   -4.6856   AAAAATAAATAAAAA          GCTCTCACA TTATAT TGTGGGAGC           TTTTTAAAGTATTTC  89 33
   CLI_A0024 NONE
   CLI_A0023   13632 ..   13664 - -15.3   -5.0916   CCTCTAATATAAAAA      GTAAGATTAAAAATA GTT TATTTTTAATCTTAC      TTTAATGTATTTCTT 100 79
   CLI_A0022   12749 ..   12769 -  -6.1  -5.38326   TTAACTAAACAAAAA            GGGAGTATA TTA TGTACCCCC            ATTTTTTAAATTTAT  83 37
   CLI_A0021   11136 ..   11155 -  -3.6  -2.66991   CCCATAATATAATAC            GAACGTTT CAGT AAACACTC             TATTAATACTTATTA  44 28
   CLI_A0020 NONE
   CLI_A0019 NONE
   CLI_A0018    9931 ..    9954 -  -6.7  -5.63012   AAAAATAAATAAAAA          GCTCTCACA TTATAT TGTGGGAGC           TTTTTAAAGTATTTC  88 66
   CLI_A0015    7994 ..    8031 -  -3.7  -3.92746   TTCATCCCAAAAATA   TCTCCTTA-ATGTAGATA TTA TATCTACATCTAATGATA   TCCATAAATCTTTAC  54 459
   CLI_A0013    6683 ..    6695 -  -4.9   -5.3236   ATAACTTATAAAAAA                TAAGT TAT ACTTA                GTATAATTGTTGATA  77 147
   CLI_A0012    5361 ..    5405 - -16.8  -5.40004   TATTAAATCAAAAAA GTCACCAGATACCACA-AC TTAAATTT GTCTGTGGTATCTGGTGAC TTCATGTATAAATAA 100 226
   CLI_A0008    2399 ..    2409 -  -2.6  -4.09739   TTAATCCTCCCAAAA                 TAAA TCA TTTA                 ATGTCTTATTAAGTA  51 0
   CLI_A0007    1902 ..    1960 - -11.6  -4.38927   CTGGCAGATAATAAA CATTAGAATATAATGAGCTTAAAAAA TAATTAT TTTTTTAAGCTCATTATATTTTAGTA AAATCTATATTTTAG 100 30
   CLI_A0004     975 ..    1000 -  -9.1  -3.05624   TAACGAAAAATATGA         TGCCATTTACT ATTT AGTAACTGGCA          AGTTGACTATGTCAA  74 197