GenomeDiagram

GenomeDiagram Draws a Genome Context of Multiple Genomes and Cross Link Genes on the basis of Protein Blast

Zip file of Genomes in Genbank format:


Alignment table

Indicates order/orientation/area of the genomes [Tab delimited]
For whole genome alignment; fill 0 for start/end.
Maximum region size is 100kb and max 10 genomes

Optional: Color table

Contains color of one or more genes
Tab delimited text: Locus [tab] Color

Default gene color



Default color = grey

Crosslink Color



Default color = firebrick




Available colors:
black  navy  darkblue  mediumblue  blue  darkgreen  green  teal  darkcyan  deepskyblue  darkturquoise  mediumspringgreen  lime  springgreen  aqua  cyan  midnightblue  dodgerblue  lightseagreen  forestgreen  seagreen  darkslategray  darkslategrey  limegreen  fidblue  mediumseagreen  turquoise  royalblue  steelblue  darkslateblue  mediumturquoise  indigo  darkolivegreen  cadetblue  cornflower  mediumaquamarine  dimgray  dimgrey  slateblue  olivedrab  slategray  slategrey  lightslategray  lightslategrey  mediumslateblue  lawngreen  chartreuse  aquamarine  maroon  purple  olive  gray  grey  skyblue  lightskyblue  blueviolet  darkred  darkmagenta  saddlebrown  darkseagreen  lightgreen  mediumpurple  darkviolet  palegreen  darkorchid  yellowgreen  sienna  brown  darkgray  darkgrey  lightblue  greenyellow  paleturquoise  lightsteelblue  powderblue  firebrick  darkgoldenrod  mediumorchid  rosybrown  darkkhaki  silver  mediumvioletred  fidred  indianred  peru  chocolate  tan  lightgrey  thistle  orchid  goldenrod  palevioletred  crimson  gainsboro  plum  burlywood  lightcyan  lavender  darksalmon  violet  palegoldenrod  lightcoral  khaki  aliceblue  honeydew  azure  sandybrown  wheat  beige  whitesmoke  mintcream  ghostwhite  salmon  antiquewhite  linen  lightgoldenrodyellow  oldlace  red  fuchsia  magenta  deeppink  orangered  tomato  hotpink  coral  darkorange  lightsalmon  orange  lightpink  pink  gold  peachpuff  navajowhite  moccasin  bisque  mistyrose  blanchedalmond  papayawhip  lavenderblush  seashell  cornsilk  lemonchiffon  floralwhite  snow  yellow  lightyellow  ivory  white  fidlightblue