HKO16_RS19195 NONE
HKO16_RS19200 NONE
HKO16_RS19210 NONE
HKO16_RS00010 NONE
HKO16_RS19215 NONE
HKO16_RS19115 NONE
        recF NONE
HKO16_RS19120 NONE
HKO16_RS19220 NONE
HKO16_RS19225 NONE
HKO16_RS19230 NONE
HKO16_RS19235 NONE
        gyrB NONE
        cybC NONE
HKO16_RS19140 NONE
HKO16_RS19240 NONE
HKO16_RS19150 NONE
HKO16_RS19155 NONE
HKO16_RS19160 NONE
HKO16_RS19245 NONE
HKO16_RS19165 NONE
HKO16_RS00040 NONE
HKO16_RS19170 NONE
HKO16_RS19175 NONE
HKO16_RS00045   12060 ..   12078 +  -8.9   -5.4387   ATTTTGAACTTAAAA             GCCTAGA TTTAT TCTAGGC             TTTTTTGCTTTCTAT 100 44
HKO16_RS19180 NONE
HKO16_RS19185 NONE
HKO16_RS00050   13432 ..   13468 + -16.9  -5.79595   TAAACTTCGAAGACA    GACCCTATATTGATTAT GCT ATACTCAATATAGGGTC    TTTTTTATTTTGAAA 100 69
        erpA   13870 ..   13887 +    -7  -5.32944   TTTTAAATAAAAAAA             CCTCTC TATGAT GAGAGG              TTTTTTACTTATAAG  93 47
HKO16_RS00070   17320 ..   17335 +    -9  -5.95539   TGTAGTGATAGAAAA              GCAGGA GTAA TCCTGC               TTTTTTTATTTCAGA 100 47
HKO16_RS00075 NONE
HKO16_RS00080 NONE
HKO16_RS00085   20035 ..   20086 +  -8.4  -3.99678   TAAGATAAGTTCGGA TTACAGAAATTAGTAAATAAAGAT TGAG ATCTTGGTTTATTAACTTCTGTGA TTTCATTATCACGGT  79 46
HKO16_RS00090   23366 ..   23376 +  -5.4  -3.53761   TTCAATTCAGCCCAG                 TCTG TTA CAGA                 TTTGGAAAACGCTTC  58 126
         rrf   23560 ..   23587 + -16.4  -5.71712   GCTCATTATTCTAAA        CACCCCAATCTC AAAA GAGGTTGGGGTG         TTTTTTTATGTGGGA 100 38
HKO16_RS00100   24290 ..   24306 +  -9.5  -5.36441   TGGTTGAATAAAAAA              GAACTCT TAT AGAGTTC              TTTTTTATATGGAGA 100 30
HKO16_RS00110 NONE
HKO16_RS00115   27320 ..   27336 +  -9.4    -5.626   GATCTAGTAAAAAAA              GCAGGC ATAAC GCCTGC              TTTTTTTATGCAATC 100 47
        ilvD   31816 ..   31858 + -12.3  -5.43414   ATTGAGTAGGAAACA TGCACCCATTAACACGATGA ATTG TTATCATGTTAA-GGGTGCA TTTTTTATGTCTGGT 100 58
HKO16_RS00135 NONE
HKO16_RS00140 NONE
HKO16_RS00165 NONE
HKO16_RS00170   44687 ..   44711 +  -2.9  -2.97676   TCCAATATAGTAGCA          CCTGTCTTT ACACAAA AAATACAGG          ATTATTTCGCTGCAT  43 85
HKO16_RS00175 NONE
        dnaJ   46391 ..   46415 +   -13  -5.08601   AGAAATTAAAAAGAA          GGCGGATATT GATAA AATATCCGCC          TTTTTATTGCGCTGA 100 55
        dapB NONE
HKO16_RS00195   48549 ..   48566 + -12.7  -5.85737   AATAAGCTAAAAAAA             GCGCCTG ATCT CAGGCGC              TTTTTTTATTAGTCT 100 40
HKO16_RS00210   51781 ..   51804 +  -8.9  -3.28857   TTGATAATGAGAAAT          CGCACTGGT CTCGTC ATCAGTGCG           TTGCTCCATTTTGTA  72 210
HKO16_RS00225   53929 ..   53940 +  -4.4  -3.21354   ATTTCACAGCCCCAC                GCTT TAAG AAGC                 TTAATGGCTATATGA  51 485
HKO16_RS00270   59393 ..   59429 +  -4.4   -4.8622   ATATCGAAGATTATG   TGGTGCGTTGGGTGCGT TAAT ACGCTCCCGATG-AGCA    TTTTTAATTACAGCG  70 6
HKO16_RS00275 NONE
HKO16_RS00280   62053 ..   62081 +  -9.8   -3.4247   ACAACGCAGATGGCA       GCAGG-AACAATA GTTT TATTGTTTCCTGC        TATTGTTCCAATTCT  80 13
        pncA NONE
HKO16_RS00315   67866 ..   67886 +  -7.6  -5.27335   TACATGACAAAAGAA            GGCCAAAC AGATA GTTTGGTC            TTTTTATTTAAAGCA  91 55
HKO16_RS00320   69442 ..   69456 +  -7.8  -2.82516   CACTTCAAAACCATG               GCGCTG TAA CAGTGC               TGTGGTAATCCCAAC  62 109
        hppD   71446 ..   71485 + -15.4  -2.54098   TGCTTTGTCTCTAAT  CTA-AAAAAAACCAAGAGC AAG GCTCTTGGTTTTTTTATGG  CTATTGATTAGCGGC 100 45
HKO16_RS00355   76836 ..   76853 +  -9.9  -6.28401   GTTAGAAGCTAAAGA             GGACGTA TAAA TACGTCC              TTTTTTTATTTTTTA 100 51
HKO16_RS00360   77727 ..   77741 +  -5.8  -3.93216   CTTGATCAATAGTTA               TGTTAT AAC ATAACA               TTATTGTGGTTTAGA  64 95
HKO16_RS00365   79070 ..   79094 +  -5.7  -5.43621   TGATCGCTTAATAAA          AAAGCCCCT ATTTTCA AGGGGCTTA          TTTTTTATGATTTAT  86 30
        hutC   81305 ..   81321 +  -4.5  -3.14211   TATCTCGAAGGGAAA              TTTAATC CAT GATTGAA              TTGATCAGGGCCGAT  50 14
HKO16_RS00380   81914 ..   81940 + -10.3  -5.71712   TTTACTGATTAAAAA         GCACATGTCTT GTTAG AAGATATGTGC         TTTTTTTATGTCAAC 100 51
        hutU NONE
        hutH NONE
HKO16_RS00395   86928 ..   86954 +   -16  -3.55563   AAGCTAACAAATTAG         CTGCCCAATAGT TTT ACTGTTGGGCAG         TTTCGAGGATAGGCT 100 34
HKO16_RS00400 NONE
        hutG   89137 ..   89161 +  -7.2  -5.89947   TGTAGAAATGAAAAA         GTGCAC-TGAG ATCG CTCATGTGCGC          TTTTTTTTGACTTTC 100 55
HKO16_RS00410   91207 ..   91227 +    -9  -3.53444   AAAATCGAAATTTGG            TCAGGTCC TTGTT GGGCCTGA            TTTAAAAACCGATAG  78 45
HKO16_RS00415 NONE
        murI   92807 ..   92821 +  -4.2  -4.10085   CACTGACATAGATTT               TTGGGG CTT CTCCGA               TTTAGTTAATTTTTG  59 84
        serB  105895 ..  105914 +   -10  -5.60993   GTGAACAATCATTAA            GCGCTGCT CAAG AGTAGCGC             TTTTTTTATGCAGAA 100 47
HKO16_RS00485  106645 ..  106661 +  -8.7  -5.63517   TCTAACGGTAAAAAA              GGTATGC ACA GCATGCC              TTTTTTATTTACGAA 100 52
HKO16_RS00490  107367 ..  107380 +  -8.1  -5.77988   AGATCTAACAAAAAA               CTCCC GTTC GGGAG                TTTTTTTATATCTAT 100 40
HKO16_RS00500 NONE
HKO16_RS00505  110226 ..  110238 +  -4.9  -2.53995   ACAATGCTTTCAGCT                TTATG AAA CATAA                TCAATTGCAATAGAT  50 77
        pncB  111582 ..  111618 +   -14  -3.78022   CTTGAGAATTTTAAT    ATCTGATTTTCTGCTA AACAC TAGCAGAAAATCAGAG    TTTGATAGATATAAG 100 78
HKO16_RS00515  112511 ..  112521 +  -2.4  -2.54586   AGTCCTATCATTACT                 GGAG AAT CGCC                 GTCTTGAGTTTTACA  40 8
         psd  113378 ..  113436 + -28.9  -3.66117   GCCATACGCTTTAAC CC-ATCCATAGAAAATAAAAAAGAGAGC ATTT GCTCTCTTTTTTATTTTCTATGGATTGG TATTTCTATGCTTAA 100 27
HKO16_RS00525  114817 ..  114837 +    -9  -5.19879   AAATGCTACAAAAAA            GCCGACTT TTCAT GAGTCGGC            TTTTTATATTTGAAA  95 49
HKO16_RS00545  118915 ..  118930 +    -9  -5.63504   GTTTAAAAGAAAAAA              GCCATC AATT GATGGC               TTTTTTTATAAGGTT 100 42
HKO16_RS00575 NONE
HKO16_RS00580  126393 ..  126410 +  -7.7  -5.68039   AAAGTAATTAAAAAA             GCTCAAC TTAA GTTGGGC              TTTTTTTATAACTTT 100 45
HKO16_RS00595  132388 ..  132398 +    -4  -3.64822   GTATAAATGGAAAGT                 GATT ACT AATC                 TTTAGATGGAAACAT  53 266
HKO16_RS00630  138779 ..  138799 + -11.3  -2.95068   AGAGATTTATTTACA            GTCTTATAC ATA GTATAAGAC            TGTATAAATATATTC  86 40
HKO16_RS00640  142929 ..  142948 +  -6.6  -4.25676   TTAACAAACATACAA            TTTTGAAA CATT TTTCAAAA             TTTTAAACTTTGGTT  74 199
HKO16_RS00645  143992 ..  144006 +   -10   -5.4505   AGATAAAGATAAAAA               GCCCTT AAA AAGGGC               TTTTTTATTACCAAG 100 35
HKO16_RS00675  147334 ..  147344 +    -4  -2.62642   AATCTCAAAACTGCA                 CTTT TTT AAAG                 CTTGTAAGTAATGAT  46 17
HKO16_RS00680 NONE
HKO16_RS00685  149827 ..  149843 +    -8  -4.40221   AACTTAATAAAAAAA              CTGCTC TTAGT GAGCAG              TTTTAACTTTCATTT  85 34
HKO16_RS00700 NONE
HKO16_RS00705 NONE
HKO16_RS00710  151866 ..  151890 +  -9.5  -5.40072   CAATTGGAGAAGATC          TAAGTAGACTT CAA AAGTTTACTTA          TTTTTTTAAAAAGGA 100 19
HKO16_RS00715 NONE
HKO16_RS00720 NONE
HKO16_RS00725  153258 ..  153274 +  -5.9  -2.77503   GTTGTAAATAGTAGA              TGGGATT ATT AATTCCA              TACTTAGATACTTAT  55 14
HKO16_RS00730  153590 ..  153604 +  -5.7  -4.01025   CATTTGTATCAATCT               TACCC CTTAT GGGTA               TTATATTTATTGTCT  67 88
HKO16_RS00820 NONE
HKO16_RS00825 NONE
        tadA NONE
HKO16_RS00835 NONE
HKO16_RS00840 NONE
HKO16_RS00845 NONE
HKO16_RS00850  179640 ..  179650 +    -4  -4.36914   CTATAAAATAATTCC                 TTCA AGG TGAA                 TTTTATGAAAACCAA  62 92
HKO16_RS00855 NONE
HKO16_RS00860 NONE
HKO16_RS00865 NONE
HKO16_RS00870 NONE
HKO16_RS00875  183723 ..  183738 +  -4.8  -5.40474   AAATGTCTAATTAAG              TTTTCA TAAA TGAAAA               TTTTTTTGGAAAAAT  82 27
HKO16_RS00880 NONE
HKO16_RS00885  185635 ..  185674 +   -14  -3.10611   AATAAGCGTTCATCA  GTAATAAAAAAGAGATCT TTAT AGATCTCTTTTTTATTAG   ATTTGTTAGGGTAAA 100 36
HKO16_RS00930  194169 ..  194187 + -11.7  -4.82154   AAACCAAAAAAAGAA             GGCCGGT TATGT ACCGGCC             TTTTTACTATCAGTT 100 49
HKO16_RS00940 NONE
HKO16_RS00945  198314 ..  198339 +    -9  -3.02461   AAGGCAATCTATATA         CTTGGCGTGG TAATCT TCGCGCCAAG          TATTGAAAAAAGTTA  74 46
HKO16_RS01020  221952 ..  221969 +  -9.9  -6.02914   TTGTGTAAATAAGAA             GATCCCA AATA TGGGATC              TTTTTTTTATGTGAG 100 33
HKO16_RS01025  223833 ..  223843 +  -2.6  -2.73771   AATTTAACATTCCAT                 TAAA ATA TTTA                 CTTTAAAACATATAG  40 34
HKO16_RS01030  224220 ..  224239 +  -7.9   -5.4251   TGATGTATAAAAAAA            GCCTAGT TCATAT ACTAGGC             TTTTTTCTATCTAAA 100 41
HKO16_RS01095  232538 ..  232588 +  -9.5  -4.55759   TAAAACTTGTTATTA TTGTACAAAGTACATTTAAAATTA TAAT TAATTTTAT-TGTTCTTTGTACAA TTTATTATTAATTTT  93 62
HKO16_RS01100 NONE
HKO16_RS01105  235209 ..  235233 +    -3   -3.9693   TCAATAGGTTGTCAC          TCTAATTTCA CACAA TTAAATTAGA          TTATTTACATAAATA  55 115
HKO16_RS01110  236251 ..  236266 +  -3.3  -4.81249   AACATAAATCGAATA              CCATA TTTTCT TATGG               TTTTTAGATTTCCAG  67 515
HKO16_RS01125 NONE
HKO16_RS01130  239947 ..  239957 +  -5.4  -3.67175   ATTAGAAATATAAAT                 CTCA GCC TGAG                 TTAATTTTGCGAAAT  59 11
HKO16_RS01135 NONE
HKO16_RS01140  242546 ..  242573 + -11.5  -3.70919   TTGAAGCACTTAAAA        TAATGATCAGC GAGTTA GCTGATCATTA         TTATTGAGATTTCAG  93 42
        glnK NONE
HKO16_RS01185  251489 ..  251536 + -15.8  -5.74122   TTCTTATATCAAAAA CAGTCTTGTGCTGTGATCAAAGC GAT GCTTTGATCTCGG-ACAGGGCTG TTTTTTTGTCTCATA 100 51
        nrdR NONE
        ribD NONE
HKO16_RS01200  254510 ..  254524 +  -2.1  -2.79581   AGATTTGGAGATTGA              GCCATG TTTA CA-GGC               ATTATTGAAAGTTTA  41 65
HKO16_RS01205  255191 ..  255221 + -11.4  -4.15106   TTTAAATTGCCAAAA       TAAAAAACCGGA CATACGT TCCGGTTTTTTA       TTTTAAAAATTAATG 100 44
        lptF NONE
        lptG  260485 ..  260507 +  -5.7   -3.0634   TAGGAAAAAATAGAG          TCTTCACCGA AAAT TCGGT-AAGA           TATTGCGATGAAATT  57 91
HKO16_RS01240  262067 ..  262079 +  -4.9  -2.75647   CTGAAATGCAAGGTC                GTAAT CTC ATTAC                ATTGTCTGCTTAAGC  50 0
HKO16_RS01245  263499 ..  263510 +  -3.6  -4.33956   TTACGACTTGAGGAG                CCGC CACA GTGG                 TTTGTATGTTTTGAG  62 232
        pbpG  268234 ..  268251 +  -9.9  -5.63504   AATTATTTTTAAAAA             CGCTTCT TTTA AGAAGCG              TTTTTTTATGCCATT 100 44
HKO16_RS01290  273348 ..  273362 +  -5.7  -3.19293   AGAAGAAGGAGTACC               CGCAT GAGTG ATGCG               TTACGTATTGCCCTT  59 19
HKO16_RS01295 NONE
HKO16_RS01300  275505 ..  275521 + -10.9  -5.02074   TGTTTCGTATAAAAA              GCCATCA TAT TGATGGC              TTTTTTACGCACTGA 100 54
HKO16_RS01305 NONE
        ftsW  278219 ..  278249 + -15.7  -4.10188   AACCATGAAGCGTTA       TAAAAAGCCCGAT ATCAA ATCGGGCTTTTTA       TTATTTATAGATATG 100 40
HKO16_RS01345 NONE
HKO16_RS01350  286338 ..  286348 +  -2.6  -5.19251   TTTTACTGGCTTGAG                 TTTA AAT TAAA                 TTTTTCTTAGTCTTA  69 52
HKO16_RS01355  287825 ..  287841 +  -4.3  -3.19192   TCATTTTATCCCTGC              GCCATCA TGT TGGAGGC              TTCCCTTGAGTCCGA  52 112
        phoU  288593 ..  288611 +  -9.6  -5.31158   CTGAGATATTTAAAG             GCCTTGTT TCA GACAAGGC             TTTTTCATTTTTTTA 100 49
HKO16_RS01375 NONE
HKO16_RS01380 NONE
        hemC NONE
HKO16_RS01390 NONE
HKO16_RS01395  295173 ..  295192 +  -2.1  -2.50982   GGCTCATAAGGAGGA            CACATGA AGCATC TCCTGTG             GGTTTACTTTTTAAT  39 32
HKO16_RS01400 NONE
HKO16_RS01405  296988 ..  297002 +  -7.2  -2.75844   GTATTATTTGAATGG               CTTTGT TGC ACAAAG               ATTTGAAATGCAAAG  62 196
HKO16_RS01415  298406 ..  298425 +   -10  -5.93252   ATTGCCTCTTAAAAA            GCCAAGCG ATTC TGCTTGGC             TTTTTTATTTTTAAA 100 45
        gspN NONE
HKO16_RS01425 NONE
        gspD NONE
HKO16_RS01435  303308 ..  303326 + -10.3  -5.10154   TGCTTTTACAATCAA             GGCATGC TAAAC GCATGCC             TTTTTAATTTTGAGT 100 49
HKO16_RS01440 NONE
        trpE  305628 ..  305649 + -11.7   -3.1634   TTTTATGAGTTTTTA           GCGGTTTTT TTAA AAAAACCGC            TTGCATCGTTTGGAA  89 33
HKO16_RS01450 NONE
HKO16_RS01455  305943 ..  305954 +  -4.4  -2.93073   ACCACCATCTCTAAA                CTTC GAGT GAAG                 TGGTTATTACCAACG  49 34
HKO16_RS01460 NONE
HKO16_RS01465  306178 ..  306195 +  -7.7   -4.1964   CAAAGTTTTCAAAAA             GCAGGCT ATAT AGTCTGC              TTTTCAAGTATTAGG  80 68
         tuf  307514 ..  307543 + -13.7  -3.92869   GTGACGAATTACGTC       TCAAGTTGAGAGC TTTG GCTCTCAACTTGC        TTTATAGGTCAGTAG 100 51
HKO16_RS01475 NONE
        secE NONE
        nusG  308701 ..  308717 + -12.3  -3.01208   AATTGGTTGAAAAGC              GCCCGAT TTT ATCGGGC              ATTGTTGTTGTAACA  90 45
        rplK NONE
        rplA  309974 ..  309990 +  -5.2  -3.25604   GGATTAAGCATAAAA              CAGAAA AGTTA TTTCTG              CTTTTGCTTCGGTAG  56 82
        rplJ NONE
        rplL  311197 ..  311222 + -11.9  -4.74504   TCGGCTCCATAAAAT         GGCTGATGGCT CTTG GGTCATCAGCC          TTTTTGCGTTACAAT 100 65
        rpoB  315553 ..  315567 +  -2.8  -5.08824   AAAATGGTGACTAAG               TCGTAA GAC TCACGA               TTTTTTAGGTAAAAA  66 27
        rpoC  319852 ..  319867 + -11.8  -5.24129   AACTTGCATTAAAAA              GGCGCC TTAG GGCGCC               TTTTTTGTGGAAAAA 100 46
HKO16_RS01520  320389 ..  320414 + -10.6  -5.43487   AACTATATTAAAAAA         GAAGCTCTTA TTTCAT TAAGAGCTTC          TTTTTTATCTGCTTT 100 51
HKO16_RS01525  320953 ..  320972 + -12.2  -4.71426   AAGTGAAATGAAAAA            TAAGCGCC TTCA GGCGCTTA             TTTTATTAGTAGAAG 100 45
HKO16_RS01535  322490 ..  322535 +  -2.8  -5.16132   CAAAACTGGTAATTC GGCGATATT-T-TCGGCTTCAT AGAG GTGAATCTGGTAGAATATCGCC TTTTGTTTTGCTCTG  69 60
HKO16_RS01540  324008 ..  324044 +    -9  -5.69473   AAATACTAAATAAGA   CCTCCTTAGTT-TTATC TAGA GATAATGATTAAGGAGG    TTTTTTTATGGTATA 100 49
HKO16_RS01545  324939 ..  324961 + -11.4  -5.68438   ACCTAGATTCAGGCA           CCTCACATAG TTT TTATGTGAGG           TTTTTTATTTCATGG 100 74
HKO16_RS01550 NONE
        htpG  327466 ..  327485 +   -10  -5.28176   TTTGCAATAGAAAAA            GCCTCTGA ATTA TCAGGGGC             TTTTTTGTGGATAAA 100 42
HKO16_RS01575  331947 ..  331957 +  -2.6  -3.96999   TTTTAATTTTCTTAA                 TATT TTC AATA                 TCTTTTTGCGTATAA  55 277
HKO16_RS01585  332798 ..  332833 + -14.3  -3.78351   AAATGTTAGAAAATT    GAT-AAAAATCCCCGC ATTGA GCGGGGATTTTTTATC    TTTACTGAAATTTGT 100 24
HKO16_RS01595  334350 ..  334380 + -12.7  -3.54129   GTTTAAAAGGCCGAT       AAAAAATCCCCGC ATTGA GCGGGGATTTTTA       TTTAAGAAGAATCTG 100 24
HKO16_RS01600  337395 ..  337413 + -11.7  -5.82172   ATAAAAACATAAAAA             TCCCCGC ACATA GCGGGGA             TTTTTTTATCTTGGT 100 37
        lpxO  342265 ..  342278 +  -9.5  -5.65177   GTGTTTTAATGAAAG               CGCCC GAAA GGGCG                TTTTTTTATAGGTAT 100 32
HKO16_RS01620  342983 ..  343000 +  -5.5  -4.24404   ACGACACACTTTGTC             GGGCTAG TTTC CTATCCC              TTTTCAAATTTAGGT  66 47
        uvrC  344886 ..  344899 +  -5.3  -3.02511   ATTTATAAAATTTTG               CATGA GTAG TCATG                TCTTGAGAAGATGAG  54 17
HKO16_RS01630  345802 ..  345813 +    -3  -3.07113   AAACTGTTACGGTAT                TTAC CTAA GTAA                 TCTACTTTCTCGATT  45 18
        pgsA  346536 ..  346554 +  -8.9   -5.4505   AAAAGATTTTCAAAA             GCCTTTC CTTGC GAAAGGC             TTTTTTATTGGAAAG 100 46
HKO16_RS01640 NONE
HKO16_RS01645  348131 ..  348151 +  -3.9   -3.7732   TTGGGCAAGAAAAAA            GCCCATGAT GGC AACATGAGC            TTATTCCTCTGAGGG  56 55
HKO16_RS01655 NONE
HKO16_RS01660 NONE
HKO16_RS01665  352935 ..  352951 +  -9.5  -5.86976   AAACTCAATAAAAAA              GCATGTT TGA AACATGC              TTTTTTATTTTATGG 100 56
HKO16_RS01685 NONE
HKO16_RS01690  357618 ..  357641 + -10.4  -5.77571   CTATGCCCAAAGAAA          TCCTGTGAAG TTGG CTTTACAGGA           TTTTTATTTTTTGCT 100 66
        rlmB  358408 ..  358423 +  -3.2  -3.02324   CTTTATGAAGCTTGT              CGTCAG CGTT CTGAGG               TATAATTTAGCTGCC  45 5
HKO16_RS01700  359836 ..  359848 +  -9.1  -4.64598   GTTGAATTTTTTGAA                GGGCA GGT TGCCC                TTTTTCAACTACTTC  88 480
HKO16_RS01725  364898 ..  364909 +  -2.2   -4.6265   CAAATAACGAGGATA                GGGT ATGC ACTC                 TTTTGTACTTGTTGT  59 34
        secG  365234 ..  365249 +  -3.3  -4.19238   AACTGGCCAATAATT              GGAAA TAAGAC TTTCC               TTTTGGAATTGAAAG  58 28
HKO16_RS01735 NONE
HKO16_RS01740  365564 ..  365578 +  -8.5  -5.57396   TTCTGTGCTATATAG               GGGCG ATTAA CGCCC               TTTTTTATTGGTTAT 100 98
        rimP  366214 ..  366231 +  -3.5  -3.29975   ATCGATAAAGCAAAC             TTGATCT ATCA AGATTAA              ATTTATTTAAATTAT  48 8
        nusA NONE
        infB NONE
HKO16_RS01760  370876 ..  370909 + -14.1  -3.18155   GTAATGAAAACTCAA     AATAAAAAAGCCACC TTGG GGTGGCTTTTTTATG      TGTTCAAGTTTTTAT 100 37
HKO16_RS01835  388773 ..  388792 +  -2.2  -5.63236   AAAGCCGCGTTTTCG            TAATTCAT CCCA GTGAATTG             TTTTTGTTTTTGGAT  80 294
HKO16_RS01845 NONE
HKO16_RS01850 NONE
        recD  398615 ..  398644 + -10.1  -5.56264   ACTTACAGCCGCTAA       GCCTTGTAGTTTT GGGA GAGACTACAGGGC        TTTTTTATATTTAAG 100 238
        rpsO  400992 ..  401015 + -14.6  -3.88823   ATTAGGCGATTTATA          GAAGGGGCGC TTGT GCGCTCCTTC           TTTGCGTTTAATATT 100 118
         pnp  403265 ..  403281 +  -7.2    -5.626   TAACTCACTAAAAAA              GTCCGC TTGAT GCGGGC              TTTTTTTATGGCATG 100 46
HKO16_RS01875  404553 ..  404569 +  -2.1   -2.7369   TAAATTTTTATTTCT              GCACGAC TGG GTCTCGC              TAACTTGTTATTTAA  40 38
        gspF NONE
        gspG  414142 ..  414198 +  -6.9  -3.21416   TTAATTAAAATGTAA GAGAGATTATCGATTCGGTTAAT AAGATAAAACA ATAATCCGAATTGATAATCTTTC TTAATCATAAAAATA  63 37
HKO16_RS01920  414768 ..  414796 +  -9.1  -3.69483   AACCGAATTTTTAAA        TAAAACGTAGA CTCAACA TCTACGTTTTA        TGTTTTAACTGGACT  80 52
HKO16_RS01925  415231 ..  415252 +  -5.1  -2.94144   CTATTATAATTTAGC           GACGTGATT TGTA AGACACGTC            TACTTTACGTGGACG  51 32
        tusA  418083 ..  418111 +  -4.7  -3.07005   ACAAAAAATAGAATA        GAGCTTCTA CCCACACATAT TAGAAGCTC        TATTAGAAATTAATT  52 45
HKO16_RS01945  418601 ..  418630 + -13.7  -3.19026   AAGCGGATTCCAATA       AAAAAAGCCCCGA ATAA TCGGGGCTTTTTA        TTACATCTTAGGATA 100 39
HKO16_RS01955  421180 ..  421192 +  -2.7  -2.93393   ACTTGCAATTAGGCA                CTTGA GGT TTAAG                CTTTATAGAGTGAAA  42 21
        murI  422112 ..  422127 +  -3.2  -4.10478   TGAGCTCTGTTGTAG              GCATTC AGAA GAAAGC               GTTTTTTTATATTTA  55 38
HKO16_RS01965 NONE
        hemH NONE
HKO16_RS01975  425019 ..  425030 +  -4.4  -3.08798   TGACTACCCTTGTCT                TGCT GAGG AGCA                 TCTTGGGTAGGCAGT  49 62
HKO16_RS01985 NONE
HKO16_RS01990  427095 ..  427108 +  -2.3  -2.59361   TTCTTAGAAAAATAA               CAACG AATT CGGTG                CTATGTTTGATATGT  39 26
HKO16_RS01995  427710 ..  427739 +  -7.1  -4.42748   TCATGTATTTATAAC       GCTGGGTACGTAG GTTA TTGCGTACTCTGC        TTATTTTTGGAGTGC  79 153
        crcB  428528 ..  428574 + -11.7  -3.74459   CAGACGGCATGGATG CCGTCGTTTCGCTG-TGCTACA TGGA TGTAGCATCAGCGCAACAAAGG ATTTTTGTTACTTTT  95 355
HKO16_RS02020 NONE
HKO16_RS02025  433739 ..  433755 + -12.3  -5.52096   CATAAAATAAAAAAA              GCCGATG TTT CATCGGC              TTTTTTATTAGGTTT 100 36
        hemW  436898 ..  436917 +  -6.4  -5.46698   CGTTATAAAGAAAAA            GCCGCA CGATGAGA TGCGGC             TTTTTTAATTTTAGC  88 47
HKO16_RS02050  438725 ..  438743 +   -11  -4.71482   GATAACAATAAAAAA             GCCTCTCG AAC TGAGAGGC             TTTTTAGAATTTGGT 100 58
HKO16_RS02075 NONE
HKO16_RS02080  446872 ..  446889 +  -9.9  -4.41633   AAAATGATGTAAGAG             GGAGGAA TTTA TTCCTCC              TTATTTTTAAAACTA  93 44
HKO16_RS02085 NONE
HKO16_RS02090  448296 ..  448311 +  -7.5  -6.32976   TAGTTATTCTTAAAA              GCCCC CTAAAT GGGGC               TTTTTTTGTTTTTTT 100 44
HKO16_RS02105  451991 ..  452011 + -14.1   -5.4593   TTTTGTATTAAAAAA            GCCAGTTCA ATT TGAACTGGC            TTTTTATTATTTTGG 100 50
HKO16_RS02125  458384 ..  458418 +  -7.2  -3.19941   AGCACAACTGGGAAA     TTCAGGACTGGTCGAT TTA ATTGACTACTCCTGCA     TCATTTTAATTAGTT  66 6
        leuC NONE
        leuD NONE
HKO16_RS02150 NONE
        leuB  463796 ..  463812 + -12.3  -5.73339   TACTTTGCTAAAAAA              CGCAGCT TTA AGCTGCG              TTTTTTTATGGTTGT 100 45
HKO16_RS02165  464791 ..  464808 +  -5.5  -5.16572   AAAAGCAATAAAAAA             GCCACAT GATG AAGTGGC              TTTTTTGCATTCACT  80 42
HKO16_RS02175  466341 ..  466354 +  -6.7  -3.56643   TAAAAATTGGTTAAG               CCTAC TCAG GTAGG                TTTAACCAATGTGGC  65 44
HKO16_RS02205  473657 ..  473693 + -12.4  -3.83188   GAAAGCACAACCTCA    TTTACCCGAGTTTTGC AGGAC GCAGAACTCGGGTTGA    TATTTTATAGATATA 100 237
        gltP  475448 ..  475464 + -13.7  -6.11243   TTTAGTCGAAAAAAA              CCCGCGA ACA TCGCGGG              TTTTTTTTATTGGGT 100 52
HKO16_RS02235  480878 ..  480898 + -15.5  -4.65263   CATTATTAATTAAAA            TGGCAAGCG TTA CGCTTGCCA            TTTATTTTCAAAAGT 100 32
HKO16_RS02245  482478 ..  482493 +  -2.6  -2.60671   TGTCGGTTAATTGGA              CATTAT TTTT ATGATG               TAACTTGCGTTTTCT  40 97
HKO16_RS02250 NONE
        topA  485693 ..  485709 + -10.9  -5.58454   AAGACAGATAAAAAA              TGCTAGC TCA GCTAGCA              TTTTTTTCATCTACA 100 43
HKO16_RS02260  486525 ..  486550 +  -9.2  -2.67428   TGGCTGAAATAAAAT         TGTGGATAAA TACAGT TTTATCCACA          TCAATTGTTAATAAA  72 29
HKO16_RS02265  487250 ..  487266 +  -8.7  -5.95286   AAATAACGAACAAAA              GAGCACT TAG GGTGCTC              TTTTTTGTTTTTAGT 100 44
HKO16_RS02270 NONE
HKO16_RS02275 NONE
HKO16_RS02280  489891 ..  489908 +  -4.1  -4.07568   TCGTTAAGCTAAGAA             TAGCCAT ATAG ATGGCAA              TTTTAGAACAGGAAA  58 101
HKO16_RS02285  490517 ..  490544 +  -4.8  -3.08197   AAGTGCAAGGGTGCT        TTGCCACCATGT TGAA ACATGGAGGAAG         TATATGTCTATACAG  52 107
HKO16_RS02290  490832 ..  490849 +  -9.9  -5.38951   CTTAAGTTAAAAAAA             GCGTACT CTTG AGTACGC              TTTTTTGTATGCATT 100 31
HKO16_RS02315 NONE
        purU  496504 ..  496521 +  -7.7  -5.64274   TATATTCCTTTAAAA             GCATGCT TTTG AGCGTGC              TTTTTTTATGGCTAA 100 46
HKO16_RS02325  497667 ..  497680 +  -3.1  -4.28375   TAACCTTAATCAGGA               GTTCG AATA TGAAC                TTTTCAATCTATTGG  57 62
HKO16_RS02330 NONE
HKO16_RS02335  498717 ..  498747 + -14.3  -4.67256   TCTAGTTTCACGTAA       TAAAAAAGCAACC AATTC GGTTGCTTTTTTA       TTTTCTCATTTATTA 100 43
HKO16_RS02375  504474 ..  504493 + -12.2  -5.47821   AAACCGTTAGAAAAA            TGCCGATC AAGT GATCGGCA             TTTTTTTGGGTAAAT 100 31
HKO16_RS02405  512058 ..  512079 +  -2.3  -4.07568   AAGGATGTACCGTCA           GTGACATAA ATGG TTTTGTTAC            TTTTGCCAAAACAAA  52 114
HKO16_RS02445  522371 ..  522397 + -13.8  -3.42985   TCTTTTGAGAAGTCA         GGAAAAGGCGCT TTA GGCGCCTTTTTC         ATTTTTAGGTATATG 100 41
        clpP  523163 ..  523175 +  -2.7  -2.76696   CCATAAGGGAAAATA                TTAAG TGG CTTGA                GTTGTTGGAAAACGC  40 35
        clpX  524587 ..  524612 +  -5.5  -6.09196   TCATTCATCTAAAAA         GCATGAATTGC CTTG GTGATTTATGC          TTTTTTTGTTTTCAA  95 44
HKO16_RS02460  525445 ..  525474 + -13.9  -3.91084   TAACAATTTGAGGTC       GATAAAGAAAAGT TAAG ACTTTTCTTTATC        TTTCATTAAGGGTGC 100 38
HKO16_RS02485 NONE
         eda  534585 ..  534611 +  -7.4  -5.32882   ATTGTGGTTTAAAAA         TCTAAAGTGTCT TTT AGGTGCTTTAGA         TTTTTTGTGATGCTG 100 55
HKO16_RS02495 NONE
HKO16_RS02500 NONE
HKO16_RS02505  538462 ..  538477 + -10.4  -4.96848   TATGGTTAAAAAAAA              CCAGCC TTCG GGCTGG               TTTTTCTGTGGGAAA 100 47
HKO16_RS02515  541446 ..  541474 + -10.4  -5.85244   AATTCTTTTATGATT        TGGAAGCCTC AAAACTCAC GAGGCTTCCA        TTTTTTATTTTAATT 100 46
HKO16_RS02530  546060 ..  546095 + -14.2  -4.99035   TCTCTTGTCTGCTTT    ATGAAAAAGCACGCTG TTCT CAGCGTGCTTTTTTAA     TTTTTATGTCAGTAA 100 43
HKO16_RS02535 NONE
HKO16_RS02540  548096 ..  548117 +  -2.3   -2.9313   GCTATCGATTAGGTT           TGTGGATTT GCTA AAGTACACA            GTTCTTGATTTAGCA  41 66
        iscX  548434 ..  548446 +  -3.5  -3.05844   TAATGCGGCAAATTT                TTTAA AGT TTAAA                TCTTAAAATAAAGGA  46 104
         ndk  548916 ..  548943 + -13.6   -5.9218   TCGAAAGCATTCAAA        CCAGATAAGTGG TATA CTACTTATCTGG         TTTTTTTATTCTCTC 100 41
        rlmN NONE
        pilW NONE
HKO16_RS02565 NONE
        ispG NONE
        hisS NONE
HKO16_RS02580 NONE
        bamB  556206 ..  556239 +  -7.6  -4.02119   CGCTGTTAAAAATAT     CGGGGTGTTTGAATT AAATC AGTTCAAA-GCCCCG     TCTTTTATTATGGTC  77 80
         der  557767 ..  557786 +  -8.6  -5.75342   GTTTTAATTGAAAAA            GTCCAAAG TCTT CTTTGGGC             TTTTTTTTACAAAGA 100 44
HKO16_RS02595 NONE
HKO16_RS02600 NONE
HKO16_RS02605 NONE
HKO16_RS02610 NONE
HKO16_RS02615 NONE
HKO16_RS02620 NONE
HKO16_RS02625 NONE
HKO16_RS02630 NONE
HKO16_RS02635 NONE
HKO16_RS02640 NONE
HKO16_RS02645 NONE
HKO16_RS02650  568648 ..  568660 +    -2  -2.52464   AAATTTACAAGACCA                TTCA TAATT TGAA                TAAATTAAAAAGGAA  39 19
HKO16_RS02655 NONE
HKO16_RS02660 NONE
HKO16_RS02665 NONE
HKO16_RS02670 NONE
        fabG NONE
HKO16_RS02680 NONE
HKO16_RS02685 NONE
HKO16_RS02690  575277 ..  575291 +  -8.5  -5.22039   ACTCTCATAAAAAAA               CCGCG AATTA CGCGG               TTTTTTGAGTTTAGG  95 50
         orn  578365 ..  578380 +  -8.2  -5.72254   CAAGTAAGAAGAAAA              GGGGGC GAAA GCTCCC               TTTTTTATTATTTAA 100 51
HKO16_RS02720  579245 ..  579264 +  -9.3  -5.86061   TGAGTTGGTAAAAAG            TCGCTCC TAAATC GGAGCGA             TTTTTTTTCGTGCGA 100 44
HKO16_RS02725  580196 ..  580217 + -10.9  -5.14563   TCAGACATAAAAAAA           GCCGTAGTT GAAG GACTACGGC            TTTTTTACTGGGCGC 100 55
HKO16_RS02765 NONE
        ilvN  592486 ..  592505 +    -5  -4.42765   ATCAGGTATCGCCCG            TGGCGAAA AAGT TTTAGCCA             TTTAATTTTTTAAAA  67 1
        ilvC  593579 ..  593610 +  -9.7  -5.07486   CTTTTCTATTGTTTT      TAAAAGAACCCTGC TAAAT GCAGGGTT-TTTTA      TTTTTATTAGCCCTA 100 45
HKO16_RS02780  596091 ..  596115 +  -8.5  -3.28791   TCAGATTATCCTTTG          CCTGCTGGC CTACATT GCCAGCCGG          TTGTCGCAGACCGAT  74 172
HKO16_RS02785  597170 ..  597216 +  -9.6  -3.02144   ATAACTAAATTTATA TAAAGTTCAGGCGGTTATGCTT TTA AAACATATCAACCTGAACTTTA TATTGAACCAGATAA  76 81
HKO16_RS02795  599120 ..  599140 +  -8.3   -5.1675   AGTTCATACGTAAAA            GCCTGTTGA TAT TGAACAGGC            TTTTTTAATGGCTCA  93 48
HKO16_RS02800 NONE
HKO16_RS02805 NONE
HKO16_RS02810  604778 ..  604791 +  -8.1  -4.35646   TGAGAACTGATTAAA               TGCCC ATAA GGGCA                TTTCTATTTAGATAT  85 31
HKO16_RS02815  605971 ..  605984 +  -3.8  -3.80862   GTGAGAATTAATAGA               TGCC AGAAAG GGCA                TTTAGTGCTCAGTTT  56 30
HKO16_RS02820  607747 ..  607765 +  -8.9  -5.07652   TGTAAATGTGACAAA             CAGCTTC GAATA GAAGCTG             TTTTGTTTTGAAAAA  95 44
HKO16_RS02825  608641 ..  608665 +  -4.9  -3.36327   GAACAAATGTTTTAA          GTTGGTAGCAG AAT TTGCAACCTAC          TTGTAGATGCGCTAA  54 26
HKO16_RS02830 NONE
HKO16_RS02835 NONE
        acnA NONE
HKO16_RS02845  614474 ..  614499 +  -8.3  -5.07652   TTTAAATATTGAAAA         GGCATGTGCTT ATGT GAGTGCATGCC          TTTTGTTTTGGGAAA  91 41
HKO16_RS02855  615672 ..  615686 +  -2.1  -3.88291   TCTATAGTAAGTATA               GGTGA CGTTA TCATC               TTTATAGACGTCATA  50 57
HKO16_RS02885 NONE
HKO16_RS02890 NONE
HKO16_RS02895  623421 ..  623448 +   -10  -5.43866   AAGTTGCTTTGATAT        AAAAAAACCACC TTCG GGTGGTTTTTTA         TTTTTTTGAGGGTTA 100 39
        cysM NONE
HKO16_RS02935  632304 ..  632317 +  -2.5  -4.77896   TTTACGTCCCACTAT               TTTAA TCCT TTAAA                TTTTTAGGTTCATTC  63 5
        rlmD NONE
HKO16_RS02945  636078 ..  636095 +  -9.1  -5.26316   CTAAATTGAGAAAAA             GGCCGTC AATT GATGGCC              TTTTTTATAAGCTAC  95 41
        mazG NONE
HKO16_RS02960  638282 ..  638299 +  -3.3  -4.09739   TGTTATTTACGTCCT             GACGTAG GAGA CAGCGTC              TTTTGCAAACCTTGC  56 130
        pcnB NONE
        folK  640235 ..  640251 +  -2.9  -2.84978   ACTTGCTGATGAGTC              TTGGGCT TAA AGCCGGA              CTTATTACGTTCTGC  43 16
        panB NONE
HKO16_RS02980 NONE
        rapZ NONE
HKO16_RS02990 NONE
HKO16_RS02995  643644 ..  643672 + -11.8  -4.87786   AATACAGTTTTAAAT        AAAAAGCGGCGT TAGAT ACGCCGCTTTTA        TTTTTATAGGGTTCG 100 39
        thrS NONE
        infC  648222 ..  648239 + -11.3  -5.29782   TAACACTCAAAAAAA             GCACTGC AAAA GCAGTGC              TTTTTTATACCTCTC 100 38
HKO16_RS03015  649023 ..  649040 +  -2.8  -3.17212   AAAAGCATTATCAAT             TAAAGT CATCTA ACTTTA              TTGGTAGGGTAATGA  43 13
HKO16_RS03020  649524 ..  649537 +  -6.7  -4.19336   TTATTTAAAATAAAA               GCATC CGAA GATGC                TTTATTAAAATGATT  74 33
        rpmI NONE
        rplT  651640 ..  651657 + -11.3  -5.95286   AGAGATTCAAAAAAA             GACCGCT TTTT AGCGGTC              TTTTTTATTTTTAGT 100 45
HKO16_RS03045  653239 ..  653262 +  -2.4  -4.26475   TGATGCTCTACCGAA          ATTTGATGTG TTGA CCCATCAAAA           TATTTTTTCTGAAAT  56 438
        pheS NONE
        pheT NONE
HKO16_RS03065  657668 ..  657685 +  -9.9  -5.72622   ACGCGTTGGAAATGA             GCAGATC GATT GATCTGC              TTTTTTATTTATGAC 100 13
HKO16_RS03075  658476 ..  658495 +  -9.2  -4.62783   CAACCAAATAAAAAA            GGCCACTC AATA GAGCGGCC             TTTTTAGAATAAATA  90 179
         ppx NONE
HKO16_RS03095 NONE
        tilS NONE
HKO16_RS03105 NONE
HKO16_RS03110  665832 ..  665848 + -12.3  -5.59655   GTAAGATTAAAAAAA              GGGCTGT ATT ACAGCCC              TTTTTTATTGGTTTA 100 45
HKO16_RS03120  671588 ..  671612 + -11.5  -4.37991   TCTGTACAGAAGAAT          CAAGAGCCTAA GCT TTAGGCTCTCG          TTTTAACTCTTTTTG 100 8
        gspE  674949 ..  674968 +  -9.3  -5.47159   GTAAGATATAAAAAA            TGCCCGA TATGAT TCGGGCA             TTTTTTATATTAAAA 100 44
HKO16_RS03175 NONE
HKO16_RS03180 NONE
HKO16_RS03185  682347 ..  682398 +  -8.4  -3.99678   TAAGATAAGTTCGGA TTACAGAAATTAGTAAATAAAGAT TGAG ATCTTGGTTTATTAACTTCTGTGA TTTCATTATCACGGT  79 46
HKO16_RS03190  685678 ..  685688 +  -5.4  -3.53761   TTCAATTCAGCCCAG                 TCTG TTA CAGA                 TTTGGAAAACGCTTC  58 126
         rrf  685872 ..  685899 + -16.4  -5.71712   GCTCATTATTCTAAA        CACCCCAATCTC AAAA GAGGTTGGGGTG         TTTTTTTATATGGGA 100 38
HKO16_RS03200  687574 ..  687595 +  -4.6  -3.11359   TGGCTATTCTACTCA           TTCATTAT GACGAA ATAATGAA            ATTTCATTTTCACCA  50 52
        raiA  688075 ..  688094 +    -5   -5.5112   TTTTAATAATTGAGA            GAGGCT TGAAATAT AGCCTC             TTTTTTATTGATAAA  82 46
        ibaG NONE
        murA NONE
HKO16_RS03220 NONE
        hisD  691821 ..  691837 + -12.3   -5.0538   TTTCATGATTATTCA              GGGCTGA CTT TCAGCCC              TTTTTTGAGATAAGA 100 61
HKO16_RS03230  692947 ..  692983 +    -8  -3.22678   ATTCTTTAATACTTA    TTCTGCTGTGCTGTTC ATCAA GTTCAGCATAGCAGAG    ATTTTATCAAGGCTT  71 32
HKO16_RS03240  695503 ..  695530 + -17.2   -4.1891   TAATCTAAGTATTTA        TAAAGAGCGCGT TTAT ACGCGCTCTTTA         TTTATCTTAAGCAAA 100 38
HKO16_RS03245  696961 ..  696976 +  -6.2  -3.54307   AAAAAGAAGGTGATG              TTAGTC AAGA GACTAA               TTTACAAGAAGTATT  62 366
HKO16_RS03255 NONE
        filE NONE
HKO16_RS03265  702858 ..  702873 + -10.4  -6.25741   AACCAAGATAAAAAA              GACCGC AAAA GCGGTC               TTTTTTTTATTATTT 100 44
HKO16_RS03275 NONE
HKO16_RS03280  704757 ..  704776 + -12.2  -5.30616   GCGAGATATTTTCTA            TGCCAAGC ACCA GCTTGGCA             TTTTTATTTAGATAG 100 48
        tsaB NONE
HKO16_RS03290  706321 ..  706337 +  -9.5  -3.52192   GCTTGTCGTTTTGAT              GCTTACT TTC AGTAAGC              TTATGTAAGGTTAAG  80 11
HKO16_RS03295 NONE
        fghA  709077 ..  709095 +  -7.4  -2.80474   CTTGGTATTCTATAG             TAGCAACG TTA CGTTGCAA             GTTTGAAATGTTGTC  63 365
         rpe  710034 ..  710049 +    -9   -5.1764   AAATGTATGAAAAAA              GAACGC CTTG GCGTTC               TTTTTCTATTCTATC  95 175
HKO16_RS03315 NONE
HKO16_RS03320 NONE
HKO16_RS03325 NONE
HKO16_RS03330  714303 ..  714331 +  -5.4  -5.38951   AAGTAAGCTTAATGA       CA-TGCCATTGGT TTAT ACTGATGGCATTG        TTTTTTGTGTCAGTT  84 53
HKO16_RS03335  715310 ..  715341 +  -4.4  -5.79595   AATAATATTTTCTGA      TAGAGGCAAGCTTG AGTC CGGGTTTGCCTTCA       TTTTTTATTTTAAAG  87 36
HKO16_RS03340  715759 ..  715779 +  -2.5    -3.186   TAATGAAAATTTCGT            CTCCATCCT AAG AGGATCAAG            TATGTTGCTGTCTTA  44 15
HKO16_RS03345  716328 ..  716346 +    -3  -3.81279   GATATTTCATATAAA             GCGTGTTT TAT AACCTCGC             TATTTTCTGAAATAT  52 93
        argJ  717636 ..  717651 +  -6.1   -5.4505   TTCAGTTATAATCAA              GCCTC GACAAA GAGGC               TTTTTTATTAGCCCC  88 44
        nadA  718843 ..  718866 +    -4  -2.70603   AAAAGCCTCAAAATG          CTTGTTAAAT ATAC ATTTGATAAG           GATTTTTAACTTTTT  46 40
HKO16_RS03360  719084 ..  719095 +    -3  -2.52676   CGGCGAAGTATCGCA                TGAT AAGC ATCA                 TCGGTTAAGCGCCTG  42 62
HKO16_RS03365 NONE
HKO16_RS03370 NONE
HKO16_RS03375  719419 ..  719446 +  -5.8  -6.14618   CATATATTAAAATCA        TTTCTTCTTATCT TAT AGATA-GAAGGAA        TTTTTTTGTTTTCTA 100 74
HKO16_RS03385  722128 ..  722152 + -11.6  -5.65177   ACACTTAACTAAAAA          GGTTGTGATT TGATT AATCACAACC          TTTTTTTATGAGTAT 100 55
HKO16_RS03395  724624 ..  724643 +  -6.4  -3.68853   ATTTTTAAAAATAGA            GGTGTTCT TTCG GGAGCACC             TTTAGGGATTTTTAC  64 44
HKO16_RS03400  726163 ..  726177 +  -5.7  -3.29511   AAACAATGACAGGAA               GGTAC GTTGA GTACC               TTCTAAAAAGATAAG  59 39
HKO16_RS03405  727488 ..  727502 +  -7.1   -5.4505   GTTGAATATAAAAAA               CCGCT TTTAT AGCGG               TTTTTTATTAGGAAG 100 82
HKO16_RS03440 NONE
HKO16_RS03445  737739 ..  737756 +  -5.6  -5.38951   TACTCATAAAAAAAA             GATGCA CTTACA TGCATC              TTTTTTGTCTAAGTT  84 43
HKO16_RS03455  740058 ..  740081 +  -3.1  -2.53263   TCTCACTTAAATGGA          CTGAGTTCT GTACGA AGCGCTCAG           TCCATTAACCATAAA  42 55
HKO16_RS03465  741936 ..  741953 +  -2.7  -3.13601   ATTATAAAATTTAAG             GCACT ACAACGCG AGTGC              TGTATATTGAATTTC  43 95
HKO16_RS03470 NONE
HKO16_RS03475  744308 ..  744350 + -10.1  -3.19339   AATAAGTGGTATAAA GGGTTACTTTTTTGATGGT GGTTG ATAATCAAACAAGTAACCC TCATTTTACTTACTA  82 49
HKO16_RS03480  744938 ..  744967 +  -4.3  -4.89393   CGTGCTTATCACCAA       GTGGGG-CAGACAG AGA CTGTCTAATTCCAC       TTTTTATAAAATTTA  70 2
HKO16_RS03485  746605 ..  746617 +    -2  -2.90688   TTTTGGGGGAGGGCT                TAGA ACCGA TCTA                TATATGACCTCGTTA  41 23
HKO16_RS03500 NONE
HKO16_RS03505  755339 ..  755355 +    -8  -5.45652   AGACTCAATAAAAAA              CCGCTA ATAGA TAGCGG              TTTTTTATTCACAAT 100 73
HKO16_RS03515  756473 ..  756501 +  -6.1   -3.2362   CTCTTTAATAAAAAA        CACCTTCCAAA CTCAAGA TTTGAAAGGTG        CTTTTATAGGGGTTA  61 75
        bfmR  765928 ..  765939 +    -3  -2.75957   TTAAAGAAACCAATG                GATT GTAA AATC                 TGATTAAACTTCCTA  42 18
        bfmS  767606 ..  767622 +    -8  -5.87996   AAGACCAATAAAAAA              GCACCT GCATA AGGTGC              TTTTTTTATTGCTTC 100 14
        ndhC NONE
HKO16_RS03565  771189 ..  771205 +  -5.2  -3.14463   TTGACGGTGTTTTGA              CATATC TAACC GATATG              TTCATCGAGAAAATT  54 44
        nuoC NONE
        nuoE NONE
        nuoF NONE
        nuoG  777571 ..  777622 +  -3.8  -3.60098   GCTGAACCTGTTTCA GTGGCATTAGGAGTGTAAT-TCATG AAT CAAGAAATTATACGTCAAACGCCAC TTTGGGCTGAGAACT  53 8
        nuoH NONE
        nuoI NONE
        nuoJ NONE
        nuoK NONE
        nuoL NONE
        nuoM NONE
        nuoN  784989 ..  785024 +   -15  -3.27298   ACAATAATTCTTGTG    TACAAAAAAGCCTCCA AATA TGGAGGCTTTTTTTTA     TTGATAGTTAAAAAA 100 34
         upp  785793 ..  785804 +    -3  -3.17194   AAAGTCTCTTTTTAT                TTAC TACA GTAA                 TTGCATTGGGAAAGT  45 102
HKO16_RS03630  786216 ..  786241 +    -7  -4.26076   TTAAATGATTTAGAA         TTAAGGGAGA TATAAT TTTCCCTTAA          TTTTCGTAAGAATGA  74 115
HKO16_RS03635  786744 ..  786760 + -10.9  -3.13522   GATGGCATTAGAAAA              TCAGGCT TTA AGCCTGA              TCTTCATCGCAAAAT  84 30
HKO16_RS03645  788507 ..  788517 +  -2.6  -5.29782   ACAGGAAGTAAAATA                 TTTT AAG AAAA                 TTTTTTATGGATATG  69 46
HKO16_RS03655  789505 ..  789528 +  -8.9  -5.46629   ATATCGTGATAAAAA          GCCTTTAGG ATGTGA CCTGAAGGC           TTTTTTTGCAATCTT 100 54
HKO16_RS03660  791440 ..  791463 + -12.5  -3.76232   TTTTTGTGATAAGTT          CGACCACTC TATATT GAGTGGTCG           TTCTGTCTTTGACAG  95 85
HKO16_RS03665  791879 ..  791895 +  -2.1  -3.57144   TCAGCAGTACGATAT              CCTTCTG TGC CTGATGG              TTTAACAGTAAAACC  47 225
HKO16_RS03695  798165 ..  798193 +  -5.5  -4.57073   AATATCTAAAAAATA       TAAAGCCA-ACT CTTTGT AGTCTGGCTTTA        TTTTTGCGCAAAATA  71 56
HKO16_RS03700  798576 ..  798593 +  -8.4  -5.76633   GTTAGAAATAAAAAA             GCTCCC AATGTA GGGAGC              TTTTTTTATATGTAG 100 116
HKO16_RS03710  801452 ..  801468 +  -2.2  -3.60627   TTGAAAAATCATGAT              TCTGCT GAATA AGCTGA              TTTAAACTAAAATCC  47 14
        apbC  802848 ..  802864 + -12.3   -5.4833   TTTTGATTCATCTGA              CCCGACT TTA AGTCGGG              TTTTTTATTGGCTGG 100 35
HKO16_RS03720  803872 ..  803904 +  -2.2  -5.26918   CAATTTAATTTTAGG     CAAGAAGATGAATTCT TAT AGAG--CGTCTTCTTG     TTTTTTATGACCTGT  68 41
HKO16_RS03730 NONE
HKO16_RS03735  806116 ..  806136 +  -8.3   -5.4251   GATGAGCTTTAAAAA            TGGGTCACT TTA AGTGGCCTA            TTTTTTATATATACC 100 54
HKO16_RS03740  807774 ..  807789 +  -2.6  -3.04792   TTTTAAATTCTCTTT              TTTGCA TTTG TGTAAA               TATTGCGCATAATGG  43 75
HKO16_RS03745 NONE
HKO16_RS03750  810692 ..  810709 +  -4.9  -2.78867   TCATGGTCTTTAGCT             GT-GATGG TAG CCATCCAC             GTTGTTAAAGGTTAA  50 0
HKO16_RS03755  813171 ..  813187 + -10.9  -5.38951   AACTAATCAATAAAA              GTGACGT TTA ACGTCAC              TTTTTTATATAAATT 100 35
HKO16_RS03760  814309 ..  814346 + -18.7  -3.71794   CTTAACCTGAAATAC   CAAAAGAGGGCGGTTGT TTAA ACAATCGCTCTCTTTTG    TTTGAGTGATTAAAT 100 58
         ffh  817755 ..  817779 +   -13  -4.30809   AATAAAACCATAAAA          TAAAAGGCGC CTAGA GCGCCTTTTA          TTTTGGTCCGTATTC 100 36
HKO16_RS03790  820163 ..  820185 +  -4.9  -5.95539   TATATAGAAAAGAAA           GCTTAGACT CTCAC GGTTTAAGC           TTTTTTTATTTGAAG  93 58
HKO16_RS03795  821068 ..  821082 +  -2.1  -2.68088   GGGCGAGACGCTCAC              GCCGCT AGTT AG-GGC               ATTATGCGTTTAAGC  40 18
         smc NONE
HKO16_RS03805  825628 ..  825647 +   -10  -5.31877   TCTAGTCGCAGCTCA            GGGTGGAG AAAT TTCCACCC             TTTTTTATGGTGAAT 100 79
        ligA  827777 ..  827807 +  -9.1  -4.85782   TTTGCCATATTTGAA       CGCTTGTCTGA GCTTATAAA TCGGACAAGCG       TTTCTTTTTGCAAAG  93 97
         bfr  828436 ..  828451 + -10.4   -5.8187   TAATGACTTGAAAAA              CCCAGC TTAG GCTGGG               TTTTTTTATTGGCTC 100 38
HKO16_RS03820  830141 ..  830164 +  -3.8  -4.58395   AACGATTAATACGTT          CAGCTTTGGA CATC TCTAGAGCGG           TTTTTAAAGAATCCA  66 254
HKO16_RS03835  833329 ..  833346 +  -4.9  -2.55847   TTAACAATTCATCAG             CAAAGTT CATA AGCTTTG              ATTGATCTCGCAATT  50 14
        bioA NONE
HKO16_RS03845 NONE
        bioC NONE
        bioD  837285 ..  837302 +  -8.4  -5.72207   TTAGGCCATAAAAAA             CCGCTC TAAATT GAGCGG              TTTTTTTGATTTAAA 100 37
HKO16_RS03885  841925 ..  841942 +  -3.5  -3.32844   AAGGGTAAACTTAAC             TCATAAT TTGT GTTATGA              TTATGGGATAAGACA  48 20
        rpmF  842235 ..  842250 + -10.4  -6.04419   AAGTATAGAAAAAAT              GGGAGC GAAA GCTCCC               TTTTTTTGTTGTTTT 100 70
        fabD NONE
        fabG  844044 ..  844075 +  -9.7  -4.20883   TACATGTAAATGGTG      GTTTATACAT-GGC CTAAC GCCGATGTATAAAC      TTTTAAAAATTTTTA  90 9
        acpP  844409 ..  844424 + -10.4  -5.61596   TGATTAAAAAAGAAG              GCCACC GTAA GGTGGC               TTTTTTTATACGAGT 100 53
        lysM  845054 ..  845082 + -17.7   -4.3255   TCAATAATAGGAATA        TAAAAAAGGCGCT TAA AGCGCCTTTTTTA        TTTATTGGTTAAAAC 100 34
HKO16_RS03920  846653 ..  846682 +  -6.5  -5.63012   GAATTATAATTTAGA       GGTTTGACCTG CAAGTGAA CAAGTCAAACC        TTTTTATTTATTTTT  93 48
HKO16_RS03930 NONE
HKO16_RS03935  850122 ..  850154 + -11.6  -4.77986   GTTTATAAAGTCTTA     TAA-AAAAAGCCCGT ATTT ACGGGCTTTTTATTA      TTTTTAAATCTTTAA 100 33
HKO16_RS03995  858095 ..  858119 +  -8.7  -3.18264   AAGCGCTTACCTAAG          CCTAATTTTTC ACG GAAAGATTGGG          TTAGTAGATAGCGAA  68 500
        rluD NONE
        pgeF  862719 ..  862758 +   -11  -5.80951   ATTGTTGTAATAATA  CTCTCTTATGTTGTTTAA ATTT TAAAATAGCATAAGAGAG   TTTTTTATTTTGAAT 100 74
HKO16_RS04020  863457 ..  863472 +    -9  -4.87807   GTGAAAAATAAAAAA              GCCTCT ATAA AGAGGC               TTTTTAGTCTATTAC  93 40
        coaD  864585 ..  864597 +  -6.3  -2.92463   CATCAACAAGGTTGG                TAACG TGT CGTTA                TATATCACTGATGAA  58 23
HKO16_RS04035 NONE
        rnpB NONE
HKO16_RS04045  865383 ..  865402 + -13.6  -5.73339   AGCCACCATTTTACA            GACCACGC TCCT GCGTGGTC             TTTTTTTATGCTTGT 100 33
HKO16_RS04050  866727 ..  866754 + -14.3  -5.24129   GTTAAAAGTAATATT        GCCCTAAGTGA ACAGGC TCACTTAGGGC         TTTTTTATAGAAAGA 100 43
HKO16_RS04060  868961 ..  868972 +  -4.4   -2.9356   TATGGAATAACGCCA                TCCA AAAA TGGA                 TGTATGGATATGGAT  49 31
HKO16_RS04065 NONE
HKO16_RS04070 NONE
HKO16_RS04075  872789 ..  872815 +  -9.6  -3.73068   AACAAAGGGATTTAT         TCAGGTGTAA AGATGAC TTACACCTGA         TTCTTCAGTTAGGAA  82 42
HKO16_RS04080 NONE
HKO16_RS04085  875342 ..  875377 +  -3.6  -3.73775   GAATTTGCTAAAAAA    TGAACAAATAATGGT GATCTGA ATCA-TATTTGTTCA    TTTGGTGGGCATAAA  52 75
HKO16_RS04090  875532 ..  875555 +  -9.6  -5.20633   ATAGCCACCATTTTA          AAAACCACGC TCCT GCGTGGTTTC           TTTTTATCTATTTTT 100 31
HKO16_RS04125  883751 ..  883779 + -10.5  -5.14563   CTTACAATTATGTGC        CCTTAAAAAGAGG TGT TTTCTTTTTAAGG        TTTTTTAATAACGGG 100 171
        rpsL  884207 ..  884221 +    -2   -3.8646   TAGTCCAAAAGCCCT               TTAGCG TTT CGCTTG               TTTGAATTCTTCATA  50 52
        rpsG  884928 ..  884954 + -11.6  -3.65542   CCCGCTTGAGTATTC         GTGCGCATCAAT TTA ATTGGTGCGCCC         TGTTTTAAAGATAAC  93 143
        fusA  887177 ..  887199 + -12.1  -2.77899   GTTAAAAACCAAGTG           CTCATGGAG CGACC CTCCATGAG           TAGTTAATAAAGGAA  87 75
         tuf  888432 ..  888449 + -10.5  -5.71712   TTTTCAGTGAAAAAA             GCGCTCC TTTT GGGGCGC              TTTTTTTATATCGAA 100 45
HKO16_RS04150  889516 ..  889531 +  -6.8  -5.62045   GAAAGTAAGTGAAAA              GGGCTG TTAG CAGTCC               TTTTTTATTGTCTAT 100 44
HKO16_RS04155  890627 ..  890643 +  -9.5  -5.89827   AAACTGACTGGAAAA              GAGCAAT TTA ATTGCTC              TTTTTTTTACTCGTT 100 43
        rimI  891667 ..  891679 +  -6.3  -3.28416   CATCGGCATGGCGCT                CGTTA ATG TAACG                TTCATATAGATCATA  60 519
HKO16_RS04180  897173 ..  897186 +  -8.1  -5.71983   TACAGTTAAAATTAA               GCCTC TTCG GAGGC                TTTTTTTATAGTTGA 100 45
        rhtC  897934 ..  897962 + -11.9  -4.57341   GATAATTTTAAATAA        GAAAAAAGCCTCT TTA AGAGGCTTTTTTA        TTTTTAAGCAAACTT 100 36
HKO16_RS04220  903250 ..  903263 +  -8.1  -5.64274   TTATTGTTTCAAAAA               CCACC TTCG GGTGG                TTTTTTTATGGGTGA 100 49
         rep  905437 ..  905459 +    -2  -5.85011   AATATTTGGCAAATT           TAAAAGCTTT ATT AAAGCGTTAA           TTTTTTTAATTTTTA  78 3
         dut  905961 ..  905985 + -12.3  -4.62471   AAAAAATAATGAAAA          GAAACGCTTGT TTT ACAAGTGTTTC          TTTTTACACCTTGAA 100 50
HKO16_RS04235 NONE
        argB  908500 ..  908516 +    -8  -5.63504   TAGTTTTTATTAAAA              GACCAC GCTAA GTGGTC              TTTTTTTATGCCATT 100 48
HKO16_RS04245  909376 ..  909387 +    -3  -4.04187   ACAAAATGGCTCAGC                GATA AAGT TATC                 TTATATTTTGTAATA  55 21
HKO16_RS04250  910394 ..  910425 +  -4.7  -4.93547   TTTTGTTTATTTAAT      AATAAAGTATTTT GTTTAA AAAATACTTTATC       TTTTTAGTTGGTTAA  75 82
HKO16_RS04255  911082 ..  911106 + -11.5  -5.88565   TATACAGTTAGCGCG          GCAAACTATCG TTT CGGTGGTTTGC          TTTTTTTATTGTGCA 100 62
HKO16_RS04260 NONE
HKO16_RS04265  912595 ..  912619 +   -10  -5.05606   GCTCAATAAGCAAAA          CCCCTCAAGT ATTTC ACTAGAGGGG          TTTCTTTTTATTAGA 100 32
         fur  913622 ..  913643 + -11.7  -5.60993   AAAACAAATAAAAAA           GGAAGGTTA CGTT TAACCTTCC            TTTTTTTATGAAGAA 100 57
HKO16_RS04290  916833 ..  916853 + -16.9  -5.18355   GCAGAATCTAAAAAA            GCCCCGACA GGA TGTCGGGGC            TTTTTAGTTTTTAAC 100 196
HKO16_RS04305  922388 ..  922412 + -12.9  -2.53995   ATAATTCATATGAAA          TAGCCACCGAT AAA AGCGGTGGCTA          TAAATTAAAATAAAT  95 37
HKO16_RS04315  923673 ..  923683 +  -5.4  -3.83486   CCACAAAAACTGATA                 CGAT TAG ATCG                 TTATTAAATTTTATA  61 45
HKO16_RS04320  925089 ..  925106 +  -3.4  -3.57441   CTGACCTTGCACAGG             TTCGAC TGGAAT GTCGAG              TTGTAATTGTGAGTT  50 467
HKO16_RS04335  927459 ..  927471 +  -6.9  -5.63374   TTAAGCATTTAAAAA                GCGCT CAG GGCGC                TTTTTTTCATATTAA 100 51
HKO16_RS04340 NONE
HKO16_RS04345  930395 ..  930412 +  -7.7  -5.42259   ACTAAACATCAAAAA             GCATCTC TTCG GAGGTGC              TTTTTTTAGACCTAC 100 36
HKO16_RS04350  932692 ..  932709 +  -7.7  -5.60993   AAACTTTAAAAAAAA             GCTGTCA TTTT TGGCAGC              TTTTTTTATAAGGGG 100 44
        ssrA  933211 ..  933232 + -10.9   -5.4505   AAGATTCGTGAAAAG           CCCTGAAAC GAAA GTTTCGGGG            TTTTTTATTGAAAAA 100 40
HKO16_RS04360 NONE
HKO16_RS04365 NONE
HKO16_RS04370  935931 ..  935942 +    -3  -5.29716   GTAAATAGATTAAAC                CTTT CTCT AAAG                 TTTTTCTTCTGTTAC  75 282
HKO16_RS04400  942740 ..  942756 +  -2.2  -4.36914   GCATTTTGAGTAAAA              GTCACG GTGTG CATGAC              TTTTATAGCCGGCAG  59 225
HKO16_RS04415  945911 ..  945927 +  -2.3  -4.56597   AGCAGTCACAGCCTT              CAAAATA GAA TTTTTTG              TTTTTAGAAAACCAC  59 18
HKO16_RS04455  956897 ..  956928 + -12.6  -2.58183   TTTGCGTTCAAAGCA      GTCTTTTCATTATT GTTA AATAGTGAAAAGAC       TAAATTGAATATTTT  89 69
HKO16_RS04460 NONE
HKO16_RS04465  959681 ..  959721 +  -7.1  -4.70739   AACCTCATATAAAAC  GATGCTGTGTCATTT AAAATGGAACA AAATGGCATAGCATC  TTTTGATTATTTTTG  80 43
HKO16_RS04470  960447 ..  960471 + -10.8   -5.4505   ACTTCTTAAAAAAAA          GATCGAACCG CAGCA TGGTTCGATC          TTTTTTCTTCACCGA 100 32
HKO16_RS04480  962272 ..  962284 +  -6.3  -4.49041   GAAATACTTCAATAT                TCTCT ATG AGAGA                TTTAATTTTTTATAT  74 49
HKO16_RS04490 NONE
HKO16_RS04495  964842 ..  964890 +  -7.9  -3.61356   GTTCTGTTAGGACAG TTTGAACTTAAGGACTAAA TAAATGTGAAT TTTAGTTCTTAAGTTTAAA TTTCACATAAATAAT  73 172
        pgaB NONE
        pgaC  968174 ..  968187 +  -5.2  -2.50935   GTGCGCGTTGGGTGA               GCCC GGATCG GGGC                ATTCGTGGATGAAAT  51 0
        pgaD  968721 ..  968737 + -12.3  -5.82316   CATTTATAAAAGAAA              GCCCACA TCA TGTGGGC              TTTTTTTTCGCTAAT 100 45
HKO16_RS04520  970403 ..  970415 +  -3.3  -3.90291   AGAAAGCAGAACTTA                GGTGC TGG GCAGC                TTTAATTGGGAGAAT  54 8
HKO16_RS04525  970761 ..  970775 +  -7.1  -5.53991   AGAGTATTAAAAAAA               GCGAC TTAAC GTCGC               TTTTTTTAATAGATA 100 52
HKO16_RS04535 NONE
HKO16_RS04540 NONE
HKO16_RS04545 NONE
HKO16_RS04550 NONE
HKO16_RS04555  975272 ..  975286 +   -10  -2.70525   CCGCCGTCAGGTGAA               GCCTGT GTA ACAGGC               ATTGCTTTACAAGGA  77 16
HKO16_RS04560 NONE
HKO16_RS04565 NONE
HKO16_RS04570 NONE
HKO16_RS04575 NONE
HKO16_RS04580  979985 ..  979996 +    -3  -2.96722   TAGATGTCTCAGGTG                GTTT TAAC AAAC                 ATTTATAAATATCAG  43 6
HKO16_RS04585 NONE
HKO16_RS04590 NONE
HKO16_RS04595 NONE
HKO16_RS04600  985343 ..  985359 +  -9.4  -5.68438   GCAGCATTAAAAAAA              CCACGC AATCG GCGTGG              TTTTTTATTTAATAA 100 46
         def  987515 ..  987535 +    -4  -4.11371   ATATAATTTTAATAT            TATCAGCA GGTTG TGCTGAAA            TTTTGCGCGATGTTG  58 140
HKO16_RS04615  988989 ..  989001 +  -4.8  -4.25104   ATTTGGGCAATAGAT                TCGC CATTC GCGA                TTTTACTCAAGGCAA  65 113
HKO16_RS04625  991008 ..  991034 +  -7.3  -4.06419   TTTTATTCTTTTAAA         TCTCCCAGTCT TAAAC AGATAGGGAGA         TTCTTTATAAGAAAA  74 50
HKO16_RS04630  992582 ..  992609 + -11.4   -4.8048   TTAAATAAATGAAAA        GACTCTCAGC CATATTCA GCTGAGAGTC         TTTTTAATATGAACA 100 117
HKO16_RS04640  994418 ..  994432 +  -5.8  -3.87815   TTGAAGAAATTCAAA               TCATTT AAG AAATGA               TTTCTCAGCCTGCCA  64 18
HKO16_RS04650 NONE
HKO16_RS04655 NONE
HKO16_RS04660 NONE
HKO16_RS04665  999527 ..  999558 + -10.8  -4.72986   AACTTTCAAATTGAA      AAGGGCGTGATGGG AACT TCCTTCACGCCCTA       TTTTTAATCAAGATG 100 49
HKO16_RS04675 1005387 .. 1005404 +    -7  -6.04953   GTTTGAATAAAAAAA             GCCACT AGCATG AGTGGC              TTTTTTTATTTCTAT 100 48
HKO16_RS04680 1006874 .. 1006893 + -10.8  -3.69836   TAATTGCACAAAAAA            GCCCAATT CTAA AATTGGGC             TTTCAACTTCATTAT  89 38
        nfuA 1013558 .. 1013570 +  -5.5  -5.95946   AGTGAAATAAAAAAG                CCTCG GAA TGAGG                TTTTTTTATTATTCA  95 56
HKO16_RS04715 1015971 .. 1015999 + -17.7  -3.65693   TTTTAATCAATAAAA        TAATAAAGGCGCT TTA AGCGCCTTTATTA        TTTAAAATCTCTAAT 100 35
HKO16_RS04730 1018965 .. 1018991 + -14.6  -2.91582   AAAAATATTTAAAAC         TAAAAGGTGCCT ATA GGGCACCTTTTA         TGTATGGGTAAGCTA 100 48
HKO16_RS04740 NONE
HKO16_RS04745 1023161 .. 1023179 +  -4.4  -3.05384   CCTAATCCCATAATG             GCGCCTGA TGC TCCGGCAC             TTACATGGGGAAGCA  49 388
        mtgA 1024361 .. 1024384 +    -4  -5.85011   ACCCAGATTCCTGAA          TAACACTGTCT TAA AGAT-GTGTTA          TTTTTTTAGTTTTTA  86 23
        ppk1 1026558 .. 1026588 + -14.2  -3.11999   ATAAAAAATTATTTT       TAAAAAAGCCGACA TCA TGTCGGCTTTTTAA       TTAACTGAATTTCAT 100 37
HKO16_RS04770 1027385 .. 1027400 +    -9  -5.85737   ACAGTAAAATAAAAA              GGAGTC CGCA GACTCC               TTTTTTTATTCATGT 100 34
HKO16_RS04795 1031831 .. 1031846 +  -6.2  -3.25719   ACAGTTTTTCCTGTA              CTTGAT ACAT ATCAAG               TTGCTCGTCTCCTAA  58 217
        lysS 1034007 .. 1034022 +    -9  -5.49234   TTCAATGCAGAAAAA              GGCAGT TCAT ACTGCC               TTTTTTATTAACTAT 100 48
HKO16_RS04810 1035643 .. 1035663 +  -5.4  -5.77632   CCTTATAATAAGAAA            GAGAGGCT ACAGA GGCTTCTC            TTTTTTTATGGTTTT  91 52
HKO16_RS04815 NONE
        cysD NONE
        cysN 1038576 .. 1038589 +  -9.5  -5.83226   AATAAGTTCTAAAAA               CCCGC GTAA GCGGG                TTTTTTTATTGAGTT 100 50
HKO16_RS04835 1039892 .. 1039915 +   -14  -4.46212   TAAATAAATAAAAAA          TAAAAGCCCC GATA GGGGCTTTTA           TTTTATAGTAGAGCA 100 30
HKO16_RS04855 1046465 .. 1046504 + -13.8  -3.03243   TCACTAAGAATTGAC  TTCATAAAAAACCCGCTC ATTT GAGCGGGTTTTTTATTTA   TATTGAAAAATAGAT 100 34
HKO16_RS04870 1048638 .. 1048656 +  -3.9   -4.4078   CGATTAAAACCGGTA            TGC-TGCT TTTG AGCACGCA             TTTTGCTTAAAGAAA  62 68
        ureA NONE
HKO16_RS04880 NONE
HKO16_RS04885 NONE
        ureC NONE
        ureE NONE
HKO16_RS04900 NONE
        ureG NONE
HKO16_RS04910 1053936 .. 1053952 +  -8.7  -5.13741   CTTTGTAGCGAAAAA              GGTAGCT TAA GGCTACC              TTTTTATTCGCTTAC  95 47
HKO16_RS04925 NONE
HKO16_RS04930 NONE
         adk 1059416 .. 1059436 + -12.6  -5.02357   ATTATTTGTAATACC            GAGCCCTC TTTGT GAGGGCTC            TTTTCTTTCATTATG 100 47
HKO16_RS04940 1059609 .. 1059629 + -11.3  -3.46888   TTTAAAGTAACTAAA            TTGGGTATA AGC TATACCCAA            CTTTTATTCTGCCTC  90 31
        gdhA 1062811 .. 1062830 + -12.2  -5.58454   ATAGAAATAAAAAAA            TCCGATGC AAAA GCATCGGA             TTTTTTTAGTCTAAA 100 44
         ata 1074637 .. 1074653 + -10.1  -3.14881   TTAAGAAACTGGTTG              GGAGGGC AAT GCTCTCC              TTGCTCGACAGATTA  81 37
HKO16_RS04985 1075475 .. 1075511 + -13.1  -4.57569   TAAAACGGTCTGTCA    CGGCAAAGTAACCATCC TTA GGGTGGTTGCTTTTTCG    TTTTTAAGGAGCTAA 100 38
HKO16_RS04995 1076793 .. 1076807 +  -3.6  -3.94936   AATTGATTGGCATTA               TTTAGT TGT GCTAAA               TTTCCTCTGTTAATT  54 78
HKO16_RS05000 1076968 .. 1076988 +  -2.6  -3.32867   CCTGCATGAACATTT            TGAAAAGA ATAGG TCTTCTCA            TCTATTACTTTTTTA  44 32
HKO16_RS05005 1077828 .. 1077838 +    -4  -4.46233   TCACAATGCGCATAT                 TCTT GCA AAGA                 TTTATTTAAACTTAA  64 499
HKO16_RS05025 1079289 .. 1079318 + -11.6  -3.73904   TAGAAATGTTTACAC       CACATCGCC-CAA GTTAA TTGAGGCGATGTG       TTATTGGCTGTGTTT  93 9
        pepP NONE
        ubiH NONE
HKO16_RS05040 1083283 .. 1083303 +  -9.8  -2.55446   ATTTGACCAATTTGG            CTCTTTGC TAAAT GCAAAGAG            ATTGCTAAATTTCTG  74 144
HKO16_RS05045 1083636 .. 1083653 +  -9.9   -5.4505   GTTAATATTAAAAAA             GCATCAC TTGA GTGATGC              TTTTTTATTGCCCAC 100 36
HKO16_RS05055 1084807 .. 1084826 + -10.8  -5.93252   TGATTGCATAAAAAA            GTACCATG CTTA CATGGTAC             TTTTTTGTTTTTGAA 100 44
HKO16_RS05065 1086888 .. 1086915 +  -7.1  -2.97297   GCAAAATTTATGCGA        GGTGATGAC ATAGGCGTTG GTCATCACC         GTTTAGTTAATAAAT  63 467
HKO16_RS05080 1088362 .. 1088374 +  -3.4  -4.09739   TTTACTTTGGATTAA                GAGT TCATT ACTC                TTTTGAGCAAATTAA  56 26
HKO16_RS05085 NONE
HKO16_RS05090 1090027 .. 1090067 +  -8.4  -3.12999   TTTAAAACATCTGTT  TGAGAGCGCAGATTACTT CGCTT GAGTAATCTGCGTAATCA  TTGCATGTGCAATAC  70 36
HKO16_RS05110 1097381 .. 1097391 +  -2.6  -3.35467   ATTAAAGTGCCTAAT                 TTAT AGA ATAA                 TTAGTACTTTATGCA  44 20
HKO16_RS05115 1099264 .. 1099279 +  -4.8  -3.29461   TAAAGGAAATCCTGT              TATATG GGTT CATATA               TTCTAAAGCGACTTC  54 52
        yejB NONE
HKO16_RS05125 NONE
HKO16_RS05130 1102950 .. 1102963 +  -5.3   -5.9667   TATTTAAATTTTTAA               TGCAA AAAG TTGCA                TTTTTTTATATTTTT  95 79
HKO16_RS05135 1104344 .. 1104372 + -10.5  -4.00476   ATTTCTTAAAGTAAA        GGTACTATTTC TAAGGAT GAAATAGTACC        TTTATACTCAATTTA  91 43
HKO16_RS05160 1109892 .. 1109909 + -11.3   -4.6902   TTTAAGTATGAAAAA             GCCACCT ATTG AGGTGGC              TTTTTGACGTTATAA 100 47
HKO16_RS05175 1114061 .. 1114074 +  -3.8  -2.60555   GCGATCAAAGAAGGA               GCAG AATTAG CTGC                TCGATTGTAAAATTG  46 2
HKO16_RS05180 1114270 .. 1114290 + -13.3  -5.76633   CGCCAAATTCGAAAA            GCCCCTGTT AAT AGCAGGGGC            TTTTTTTATCTATGC 100 36
HKO16_RS05185 1115118 .. 1115141 +  -6.8  -5.79595   GTAGTTTTCACTAGA          CCCATTTTAA GTTT TTGGAATGGG           TTTTTTATTTTAAAA 100 158
HKO16_RS05190 NONE
HKO16_RS05195 NONE
HKO16_RS05200 1128133 .. 1128158 +   -12  -5.45652   TTTAACGAATTGAAA         GTACTAGAGG CGTTTT CCTCTAGTAC          TTTTTTATTACCAAT 100 57
HKO16_RS05225 1133665 .. 1133692 + -11.4  -4.85782   AAATGAATTTTAAAA        GCCTCTTAATCT AGAA AGTTTAAGAGGC         TTTATTTTTGCGAAG 100 70
HKO16_RS05235 1136854 .. 1136874 + -13.3  -5.28176   CGCCAAATTCTAAAA            GCCCCTGTT AAA AGCAGGGGC            TTTTTTATGCCTAAA 100 55
HKO16_RS05240 1138191 .. 1138225 + -16.6   -4.9448   ATTAAAATTATTTTG     CAAAGCTAAGCTACGG TAA TCGGAGCTTAGCTTTG     TTTTATTTAGTACAT 100 52
HKO16_RS05245 1138892 .. 1138911 +  -6.4  -3.87815   TTGCATACATTCAAA            GCAGCCTA TCAC TAAGCTGC             TTTATAAACCTCAAA  66 72
HKO16_RS05250 1140055 .. 1140100 + -11.5  -3.66968   GATGAATAGTGCTTT G-GAACAAGATGCTTTTGAA AAGGTAG TTCAAAAGCATCTTGCTCAC TTAGTTTATATGGTT  93 39
HKO16_RS05305 NONE
        astA 1153239 .. 1153249 +  -2.6  -2.61913   TAAAGGGTAAATCAA                 TAAA ATA TTTA                 ATTAATCTATATATT  40 167
HKO16_RS05315 1154988 .. 1155005 +  -7.7  -5.64873   TGTTTTTATATTAAA             GCTAGGT GGGT GCCTAGC              TTTTTTATTCTTAAA 100 53
HKO16_RS05320 1155615 .. 1155625 +  -2.6  -3.05769   TATAAGGAAAAATGG                 TATT TAA AATA                 TATATCATTTAAACA  43 44
HKO16_RS05325 1156182 .. 1156204 +  -5.1   -4.1899   AAAAATATTAACAAG           TTAAATAAA TAATT TTTATTTAA           TTTTAGGTGCAGTAA  64 93
HKO16_RS05330 1156801 .. 1156815 +  -7.1   -5.4111   AAAATCGGATAAAAA               GCCTC ATTAC GAGGC               TTTTTTATAATTCTT 100 171
HKO16_RS05340 1159480 .. 1159496 +  -3.7  -4.84246   GTATCGAATACAGTA              CCTAAAT TAG ATTAAGG              TTTGTTTGTTATTTT  66 16
        gudD 1165156 .. 1165173 +  -9.1   -5.5353   AATATTGAATTGATA             GCTGTCC TTTG GGGCAGC              TTTTTTATTGCTATA 100 61
        kdgD 1166172 .. 1166191 +  -2.9  -2.86828   ATTTGGCTGCTCTCA            TTGC-GAC ACTTG GTCCGCAA            TAATTCTAACTGTTT  43 3
HKO16_RS05370 1167818 .. 1167846 +  -8.3  -4.40173   CAAATTTAAAAATGG        TGCAGCTTAAT CAAGAGT ATTGAGCTGCA        TATTTTTTTAACTTA  85 32
HKO16_RS05375 1168796 .. 1168815 + -10.8  -4.86862   GATCAAGATAAAAAA            GAGAGCTT ATTT AAGCTCTC             TTTTAATTTTTTGGG 100 53
        mhpT 1179976 .. 1179997 +  -9.5  -3.66095   TAAGTTTTAACGAAA           GTATGGGGT TAGA ACCTCATAC            TTTCACTACAGATTT  82 38
HKO16_RS05425 1180549 .. 1180567 +  -3.2  -3.16564   CACACAGAAAATTGA             TTTCATTT TGC AAATGAAC             TTGCTAGCATCGAAG  45 82
HKO16_RS05430 1181302 .. 1181327 + -12.1  -3.66356   CTTAAGGTAAAAGAA         GTTCCTTTATT TTTG AATAAAGGAAC          TTTCGAGTTAAAGCT  95 36
HKO16_RS05445 1185263 .. 1185278 +  -3.2  -2.99972   CACCATTATGGGTGG              GGGTAT GCTT GTGCCC               ATTATTTAGTCAAGT  45 82
HKO16_RS05450 1186530 .. 1186565 + -15.7  -4.26019   TTAAATATTAAAAAA    GCAGGTTAAAACCTT TTATTT GAGGTTTTAACCTGC     TTTTGGATGTGGTTA 100 37
HKO16_RS05475 1192819 .. 1192853 +  -7.2  -2.58544   CGCAAATGTAGCAAA     CGTGTTGCCGATGTAT GGC ATATATTGTCGGCACG     GTTATAAAAATAACG  59 65
HKO16_RS05500 1198358 .. 1198383 +  -7.6  -4.96106   AAATGCGATAAAAAA         CACCTGCATA TACTTC TACGCAGGTG          TTTTTACTATTTATG  89 54
HKO16_RS05510 1200632 .. 1200647 +  -6.2  -2.94532   AATTACTGCCATCTC              CCTAAA GTTT TTTAGG               ATTTACTATGATTTT  58 68
HKO16_RS05515 NONE
HKO16_RS05520 1203073 .. 1203097 +  -7.9  -4.88228   AATTAATTTATAAAA          GCCCACTTT ATTGAGG AAGGTGGGC          TTTTTACTATTAAAT  87 39
HKO16_RS05525 1203770 .. 1203790 + -10.5  -5.56264   ACGTATAGTAAAAAA            GCTGCATAG GGG TTATGCAGC            TTTTTTGTGTTTCAA 100 140
HKO16_RS05530 1205365 .. 1205383 + -10.3  -5.65927   AAGGAAATTATAGAA             GGGTGTG CTTAC CACACCC             TTTTTTCTTTAGATG 100 93
HKO16_RS05535 1206417 .. 1206433 + -10.1  -5.47399   ATCTAAATAAAAAAA              CCGCCTG TGA TAGGCGG              TTTTTTTAACATTGA 100 35
HKO16_RS05545 1207661 .. 1207682 + -10.2  -4.05402   TTAAGCATTAAAGAA           GGCCGATT CTTATA AATCGGCC            TCTTTTTCATTGGAG  90 49
        rnhB 1208739 .. 1208776 + -12.9  -5.03713   CTTTCCGTTTAATAT   AACAGAGCCGCTATA AAAAAAAC TATAGCGGCTCTGTG    TTTTCTTTGATTATT 100 495
HKO16_RS05615 NONE
HKO16_RS05620 1216089 .. 1216109 +  -6.9  -3.46482   GTAAAGAAAGAAAAA            GCCTGAT CTGGTCC ATCAGGC            TTAGTTAATTCAATT  65 20
HKO16_RS05625 NONE
HKO16_RS05630 NONE
HKO16_RS05635 NONE
HKO16_RS05640 NONE
HKO16_RS05645 NONE
HKO16_RS05650 NONE
HKO16_RS05655 1220033 .. 1220057 +  -2.1  -3.18264   AAATTTGCTGAAAGG          TGGTGCTTGAT GTC ATCAGTCAGCA          TTGCTGAATACCGCA  44 16
HKO16_RS05660 NONE
HKO16_RS05665 1221264 .. 1221281 +  -9.1  -5.48063   AGAAAGATTTTAAAA             GCTCGCC AAAT GGTGAGC              TTTTTTGTATTGAAT 100 101
HKO16_RS05670 1221600 .. 1221629 +  -9.4  -5.61881   ATTACGGCGCATGAA       GCCCTGCCAAATA CTAGT TAT-TGGCGGGGC       TTTTTCTTTTTGGAG 100 53
HKO16_RS05675 1221831 .. 1221846 +  -5.4  -3.19602   ACAATAAACCAGAAG              GCTTCT TATA AGAGGC               TATTGGTATGGACGG  56 15
HKO16_RS05680 NONE
HKO16_RS05685 1222891 .. 1222904 +  -8.1  -5.85178   ACTGCGTAATTACCT               GAGCC TTGA GGCTC                TTTTTTTTGGCTATT 100 24
HKO16_RS05690 NONE
        terL NONE
HKO16_RS05700 NONE
HKO16_RS05705 1227097 .. 1227109 +  -3.4  -3.77264   TGGGCATAATAAATT                CTTC CTTTA GAAG                TTGTTAAATGTTTTA  52 91
HKO16_RS05715 1227961 .. 1227974 +  -8.1  -5.60993   TGAAAATTAATAAAG               CCACC TTCG GGTGG                TTTTTTTGTGAGAAA 100 44
HKO16_RS05720 NONE
HKO16_RS05725 NONE
HKO16_RS05730 NONE
HKO16_RS05735 NONE
HKO16_RS05740 1231637 .. 1231655 +  -3.8  -3.13773   GTTGGTGCCTTTGTT             GTATAGGA GAA TCCCATGC             CTTTTAAATATCAGG  48 20
HKO16_RS05745 1231828 .. 1231840 +  -3.4  -2.74563   AAAGAAATCGACAGC                CTCT GCTAA AGAG                TAATTAAGCTATGAG  44 10
HKO16_RS05750 NONE
HKO16_RS05755 1232789 .. 1232803 +  -8.5  -4.67635   ACATTCATTTTATGA               CCGCC TCGAT GGCGG               TTTTGTCATTTTAGA  89 45
HKO16_RS05760 NONE
HKO16_RS05765 NONE
HKO16_RS05770 1234172 .. 1234193 +  -6.5  -3.91042   TTGTCGAATTTTCCA           CAGGGTGGT TGAG GCTGCCCTG            TTTGCATTATTTGTA  66 14
HKO16_RS05775 1234773 .. 1234788 + -10.4  -5.93252   TTCTTTAGAAAATAA              CCCCGT TCAC ACGGGG               TTTTTTATTTTTCAA 100 44
HKO16_RS05780 NONE
HKO16_RS05785 NONE
HKO16_RS05790 1239425 .. 1239442 + -12.7  -5.27938   TTAAATTTAACCCAA             GCCCTGC AAAT GCAGGGC              TTTTTATTTGGGGGT 100 45
HKO16_RS05795 NONE
HKO16_RS05800 NONE
HKO16_RS05805 NONE
HKO16_RS05810 1244968 .. 1244983 + -10.4   -5.4833   TTTATTTAATTCATA              GCACCC AAAA GGGTGC               TTTTTTATTGCCTAA 100 42
HKO16_RS05815 1245407 .. 1245420 +  -9.5  -5.60689   CGAAAACAGTTAATG               CCGCC TTCG GGCGG                TTTTTTATTATCTAA 100 28
HKO16_RS05820 1246043 .. 1246061 +  -8.2   -3.5764   CTTTCATTACTGAGC             GGCTTTGT TGC ATAAAGCC             TTTGAAGGTAAAGTT  75 79
HKO16_RS05845 NONE
HKO16_RS05850 1251740 .. 1251750 +  -4.6  -3.19192   TAATAGTCATGATGT                 CGTC TTA GGCG                 TTCCATTAAGTAGGC  51 338
HKO16_RS05865 1257154 .. 1257169 +  -6.1  -5.71712   CTACACTAAGAGAAA              TCGGG TGTGTT CCCGA               TTTTTTTATGTGGGG 100 236
HKO16_RS05870 1258389 .. 1258413 +  -7.9  -3.76413   GAAAAGATTTAAACG          CCAGCAGTAAG TTT TTTACTGATGG          TTTCCAATTTTAACA  73 29
HKO16_RS05875 1259788 .. 1259804 + -10.1    -5.626   GCAAAGATAAAAATA              GCCTCCT AAA AGGGGGC              TTTTTTTATACCCTA 100 44
HKO16_RS05880 NONE
HKO16_RS05885 1261131 .. 1261160 + -14.5  -5.00616   TTATAGAACTGATGT       TAAAAACGGATGC TTGA GCATCCGTTTTTG        TTTTTTAAGGAGCAG 100 51
HKO16_RS05900 1263974 .. 1263991 +  -6.3  -5.67063   CCTAAAAAATAAAAA             GCTAACA GTCA TGTTGGC              TTTTTTTATGATAAG  93 56
HKO16_RS05905 1264532 .. 1264548 +  -4.3  -3.64716   CCCCAATGTAAATGG              GGGCCTG TGA CACGTCC              TGTTTTACCGACTAG  56 95
        clpB 1268169 .. 1268190 + -10.3  -5.88197   TGCTAAAACCGAAAA           GAGAATATG GAAA CATATTCTC            TTTTTTTATATTTAA 100 49
HKO16_RS05925 1269352 .. 1269385 + -14.2  -2.64412   AAGAATGTACATGGT     GAAGTTATCATTAC CGTGAA GTAATGATAACTTC      CTGTTTCAAATTCAG 100 2
HKO16_RS05935 1272199 .. 1272228 +  -7.3  -3.89348   AGGTAATCTGAGCAC       GGCTCTAAATT TTCTGGTC AATTTAGGGCC        TTATTCTGTAAAGTT  72 35
HKO16_RS05940 NONE
HKO16_RS05945 1274612 .. 1274636 +   -13  -4.43844   GATATAAAATATAAA          CAGGTAGATC ATAAA GATCTACCTG          TTTTGTAAATACTAG 100 60
HKO16_RS05950 1276241 .. 1276259 + -11.8  -5.61596   TCTAATTTGAAAAAA             GCTTCTCA TTT TGAGAAGC             TTTTTTTATAGAAAT 100 60
HKO16_RS05955 1277164 .. 1277196 +  -4.9  -3.28712   GTCAACATGTTTAAG     CGCTGGATGGTCAA AAGGAG TTG-CTTTCCAGCG      TTGTACAGACAGCCC  54 117
HKO16_RS05970 1281285 .. 1281301 +  -2.3  -2.78237   TATTAGGTAGTGTAA              GTAATTT ATA AATTTAC              GCTTTTTTACAATTA  40 129
HKO16_RS05975 1282025 .. 1282043 + -10.3   -5.1861   AAAAGCATTAAAAAA             GCCCCTA AGCAA TAGGGGC             TTTTTTAATGCTAAA 100 50
HKO16_RS05990 NONE
HKO16_RS05995 1285285 .. 1285303 + -13.2   -5.4588   TTATATTCCAGTTGG             GGCCTGTT TTG AACAGGCC             TTTTTTATAATTTTA 100 59
        hrpA NONE
HKO16_RS06015 1291719 .. 1291732 +  -8.1  -5.64274   TAGATTAATTAAAAA               CGCTC GTAA GAGCG                TTTTTTTATGGCTCA 100 46
HKO16_RS06055 1301210 .. 1301238 + -13.3  -3.42553   TTTAAATAAGGGAAG        TGCATAGCCTCAA AGG TTGAAGCTATGCA        GTTTTATATCTTATT 100 36
HKO16_RS06065 1304106 .. 1304142 + -11.2  -4.00934   TGCTGAAAATCAACT   TTTGGTTTAAGATCATG ACAG CA-GGTCTTAAACCAAA    TTTAATATTTGAGGT  93 44
        cueR NONE
HKO16_RS06075 1305226 .. 1305240 + -11.4  -5.17353   CAACGTTGCAGAAAA               GCCCGT GAA ACGGGC               TTTTTTAATGCCTAT 100 251
HKO16_RS06090 NONE
HKO16_RS06095 1308245 .. 1308276 +  -8.8  -5.61596   AGTGGTGTTCACTAA      GCCCATTTCTTC AATGAGAA GTAGAAATGGGC       TTTTTTTATGGAAAT 100 203
HKO16_RS06110 1310097 .. 1310129 +  -2.8  -3.24245   ATGCTCTGTGATGTA      CTACTTTTCATGAT ACGAA ATCATGGAAAGCAA      TTAGCTTATAAATAA  44 48
HKO16_RS06115 1310509 .. 1310532 +    -9  -5.71712   AATAAAGCAAAAAAA          CCTATC-CCTT TTA AAGGAGATAGG          TTTTTTTATATCGAG 100 53
HKO16_RS06125 NONE
HKO16_RS06130 1312845 .. 1312887 + -11.6  -2.67981   TCAGCTTATAAAAAA GCCAACTTGCTAAAGCTAT TGAGTT ATAGCCTTA-CAAGTTGGC TCACTTTCATAAAAT  86 30
HKO16_RS06140 1314344 .. 1314363 +  -2.1  -5.38047   AATATAGTTAAAAAA            CCCAC TTCTTCCTTT GTGGG             TTTTTTATATGGATA  71 112
HKO16_RS06145 1314769 .. 1314791 +    -5  -3.17212   TTAATTACATATTTT           TAACAATTTA GAT TAATTTGTTA           TTCATAAAGTCATAA  52 106
HKO16_RS06150 1315798 .. 1315834 + -12.6  -5.00884   TAGCTGATTACAAAG    TACCTTCCAAATATTA ACACC TTATATTTGGAAGGTA    TTTTTTAACCACCAT 100 44
HKO16_RS06160 1317055 .. 1317070 +  -8.2  -6.23545   GATAATATTCAGCTA              CCGCCT TCTG GGGCGG               TTTTTTTTATTTAAC 100 80
HKO16_RS06165 1317716 .. 1317727 +  -2.2  -2.54896   GAAAAATAAAGTGCA                CCTT TGTA GAGG                 TAACTTACATGAAGA  39 103
HKO16_RS06170 1319019 .. 1319038 +    -5  -2.78547   TATGTGCTTCTAGGC            GAGTACGA AAAA TCATACTC             TGGTTGGTCACATGC  50 202
HKO16_RS06180 1320637 .. 1320647 +  -2.6  -4.11751   GAAAAATTAACCTTT                 TTTA ACT TAAA                 TTTTGGGAGATTAAT  53 53
HKO16_RS06185 1321197 .. 1321207 +  -5.4  -3.93583   GTGAAATCCCACGCA                 GGAA CAA TTCC                 TTTATGGCTGGATTG  61 197
HKO16_RS06190 1322388 .. 1322425 + -13.1   -3.1355   TCTTTTAAAAATACA   TTTAAAAAGCCTAGT ATTAATTA ACTAGGCTTTTTAAA    TTGCATATACATAAA 100 54
HKO16_RS06195 1323697 .. 1323722 +  -9.1  -4.87318   CAGCCAATAAAAAAA         CCACCTAATTC TTTC GAATTAAGTGG          TTTTTGAATTTTGGA  93 350
HKO16_RS06210 NONE
HKO16_RS06215 1327063 .. 1327078 +    -4  -4.73633   GGTAGGCTATTCCTG              CTCATGG ATA CCA-GAG              TTTTATATATTGTTG  65 60
        lptC NONE
        lptA NONE
        lptB 1328922 .. 1328935 +  -4.5  -6.28401   CTGTTTGGTTAAAAA               GAGGT CAAG GCCTC                TTTTTTTATTTTTTG  95 55
HKO16_RS06235 NONE
HKO16_RS06240 NONE
HKO16_RS06245 1333967 .. 1333983 + -13.7  -5.33866   AAAGATAAGAAAAAA              GCCCCGA AAT TCGGGGC              TTTTTTATAGGTTTG 100 33
HKO16_RS06250 NONE
HKO16_RS06255 NONE
HKO16_RS06260 1336268 .. 1336292 + -12.3  -2.87132   TGAGATTTGCATATA          GTTATCCGCAA ATC TTGTGGATAAC          TATATGGAAAAGCAG  90 41
HKO16_RS06295 1343726 .. 1343741 +  -6.2  -2.72217   GACCGATCAAAAATA              TGAGAT GGGT ATCTCA               TGGGTTCTTTAGCTT  57 93
HKO16_RS06300 1345530 .. 1345548 +  -2.5  -3.09933   AATCGGAGCACTCAC            CAG-TACT GTTT AGTAGCTG             TTCGGTAGATTGAGC  43 40
HKO16_RS06305 1346659 .. 1346671 +  -3.5  -4.12841   ATCCTAAATTAACAA                TAATT TTT AATTA                TTTATCCTTAGTTTT  56 106
HKO16_RS06310 1347344 .. 1347368 + -11.7  -4.34771   TAAATAAAATGCATG          GCTTTTTATAA ATA TTATAAAAAGC          TTTTGATGAGTTTTA 100 153
HKO16_RS06315 1348263 .. 1348286 +  -5.9  -4.07885   GAGCACTATCCTTTG          CCTGCTGGC CACATT GCCAGTCGG           TTTTAGCAGGCCGTA  67 176
HKO16_RS06320 1349472 .. 1349488 +  -3.7  -5.27023   ATATTTTTGACTTTG              TGGCGAT AAT ATTGCTA              TTTTATTTTTACGCT  72 185
HKO16_RS06325 1351223 .. 1351238 +  -2.6  -5.18561   GTACATTTATTGGCT              TCGCTTG GAA CAAG-GA              TTTTTTCAATATTTG  75 367
HKO16_RS06345 1354905 .. 1354934 +  -3.6  -5.93252   CAGTTTTTATGAAAG       GCCAAACAGC GTTTTATTGA GGTGTTTGGC        TTTTTTATTTTTGAG  88 43
HKO16_RS06350 1355241 .. 1355256 +  -6.2  -4.41494   TGAGACCGTATTAAT              TTTACC AAAT GGTAAA               TTTTAATTGAAAATA  74 27
HKO16_RS06355 1356010 .. 1356025 +  -8.2  -5.65177   GTTTAAATTCAGCCA              CCGCCT TCTG GGGCGG               TTTTTTTATAGGTAT 100 85
HKO16_RS06375 1359412 .. 1359435 + -13.2  -3.01765   TTTAATTTATAACGA          TCAACCGTCC TTAA GGGCGGTTGA           TGTAATTTACAGTAT 100 77
HKO16_RS06380 1360702 .. 1360715 +  -2.5   -4.0371   TATAAAAATCAATAG               TTTAA AATT TTAAA                TTTCTGTAAAAAGTC  53 172
HKO16_RS06385 NONE
HKO16_RS06390 NONE
HKO16_RS06395 NONE
HKO16_RS06400 NONE
HKO16_RS06405 1367285 .. 1367310 +  -8.3  -4.58685   AATTAATCACTGTAT         TGAAAGCTCGC ATAT GCGGGCTTTAA          TTTTTAGCCCAGTTT  85 204
HKO16_RS06410 1368666 .. 1368678 +  -2.7  -3.51329   TGACTTGATTTAGCT                TTAAC TCA GTTAG                TTCTAATTAAAAATA  46 62
HKO16_RS06415 1369998 .. 1370008 +  -2.6  -4.27911   TCAACCATCTAGTAA                 TTTA ATC TAAA                 TTTATTAAATCTTTT  55 16
HKO16_RS06420 1371596 .. 1371609 +  -8.1  -5.17353   CAGTAAAATAAAAAA               GCCCA TCAC TGGGC                TTTTTTAGTGAGTAT  93 50
HKO16_RS06430 1373509 .. 1373527 +  -6.7  -5.79595   TAATTTCACTCTAGA             GCCTCTT AGTGA AAGGGGC             TTTTTTATTTTCAAG 100 55
HKO16_RS06435 NONE
HKO16_RS06440 NONE
         uca 1378819 .. 1378842 + -11.8  -5.59534   TCGCTTAAACCAAAA          GAGAGCATCG ATAT TGATGCTCTC           TTTTTTATTATGCTT 100 33
HKO16_RS06455 1379855 .. 1379893 +  -7.1   -3.8493   AATTAGTTGTTGTAA  CTT-ATCACCAATAATTT CTTC AAATTATTAGTGATAAAG   TATTGTTTTTAATAT  72 47
HKO16_RS06460 1382679 .. 1382700 + -10.1  -5.75342   GCTAGTTAATTAAAA           GCCCCATCC CTGT GCATGGGGC            TTTTTTTTGCCCAAA 100 32
HKO16_RS06465 NONE
HKO16_RS06470 NONE
        atzF NONE
HKO16_RS06480 1386260 .. 1386278 + -13.2  -4.87807   TCCATAAAGCAAAAA             GCCCAAGT TGA ACTTGGGC             TTTTTAATGTCTTAC 100 43
HKO16_RS06500 1391549 .. 1391565 +  -2.3  -2.97476   GCAAAAGGTTAAAGA              TATAATG AAT CCTTATA              CTATTTTTGAATATA  41 29
HKO16_RS06505 1394545 .. 1394570 +  -4.9  -4.07562   CAGATAAATATGAAA         CATATAATGTG TAAT TATATTATATG          TTTCTATAGGATTTG  62 12
HKO16_RS06515 NONE
        tssB NONE
        tssC NONE
HKO16_RS06530 1399590 .. 1399612 +  -9.9  -2.81535   AGTGAATATTTGGTG           GAGGCTGAC ATAAA GTTAGCCTC           TGCTGTCTTTAAATA  79 48
        tssE NONE
        tssF NONE
        tssG NONE
HKO16_RS06550 NONE
        tssM NONE
        tagF NONE
HKO16_RS06565 NONE
HKO16_RS06570 1410234 .. 1410269 +  -6.4  -2.98015   GGGTAGCAGAGGGTA    TATCTTTTTTTCTTAA ATGT TTAAGTTAAAAAGATA     TGTGTACTAATTAAA  58 35
        tssH NONE
        tssA NONE
        tssK NONE
HKO16_RS06590 NONE
HKO16_RS06595 NONE
HKO16_RS06600 1418083 .. 1418101 +  -7.4  -4.65838   TCATGTGATCGACAA             GCTGGG AAATCAA CCCAGC             TTTTTCCCATGTATA  81 81
HKO16_RS06610 NONE
HKO16_RS06615 NONE
HKO16_RS06620 1421466 .. 1421478 +  -2.7  -4.65895   AGTGATAGGATAATA                TTGAA ACT TTCAG                TTTTTAAATGAACAC  60 114
HKO16_RS06625 1422953 .. 1422964 +    -3   -4.3739   TACAGATCTTCTAAA                TAAC AGTA GTTA                 TTTTCTGCCCAAGTA  60 310
HKO16_RS06640 1424872 .. 1424890 +  -2.5  -3.09158   TATGTTCTGGATATG            TGGT-TGT GAAA ACAGACCA             TAATATTTTTATTGA  43 4
        soxR NONE
HKO16_RS06650 1426170 .. 1426187 + -11.3  -5.52384   AGTTTGAACAAGAAA             GCCTGTC AAAA GACAGGC              TTTTTTTGATAGCCA 100 65
HKO16_RS06655 1427946 .. 1427965 + -10.8   -5.3671   TATCTATAAAAAAAA            GAGGCTAA CGAT TTAGCCTC             TTTTTTACTTCTATT 100 46
HKO16_RS06665 1430017 .. 1430033 + -10.9  -5.90231   TCTTTATCATTTCAA              TTAGGCC AAT GGCCTAA              TTTTTTTGTCTTTAT 100 50
HKO16_RS06670 NONE
HKO16_RS06675 1432185 .. 1432203 +  -3.1  -5.06414   CATCGTTTTATAGGA             GCTGCAT AGATG ATTCAGC             TTTTTATTAACGGCC  67 17
HKO16_RS06680 NONE
HKO16_RS06685 1433689 .. 1433731 +  -3.5  -2.70979   AAATCAAAAATGAAA TGTTCTAGAGTAGAC-AAGT TATA ACTTTGTCCGCTCTAGCTCA TGACTTTGGTTCAAA  44 28
HKO16_RS06690 1434543 .. 1434553 +  -2.6  -3.35597   TGTTGAATTTGTATA                 TTAA AGA TTAA                 TCTTTAAAAGCTAGA  44 85
HKO16_RS06710 1441134 .. 1441162 + -13.9  -4.14392   TGAGTGTTAAAAAAA        TGAGATGGGGACG AGG TGACCCCATCTCA        TTTTAAACATTAAGC 100 31
        paaA NONE
        paaB NONE
        paaC NONE
        paaJ 1446063 .. 1446077 +  -2.9   -3.3054   GACTGTCTTGAGCCT               TTTGA TTACT TCAAA               TGTATTTAAGTCTTT  46 2
        paaK NONE
HKO16_RS06745 NONE
HKO16_RS06750 NONE
HKO16_RS06755 NONE
        pcaF NONE
        paaF NONE
        paaX NONE
HKO16_RS06775 NONE
HKO16_RS06780 1454984 .. 1455018 + -15.2  -4.21607   TAAGCTGGTTATTTT     CCAAAGCTAAGTATGG TTA TCTTACTTAGCTTTGG     TTTATATTAAATAGA 100 103
HKO16_RS06785 NONE
HKO16_RS06790 1456439 .. 1456472 +  -9.9  -2.83737   ATAAGGTATTTAAAA     ATATTAGACAATTAA ATAT TTAATTGTCTAATAA      ATATTTTAAATATTG  79 59
HKO16_RS06800 1459324 .. 1459339 +    -9  -2.71243   TTTACTCATGTCGAT              GCTAGC AAGT GCTAGC               CTGTTCTTCTATGAC  72 11
HKO16_RS06805 1460226 .. 1460240 +  -4.4  -3.59305   AAGAAGTCCTGCGTA               TTTTAT AGG ATAAAA               CTTTTCTTTATAAAT  56 85
HKO16_RS06810 NONE
HKO16_RS06815 1461979 .. 1461998 +  -7.9  -5.24531   AGTAAACTCTATTGA            GCCACAT CTTTGC ATGTGGC             TTTTTTCTAACAAAT  91 70
HKO16_RS06825 1464102 .. 1464120 +    -6  -3.57263   GTTGGGCTTCTTCAG             GTAGTGCT GCC AGCAATAC             TTTACCCGTGGAAGT  62 389
        pobA 1465986 .. 1466001 +  -5.4  -5.60993   AAGTAAAAATAAAAA              GGGCAT GAAA ATGCTC               TTTTTTTATAGAAAA  87 46
HKO16_RS06845 1469383 .. 1469398 +  -7.6  -3.36785   GAGCATAAAATAAAA              TCTGGT TTAA ACCAGA               TTAATTAAACTGTCA  69 33
HKO16_RS06850 NONE
HKO16_RS06855 NONE
HKO16_RS06860 1473415 .. 1473428 +  -2.4  -2.76404   GAAGTCAGCAATGGC               GTGA AAGTTC TCAC                TAAGTTTTAGCTAAA  40 9
HKO16_RS06865 1474695 .. 1474710 +  -7.6  -3.37895   TTTACTAGTTTGTCA              TCTGGT TTAA ACCAGA               TTGATATATATTGAA  71 33
        phnW 1475901 .. 1475914 +  -3.9  -2.84878   AGCTGTAACAGTATA               GTTTT TATT AAAAC                ATTTGAATTAAAGGG  47 25
HKO16_RS06875 1476775 .. 1476790 +    -9  -5.41143   GCCTGCGTAAAAAAA              CCTGCT ATAA AGCAGG               TTTTTTTGAAAGCTG 100 47
HKO16_RS06885 1478990 .. 1479007 +  -9.9  -5.79595   TGAGCCAATAAAAAA             GTCATCC CTAA GGATGAC              TTTTTTATTTTGAGA 100 46
HKO16_RS06895 1483736 .. 1483755 +  -7.2  -3.72893   AAATAGGGTAGAAAA            TGCTTCTT TTTA AAGAGGCA             TTTAATACACAGATG  70 102
HKO16_RS06925 NONE
HKO16_RS06930 NONE
HKO16_RS06935 1493968 .. 1493980 +  -4.9  -3.10597   AGGTCTAAAGGAAAA                TTTCA TGA TGAAA                ATTTTAAATACAACG  52 262
HKO16_RS06940 1495264 .. 1495300 +  -6.5  -2.98982   TGATTTTTAAATAAG    CAGCCCCATCATGTGAA GAT TTCACCTGATGGGGGAA    TCATTAATTTTTAAT  59 31
HKO16_RS06950 1497537 .. 1497551 +  -4.3  -2.64134   TCTTGGATTTTTTGG               TAGAG CATGC CTCTA               TAAATTAGTTTAGTG  48 3
HKO16_RS06960 1498984 .. 1499002 +  -8.9  -5.22794   TAGCTTCTTTCAAAA             GCCTACT TTATT AGTAGGC             TTTTTTAATCGTTAT  95 46
HKO16_RS06965 1499674 .. 1499699 +  -2.5  -4.91852   TAATTTTGATGAAAG         TCCTGAC-CTGA TTA TCTGAGTCAGGC         TTTATTTTTGATAAG  63 38
HKO16_RS06970 1499997 .. 1500027 +    -7  -3.39327   TATGACAATAAAAAA       GCCTATTTCCTA GGGCCAA TAGGAAATAAGC       TTATAGCTATGGACC  65 13
HKO16_RS06990 1503174 .. 1503198 +  -4.4   -4.5442   TTCCTTATTTAGGTA          CGTTTAAAAA CTAGT TTTATAAACG          TTTTCTACTTCAACC  68 12
        katE 1505396 .. 1505423 + -12.1  -4.93318   GCTTAAATAAAAAAA        GCCCTGAAAGT TTAAAC GCTTTCAGGGC         TTTTTCTAAATTATG 100 35
HKO16_RS07010 1508608 .. 1508644 + -16.9  -4.22535   TAAGCAAACAGTTTT    TGAGAATAAAGGAGGCA TTA TGCCTCCTTTATTTTTA    TTATTTTAAACTTAT 100 38
        umuD 1509811 .. 1509839 + -11.9  -4.43477   TATTTTATTATTTAA        GTTACTGACCA GAAATGA TGGTCAGTAAC        TTTTCGTTGAATGAC 100 50
HKO16_RS07030 1511102 .. 1511117 +  -7.6  -5.37593   TCAGATATAAAAAAA              GAAGCT TTAA AGCTTC               TTTTTTAGTTTCGAG 100 47
HKO16_RS07040 NONE
HKO16_RS07045 1517350 .. 1517370 +  -3.3  -3.65827   GCGCATATTAATAGC            TTGGTGCAA GAG TTTCACTAA            TTTAAGTGAAGATTG  52 5
HKO16_RS07050 1517829 .. 1517844 +  -3.9  -5.83226   TCATTTAATAAAAAT              CGGGC CTTGGT GTCCG               TTTTTTTATTGGCTT  86 56
HKO16_RS07060 NONE
HKO16_RS07065 NONE
HKO16_RS07070 1520112 .. 1520138 +  -2.4  -3.97674   GAGCGAAAGCCTTTC         TAAATATTTTGT CGT ACTAAATTTTTA         TTATTTGAATCATGA  53 6
HKO16_RS07075 1521039 .. 1521064 +  -3.9  -2.61383   TTTCGATATCGCTAG         AGCAGTGGCTA AAAG TAGGCGCTGCG          ATTCTAAATAAGACT  46 42
HKO16_RS07080 1522124 .. 1522156 +  -5.8  -3.15252   TAGATGAGAAAGTTT      TTTGGTTACTTTTT CCAAA AAAAAGTAACAGAA      TTAGCTGATTGCTTT  54 178
HKO16_RS07095 1524229 .. 1524239 +  -2.6  -3.54447   GCGTGGTATTAAATT                 TAAA TAG TTTA                 TGTTTCTGCGATATA  46 371
HKO16_RS07130 1531417 .. 1531427 +  -6.8  -2.80935   AATATTCGTTTTTTG                 CCAG ATG CTGG                 TCTAATACATCAAGT  57 353
HKO16_RS07150 NONE
HKO16_RS07155 1535025 .. 1535038 +  -2.3  -4.13014   CCGACAATTAAACCC               GAACG TCGC CGCTC                TTTTGAAAATGTCGG  53 133
HKO16_RS07165 NONE
HKO16_RS07170 1537996 .. 1538016 +  -2.5   -3.2794   TAGCTTGGGCCTTGG            CTTTTTCAG CCA CAGAATAAG            TTCCTGTGAGTAAAG  46 219
        gcvA NONE
        mdcA 1542546 .. 1542564 +    -3  -3.23216   ATGGCTTATATCAAC             CACCTGCA AAA TTCAGGAG             TTGGTAATGATGGCA  46 0
HKO16_RS07195 NONE
HKO16_RS07200 NONE
HKO16_RS07205 NONE
        mdcE 1545405 .. 1545416 +  -4.4  -2.83747   AAGGTCCGTGAATTA                TTGC GTGA GCAA                 TGGTTATGAAACTTA  49 5
HKO16_RS07215 NONE
        mdcH NONE
        madL 1547430 .. 1547441 +    -3   -3.9461   GAATCGGAGGTAAAG                TTCA TGGT TGAA                 TTATTATTAAAAGAC  52 15
        madM 1548224 .. 1548244 +  -5.4  -3.83378   TAATCAGGCAAAAGA            GCTGTTGT TATTC GCAGCAGC            TTCTATCTTTTAAAA  61 52
HKO16_RS07260 1554836 .. 1554852 +  -2.1  -4.49337   CACAAAAAACAAATT              GCTTAGC AAT GCCATGC              TTTTGATTGGTGTTA  57 20
HKO16_RS07265 1556270 .. 1556299 +  -6.6  -4.78345   AATTATAGTTTTAGA       TATTAAGCTGCT ATTTTG AGTGGCTTAATA        TTATTTTTATTTCTT  83 40
HKO16_RS07270 1557851 .. 1557867 +  -5.8   -5.2894   GTCTTTAAATAAATA              GCTGGT TAAAT GCCAGC              TTTTATTTTGTCTTT  83 53
HKO16_RS07275 1559512 .. 1559537 + -16.3  -3.68222   ATATCTAGATAAAAA         CAAAGGCCAAC AACT GTTGGCCTTTG          TTCTTGAAGTTAGAA 100 52
        tauA 1562189 .. 1562199 +    -4  -4.59853   ATTATAAAGGCAATG                 TGAA TTC TTCA                 TTTTTGCAGCCTTAA  65 0
HKO16_RS07290 NONE
        tauC NONE
        tauD 1564791 .. 1564834 + -16.4  -3.23101   TCCTTTAATTATTCT TTGTTTCAATTCCAACTC TGAGTTTT GAGTTGGAATTGAAACAG TAATTTATTTCTAAT 100 42
HKO16_RS07315 1568194 .. 1568224 +   -14  -3.72078   CAAACTAATTAAAAA       TCTGGGCCAATTCC TGT GGAAAAGGCCCAGA       TTGGTTATTTTATGG 100 29
HKO16_RS07325 1570145 .. 1570171 + -10.1   -4.5528   ACGAGTTTTGCAGAT         CTTGCGCTGCC TTAAT GGCAGCTCAGG         TTTTGGTTACTTTTC  93 169
HKO16_RS07330 1572227 .. 1572241 +  -2.8  -3.37522   ACAGTTTGGGAACCT               GCCA GATTAAA TGGC               TTGCTTCCCTAAGGT  46 46
HKO16_RS07335 1572444 .. 1572468 +  -6.5   -5.1244   GTTTCATTCAAAAAA          GCTAAATGGTG CCA TGTCATTTAGC          TTTTTATATTAATAA  82 44
HKO16_RS07345 1573314 .. 1573332 +  -8.2  -3.39717   AAGATCAGTCTTTCA             TCACGACA ACG TGTTGTGA             TTAATCTTCCTAGAT  73 3
        arsB 1574526 .. 1574543 +    -7  -5.11063   AATGACTTTAATAAA             GTGCCT TTATAT AGGCAC              TTTTTATTGCCTAGT  85 76
HKO16_RS07360 NONE
HKO16_RS07365 1576665 .. 1576696 +  -8.7  -5.63103   TAGTTTAACCAGTTT      GCCGACCTGCGCT GGGATG AGTTCAGGTTGGC       TTTTTTTGATTGAAG 100 38
        ahpF 1578415 .. 1578438 + -15.4   -5.8096   TAACCTAAAACAAAA          GAGCCAAAGG ATAT CCTTTGGCTC           TTTTTATTTTTTATG 100 45
        msrB NONE
HKO16_RS07420 NONE
HKO16_RS07425 NONE
HKO16_RS07430 1594962 .. 1594972 +  -6.8  -4.91109   AACCAATAGTAAAAA                 CCAG CAT CTGG                 TTTTTGTAATGGAAG  84 291
HKO16_RS07465 1602156 .. 1602174 +  -8.9  -5.37593   TATACATATAAAAAA             GCGAGAT GATCA ATCTCGC             TTTTTTGCTTTAAAC 100 45
HKO16_RS07480 1604049 .. 1604066 +  -8.4  -5.49809   ATTAAATATAAAAAA             GCCCCA ATCTAG TGGGGC              TTTTTTTAAGCTTTA 100 36
HKO16_RS07525 1613694 .. 1613712 +   -11  -6.04324   TTTAGTTTTTAAAAA             GCTCCGAT AAA ATCGGGGC             TTTTTTATTTTTTAA 100 43
HKO16_RS07530 1615131 .. 1615162 +  -8.8  -2.87772   TTTGTCCTAAATTTA      CTTGTGCAGGTGTA AAAA TTCATTTGCACAAG       TGGTCTATTTTCTAA  71 50
HKO16_RS07535 1616033 .. 1616058 +  -2.7  -3.11272   CAGGTTTAGGCTCGG         GAGGAAAAT AATTATGG ATTTTTCTC          TATTGCATAATCCTG  43 15
HKO16_RS07540 NONE
HKO16_RS07545 1617497 .. 1617512 +    -9  -5.50499   TGTGACAATAAAAAA              GAGCCA TGAG TGGCTC               TTTTTTTACATCTAA 100 42
HKO16_RS07555 1619668 .. 1619683 + -10.4  -4.55023   ATAAAGTATAAAAAA              CGCACC ATTT GGTGCG               TTTTCTCATCTTAGG  95 30
HKO16_RS07575 1623201 .. 1623225 + -15.9  -4.36903   TCTAAAGTTAAAAAA          CCCCAAAAACT TAA AGTTTTTGGGG          TTTGTATTTGGTGGG 100 190
HKO16_RS07585 1624915 .. 1624949 +   -16  -4.63675   TAGTCCTGAAATACA     GTAAGAAGCCTATTCA TCA TGAATAGGCTTTTTGC     TTTCTTTAATTTAAT 100 240
HKO16_RS07595 1626718 .. 1626755 +  -9.5  -3.14422   GTAGAAAAATATTAA   TGAGATATCAAAGTATTA TTT TAG-ACTTTGATATCTCG   TCTTAACATTATTTT  76 37
HKO16_RS07615 1630931 .. 1630947 +  -5.1  -2.66822   ATTAATTTTTATTCA              TCAGGAA AAC TTCCTGC              ATCTTCTCTTGCTTG  50 72
HKO16_RS07645 NONE
HKO16_RS07650 1637714 .. 1637731 + -11.3  -4.44277   GTATAAATGAAAAAA             GCCCTGA ATGA TCAGGGC              TTTTCAATTTTGATG 100 35
HKO16_RS07665 NONE
HKO16_RS07675 NONE
HKO16_RS07680 1643694 .. 1643707 +  -3.1  -3.23708   GTAAGCAAACTGTGC               CTCTT GCTG AGGAG                TAATTTTTAAAGGAC  46 388
HKO16_RS07690 1645205 .. 1645231 + -18.2  -5.04601   ATCCATTATAAAAAA         GGGCCTAAATCT AAA AGATTTAGGCCC         TTTTTAATTTATAAC 100 44
HKO16_RS07700 1646031 .. 1646048 + -12.7    -4.371   AAAAATAATAAAAAA             GCCCGCT AAAG AGCGGGC              TTTTAATATAATCAG 100 115
         tkt 1649765 .. 1649782 + -10.5    -5.626   TGAGCAGAATAAAAA             GCGTCCC GATT GGGGCGC              TTTTTTTATGAGCTA 100 46
HKO16_RS07720 1651033 .. 1651049 + -10.9  -5.28481   AAGTTTTCTAAAAAA              GTCCTCA ACT TGAGGAC              TTTTTTAATTAGATA 100 46
HKO16_RS07730 1652593 .. 1652609 +    -8  -4.90266   GTAAAATATAAAAAA              GCCAGT ACAAG ACTGGC              TTTTTAATTAATGAA  90 37
HKO16_RS07755 1659223 .. 1659252 + -16.7  -3.69333   AATCAAAACTAAAAA       TAAATAAAGGGGC CGAA GCCCCTTTATTTA        TTTCAATGAGTTATG 100 19
HKO16_RS07830 1674228 .. 1674247 + -10.8  -4.90266   ATATTGAAATAAGAA            GGGATTGA GTTA TCAATCCC             TTTTTCATTGATAAG 100 49
HKO16_RS07835 1674594 .. 1674611 + -11.3  -5.78622   TTTTTTGTTAAAAAT             TCCCTGC AAAT GCAGGGA              TTTTTTTTGAAATAC 100 48
HKO16_RS07840 1675758 .. 1675777 + -10.8   -5.1675   TCTGATTTATAGAAA            CCGGTTAT TCAT ATAACCGG             TTTTTTAATGGCTGG 100 53
HKO16_RS07855 NONE
HKO16_RS07860 1681492 .. 1681504 +  -2.7  -3.93984   GTTTTAAATTTTACT                TAGAT GTT ATCTG                TTTATGCATCCGTTT  51 97
        rsmG NONE
HKO16_RS07870 NONE
HKO16_RS07875 NONE
HKO16_RS07880 1684496 .. 1684508 +  -3.3  -2.51133   TCAGTCATGCAAGAA                CATCG CCG CGTTG                GTTGATGGGTAGATC  44 8
HKO16_RS07885 1684934 .. 1684944 +  -3.2  -4.88067   ATTAGTACCAAAGTT                 CCTT CTA GAGG                 TTTTTCTGAGTGAAT  65 2
        msbA NONE
HKO16_RS07895 NONE
        kdsB NONE
HKO16_RS07905 NONE
HKO16_RS07910 NONE
HKO16_RS07915 1690588 .. 1690601 +  -2.5  -2.58249   ATTTTGAAAATTTAC               TTAAA GCGA TTTAA                CTTATAGAAACTATA  40 12
HKO16_RS07920 NONE
HKO16_RS07925 NONE
        gspI NONE
        gspJ 1692859 .. 1692872 +  -3.1  -2.80016   CAGGGTGACTTATCG               CTTTC GCAG GAAGG                TAATTCATAATGGCC  43 2
        gspK 1693902 .. 1693914 +  -4.1  -2.88427   ATTAATAAAAGGGAT                GAGGT CAT ACTTC                TGTATAGGCAGTATT  47 86
HKO16_RS07945 1694644 .. 1694673 +  -8.1  -3.90741   TTTCATAATCCGCAT       GTTAACTTACA AGTAGAAG TGTAAGTTAAC        TTCCTTTTGTTTGTA  77 2
         ung NONE
HKO16_RS07955 NONE
        tadA 1697098 .. 1697109 +    -3  -4.46112   CACACTAACGCCGTT                TCAT TGAC ATGA                 TTTATTTAAATAAGG  60 61
HKO16_RS07965 NONE
HKO16_RS07970 1698298 .. 1698309 +  -4.4  -3.16151   CGCATAGCTTGATCA                GTCT ATAA AGAC                 TATGTTGATACTTAA  50 54
        rpsA 1700109 .. 1700141 + -17.2  -4.78848   ACAAATTACTGTAAA      CGGTAGCGTAGTAT TCAAC ATACTGCGCTACCG      TTTTGTATTTAAACA 100 87
HKO16_RS07980 1700521 .. 1700531 +  -3.2  -2.67713   AATAAAACTCATAAG                 TGGG GTG CCTA                 TGCGTTATATTCTAA  42 40
HKO16_RS07985 1700903 .. 1700934 + -11.9   -4.3487   CCTTTATAATTTTGG      TACTACTCTTTAT CTAGTC ATAAAGAGTAGTA       TTTTCCCTTCTATAT 100 32
        pyrF 1701823 .. 1701853 + -13.4  -3.70019   TAAGCCGCTCATCAT       GGCATGTGGTACAT AAT GTGTACCACATGAC       TGTTTTACCATTGCT  95 88
HKO16_RS08005 1705405 .. 1705415 +  -5.4  -3.21218   GAAAAGAGTTTTACT                 GAGT GTA ACTC                 TTGATGCTAAAAGCT  56 24
HKO16_RS08010 1706650 .. 1706667 +  -8.4  -5.13741   AATCAGATATGAAGA             GCGCTC TAAATT GAGCGC              TTTTTATTAAATTCA  93 43
HKO16_RS08015 1707794 .. 1707805 +  -5.8  -3.69734   GCCTTTAATATCTTT                GAGC CTAT GCTC                 TTTGGCTAACTTCTT  60 51
HKO16_RS08075 NONE
HKO16_RS08080 NONE
HKO16_RS08085 NONE
HKO16_RS08090 NONE
HKO16_RS08095 NONE
HKO16_RS08100 NONE
HKO16_RS08105 1716488 .. 1716505 +  -6.9  -4.33854   ACTGATCTTAAAGAA             GCTCGCC AAAC GGTGGGC              TTTAATTTTATTGGT  74 77
HKO16_RS08110 NONE
HKO16_RS08115 NONE
HKO16_RS08120 1718078 .. 1718099 +  -2.4  -2.84841   TGATTCTGATGATGA           TTTATTCT AAGCAA AGAATGAA            TAAATTTTGTTAGAA  42 284
HKO16_RS08125 1718610 .. 1718623 +  -8.1  -5.96219   TTTTTAGTTTAACCG               GAGCC GAAA GGCTC                TTTTTTTTGTGCCTA 100 63
HKO16_RS08130 NONE
HKO16_RS08135 NONE
HKO16_RS08140 1719758 .. 1719772 +  -2.1  -3.30797   GCACAACGGTCAGGA               TCACT AGATG GGTGA               TGTTATGAATTTCGA  44 11
HKO16_RS08145 NONE
HKO16_RS08150 1720342 .. 1720355 +  -3.9  -2.66748   TCGTCCGTGGCGCCG               TCTTA AAGC TAAGA                TCCATTTGCGTGATG  46 71
HKO16_RS08160 NONE
HKO16_RS08165 1721339 .. 1721352 +  -9.5  -4.60258   CAAAAAATAATTATG               CCGCC TTCG GGCGG                TTTCTTATTTGATAG  93 31
HKO16_RS08170 NONE
HKO16_RS08175 NONE
HKO16_RS08180 NONE
HKO16_RS08185 1726207 .. 1726231 + -12.2  -3.53012   GTGGTTAATTCATTT          TGGGGTGGTG TTCGT CACCATCCCA          TTTAGAGAGGCCAAA  91 33
HKO16_RS08190 NONE
HKO16_RS08195 NONE
HKO16_RS08200 NONE
HKO16_RS08205 NONE
HKO16_RS08210 1727953 .. 1727968 + -10.4  -5.64274   CCATTTTTTCACTTA              GCACCC AATC GGGTGC               TTTTTTTATGCCTAA 100 50
HKO16_RS08215 NONE
HKO16_RS08220 1728937 .. 1728965 +  -4.6  -4.63218   GGAGCTTATGATATG       GAGAGCCTACCGAA AAT TACGG--GGCTCTC       TTTTCTTAGGACGAC  68 69
HKO16_RS08225 1729585 .. 1729601 +  -9.4   -5.4505   TAAATTAGTTATAAA              CCCGAC CAAGT GTCGGG              TTTTTTATTGCCCGG 100 44
HKO16_RS08230 NONE
HKO16_RS08235 1733685 .. 1733712 +  -2.1  -3.26042   GCCTAAGTCAATGGA        G-GGTATTATCA ATGAC TGATTATACCGC        CTTCTTTTTGAATCG  44 7
HKO16_RS08240 1734398 .. 1734415 +  -9.1   -5.4505   CAAACGGACCCAAAA             GCTCGAC ACAT GTCGGGC              TTTTTTATTGCGGAA 100 221
HKO16_RS08245 1737394 .. 1737409 +    -9   -5.7946   TTTTTTAAATTTTAG              CCCCTT TTTT AAGGGG               TTTTTTTATTGCCCG 100 45
HKO16_RS08250 NONE
HKO16_RS08255 1740076 .. 1740094 +  -4.5  -5.45652   AATCATCTTTTAAAA             GCCCC TTAAAAACT GGGGC             TTTTTTATTGCCAGT  81 28
HKO16_RS08260 NONE
HKO16_RS08265 1740891 .. 1740903 +  -2.7  -4.09685   ATGTATAGGGGTTAA                TTCAT GAC ATGGA                TTTTAAACAATAAGC  53 19
HKO16_RS08270 1741383 .. 1741400 +  -9.9  -4.29106   CGGTGCGATTGTGAA             GGCTCTT GAGT AAGAGCC              TTTATTAATGTGCAA  93 152
HKO16_RS08275 1741799 .. 1741816 +  -2.6  -5.40072   TTATATAAGTAACAA             CCGCTC TAAATT GAGCGC              TTTTTTTACAACAAA  72 135
HKO16_RS08280 1744338 .. 1744351 +  -8.1  -5.80951   CCTGTTATAAAAAAA               GCCTC TTCG GAGGC                TTTTTTATTTTCGGT 100 47
HKO16_RS08285 1744984 .. 1745003 +    -5  -3.64773   CCTAAACGCTGCGCC            GTAGCCAT GACC ATCGCTAC             ATTTTTATATTCAGC  58 141
HKO16_RS08320 NONE
HKO16_RS08325 NONE
HKO16_RS08330 1756703 .. 1756714 +    -3    -3.409   ATAAGGAATTATCAC                TATG CTGG CATA                 TGTTATTCGGCGTTT  48 37
HKO16_RS08335 NONE
HKO16_RS08340 NONE
HKO16_RS08345 1760557 .. 1760572 +    -9  -5.41941   AGTTATGTCGTTAAA              GGCACT TTCA AGTGCC               TTTTTATTTGGTTTA 100 47
HKO16_RS08350 1761317 .. 1761347 +   -15  -3.73107   ACTACATTGGAGTTA       GGTTATTGGCTTAA TTT TTAAGTCAATAACC       TTTCAGATTTAATCA 100 40
HKO16_RS08360 NONE
HKO16_RS08365 1763710 .. 1763721 +  -7.2  -5.49729   TAGACAATAAAAAAA                GCCC TGTT GGGC                 TTTTTTTACATGCTT 100 52
HKO16_RS08375 NONE
        rraA NONE
HKO16_RS08385 1766235 .. 1766256 +  -9.5  -4.13767   GAGAAAAACACGCTA           GAGATTGAG ATAA CTCAGTCTC            TTTTAAGGTGCGACA  86 50
HKO16_RS08390 1767311 .. 1767335 +  -7.2  -2.95091   AAATAAACTTAGATG          GTAGAGGTGA GTAGA TTGCCTCTAC          TATATAAATTGAAAT  63 48
HKO16_RS08395 NONE
         mfd 1771461 .. 1771480 +  -9.4  -2.74999   GGCTACTAATAATAT            TCACATCA AAAC TGATGTGA             TAGTATTAGCCATTA  74 166
HKO16_RS08405 NONE
HKO16_RS08410 1773496 .. 1773509 +  -8.1  -5.74288   ATATAAATAAAAAAA               GCTGC CTAA GCAGC                TTTTTTATTATTTAT 100 44
HKO16_RS08455 NONE
HKO16_RS08460 1780764 .. 1780781 +  -9.8  -5.45652   TTTAAGATGATTAAA             CGCGCC AATATA GGCGCG              TTTTTTATTAAAAAT 100 44
HKO16_RS08475 1785170 .. 1785193 + -11.8  -5.08255   TCCTGAAATACCGAA          CCCTCTAATC ATGT GGTTAGAGGG           TTTTATTTTACCCAT 100 54
        ybaK 1790864 .. 1790892 +  -3.3  -5.40072   AAATATGATTAAGCA        GTTGTTTTTAACA AAT TGTTAAAAAGAAA        TTTTTTTAAAACAAA  76 325
HKO16_RS08505 NONE
HKO16_RS08510 NONE
HKO16_RS08515 NONE
HKO16_RS08520 NONE
HKO16_RS08525 1799390 .. 1799404 +  -2.8  -4.13767   TTGTTAGTGATATCT               GACG ATGAATA CGTC               TTTTAAAATACAGGC  53 34
HKO16_RS08530 NONE
HKO16_RS08535 1800762 .. 1800774 +  -3.5  -2.90161   GATAGATGACTATTA                TTTTT AAT AAAAA                TCATTCTCATTAATG  45 19
HKO16_RS08540 1803187 .. 1803213 +  -8.1  -3.66378   ATGCAACTAACGAAA         GAGATACCTGT ATAGA GCAGGTATTTC         TTTCAATCAAATCTG  75 40
HKO16_RS08545 NONE
HKO16_RS08550 NONE
HKO16_RS08555 NONE
HKO16_RS08560 1806273 .. 1806307 +   -16   -3.3879   CATAAAAAGAAGAAG     CAAAAGTAGCAAGC GAGGAAG GCTTGCTACTTTTG     TGTTTAAACTCAGTT 100 133
HKO16_RS08565 1808686 .. 1808722 +  -9.8  -2.91728   TTGAAAGACAAACAT    GTTTTAATACAAAATT TGAAT AATTTTGAATTAAAAC    TGTGCTGTTAAAACT  75 68
HKO16_RS08570 NONE
        cobU NONE
        cobT NONE
HKO16_RS08585 1811605 .. 1811627 +  -3.4  -4.45068   TAATAGAACTGTCAT           TGCTAGTATC TAA GCTATTGGCA           TTTCTTATTAACCAT  61 101
HKO16_RS08590 1813247 .. 1813270 +  -9.7  -5.48514   TTTTGAAGTCTTTAA          TGGGAATAG GGATTG CTATTCCCA           TTTTTATTTCTTCAT 100 50
HKO16_RS08595 1814104 .. 1814122 + -10.3  -3.71279   AATAAAATAAAAAAA             GCCCTCA AAAAA TGAGGGC             TTAATTTTCAATCTT  87 57
        lpxB 1822093 .. 1822104 +    -3  -3.67564   AGATCCGGTTCAAGC                CATT TTGC AATG                 TTTGAATAGCTAATT  50 1
HKO16_RS08640 NONE
HKO16_RS08645 NONE
HKO16_RS08650 NONE
HKO16_RS08655 1827927 .. 1827944 + -11.3  -5.47218   TATATTGATTAAAAA             GCCCCAT TTTT ATGGGGC              TTTTTTTAAATCGAC 100 42
HKO16_RS08665 1829310 .. 1829323 +  -3.1  -3.14463   GCAAATCCAGAAAAT               TGGAA TAAA TTCCG                TTGGTAAAAGACCTT  45 5
HKO16_RS08670 1830080 .. 1830101 + -11.7  -4.24204   GATAGCACAATAAAA           TAAAAGGGC ATAA GCCCTTTTA            TTTTAGATATGAATC 100 85
HKO16_RS08690 1832874 .. 1832891 +  -2.1   -3.6872   AGTTCTTAAAATATT             TTGAATA ACAC TATTTAA              CTTTTTATATATTTT  47 18
HKO16_RS08695 1833332 .. 1833350 +   -11  -5.90231   ATCAAAAAGGGTAAA             GCCTGCTT ACA AAGCGGGC             TTTTTTTATATTTAT 100 145
HKO16_RS08700 1834046 .. 1834060 +  -7.1  -4.57569   CTATTTAGCATAAAA               CCACC ATTTA GGTGG               TTTTTAAAAAGATAA  80 135
HKO16_RS08705 1834524 .. 1834537 +  -8.1   -5.7946   CCTTACATAAAAAAA               CCACC ATAT GGTGG                TTTTTTTATTAAGAA 100 60
HKO16_RS08710 1835479 .. 1835495 +  -3.6  -5.28176   AAGCGTTAGATAAAA              GCCCTC ATATA GAGGAC              TTTTTTATGCCTAAA  72 73
HKO16_RS08720 1837944 .. 1837965 +  -5.8  -4.64861   ATATCTAAGAATTAA           GCCCCACT CATTTT AGTGTGGC            TTTATTTTAAGGGAA  74 51
HKO16_RS08725 1838321 .. 1838333 +  -3.3   -3.2352   AATAGCACCCTCCAA                GCTTC GCA GTAGC                TTAACTTAAATTTTA  48 14
HKO16_RS08730 NONE
        recR 1839556 .. 1839589 +  -7.9  -4.56597   GGTGCTTATTTCAAA     GATTTTTTGAATAATA TCG TATTATT-AAAAAATC     TTTTTAAAAGACAAA  82 48
HKO16_RS08740 1841085 .. 1841105 +  -7.7  -5.41941   AAAATCATTTAATAA            GTTAGTCTT TAT AAGATTAAC            TTTTTGTTTAGTTTG 100 147
HKO16_RS08745 1841751 .. 1841768 +  -8.4  -5.47914   TTTGTTCAATGAAAA             CGCCCA TAATTT TGGGCG              TTTTTTATAATTTTT 100 44
HKO16_RS08750 1842649 .. 1842659 +  -2.6  -4.36914   ATTGTTTTTAAAATG                 TAAA ATT TTTA                 TTTTATAAAAGACGA  58 470
HKO16_RS08760 NONE
HKO16_RS08765 NONE
HKO16_RS08770 NONE
HKO16_RS08775 NONE
        trpB 1846911 .. 1846932 +  -5.8  -5.86976   AAATATACTTAAAGA           GCGGCC CATTTCGAAA GGCCGC            TTTTTTATTTTATAG  95 44
        prmB NONE
        aroC 1849257 .. 1849294 + -11.6  -5.08601   TTCTAATCAGCGTAT   TAAAAAAGCCACATAA ACAAAA TTATGTGGCTTTTCTA    TTTTTATTGAAATCA 100 45
HKO16_RS08800 1851646 .. 1851680 + -11.7  -4.63486   GCTTGATCTCATCTT     AAAAAGGGAGAATAT TCTAC ATATTCTCCCTTTTA     TTTTATTCAAGCAAT 100 35
HKO16_RS08815 1855273 .. 1855284 +  -2.2  -3.13522   GAACAACTCCTTACT                GACG TCTA TGTC                 TCTTACTAAAGGAAT  42 5
HKO16_RS08820 NONE
HKO16_RS08825 NONE
        lpdA 1859273 .. 1859287 +  -7.2  -3.55622   AACGAGCGATTCATA               TGTAGA AAT TCTACA               TTTACAGGAGTTGAA  68 21
HKO16_RS08835 NONE
HKO16_RS08840 1861202 .. 1861217 +    -9  -5.46657   TAAGCCTATAAAAAA              GAGCGA ATCA TCGCTC               TTTTTTATTAAAGTA 100 50
HKO16_RS08855 NONE
HKO16_RS08860 1866202 .. 1866214 +  -3.5  -2.70298   GCAATTTTAGGCTTT                TAATA TGT TATTA                CTTGTCGTTGAAGGC  44 197
HKO16_RS08865 1867076 .. 1867090 +  -4.4  -4.57569   TCTTTGGAAAATTGA               TTTAAA CCA TTTAAA               TTTTTGAGAAAGTGA  68 104
HKO16_RS08870 1868136 .. 1868153 +  -8.4  -3.38191   TGATTTATAAAAAAA             GCAGGC TTTTAT GCCTGC              TTCTCACAATTTTTT  73 50
HKO16_RS08880 1870110 .. 1870126 +  -8.7  -3.03243   ATTGGTTTCTCCTGA              GCTGCGT CAA ATGCAGC              TCTTGCCGCATCAAT  67 53
HKO16_RS08890 1871190 .. 1871215 + -13.4  -2.81326   TTAAAAATATAAATA         GCCGAACAGT AAAGGA ACTGTTCGGC          CTTATTGAGATTATG 100 37
HKO16_RS08900 NONE
HKO16_RS08905 NONE
HKO16_RS08910 NONE
HKO16_RS08915 1877053 .. 1877074 +  -6.7  -3.27784   TGACTTTAAAGCTAT           TCAGCT-TGT AAC ACAGAGCTGA           TGTGTTGTCTTACCT  63 4
HKO16_RS08920 NONE
HKO16_RS08925 NONE
HKO16_RS08930 NONE
HKO16_RS08935 1880067 .. 1880095 + -13.3  -4.10437   TGCTAAGAGCTAAAA        GATGCCTTCTG CTTGGGA CAGAAGGCATC        TTATTTAATTAATGA 100 28
HKO16_RS08945 1884142 .. 1884158 + -10.9  -5.95539   GGAACAAATAAAAAA              GGAGCTT TAA AAGCTCC              TTTTTTTATTTCAGG 100 48
HKO16_RS08955 1886188 .. 1886214 +  -3.8  -3.11584   CCTACTGCATCGTAT         CAATAATTTAGG CAT TCAAGATTATTG         TCTGTTAAATAATCT  48 20
HKO16_RS08960 1886895 .. 1886921 +  -8.1  -5.64274   TTGAATCAGTTTACA        GTCCGCATTCTT CCCC AAGG-TGCGGAC         TTTTTTTATCAATAA 100 414
HKO16_RS08965 1888310 .. 1888320 +  -2.6   -3.6682   TAAATTCTTTGATAA                 TTTA GAG TAAA                 TTTCAATAAGTCAAA  48 155
HKO16_RS08970 1889334 .. 1889361 + -11.5  -4.69549   TTTAATTATAAAAAA        GAAGATGTAAG AAAATC CTTACATCTTC         TTTTAATTTTAAATT 100 45
HKO16_RS09005 1896364 .. 1896376 +    -2  -3.13925   GAAGATTTTGAGTTT                TTGA TTATC TCAA                CTTATTTCTTGGTGG  42 214
HKO16_RS09015 NONE
HKO16_RS09020 1898074 .. 1898093 +  -2.8  -5.14163   CAGATTTTAATTAAA            CCCACT CGTCATTA GGTGGG             TTTTTCTTACTCGCT  69 79
HKO16_RS09025 1899887 .. 1899900 +  -2.4  -3.96216   GGTGATTACGGTCTT               TACC GTAACG GGTA                TTGTTTAAATCAGCA  53 4
HKO16_RS09030 1900747 .. 1900771 +  -9.4  -6.15536   AGTATTTTATAAAAG          CCGCTTATTT AAAAA AAATAGGCGG          TTTTTTTTATTCGTT 100 45
HKO16_RS09035 1902057 .. 1902100 + -15.8  -2.62372   TGATATTTAATTTTC CAAATAAAAAACTGATTTAG GCAA CTAAATCAGTTTTTTATTTA TCGATTAATATTTAT 100 38
HKO16_RS09045 NONE
HKO16_RS09050 NONE
HKO16_RS09055 NONE
HKO16_RS09060 1907685 .. 1907705 +  -7.6  -5.60993   ATTAATTCACCACAA            TCACGATC AATCC GGTCGTGA            TTTTTTTATAGGAAA 100 36
HKO16_RS09065 1908688 .. 1908715 + -10.8  -4.38876   TAAGTCATAAAAAAA        GCCTTTTATATT TATT GATATAAAAGGC         TTTATCTATTTTTAG 100 38
HKO16_RS09085 1911535 .. 1911554 +    -8  -3.19629   AGGCTTAATGGTGAA            TTATACGA TTGT TCGTATAA             TGTATATTATGTTAA  71 33
HKO16_RS09090 1914358 .. 1914384 +  -8.1  -2.55074   ATCAGTAAAAATGCA         TCAGAGGAAAT TGAGT ATTTCCCCTGA         TGCATTGAACTTAAG  67 136
        adeR NONE
        adeS 1921104 .. 1921120 +  -3.7  -4.64423   ATAATTTAATAAATA              GCTTG TCTTGAT CAAGC              TTTGTATTTTTCTTC  66 431
       adeT1 1922718 .. 1922754 +  -4.5  -3.03969   TAGTGGGTTCGCCTT    GATGAAGTAAGTAAGCA ATC TGTTTACGAACTTGATC    TGTAATTTCATCAAT  49 379
HKO16_RS09130 NONE
HKO16_RS09135 NONE
HKO16_RS09140 1926483 .. 1926512 +  -2.1  -3.56643   TAAGAAGCCTGTAGG       TCAGTGTAAGGTA ACTC TACCTAAACCTGA        TTTAGCAACTATAGA  46 164
HKO16_RS09150 1927355 .. 1927372 + -11.3    -4.788   AAACTTGAATGAAAA             GCCCTGA ATAC TCAGGGC              TTTTTAAATTGCTTT 100 40
HKO16_RS09155 NONE
HKO16_RS09160 1929054 .. 1929071 +  -9.9   -4.7871   GATATGTCTTGAATA             GCCCTAA TTAT TTAGGGC              TTTTTCATAGTGCTT 100 67
HKO16_RS09200 1936418 .. 1936430 +  -7.7  -4.21462   TAGACTGGTTGCTTC                GCCAA GCT TTGGC                TTTTGCGTCATAGCT  77 434
HKO16_RS09265 1950508 .. 1950526 +  -8.8   -5.5112   TTGCAGCATTGTAAA             ACCCACTC ATT GAGTGGGC             TTTTTTATTACTAAC 100 156
HKO16_RS09295 1957666 .. 1957682 +  -2.3  -4.55826   AAGCCCGATATGCAA              TCGTA CCAATAA TACGA              TTTTGGTCTTTTACC  61 307
HKO16_RS09325 1963738 .. 1963756 +  -3.8  -2.94032   CTCACTCACGGTTGC             GATGGTAG ATG CGACTATC             ATTTGATTGACGAGT  47 451
HKO16_RS09350 1969116 .. 1969147 +  -3.8  -2.64274   ACGTATTATCGATCG      GTTGATTTGCAAGA TTCA TCTCGTAAATAAAC       TAAATTTCAAAAAGT  46 46
HKO16_RS09355 NONE
HKO16_RS09360 1972574 .. 1972592 +  -8.9  -5.32944   ATCTAAAAATAAAAA             GAGACCA CGAGT TGGTCTC             TTTTTTACTTCTACA 100 35
HKO16_RS09370 NONE
HKO16_RS09375 NONE
HKO16_RS09390 1978154 .. 1978165 +    -3  -3.79747   CAGCAAAGTATTCCA                GTAT CGAC ATAC                 TTTGCTGGTGCCTCA  52 56
HKO16_RS09400 1980956 .. 1980977 +  -2.3  -4.16158   CTAAAGAGTCTTCAA           GGTGGTTAT TTAA ATAGCTATC            TTTAATATTTTTCTC  56 238
HKO16_RS09410 NONE
HKO16_RS09415 NONE
HKO16_RS09420 1985168 .. 1985185 +  -9.9  -5.72622   AAGATTTAATTAAAA             GAGACCA TTAA TGGTCTC              TTTTTTATTTATAAG 100 54
HKO16_RS09520 2003118 .. 2003139 +  -6.7  -5.07523   TCATATTTTTATGTA           TGATTGAGT AATC ACTCAATTA            TTTTATTTGTATATG  85 85
HKO16_RS09525 2003729 .. 2003749 + -10.5  -4.68424   CAATATAGATTAAAG            TAAGGATGC ACG GCGTCCTTA            TTTTTGAATGGATTA  95 33
HKO16_RS09530 2005030 .. 2005050 + -12.7  -4.08144   ATTATTGACTTAAAA            CACAGACTA CAT TAGTCTGTG            TTTATAGTTGATCAA 100 176
HKO16_RS09535 2005683 .. 2005711 +  -3.9  -2.54896   TCCGTTTTAAATGCC        TTCTCAGATTTTT TCG GACAATCAGAGAA        TGGATTCGCTCACCC  45 82
HKO16_RS09540 2007024 .. 2007061 + -15.1   -4.3665   TCCATTTATTTAAAA   CCCTAAAAGTAAGACCA TCGT TGGTTCTACTTTTAGGG    TTTATATTTGAATTA 100 59
HKO16_RS09550 2008350 .. 2008373 +  -3.9  -3.01001   AAAACTCCGTAATTC          CTTAAAGGT ATATTG ACCTTAAAG           TGTGCTTTAAACATA  48 29
HKO16_RS09555 2009238 .. 2009268 + -12.8  -4.24204   CAATAAATCTAAAAA       GACGAATTACAG CCCCATT CTGTAATTCGTC       TTTTCCATATAAATA 100 35
HKO16_RS09580 2014638 .. 2014668 + -14.3  -3.69283   CTATTCTTCGAGATA       TAAAAAGAGACCA ACTTG TGGTCTCTTTTTA       TTCTTAGATCGCTTC 100 43
HKO16_RS09600 2020494 .. 2020517 +  -6.1  -2.89683   TATTCTTGAAAAAGA          TGATCTTGT TAAAAC ACAAGGTCA           TCTATACCATAGGAT  58 45
HKO16_RS09605 2021509 .. 2021525 +  -5.2  -3.17075   CTTTAATCAGTTCGA              CTTTCA TATCC TGAAAG              TTAGCTTCCGAGAAA  53 260
HKO16_RS09620 NONE
        catC NONE
        catA 2025745 .. 2025778 + -10.5  -2.89178   GCTTAATTGAAAGTG     TATGTGAGTTAAAAG TTCG CTTTTGACTCACAAA      ATTTACTCCATTTAT  81 35
HKO16_RS09635 NONE
HKO16_RS09640 2027521 .. 2027537 +  -5.1  -4.97312   GAGGCAAGGAAGCCT              CCTCTGT TCA ACAAAGG              TTTTTGGTTACTTTT  75 336
        pcaF NONE
        pcaD 2029756 .. 2029769 +  -5.2   -5.4833   TTCATTTCAAAAAAA               GGCC TATAAC GGCC                TTTTTTGTTAACTCA  84 62
HKO16_RS09655 2032475 .. 2032505 +   -15  -4.41302   TTATGTTAAAAGACT       GAGGTTTGTTATTT ATA AAATGACAAACCTC       TTTATTAGTTTAATA 100 57
HKO16_RS09725 2047446 .. 2047479 +  -5.5  -3.90291   AAATTAGCTCTCTTA     GAGCAGTTAA-GAA TTTCCTT TTCTTTAGCTGCTC     TTTCATTAAAACAAT  61 58
HKO16_RS09730 NONE
HKO16_RS09735 2050538 .. 2050560 +   -15  -5.67967   ATTCTAAATAAAAAT           TACCCCCTAA ACT TTAGGGGGTA           TTTTTTTATCCTAAT 100 34
HKO16_RS09760 NONE
        pcaU 2056566 .. 2056586 +  -9.9  -3.14881   TTGTTTTTGAGTTTT            TATATCTGT TTG ACAGATATA            TTCGTCACGGCCTTC  73 322
HKO16_RS09865 2076205 .. 2076233 + -16.3  -3.85859   AGGGTAAATAAAAAA        GTGCTATTTCTAA CAC TTAGAAATAGCAC        TTATATTTAAATATT 100 34
HKO16_RS09885 2080882 .. 2080909 + -11.5  -4.07124   GCTTCTGTTCAAGAG        TGCCCAAATTA TTTTTT TAATTTGGGCA         TTTATATAAATAGTC 100 41
HKO16_RS09890 2081960 .. 2081982 + -10.7  -4.19177   TAAGGTATAAAAAAA           TAAAGCCCA AGATC TGGGCTTTA           TTTATATTCAAAGAT  95 38
HKO16_RS09915 NONE
HKO16_RS09920 2087995 .. 2088016 + -10.2  -4.77986   GCTTCTTAAAAAAAA           GGGATCTG CTAAAA CAGATCCC            TTTTTAAATATTTAA 100 32
HKO16_RS09955 2096373 .. 2096384 +    -3  -3.09635   CAGACCTGCATGCAG                CATA ATAT TATG                 TTGACTACTGCAACT  44 217
        ilvA 2099189 .. 2099226 + -15.9  -3.73725   AGTAACCTTTCATTT   TGATAAAAAAGCTGGCA AATA TGTCGGCTTTTTTATCA    TTTAAGCTTATTATT 100 36
HKO16_RS09975 NONE
HKO16_RS09980 2101337 .. 2101353 +  -9.4  -3.52117   TTGGTTAATAAAAAA              GCCGCT GTAAA AGCGGC              ATTTTTATAGGTCAA  80 33
HKO16_RS10000 NONE
HKO16_RS10005 NONE
HKO16_RS10010 2110064 .. 2110074 +    -4  -4.91987   TCTCGTCTTTTATTG                 CTTT TAA AAAG                 TTTTATTATTGCCTT  68 55
HKO16_RS10015 NONE
HKO16_RS10020 NONE
        cydB NONE
        cydX NONE
HKO16_RS10035 2113762 .. 2113779 + -11.3  -5.01042   TAACCTAAACAAAAA             GGACCTC ATTT GAGGTCC              TTTTTCATTTCGATT 100 33
HKO16_RS10070 2118500 .. 2118515 +  -6.8  -5.65177   GCAAGCATAAAGAAA              CGTCAC TTAG GTGGCG               TTTTTTTATACCTGT 100 31
HKO16_RS10075 2119271 .. 2119282 +  -4.4  -3.99805   AACTTATATTTGAAT                GACT AGCA AGTC                 TTTGCATTTTTCAAA  60 92
HKO16_RS10080 2119786 .. 2119814 + -14.8  -5.09426   GGCTAAATACAAAAA        TAAAAATGGGCG ATTAA CGCCCATTTTTA        TTTTTTAAACTTAAA 100 35
        grxD 2121604 .. 2121639 + -13.6  -2.68088   CTCCAGAAGCTTAAT    AATAAAAAAGCCAATC AAAA GATTGGCTTTTTTATA     CTTATAAATTTAACA 100 27
HKO16_RS10100 2123127 .. 2123168 + -12.7  -3.23047   TCCATAAATCAAAGC CGCATAAAAAAAGTTCGATA GAT TATCGAAC-TTTTTTATGCA TATTAAATTTCTAGA 100 34
        brnQ 2125673 .. 2125704 +  -8.3  -3.89346   ATTTTATATATTGAA      TAAAATGCTGCGTT TACCC AAC-CAGCATTTTA      TTTCTAACATCAGCA  77 79
HKO16_RS10115 2126364 .. 2126376 +  -4.9  -3.03903   TTTATAAACATAGAA                GTTTT TAT AAAAC                TGTTCAAAAAATTTT  52 159
HKO16_RS10120 2126742 .. 2126771 + -13.9  -3.90112   CAGAAATAAGAATTC       TAAAAATGGATGA GCGA TCATCCATTTTTA        TTTGCTTAAAAACAA 100 32
HKO16_RS10130 2128241 .. 2128268 + -10.6  -5.80817   CTGCTTTTATTTTCG        CCTCTAAGTCAG TAAT CCGGCTTAGAGG         TTTTTTTGTATTAAA 100 44
        ptsP NONE
        pfkB NONE
HKO16_RS10145 2133982 .. 2134001 + -10.8  -5.15167   TCATAATTTAAAAAA            GGGAGAAT ATAA ATTCTCCC             TTTTTATTAGTGCTC 100 35
HKO16_RS10150 2135142 .. 2135157 +    -9  -5.77677   ACGATTAATTCTCAA              GCTCTC TCAT GAGAGC               TTTTTTATTATTTTC 100 63
HKO16_RS10155 2135506 .. 2135532 +  -6.7  -4.15841   AAAAACCGGAAACCG         TATAAAAAGCC TCCAT GGCTTTTTTTA         TTTATAATTTAATAA  74 21
HKO16_RS10160 2138186 .. 2138203 +  -2.1  -2.59482   AGGGTCAGGCTTATC             TAGAA-AG TCA CTATTCTA             TGAATTAATCATTTA  39 0
HKO16_RS10165 2138803 .. 2138820 + -11.3  -5.05782   CCTTTACATAAAAAA             CCCAGCT ATAT AGCTGGG              TTTTTTGAAATAAGT 100 48
HKO16_RS10175 2141418 .. 2141435 +  -8.5  -2.67441   CCTTTGTAAATAACT             CATCACT GTCT AGTGATG              TGGTGTAGTCGCTTG  69 182
HKO16_RS10180 2142967 .. 2142980 +  -8.1  -4.21194   CAAAAATTTAAAAAA               GGTCC TTCG GGACC                TTTTCAATCATAGAG  83 30
HKO16_RS10205 NONE
HKO16_RS10210 2150301 .. 2150318 +  -2.1   -3.9534   ACAATGCTTCTCAGC             CTTGTAAT GCC ATT-CAAG             TTTATAAGTATCAAT  51 278
HKO16_RS10230 NONE
HKO16_RS10235 NONE
        recA 2153700 .. 2153713 +  -9.5  -5.00884   ACATGAGTCATAAAA               CGCCC TTCG GGGCG                TTTTTTACAAGGAAT 100 45
HKO16_RS10245 2154604 .. 2154614 +  -3.2  -4.55118   TTTTTATATTTCTGT                 GTCA AGG TGGC                 TTTTATATAAAATTA  62 413
HKO16_RS10255 2155543 .. 2155562 + -10.8  -5.80248   TTTAGTTATAAAAAA            GACACTGT TAAA ACAGTGTC             TTTTTTTATGTCTTC 100 41
HKO16_RS10325 NONE
        glnG 2170879 .. 2170900 + -10.2   -5.0065   AGCAAAAATCAAAAA           GCGGCTAA TTTAAT TTAGCCGC            TTTTCTTTATGACTA 100 47
        adeN 2171794 .. 2171807 +  -5.3    -3.484   AAGTCTAATTCTTTT               GCATT TTGA AATGC                TTATAGTATAGTAGA  58 33
        argF 2172837 .. 2172855 +  -6.7  -6.23317   TCTAATTCAAAAAAA             CAGCATC GTTAA GGTGCTG             TTTTTTTATTTTTAT 100 43
HKO16_RS10345 NONE
HKO16_RS10355 2174779 .. 2174808 +  -9.4  -4.83615   AGTGAATATAAAATA       AAAAAGCCAGTG CATAGA CACTGGCTTTTC        TTTTTATGCGGGATA 100 39
HKO16_RS10370 2177745 .. 2177771 + -14.6  -2.75863   AAGCTTATCTATATT         GAAGCCTTCTTT TAA AAAGGAGGCTTC         TACATTTAATTTTGA 100 39
HKO16_RS10375 2178195 .. 2178212 +  -2.7   -4.4831   TGGGAATATATAGAA             GATCTAT TGGT ATAGCTC              TTATTTTTAATAAAT  58 11
        tusD 2181289 .. 2181312 +  -3.3    -3.965   CTCGTCTTCTTCAAT          TTTAAGTTA CTTTGT TAACTTAGA           TTGTTGCTTTTAAAA  56 21
HKO16_RS10395 NONE
HKO16_RS10400 2181977 .. 2181987 +    -4  -2.70143   AATTTAATCGATGCA                 TTTC TTT GAAA                 TAATATAGTTAGGCT  46 12
HKO16_RS10405 NONE
HKO16_RS10415 2184863 .. 2184876 +  -5.3  -3.19656   TGACGATATTCCAAA               GGTTT ACCT AAACC                TTGGTCCATCCATTT  53 173
HKO16_RS10480 NONE
HKO16_RS10485 2202040 .. 2202052 +  -7.7  -3.25088   GACCCATAAGACAAA                TGCGT TAT ACGCA                TTACTACATTTAAAA  69 97
HKO16_RS10495 2203810 .. 2203830 +  -6.2   -2.9632   GCCATAATAAGCAAA            CTTTGCAG ACATC TTGCAAAG            ATTATTTGCAACTTT  58 207
        aroQ NONE
        accB NONE
        accC 2206153 .. 2206188 +   -18  -3.08696   GCATAATATGCTTCA    TATAAAAAAGCCTCTT AAAT AAGAGGCTTTTTTATA     TCTACTTGTTTATGG 100 35
HKO16_RS10525 2209480 .. 2209491 +  -2.2  -3.14564   ATGGAATGGCGCTTA                GCTA GATT TGGC                 TTAGTAGCCCCATGG  42 268
HKO16_RS10535 NONE
HKO16_RS10540 2211851 .. 2211866 + -10.4  -4.55491   ATAAATAAAAAAGAA              GCCCTC AATT GAGGGC               TTTTATAATTCCATC  95 46
HKO16_RS10740 2241862 .. 2241882 +  -9.8  -3.93673   AATGAAATGCAAAAA            GCCTATTC GAAAA GAATAGGC            TTTATACAGTATTTC  83 53
HKO16_RS10815 NONE
HKO16_RS10820 NONE
HKO16_RS10825 2252646 .. 2252662 +  -9.4  -5.49579   CAATACTATACCTAA              CCCACC ACCAC GGTGGG              TTTTCTTTTTTATCA 100 47
HKO16_RS10830 NONE
HKO16_RS10835 NONE
HKO16_RS10840 NONE
HKO16_RS10845 2255916 .. 2255927 +  -5.8  -2.62616   CCAGCATATCTTTTA                GAGG ATGG CCTC                 TAATATGAAAGATCA  55 11
HKO16_RS10850 NONE
HKO16_RS10855 NONE
HKO16_RS10860 NONE
HKO16_RS10865 NONE
HKO16_RS10870 2257404 .. 2257418 + -11.4  -4.88786   CTTGCAACAGTTTAA               GGCGGT TAA ACCGCC               TTTATTTCTTTTAAT 100 26
HKO16_RS10885 2260941 .. 2260999 +    -5   -3.6834   TTAATTTAATAATAT TGAA-ATACTAGACTAAAAAACAAGAG AGTATA CTTTTGTTTTTTAGTCTAAAAGCTTCA TTTAAAAATTTTATT  58 37
HKO16_RS10890 2262873 .. 2262884 +  -4.4  -2.97021   CAGCTCCCTCTTAAA                GCTT AATA AAGC                 TCTGGTCTTTGCCAA  49 20
HKO16_RS10895 2265216 .. 2265232 +  -6.5  -3.68724   GTGAAAGCAATAAAA              CCCTATC GAC GATTGGG              TCTTGTCTTTTTTCT  64 525
HKO16_RS10925 NONE
HKO16_RS10930 2272256 .. 2272276 +  -3.2  -3.60151   TTTGGACCAAGTACC            CATAGGTC ATAAC GGCCTAAG            TTATCGTTTAAAGCA  50 441
HKO16_RS10950 2279329 .. 2279339 +  -5.4  -3.61654   GCATCGCATAAATTT                 TAGC AAG GCTA                 TTTGCAGTAAATGTC  58 438
HKO16_RS10970 2284444 .. 2284465 + -13.1  -4.09556   ATCGACCTAACAAAA           TAAGCACCC ATTT GGGTGCTTA            TTTCATTTCAATCTA 100 50
HKO16_RS10980 NONE
         tal 2287051 .. 2287079 + -14.1  -5.52096   TTTCATACAAAATTA        CCGATTTTTGTTA TCA TGACAAAAATCGG        TTTTTTATTGGGTTT 100 51
        leuE 2287843 .. 2287863 +  -4.7  -2.63182   AAAAATGTTCTTACC            TGTCTTACC CCG GGTAAAGCA            ATAATTTTTTCACTA  47 120
        benE 2289631 .. 2289682 +    -9  -2.80398   AAGGCTTAAACGAAA GAGTTTGCGCTTCATCATTTA-GAG AAA TTCATAAAAAATTAAGCGCAAACTC TCGTTAAATTAATTA  73 39
HKO16_RS11035 2295791 .. 2295810 + -10.8  -4.91109   CTGAGTCGACTAAAA            GCCTAATC CATT GATTAGGC             TTTTTATCGTAAAAA 100 44
HKO16_RS11040 2297635 .. 2297671 + -14.1  -2.90455   ACGCTATTTTTATGC    CTATATAAAAGCTCTAA CTA TTAGAGCTTTTATATAA    ATCTTTTAATTATCA 100 45
HKO16_RS11065 2303135 .. 2303149 +  -2.2  -4.81852   TAGTTTAGAATTTTC               TTTATT AAA AATAGA               TTTTATTAATTATAA  62 38
HKO16_RS11095 2309602 .. 2309627 +   -12   -4.8048   TAGTAACTAACATTA         TAAAAGCCCC ATTATC GGGGCTTTTA          TTTTTAATCTAGGAC 100 54
HKO16_RS11110 2312871 .. 2312885 +  -4.2  -4.01603   GCCACATCCATTTGC               GCCACT ATA AATGGC               TTTACTGTTTCGCTG  59 334
HKO16_RS11160 2324148 .. 2324173 +  -7.7  -4.98672   AACCTCTTATAAAAA         CCTAAAGTC AAAACAAA GACTTTAGG          TTTTCTATTTTTGCA  89 52
HKO16_RS11165 NONE
        thiM 2326285 .. 2326304 +  -3.6  -2.53876   ACTTTTAAATAAACA            GGCATA ACCTAAAC TATGCC             TGAATTACACTAGAC  44 19
HKO16_RS11185 2329995 .. 2330022 +  -3.5  -5.75945   TTGACTTACTTTTTG        GGGAATACT TAGCTCCAGC GGTATTCCC         TTTTTTTTAAAGCCT  84 89
HKO16_RS11190 2331475 .. 2331492 +  -4.9  -2.75963   GAGACATTTCAGCTT             TAAGCGT ACCC ATGCTTA              CTTTACGCTCACCAT  50 405
HKO16_RS11200 2334005 .. 2334026 +  -7.3  -5.68438   TTAATTGTATAAAAA           GCCGGTAAT TTAA ATTGCTGGC            TTTTTTATTTAGTAC 100 93
         eat NONE
HKO16_RS11210 NONE
        eutC NONE
HKO16_RS11220 2339010 .. 2339051 + -17.7  -2.87501   AATAAACATAATTTG AATATAAAAAAGCCCAACT TTAC AGTTGGGCTTTTTTATATC  TGCTGTTTACTCACC 100 325
HKO16_RS11230 2341502 .. 2341515 +  -2.5  -4.13945   TCGAATCTGCTAAAA               TTATT TCTG AATAA                TTTTAGGATAAAGCT  53 12
HKO16_RS11235 2342502 .. 2342514 +  -3.5  -4.56969   TTAGTAAAAAATTTA                TATAA GTA TTATA                TTTCTTTATCACATT  63 277
        nfsB 2343279 .. 2343308 + -16.7  -3.46647   TTATAAGAATTCAGT       GGAGTTCAAAAGA ACAG TCTTTTGAACTCC        TATTTCATAGCTAAG 100 35
HKO16_RS11275 2349395 .. 2349420 +  -4.1  -2.95192   TTAAAAATCATTTGG         TTTTGTTATTC ATGC GAAAAACAGAA          GTTTATCAGGTTCGA  47 126
HKO16_RS11280 NONE
HKO16_RS11285 2350737 .. 2350750 +  -5.3   -3.3761   AGGATGATGAGAACA               CTCAA AACC TTGAG                GTTTTCTTAGAGCAA  54 507
HKO16_RS11300 2351980 .. 2351995 +  -4.6  -4.29396   TATAGGTAAATAAAA              GGCACC CGAA GGTACC               TTTTAATAAATGCTT  62 28
HKO16_RS11320 2356089 .. 2356118 + -12.3  -4.24149   TTCTAATACTTTTTC       GCGCATAATTTGG ATAA TCAGATTATGCGC        TTGTTCTTTTGGTAG 100 132
HKO16_RS11355 NONE
        coq7 2370585 .. 2370609 + -11.6  -5.09173   TTTAAAAAAAACAAA          GGATTGATCT CAAAC AGATCAATCC          TTTTTTAAAATATTA 100 36
HKO16_RS11370 2373041 .. 2373063 +  -9.2  -5.83822   AACCACTTTGCAAAC           CCTTAGGG AGAAATA CCCTAAGG           TTTTTTTTACATCTA 100 64
HKO16_RS11420 2384822 .. 2384842 +  -5.5  -4.20918   AATATAAAGAATAAA            GGGAAAT TCTAAAT ATTTCCC            TTTGTTCAAATTAGC  66 39
HKO16_RS11440 2390004 .. 2390022 +    -6  -2.95942   TGTGGTTTTAACCAG             TTTTTGCC TTG GGCAATAA             TAATTTCAATATCGG  56 193
HKO16_RS11460 2393823 .. 2393835 +  -3.5  -3.52117   AAACTTGAATATATG                TAAAT GGT ATTTA                ATTTTTCTAGGTGAA  50 43
HKO16_RS11465 2394453 .. 2394464 +  -5.8  -5.64274   AAATCGGCTTAAAAA                CACC TTCG GGTG                 TTTTTTTATAACTAA  90 52
HKO16_RS11470 2395179 .. 2395207 + -13.4  -4.07885   ATTTATATATCAATC        TAAAAAAGCACC TGAGT GGTGCTTTTTTA        TTTTAGGAAGAAATC 100 40
HKO16_RS11475 NONE
HKO16_RS11480 2397024 .. 2397043 +  -8.6  -5.49729   CTTAAAAATAAAAAA            GCATGGTT GATA GACCATGC             TTTTTTTCACTCATT 100 36
        ppsA 2406801 .. 2406816 +    -9  -5.32699   TTTGTTATAAAAAAA              GACCCA TCCG TGGGTC               TTTTTTCATCTTTAG 100 41
HKO16_RS11515 2407642 .. 2407658 +  -9.4  -5.08824   AATGTCTAAAAAAAA              GGAGGC ACCTC GCCTCC              TTTTTTCCATAGAGA 100 62
        cyoA NONE
        cyoB NONE
        cyoC NONE
HKO16_RS11535 NONE
        cyoE 2412799 .. 2412822 +  -7.5  -3.83409   CCCTGCTCCAAATCT          TCCTCTCTT TTAATT AAGGGAGGA           TTTCCTCCTCTCTCA  74 13
        rpsF NONE
        rpsR NONE
        rplI 2414090 .. 2414109 + -12.2  -5.80248   TTCTCATCAAAAAAA            GAGCATGC TTAC GCATGCTC             TTTTTTTATCTCTTA 100 42
        dnaB NONE
         alr 2416841 .. 2416857 + -10.9  -5.47821   TTACTAAATAAAAAA              TCCAAGC ACT GCTTGGA              TTTTTTTGAATAAAT 100 44
HKO16_RS11590 2421828 .. 2421845 +  -9.9  -3.94333   GTAGATATAAAAAAA             GAGAACC ATAT GGTTCTC              TTTAGATTTTGAATT  87 44
HKO16_RS11600 2424611 .. 2424631 +  -9.7  -5.42198   ATCATTTTCAAAAAG            CGGTCCATT AAA GATGGGCCG            TTTTCTTTTTTAAAC 100 96
        prmA NONE
HKO16_RS11610 2426734 .. 2426769 +  -9.2  -3.90048   ATTGTTCTTATGTTT    TAGAGTCACTGTTTTAG GAT CTAAAACAG-GACTCCG    TATTTTTAGACCACA  81 301
         fis 2427114 .. 2427133 +   -10  -6.02345   GAATAAATGATAAAA            TGCTCACG GCTT CGTGGGCA             TTTTTTTTGTGCTTC 100 35
        purH 2428790 .. 2428810 +  -8.3  -4.10161   TTTAGTCCTCCCTAA            CCCTCCT TTTATTC AGGAGGG            TTTTCCACAATAATG  79 47
        purD 2430193 .. 2430222 + -13.1  -4.56736   TAAAAATTTAAATAG       TAAAAAAGCTCTC TTAT GAGGGCTTTTTTA        TTTTACTTATTCACT 100 38
HKO16_RS11630 2431320 .. 2431340 + -14.1  -5.93252   AGCTGCAACGCGAAA            CAGGCAAAG ACT CTTTGCCTG            TTTTTTCTTTTTAGC 100 50
HKO16_RS11635 NONE
HKO16_RS11640 2433105 .. 2433122 +  -8.4  -5.79595   TGAACTCCTACAAAA             GCCCTC TTCCAT GAGGGC              TTTTTTATTTTAGAG 100 42
        gloB 2433998 .. 2434025 +    -5  -4.65895   TAAGCTTTCAACCAA        GATACAGTTT AATTTTAA GAACTGTATC         TTTTTGAATAAAGCA  69 46
HKO16_RS11650 2434709 .. 2434750 +    -6  -5.64421   CATTAAATAATAAAA CCTGTAGC-AC-AGCACCTC TCCC GATTTGCTAGTTGCTACAGG TTTTTTATTTCGAAT  90 197
HKO16_RS11665 2438418 .. 2438435 +  -9.9  -5.86965   AATAAGCCATAAAAA             TAGCCTC ACTA GAGGCTA              TTTTTTTTAATAGAT 100 36
        yddG 2441606 .. 2441632 +  -6.7  -2.79312   TATACCGAACTAGCA        GCAATAGAACGG GCTG CCGTTTT-TTGC         TCTAATGCAAAATTT  61 56
HKO16_RS11690 2442980 .. 2442999 + -10.8  -3.38324   AAAGTAAATAAAAAA            GCTCCTTA GCCA TAAGGAGC             CTTTTATTAAACGTA  87 53
HKO16_RS11725 NONE
HKO16_RS11730 2450922 .. 2450933 +  -4.4  -2.60797   GTTTAATATTTCTTA                GCAT GAGT ATGC                 CTTAATATATGTAAA  48 107
HKO16_RS11735 2451850 .. 2451868 +  -6.1  -3.45634   CTATCTTATTGATCA             TTAAGAG AACAC CTCTTAA             TTCCCTTTTCTTGAG  62 279
        proP 2453490 .. 2453527 +   -13  -3.61182   GTAAAGCAACGTTTT   TTATAAGAATAGCGAC TTAAAT GTCGCTATTCTTTTAA    TATATTTTTCATTCA 100 41
HKO16_RS11745 2454144 .. 2454172 +  -6.1  -3.58726   AATAGTTTGGTTAAA        GATAAAAGCCC TTTAACT GAGCTTTTATC        TTCTATATAAAACAG  64 36
HKO16_RS11780 2461444 .. 2461465 +  -8.8  -4.85129   CCATAAATTTTAAAA           CATAGGAG CCAGTT CTCCTATG            TTTTTAATATATGGT  93 35
HKO16_RS11795 2463451 .. 2463462 +  -7.2  -5.63103   TGCCCCATAAAAAAA                GCCC TTAC GGGC                 TTTTTTTAATTAAGC 100 57
HKO16_RS11805 2466240 .. 2466263 +    -6   -4.2558   AACGTTAATGAAAAA          CCAGCCTG TTAAACCT TAGGCTGG           TTTTAATGCACACTA  69 49
HKO16_RS11810 2467200 .. 2467220 +  -4.1  -3.57873   AAATCTGCACAAATC            TTCAAGATT AAA AATCTTAAA            TATTTCATCTTGTCT  53 15
HKO16_RS11815 2468304 .. 2468317 +  -3.9   -3.2614   ATCTGGAGAAAATGA               TAAAG TCAT CTTTA                TTAATATAAAAAGTC  49 463
HKO16_RS11820 2469249 .. 2469265 +  -4.5  -4.19506   CCGTGAAATATAAAA              TTTCATT ATT AATGGAA              TTTTCAACTTAACAT  62 515
HKO16_RS11855 2473629 .. 2473661 + -12.3   -4.1347   TTAAAATTAAAAAAG      TAAAAAGCTCCTT TTCTATT AAGGAGCTTTTTA      TTTATATGGTTAAAA 100 112
HKO16_RS11875 2479296 .. 2479311 +  -6.1  -5.09173   TATTGAAATAAAAAA              GCTCC ACAAAA GGAGC               TTTTTTAGAATCTTG  82 54
HKO16_RS11910 2483591 .. 2483605 +  -4.2  -3.72743   TTATGATTTTAATCG               GTACAC CAG GTGCAC               TTGCTTTTGATCATG  53 362
        rpsU NONE
HKO16_RS11930 2486295 .. 2486305 +  -5.4  -3.18507   TCAGCAAAAATTAAA                 GCTA AAT TAGC                 TTAATCCCCTCTCTT  56 11
HKO16_RS11995 2499357 .. 2499376 + -10.8  -5.45652   AATTAATCAAAAAAA            TCCCAATC AAAT GATTGGGA             TTTTTTATTAGCAAT 100 35
HKO16_RS12010 2501455 .. 2501471 +  -2.3  -4.00756   GAGAATTTCACTATT              TAATTGA AAC TCAATAA              TTCTTTGCTAAACTA  52 9
        rpoH 2502487 .. 2502509 +  -8.5  -4.56358   AGAAAATGAAAAAAA           TAAAAGGGC GATAA GCCCTTTTG           TTTTATCTGGCTATG  89 41
HKO16_RS12020 NONE
        thiS NONE
HKO16_RS12030 2503970 .. 2503997 +  -7.8  -3.39286   ATAATTTATTTCTAA        GGAATCACTG TTTTTTTT CAGTGGTTCC         TCTTTCCCCTCATGT  71 37
HKO16_RS12045 2506278 .. 2506312 + -16.6  -3.51365   TGAAATAAACGGTAA     CATGATGGGCATAGAT TGA GTCTATGCCCATCAAG     TTATATAACGTGTCA 100 33
HKO16_RS12055 2509182 .. 2509208 + -15.2  -2.71712   ATATTGTGAATAACA         CCTGCCTGCAAA CGC TTGGCAGGCAGG         CTTTGAAAGGAAAAG 100 236
HKO16_RS12060 NONE
HKO16_RS12065 NONE
HKO16_RS12070 2511568 .. 2511578 +    -4  -3.27109   CTTCGCATTACCATG                 TACT GAC AGTA                 TGTTCATTAAATTAG  49 241
HKO16_RS12075 2512656 .. 2512681 + -13.5   -3.0782   GTAAAAGTTAAAGTT         TAAGAAGCTCA CAAT TGAGCTTCTTA          TCTCTTAAAAAATTA 100 23
HKO16_RS12100 2519439 .. 2519456 +  -7.7  -5.42862   TAAATAATAAAAAAA             GCCTACT CAAA GGTAGGC              TTTTTTTGAAACTAT 100 34
HKO16_RS12115 2523688 .. 2523735 +  -9.3  -4.97312   AGGTCGACATGGATG TCGACCGTATCACTG-CGATAC AGGAA GTATCGTCAGTGATACAGAGGA TTTTTGGTTACTTTT  95 60
        mrcB NONE
HKO16_RS12135 2528169 .. 2528196 + -12.2  -4.78597   CAAGAAGCACAACAA        GCATTGAAAGCT TTCT AGCTTTTAATGC         TTTATTTCTTATTAA 100 8
HKO16_RS12145 2529463 .. 2529482 + -10.8  -5.19879   AAAACAAAAAATGGA            TAGCATGG GCAA CCATGCTA             TTTTTGTATTTCACG 100 74
HKO16_RS12170 2535465 .. 2535479 +  -3.5  -3.71848   AAATTTCATTTTATA               GACTC GTTCA GGGTC               TTCTTGATAGGCAGG  52 131
HKO16_RS12180 2536995 .. 2537026 + -14.7  -4.55887   AAGATTTTTTCTAAT      TAAAAAACCGAGG CAAAGT CCTCGGTTTTTTA       TTTCTGTTTTTACAA 100 39
HKO16_RS12190 2539581 .. 2539597 +  -6.6  -3.05935   GCTATAGATCAAATC              CCTACT AATTC AGTAGG              TTGAATCGAAAATAT  62 5
HKO16_RS12195 NONE
HKO16_RS12200 2541305 .. 2541332 +  -7.1  -3.09015   CTTAAAAAGACGATC        GAGGATCAG GCTAAAGTTA CTGATCCTC         TTAAATGACTATACA  64 36
HKO16_RS12205 2541997 .. 2542009 +  -4.8  -3.27786   TATTGAGTACTTCAT                CAGG ATGGC CCTG                TTCCTCAATTTTCCC  54 163
        adeF NONE
        adeG NONE
        adeH 2552271 .. 2552284 +  -9.5  -5.71712   TAGTTAATAAAAAAA               GCGCC TTAC GGCGC                TTTTTTTATATACAC 100 34
HKO16_RS12255 2554001 .. 2554011 +    -4  -3.30124   ATTATGATTGGAGTA                 GTAA CTT TTAC                 TTGTAACGGCTGCGA  50 248
HKO16_RS12265 2556055 .. 2556088 +  -5.5  -2.94588   ATATTTTATTAAGAA     CAGTACTGTTTGAT AGAAAAA ATCAAACAG-GCTG     CTTCATTTTTATATT  53 113
HKO16_RS12270 2556790 .. 2556804 +  -3.5  -3.65529   CATTAAATTCACTTG               GTACG TATTT CGTGC               TTTACCTGCAAGTGT  52 68
HKO16_RS12275 2556899 .. 2556922 +  -2.3  -3.37067   AAGCCTGGGGTCGTG          GGTTCGATC CCCGCC GAGCGCACC           ATTTTATATATAATA  44 1
HKO16_RS12280 NONE
HKO16_RS12285 NONE
        queF NONE
HKO16_RS12295 2560251 .. 2560266 +  -6.8   -5.7946   ATAGTCTATCGGAAA              CCTGGT GAGA GCCAGG               TTTTTTTATTGCAAA 100 47
        rodA NONE
        mltB 2562510 .. 2562527 + -11.3  -4.78764   TTAGGTACAGAAGTA             GCTAGCC GATA GGCTAGC              TTTTTGATGAGTTTA 100 14
HKO16_RS12310 2563457 .. 2563476 +  -7.9  -5.21709   CGAGTTCATGAAAAA            GCCACAA GTTAAG TTGTGGC             TTTTTTAATATAAAA  91 53
HKO16_RS12315 2564450 .. 2564472 +  -9.2  -3.79445   ATAAATTTTTAAGAA           GCTGAATCCT AAA AAGATTCAGC           TTTAACTTAATGATT  81 37
         map 2569900 .. 2569926 +  -5.9  -5.86976   TTTAATCAAAATTAA         TAAAAGGCTGC TTTAT GTAGCCTTTTC         TTTTTTATTTTGTAC  95 41
HKO16_RS12355 2571225 .. 2571255 + -14.3  -5.73978   CTCAAAAGCACACAA       GCTATAAAAGCTT TACTT AAGCTTTTATAGC       TTTTTTATTTATCCT 100 43
HKO16_RS12360 2572971 .. 2573011 +  -8.6  -4.78107   CCGCAGCCTAATTCC GAT-AAGAAGCAGAAATCA CAAA TGATTTTTGCTTCTTCACC  TTTTTCATAATAATC  93 30
HKO16_RS12365 2574556 .. 2574573 + -12.7  -5.24129   AATAAAAATAAAAAA             GCCCGCA AGTT TGCGGGC              TTTTTTATGAAAAAC 100 226
        lipA 2577243 .. 2577261 +  -6.7  -5.72622   ATAAGTATTAAAAAG             GCCTTCA GATTA TGAGGGC             TTTTTTATTTATACA 100 47
HKO16_RS12380 2580034 .. 2580057 + -12.6  -4.57341   ATTAATAAACAGCCA          TAAAAGCGTC ACTC GACGCTTTTA           TTTTTAGGAGAAATT 100 89
HKO16_RS12385 2580466 .. 2580488 + -10.6  -3.89336   ACAATAACTTCAGTA           TGAGCCAGCA CTT TACTGGCTCA           TTTAAATTTAATTCA  89 34
HKO16_RS12395 2582645 .. 2582668 + -13.8    -5.252   ATACTAAGAACATAA          GGGCAGACGG TGAA CCGACTGCCC           TTTTTTCTAAAAATG 100 34
        metF NONE
HKO16_RS12405 2584365 .. 2584376 +  -4.4  -3.10481   TTAAATTTTTTTCCA                CTGA TAAA TCAG                 ATTCTTTCTGTATAA  50 105
HKO16_RS12410 2587298 .. 2587321 +  -4.6  -4.70659   AGTCTATTTTACATG          CGCTGGTTTT TCCA AAAATGAGCG           TTTTTGACTGTGAGA  68 54
HKO16_RS12415 2589824 .. 2589860 +  -8.2  -5.14965   AATGACTTGAGAAAA   CCTCTATTCTGT-AGCA TGAT TGCTTGAAGAATAGAGG    TTTTTTCATGCAAGT  93 73
HKO16_RS12420 2591125 .. 2591139 +  -4.2  -5.96894   ACAACAATAAAAAAA               GCCTCA AAA TAAGGC               TTTTTTTATTTAGGT  90 44
HKO16_RS12430 NONE
HKO16_RS12435 2594076 .. 2594093 +  -8.4  -6.20267   TTTCTTTATAAAAAA             CCACCC TGTTTT GGGTGG              TTTTTTTATTTTTAA 100 46
HKO16_RS12440 NONE
HKO16_RS12445 2594374 .. 2594390 +  -9.4  -6.07374   CCAAGATTCTAAAAG              CCCGCA TTTAT TGCGGG              TTTTTTCTTTTTTAT 100 38
HKO16_RS12450 2594623 .. 2594653 + -15.7  -4.13077   GAGAGCCAAGATTCT       TAAAAACCCACTC CTTAT GAGTGGGTTTTTA       TTTGTATGATGTCTT 100 33
HKO16_RS12455 2595382 .. 2595401 +  -6.4  -5.03715   ACAATATAACAAAAA            GAGCCTCT ATAA AGAGACTC             TTTTTTAAAACTAAT  82 292
HKO16_RS12485 NONE
HKO16_RS12490 2604023 .. 2604063 + -10.7  -3.51091   TTCTTGTATGACCAA  GGCAGAATAGTTTTTTATT TAC AATAGAAGCTTATTCTGCC  TTAATTGTAGTTATC  85 43
HKO16_RS12495 2604942 .. 2604961 +  -7.9  -5.64274   ACCCTGAATAAAAAA            GCCAACT ACGATC AGTTGGC             TTTTTTTATGGCTGA 100 82
        trpD NONE
        trpC NONE
HKO16_RS12520 2613417 .. 2613432 +  -7.6  -5.47218   TTTGAACAAAAAAAA              TGATCC TTTG GGATCA               TTTTTTTACATCAAA 100 23
        folE 2619133 .. 2619149 + -10.1  -5.64274   ACTGCCTAAATAAAA              GCCCGAC AAT GTTGGGC              TTTTTTTATAGCTGA 100 51
HKO16_RS12545 2620440 .. 2620468 +  -4.7  -5.29782   TCCCTAAAATAAAAA        GAGAGAAATAG TCATCAT CTATTTCTCTA        TTTTTTATAGGTATA  79 45
HKO16_RS12570 2626494 .. 2626524 + -13.5  -3.52177   AATAATCCTCTTAAT       TAAAAGAGCCTGC TTTAT GCAGGCTTTTTTA       TTAAATTTTTTAGCA 100 36
        basD NONE
        basC 2641173 .. 2641218 + -14.5  -4.44608   CAAAATAAAAAAACG CTTAATAAAAAAACTGCCAAAT CAA ATTTGGCAGTTTTTTTAT-ATG TTCTTTTTAGATCAA 100 33
        basB 2649956 .. 2649996 +  -5.6  -4.03989   CCCTAAAACCCACCA  TGTGCTTAAAAGCAAA CAACTCAAC TCCGCTTTTAAGCACA  TTTCAATTTTTCTAT  64 44
        bauF 2653573 .. 2653587 +  -4.3  -2.97503   TGCTGGGTCTCCAAC               TTGTC GGCCA GACAA               ATTATTGTGTATTGA  49 490
HKO16_RS12670 2655026 .. 2655042 +    -8  -5.76633   AAGTCTTTTTAAAAA              GCCTGT TTTAT ACAGGC              TTTTTTTATATCTAA 100 101
HKO16_RS12675 2655893 .. 2655912 +  -8.6  -4.75372   TTAAACTGCTTAAAA            GCCCTTTT ATAT GAAAGGGC             TTTTTAGTCACTGCT  93 37
HKO16_RS12690 2658850 .. 2658885 +  -6.4  -2.66634   AAAGCTGCTCATCAA    TTAAAGAAATGATATT TTCA ATTATCATTCCTTTAA     TAATGTCATGCCCTA  54 145
HKO16_RS12715 NONE
HKO16_RS12720 NONE
HKO16_RS12725 NONE
HKO16_RS12730 2667126 .. 2667151 + -13.5   -4.2828   ATCTAAGTAAAAAAA         GATCAAGATAC CGAA GTATCTTGATC          TTTTAATAAGTACGA 100 53
HKO16_RS12745 2670146 .. 2670169 +  -9.7  -3.61654   GTTTTTCAGCTTAAA          TGTCCAATC TCTTAC GATTGGACA           TTTAAAATAAATCTA  82 48
        epmB 2683460 .. 2683471 +  -5.8  -4.27519   AAGATCTTAATGAGT                GGGT CACT ACCC                 TTTCTATTATGCAAT  69 141
HKO16_RS12810 2687230 .. 2687257 + -17.2  -4.20806   CTTGTATATTAAAAA        CAAAAAACGGGC ATAA GCCCGTTTTTTG         TTTCGTTTTGAAGTA 100 45
HKO16_RS12835 2694190 .. 2694209 + -12.2  -5.28176   CACTGACATAAAAAA            GGGCTTGT AATA ACAAGCCC             TTTTTTATGAATAAG 100 41
HKO16_RS12855 NONE
HKO16_RS12860 2698060 .. 2698084 + -11.5  -4.16182   ATACTGTTTGAAAAA          GCCGACTTC CCCCATA GAAGTCGGC          TTTGCTTTATCCTAA 100 66
        dacC 2699325 .. 2699349 + -15.1  -5.86976   GAATAGTTGAATTAA          GCACTCATGCT ATT AGCGTGAGTGC          TTTTTTATTTTATAC 100 56
HKO16_RS12870 2699960 .. 2699986 +  -5.3  -3.89346   ACCGAGTTTTTCAAA        CGATAGAGTTAT TCGC ATG-CTCTATCG         TTTGTAAGATGACCG  61 46
HKO16_RS12875 NONE
        mnmA NONE
        hflD 2702484 .. 2702494 +  -5.4  -2.72263   CCAGCATTAAGGAAT                 CGTT ATG AACG                 CTTTAACCGCACTAT  52 76
        purB 2703895 .. 2703912 + -11.3  -5.46657   AAAAAGTTATAAAAA             GCGAAGC TTAG GCTTCGC              TTTTTTATTACACTC 100 44
HKO16_RS12895 2704602 .. 2704628 + -16.8  -4.15044   ACAATAAACCGTAAA         TAAAAAGCGCTC ATT GAGCGCTTTTTA         TTTGTTACCAAACGG 100 27
HKO16_RS12940 2717827 .. 2717841 +  -8.6  -2.52896   GTCCAGAAAGTGCTT               TTGCAC CTT GTGCAA               TCGCTTCAGCAATAA  64 492
HKO16_RS12960 2723229 .. 2723256 +  -9.9  -4.65446   TAAAAGTAATTTTTC        GGGTCCAAACA TATGAT TGCTTGGACCC         TTTTCTATATCTGAT  93 38
HKO16_RS12970 2724940 .. 2724973 +  -6.7  -2.52623   AGTGCTAAGTCAAAA     AAAACGCACTTCTGA AAAA TCAGAAGTGCGTACA      ATGTTATAAGAACAA  59 39
        fabR 2728020 .. 2728041 +  -5.9    -5.252   AGATTCCACATAAAA           TGGTTTGTG ATTT TACAAGCCA            TTTTTTATACACCTG  83 39
HKO16_RS12990 2729205 .. 2729233 + -14.8  -3.30956   CCAAAATTTACTCAA        TAAAAAAGCGCC CGTGT GGCGCTTTTTTA        TTACTCATTGCTTAT 100 41
HKO16_RS13025 2737855 .. 2737876 + -15.9   -5.1104   GGTAAGAATCTTGAA           GTCGCGGCA AATA TGCCGCGAC            TTTTTATCTATATTT 100 36
HKO16_RS13035 2739018 .. 2739044 + -12.5   -3.6512   ATTTTACCACTCAAA         TAAAAAGCCAC ATGAA GTGGCTTTTTA         TTTGGCAATTATTTA  95 44
HKO16_RS13060 NONE
HKO16_RS13065 2746782 .. 2746800 +  -6.7  -4.28774   TATGCAATAAAAAAT            GCCCC-GA TATA TCAGGGGC             TTTTCCATTGAGTAG  74 31
HKO16_RS13070 NONE
HKO16_RS13075 2747976 .. 2747991 + -10.4  -4.53705   CTAAAGACTTTAAAA              GCCCTC AATT GAGGGC               TTTTCTATGAAAGTT  95 96
HKO16_RS13085 2750270 .. 2750285 +  -6.8  -5.54894   TATTTAAGTTTTAAA              GCTCAC GTTA GTGGGC               TTTTTTTAATGACTT 100 44
HKO16_RS13100 2756249 .. 2756268 +    -5  -5.93809   ATTTTATAAAGAAAA            GATGGC ATAATTCA GCCATC             TTTTTTTTATAGAAA  93 72
HKO16_RS13105 2757655 .. 2757671 +  -6.7  -4.92828   TGTTAAAGATTGAGA              TTTTGTA GTC TACAAAA              TTTATTTTTCACTTT  83 92
HKO16_RS13110 2758232 .. 2758249 +  -9.9  -5.82281   AGAAGATAATAAAAG             GCAAAGC TTCG GCTTTGC              TTTTTTTATGTCTTT 100 51
HKO16_RS13115 2759778 .. 2759791 +  -2.5   -3.1506   AGTCTGCTCTGTTTA               TTTTT GATG AAAAA                TTAATAACAAGGTTT  43 51
HKO16_RS13120 NONE
HKO16_RS13125 NONE
HKO16_RS13130 NONE
HKO16_RS13135 NONE
HKO16_RS13140 2765874 .. 2765886 +    -2  -3.58536   GGATAATCGAGTGGC                TTCA CAAGA TGAA                TTTGAGCATGACTTT  47 352
HKO16_RS13155 2768860 .. 2768875 +  -2.6  -4.62069   CCTTATTTAATGTTA              CTC-CTT TAT AAGAGAG              TTTTTAAAATAAGGC  60 15
HKO16_RS13160 2770042 .. 2770065 + -11.1   -4.7261   AGATAAAAATTCCAA          GCAACCAGT CTCTAT ACTGGTTGC           TTTATTTTAGTGAGT 100 39
HKO16_RS13170 NONE
HKO16_RS13175 2773003 .. 2773019 + -12.3  -5.37593   AACCCCACAAAAAAA              GCTCGCA TGA TGCGAGC              TTTTTTCATTTAGAA 100 16
HKO16_RS13220 2783616 .. 2783645 +  -6.6  -4.36586   TACTTTGATATTTTA       TGAGTGAAGCAGA TAAAT TCTGCTTT-CTCA       TTATTTTACTTATAT  78 43
HKO16_RS13225 2785209 .. 2785223 +   -10  -5.96894   TCTACCATAAAAAAA               CAGGCA TAT TGCCTG               TTTTTTTATTTAAAT 100 31
HKO16_RS13235 2786877 .. 2786899 +  -9.3  -5.59655   TTATAAATCTAAAAA           GGAAGTTTT TATTT AAAACTTCC           TTTTTTATTAGTTTG 100 48
HKO16_RS13240 2789042 .. 2789085 + -11.3  -2.58539   TCTAGCTGCTAAAAA TATCCCCTTGTATGTA-TCT AACAA AGAATTCATACAGGGGGATA TAAATTAATACTCTT  86 29
HKO16_RS13255 2792196 .. 2792215 +  -7.1   -5.4833   GACCATAAAAACCAA            GGCAGCT TTAAAC GGCTGCC             TTTTTTATTAAGTAA 100 33
HKO16_RS13270 2792953 .. 2792973 +  -6.8   -5.5353   GCCAAATACTTAAAA            GCCCGC AGCATTAAA GCGGGC            TTTTTTATTGCTCTC 100 37
        nadB 2805910 .. 2805927 + -11.3   -5.5604   AGTTTTTATAAAAAA             GCACGGT TCAT ACCGTGC              TTTTTTATTACTTAA 100 43
HKO16_RS13365 2810255 .. 2810272 +  -4.9  -3.31144   TGAAAATCAATAGTG             CAGAGAA GTAA TTCTTTG              TTCTAACGATAAGGA  54 15
HKO16_RS13370 2810944 .. 2810963 +  -4.2  -4.78848   TATCTTTATTTATTC            GCTTACTG GTTT CAGCAGGC             TTTTCTCTTTGAGGA  68 65
        cysT NONE
        cysW NONE
HKO16_RS13385 NONE
HKO16_RS13390 2814784 .. 2814811 + -14.4  -4.70659   GTTTAAGAAAAAAAA        TAAAAGAGCTAC TTAT GTAGCTCTTTTA         TTTTTAGATATAAAA 100 42
        dapD 2816722 .. 2816749 + -15.8  -5.51612   CAGTTTGATCAAACA        TCTCTACGATCA ATAC TGATCGTAGAGA         TTTTATTTTTTATAT 100 44
        queE NONE
        queC NONE
HKO16_RS13415 2818656 .. 2818673 + -11.3    -5.252   GTTGCTCCAAATTAA             GCCTGCA TTTA TGCAGGC              TTTTTTATAGCCCTG 100 47
HKO16_RS13420 2819397 .. 2819411 +  -2.2  -3.05597   TTTTTACCACTTGAA               TTAGAT CAA ATTTAA               CTTTTAAAGGATAAG  42 11
HKO16_RS13425 2819915 .. 2819931 +    -8  -5.00616   TTGGGTAACAAAAAA              GCGAGT TGAAT ACTCGC              TTTTTTACACGCACA  91 50
HKO16_RS13430 2820903 .. 2820913 +  -5.4  -3.60098   AGTCGTAAATAATAA                 GATG ACT CATC                 TTTGAAATGGCCAAT  58 343
HKO16_RS13440 2822189 .. 2822216 +  -6.2  -3.93057   TTGAATAAACTCAAA        GGCAGGCTCTTC GTAA GGATGGCTTGCC         TTTAATGCTTTTGCC  66 58
HKO16_RS13455 NONE
HKO16_RS13460 NONE
HKO16_RS13465 2827912 .. 2827930 +  -4.6  -2.69319   TAATAGACCTGATTT             ACAAACAT ACC ATGTTTGG             CTTATATGCACCCTT  48 255
HKO16_RS13475 2829569 .. 2829585 +  -3.7  -2.75975   GCTTTGCATTTCAAA              TCTTTGT GCA ACAAAGC              CGTTTTTTAGAGCAT  44 60
HKO16_RS13485 2832222 .. 2832259 +  -5.8  -4.64144   TTGAATCTGTCGTAT  GCTTGTATTTACGT-GCA ATCC TGCTACGTAAAC-CAAGC   TTTTTAAGCATTCTT  74 396
HKO16_RS13500 2834134 .. 2834154 +  -9.8   -5.0065   TTTTTATGTACTTTA            TTGGCTGA TAAAC TCAGCCAA            TTTTATTTATAGCTG 100 256
HKO16_RS13505 NONE
HKO16_RS13510 NONE
HKO16_RS13515 2838863 .. 2838882 +  -7.9  -2.82516   TTCAGATTAAAAAAA            GCAGATG CTTTCA CATCTGC             TATAGTGCTAACGAC  66 168
HKO16_RS13540 NONE
HKO16_RS13545 2846830 .. 2846843 +  -3.9  -4.31813   TAAAAATACTTTGAT               TGAAA CCAT TTTCA                TTATTTTGGTCTCTT  60 38
HKO16_RS13605 2865816 .. 2865834 +  -4.7  -4.86621   CACATTAGATATTTT             TTAAATG TTTTT CATTTAA             TTTTTACTTGAAAAT  72 114
HKO16_RS13615 2867998 .. 2868014 +  -8.1  -4.15396   GAAAGTGAGCAAGAA              TACTGAT CAG ATCAGTA              TTCTTTAGTTTAGAA  79 1
HKO16_RS13630 2874771 .. 2874783 +  -4.1  -2.58714   AAGGTAATAAAATCG                GCTTG TTT TAAGC                TGCCTTAATATAGAA  45 15
        ruvA NONE
        ruvB 2876491 .. 2876510 + -10.8  -5.96894   TAAAAACTAATCAAA            GGAAGAGA ATTT TCTCTTCC             TTTTTTTATTTAACT 100 31
HKO16_RS13645 2878150 .. 2878190 +  -2.9   -4.2349   ATTTAAAAGCAGATG TATGGCT-TTGGATAGAA CTGATA TTTTATTCAACAGTCATA  TTTTAAATATAAAGC  57 151
        ybgC NONE
        tolQ NONE
        tolR NONE
        tolA 2881234 .. 2881266 + -15.9  -2.78816   AATAATTTTGTAAGA      GTTACATGCTTTAAA TAG TTTGAAGCATGTAAC      TATGCTACAAAATCA 100 36
        tolB NONE
         pal 2883203 .. 2883226 +   -14   -4.7078   AAACATCCCAAAAAA          TAAACGCCCA AATA TGGGCGTTTA           TTTTTACATCCTTAC 100 40
HKO16_RS13685 2884602 .. 2884625 + -12.5  -4.32903   AATTTAAATTACACA          GGGCGTCAT AGTATG ATGACGCCC           TTTTGGATATTTCCT 100 42
HKO16_RS13690 2885569 .. 2885582 +  -5.3  -3.53012   CCAATGACAGGATTT               TCCAT CTCC ATGGA                TTTAGCACCGAAAAA  58 176
HKO16_RS13695 NONE
HKO16_RS13700 NONE
HKO16_RS13705 2886932 .. 2886961 + -16.7  -4.92783   AAAGTTACTAACAAA       TAAAAAAGCCTCC TAGT GGAGGCTTTTTTA        TTTTTCTCATCACTT 100 76
        purM NONE
HKO16_RS13735 2895375 .. 2895392 +  -9.9  -5.00616   ACGTCAATTAAAAAA             GGACATG CATG CATGTCC              TTTTTTCGCGAAAGC 100 52
HKO16_RS13750 2898670 .. 2898683 +  -5.3  -3.68859   CATAATAAGAAAATT               TTGGT AACC ACCAA                CTTTTTTAAATTGAA  58 323
HKO16_RS13780 2905592 .. 2905616 +  -4.4  -2.79718   TATTTATGCTAAAAA          TAGTGAAACT AATTG AATTTCACTA          ATATTTTAAAAATTA  49 10
HKO16_RS13785 2905807 .. 2905831 +   -13  -3.76789   TCATTTATATAAAAA          TAAAGCCCTC TTTTT GAGGGCTTTA          TTCATTTTATGACTT 100 45
HKO16_RS13795 NONE
HKO16_RS13800 2909978 .. 2910005 +  -4.1  -3.24725   TAAAAAGCAATAAAT        GGGATTTGTGT ATGGTG ACACTCATCCC         TGCTTTTATCATTTT  49 78
HKO16_RS13805 NONE
HKO16_RS13810 2912185 .. 2912201 +  -2.4  -3.32946   GTGTACAGATTATAT              TTTTAT TTACT ATAAAA              TCTTATAGTTAAAGC  44 63
HKO16_RS13815 NONE
HKO16_RS13820 NONE
HKO16_RS13825 NONE
HKO16_RS13830 2916228 .. 2916257 + -15.3  -4.14013   GAAATAAACCAGAAA       TAAAAAAGGAAGC CGAA GCTTCCTTTTTTA        TTTTAAAACGTTTTA 100 34
HKO16_RS13855 2923193 .. 2923226 +  -7.7  -3.81755   TACATATAAAAGAAA     GCCTCTTTT-ATCA CGTTAAC TGATGAAAAGAGGC     TTCTATTTAGGCCAT  74 59
        radA NONE
HKO16_RS13885 2930095 .. 2930134 + -16.8  -4.17316   TAACTTAAATAAGTT  CTAAATAAAAAAGCCACA TTAT TGTGGCTTTTTTATTTCG   TTGTTTTCAGGCAAT 100 38
HKO16_RS13915 2937768 .. 2937781 +  -5.3  -4.19577   TTTCTCAGCTCTTCT               GTTTC TAAA GAAAC                TTGTTTTGCGCGTTC  65 167
HKO16_RS13925 NONE
HKO16_RS13930 2939756 .. 2939799 +  -4.8  -4.06055   GTAATTCAAATTTTA GGCTTTCATTCTATTTTTAGT TTT ATGATAAATAG-ATGGAAGCC TTTAATTTGGCAGGT  62 44
HKO16_RS13940 2941892 .. 2941902 +  -3.2  -5.26119   CCATTGCGACTACTT                 GTTC TTG GAGC                 TTTTCTTTTTGCACC  76 476
HKO16_RS13950 2943469 .. 2943495 +  -9.5  -3.55761   AAGTAATCTAAAAAA         GCTAAGCCATG ATAAC CATGACTTAGC         TTTGAAAAATAAATA  80 61
HKO16_RS13955 2943922 .. 2943940 + -10.3  -5.16841   AGCAAAAATAAAAAG             TGGGAGC TTATT GCTCCCA             TTTTTATTCGTATAA 100 30
HKO16_RS13960 NONE
HKO16_RS13965 2945470 .. 2945492 +    -2  -2.79589   TCAATCATTTTTAGC           TTCATTGAGG CCG TCATAATGAA           TAATATTAGTATAAT  41 7
HKO16_RS13970 2946065 .. 2946084 +  -7.8  -5.15969   CTTAAGCATAAAAAA            GCCCCTGT TTCT ACAGAGGC             TTTTTTCAATTCAAC  91 162
HKO16_RS13985 NONE
HKO16_RS13990 2948509 .. 2948526 +  -9.9  -5.53288   CACACATAGTAAAAA             GCCTCTA TTTA TAGAGGC              TTTTTTTCAATTCAA 100 55
HKO16_RS14000 2953730 .. 2953750 + -11.2  -4.66264   TATGCATAAAAAAAA            GCCCTTGT CATTA ACAAGGGC            TTTTTAAGAATTTTG 100 71
HKO16_RS14015 2955971 .. 2955989 +  -9.6  -5.00642   TTGTATAAATAAAAA             GCTTACCT CTC GGGTAAGC             TTTTTATATGAATTC 100 74
HKO16_RS14030 2959000 .. 2959025 +  -7.7  -3.52762   CTTGTTTAATTTAAA         TACATTCTTCG ATCG CAAAGAATGTA          TTGATTCCTTATTTT  71 149
        htpX 2960057 .. 2960080 +   -14  -5.64006   CGTTTAATGTAACAA          TAAAGCCTCC AAAT GGAGGCTTTA           TTTTTTTGATTACAT 100 43
HKO16_RS14050 2965259 .. 2965277 + -10.3  -6.02919   ATCTTCATAAAAAAA             CAGGGCA ATGAA TGCCCTG             TTTTTTTATTTATCA 100 45
HKO16_RS14060 2966854 .. 2966871 +  -6.9  -5.53288   GGAAAAATAAAAAAA             CCCCTGC GAAT GCAGGGA              TTTTTTTGGGTTAAA 100 153
HKO16_RS14085 2972982 .. 2973012 + -15.7  -3.30441   TCTAATTGCTCTATA       TAAAAAAGGTCGC CATGT GCGACCTTTTTTA       TTATGCGGCATCATC 100 36
HKO16_RS14100 2977910 .. 2977944 +  -8.9  -2.50935   ATTAAAATCCTTCAA    TTAGAGCTAATA-TCA TAAG TGAATGTTAGCTCTAA     CTTAGTGAATAAGCT  71 36
HKO16_RS14105 2978449 .. 2978470 + -10.2  -3.31322   CATAACCTAAAAAAA           GACGCTGT TCTCTT ACAGCGTC            TTATAAAAACTTACA  82 36
HKO16_RS14120 NONE
HKO16_RS14125 2980575 .. 2980588 +  -8.1  -5.71983   GGTGTCATAAAGAAT               CCAGC GTAA GCTGG                TTTTTTTATACTTAA 100 59
HKO16_RS14135 2982721 .. 2982734 +  -8.1  -5.64274   GGTGCCATAAAGAAT               CCAGC GTAA GCTGG                TTTTTTTATGCCTGA 100 59
HKO16_RS14140 2983098 .. 2983120 +  -7.8  -3.14683   CAAAAATTTTGAAAA           TCGAGAGT AATCACC ACTCTCGA           TTCATCACCAACTCT  67 16
        yhbY 2987732 .. 2987743 +    -3   -2.8203   GTTCGTCACGCACAC                TTAG CAAA CTAA                 CTTATTGACTACTTA  43 14
HKO16_RS14170 2988306 .. 2988324 +  -8.9  -5.52096   TTAAAAAACAAAAAA             GCGAGAA ATTAA TTCTCGC             TTTTTTATTAACTTT 100 37
        carA NONE
        carB 2993653 .. 2993677 + -17.2  -5.62552   TTTTTTTCCGATAAG          TCCCGCCACC TTATC GGTGGCGGGA          TTTTTTCATTTTTTT 100 41
        greA 2994232 .. 2994247 + -10.4  -5.56264   ACTTAAGTTATAAAA              CCCCTC AATT GAGGGG               TTTTTTATATTTCAG 100 56
HKO16_RS14200 NONE
HKO16_RS14205 NONE
HKO16_RS14210 2996714 .. 2996745 +  -6.5  -2.79557   TCGTTAAAACTAAAA      AGCCTGTCTAGCT TAATAC AGCAAGGCAGGCA       ATTATTAAAATACTT  58 34
HKO16_RS14220 2998087 .. 2998112 +  -6.2  -3.36749   TCAAGTCTAGCTATA         CAGCCAAATG GCAAAG CATTTTGCTG          TTCATATTCACCGTC  60 224
        trpS 3016064 .. 3016075 +  -7.2  -5.73339   ATATAAATCAAAAAA                GCCC TACG GGGC                 TTTTTTTATAATTAT 100 56
HKO16_RS14285 3024734 .. 3024752 + -13.2  -3.76232   AAAATTAAAAAAAAA             CGCACATC AAG GATGTGCG             TTCTCTATTTGCGCA 100 422
        gltA 3030368 .. 3030383 + -10.4  -5.64274   CATTAATGTAAAAAA              GCTGCC TAAT GGCAGC               TTTTTTTATAAATAA 100 53
HKO16_RS14325 3031947 .. 3031968 + -14.5   -5.9362   CGTTTATAATTAAAA           GAGGGCATC ATTT GATGCCCTC            TTTTTTTCTATTTTA 100 32
        rpoD 3036436 .. 3036455 + -11.4  -3.62096   AGAAAGAGCTATAAA            CGCCTGCG ATGA TGCAGGCG             TTTCACATGATGAGG  93 82
HKO16_RS14350 3036773 .. 3036799 +   -11  -5.38054   GCTTTAATTTTTAAA         TGCCATGACA AATTTAA TGTCATGGCA         TTTTTATTTATACCA 100 34
        lipB 3037629 .. 3037646 +  -7.1   -3.1243   TGGAATAAAAATATA             TTAGAGT AATT ACTCTAA              ATTTGCTTTTGCATA  64 53
HKO16_RS14360 NONE
HKO16_RS14365 3039436 .. 3039462 +   -11   -5.4492   AAGCAAAAAGCTAAA         GGTCTGATTTTT ATG ACAAATCAGACC         TTTTTTATATCTATG 100 60
HKO16_RS14370 3041060 .. 3041075 + -10.4    -5.626   ATGAATAATAAAAAA              GGCGCT TAAA AGCGCC               TTTTTTTATGGACTC 100 33
HKO16_RS14380 3042151 .. 3042182 + -13.3  -3.13164   TAGAACAAGCTTAAA      TAAAAATAAGGCC ACTAAG GGCCTTATTTTTA       TTCAGTACTTAAGAA 100 27
HKO16_RS14420 NONE
HKO16_RS14425 NONE
HKO16_RS14430 3051504 .. 3051524 +  -9.1  -3.86015   AATAGTGGAAAAAAA            GCAGAACAT TAA ATGTTTTGC            TTTGTACACAAAATG  81 14
HKO16_RS14435 NONE
        adeI NONE
        adeJ NONE
        adeK 3058269 .. 3058284 +  -6.8  -5.45652   CACTTTCTTATAAAA              GCTCAC TTCG GTGGGC               TTTTTTATTGCAACT  93 50
HKO16_RS14455 NONE
HKO16_RS14460 3059609 .. 3059623 +  -2.8  -4.74858   GGGTTTTTCCATCAA               TTTAGC ACG GCGAAA               TCTTTTTTTTATTTC  63 488
HKO16_RS14480 3064236 .. 3064263 + -12.8  -4.74013   AATTAGTTAAATGAA        CCCAGAATCTGT GCAA GCAGGTTCTGGG         TTTTCTATATTTAAA 100 44
HKO16_RS14500 3068313 .. 3068325 +  -6.3   -3.7046   ACAGACCCAGATTTG                TTCCA AAA TGGAA                TTTAGCACTTTTTTC  64 291
HKO16_RS14505 3069558 .. 3069577 +  -9.3  -6.07374   TCTAAAGTGCTTAAG            GCGACGA TACTAC TCGTCGC             TTTTTTATTTTTTAT 100 46
HKO16_RS14510 3070673 .. 3070689 + -10.1  -2.85784   CTGAAATATTAATAA              CACCCTG ATG CGGGGTG              TACTTAATTGCATTA  73 310
HKO16_RS14540 3078146 .. 3078156 +  -5.4  -3.69341   GAACGAATCTGGTCT                 GATG GGC CATC                 TTAATTTATCTTGCC  59 49
HKO16_RS14545 3079161 .. 3079175 +  -4.3  -4.12188   GCTACAGTGGTAAAA               GTGAT ATGAA ATCAC               TTTTACCCATCATAA  60 79
HKO16_RS14550 NONE
HKO16_RS14555 3080592 .. 3080611 + -13.6   -5.8901   TCATTGAAATAAAAA            CGGCGACA ATCA TGTCGCCG             TTTTTTCTTTTATAT 100 60
HKO16_RS14575 3085078 .. 3085097 +  -8.6  -5.73978   TTAAAACTATAAAAA            GTCATTGC CTCG GCAATGGC             TTTTTTGTTTATAAT 100 56
HKO16_RS14580 NONE
HKO16_RS14605 3090418 .. 3090428 +  -2.6   -3.1355   AAATTTTTATGACTA                 TATT TGT AATA                 TTAAATATGGATACC  43 82
HKO16_RS14610 3091468 .. 3091501 +  -7.6  -2.80053   CAAATTAAGATAGGG     TTAGAAGACCAC TTTCAAATTT GTGGTCTTCTAG      ATTATTCACGTATCT  66 33
HKO16_RS14620 3093424 .. 3093457 +  -6.8  -3.05384   TTAAATCTAAAAGGC     GCGATAACCGAATT CTTTTT ATTTCGGTTATCCC      TTAAATAAAGCAAGC  62 50
HKO16_RS14625 3095529 .. 3095557 + -17.7  -3.95724   AAAAACCAATCTAAA        TAAAAAAGGCGCT ATA AGCGCCTTTTTTA        TTGTCTATTTTTTCT 100 46
HKO16_RS14635 3097115 .. 3097157 + -13.1  -3.61902   CTTGAAAAAATAGTT CGGTATAAAAAAACCACTGA TGAA TCAGTGGTTTTTTT-TACAG TTATATCTCGTACAC 100 28
HKO16_RS14640 3098677 .. 3098701 +  -9.3  -5.26875   CGAGTTAGGAAAAAT          TAAGGGGCTTT AAA ATGGCCCCTTA          TTTTTTAATTGCGCG  95 33
        gatC NONE
        gatA NONE
        gatB 3106995 .. 3107012 +  -9.1  -5.37043   TAACTCAATGAAAAA             GCCTCGA TTTA TCGGGGC              TTTTTTATATGACCT 100 51
HKO16_RS14690 3107745 .. 3107773 +  -9.8  -3.16564   TCATCCCAAATACAA       TAAAGCCTGC-AT TTAG ATAGCAGGCTTTA        TTACTAAAATAGGAA  76 51
HKO16_RS14705 3110360 .. 3110373 +  -9.5  -3.19048   AATAACCATAAAAAA               CCCGC TTTC GCGGG                CTTTCTTAATTACCA  78 44
HKO16_RS14745 3120028 .. 3120063 +  -6.9   -4.8622   TGATTAAAGATGCAA    GCAAGCCACTCTCTT AAAATC AAGAGAGTGATTGGC     TTTTTGCTTGACGAA  83 34
        yccS NONE
HKO16_RS14760 3124251 .. 3124280 + -13.1  -3.41051   ATAATTTCACCTCTT       TAAAAAGCCTCCT TTAC AGGAGGTTTTTTA        TTATGCTAAAAATAA 100 37
HKO16_RS14765 3126962 .. 3126992 + -10.6  -5.08601   TCAATAAATAACAAA      GCCGAGTAATAGC CAAAAT GCT-TTACTCGGC       TTTTTATTACAATCA 100 44
HKO16_RS14770 3127870 .. 3127896 +  -8.1  -3.91911   ATCTTGGTTCAGAAA        GCTGCTATCGCT TTAT AGC-ATGGCAGC         TTTAGTTAAACTCGA  77 40
HKO16_RS14815 3131017 .. 3131027 +  -2.6  -4.04141   TTTTTCCGTTTGTTT                 TTTA ATC TAAA                 TTTACTTCATTATTA  53 82
HKO16_RS14820 3131224 .. 3131242 + -11.8  -6.20267   CTTAACATTTAAAAA             CCTTATCG TTT CGATAAGG             TTTTTTTATTTTTAA 100 47
        dapE 3132474 .. 3132491 +  -9.9  -5.54907   CAATAAAATAAAGAA             GGAACTC AAAA GAGTTCC              TTTTTCTTTTATAAA 100 35
HKO16_RS14860 NONE
HKO16_RS14865 NONE
HKO16_RS14870 3146355 .. 3146369 +  -5.7  -3.37091   ACTATCGTATAATCC               GCGTT TTTAT AACGC               TTAACTTTTAGGACT  59 48
HKO16_RS14875 3148126 .. 3148143 +  -9.9  -5.73563   TACATAAATAAAAAA             GCAGCTT TTAG AAGCTGC              TTTTTTTAATTTAAT 100 45
HKO16_RS14900 3151055 .. 3151076 + -12.3  -4.55287   TTTAATAAATTAAAA           GCCCGTGGA TAAA TCTACGGGC            TTTTCTATAGATACA 100 46
HKO16_RS14905 3151896 .. 3151924 + -13.3  -3.76186   AGTAAAATAATCCAA        TACGCCACTCT CTTAAGT AGAGTGGCGTA        TTACTTTTCTCCATA 100 31
HKO16_RS14910 3152910 .. 3152923 +  -9.5  -5.07652   TAGTAAAGAGACAAT               GCCCC ACAT GGGGC                TTTTCTTTTACCACC 100 38
        mutM NONE
HKO16_RS14940 3159618 .. 3159634 +  -8.7  -5.31275   CTATGTAATAAAAAA              CGGTACT CTA GGTACCG              TTTTTTATACTCAAA  95 491
HKO16_RS14960 3163739 .. 3163758 + -12.2  -3.99374   TTTAATTTTGATTAC            TGCCCAGT TTTC ACTGGGCA             TTCTTCTTCATGAGA 100 46
HKO16_RS14965 NONE
HKO16_RS14970 3166496 .. 3166511 +    -9  -5.65177   TGCTCGAATTTAAGA              CCTAGC ATTC GCTAGG               TTTTTTTATGCCTAT 100 245
HKO16_RS14975 NONE
HKO16_RS14980 3168002 .. 3168019 + -11.3  -5.27779   ATCGCCATAAAAAAA             GCGACTC TAAC GAGTCGC              TTTTTTACTGTTCAA 100 108
HKO16_RS14990 NONE
HKO16_RS14995 3171314 .. 3171329 +    -9  -5.24129   AAGCTTTTTTTAAAA              TCCCAC TTCG GTGGGA               TTTTTTATGAAAAAA  95 44
HKO16_RS15000 3171873 .. 3171906 + -11.2  -3.57971   ATACTTAATTCTTTA     GCCCTTATAGAGAT CTCAGT GTTTCTATAAGGGC      TTTAAACATCGATAT  89 33
HKO16_RS15035 3180967 .. 3180985 + -13.2  -5.36441   TTAGTTTCACATTTA             GCCCAAGT TCA ACTTGGGC             TTTTTTGTATCGCCA 100 54
HKO16_RS15040 NONE
HKO16_RS15045 3184511 .. 3184539 +   -12  -5.38054   ATTGCATAAACCTTA        CCCATATAAATA TATTT TATTTATATGGG        TTTTTCTTTATGACC 100 65
HKO16_RS15050 NONE
HKO16_RS15055 3186261 .. 3186290 +  -2.1  -5.15634   ATTTTCGATCGGCAA       CTGGTCTTGTAAT AACA ATTCCAAGGTCTG        TTTTTTAATACCATA  69 520
HKO16_RS15070 NONE
HKO16_RS15075 3189681 .. 3189701 +  -7.6   -5.4251   CCCTAATATAAAAAA           GCCGGTTCA AAAT TGA-CCGGC            TTTTTTATATATAGA 100 54
HKO16_RS15090 3194268 .. 3194285 +    -7  -5.54192   ATTTCCATCTCAAAA             GCCATC TCACCC GATGGC              TTTTTTTACATTAAT 100 228
HKO16_RS15095 NONE
HKO16_RS15100 3195845 .. 3195866 +  -3.7  -2.89177   TCATATTTAAACTGG           CGTCAGAAG TAAT TTTCTTACG            TGTAGTATCTGCCGT  46 113
HKO16_RS15130 3202096 .. 3202112 + -10.9  -3.73106   GAAGCATTTTGGCAA              GCAGGTT TAT AACCTGC              TTGTTACCATTTTGC  89 14
HKO16_RS15155 3207830 .. 3207858 +  -4.7  -5.47159   CTTAACTCCAGTTTC       GGGG-TAATGTT CTGACC GACATTATCCCC        TTTTTTATGTTCAGG  82 69
HKO16_RS15160 3208482 .. 3208503 +  -4.5  -2.57132   GATTAAGTTAAGAAA           GATCTCT ACGTTTAA AGAGATC            ATTATCAAAAAGAAC  48 46
HKO16_RS15165 3209257 .. 3209272 +    -9  -5.49579   CTTTAAATATAAAAA              GGTGGT ATTG ACCACC               TTTTATTTTTTCTCG 100 35
HKO16_RS15175 3211205 .. 3211237 + -13.6  -5.57054   GTCTTTATCCCGAAA      TAGCACCTGTAGAG CCATA CTTTGCAGGTGCTA      TTTTTTTGGCTTGTT 100 44
HKO16_RS15180 3212758 .. 3212789 + -10.3  -2.80077   TTTTTTATCCACATT      TTCTGTGGATAAC ATTGTG GTTATCCACAGCA       TAACTTTTCTAAGCA  81 41
HKO16_RS15195 3215700 .. 3215725 + -17.7  -3.93136   CTAAAAACAGTAAAA         CAAAAGGCGCC AGAA GGCGCCTTTTG          TTTATACATAACTAT 100 43
HKO16_RS15200 3217815 .. 3217837 +  -4.9    -5.626   TTAAAAACCAAAAAA          GGACTGCTCA GTTT TGA-CGGTCC           TTTTTTTATAAAATC  85 66
HKO16_RS15205 3219734 .. 3219766 + -11.6  -4.83032   CGTAATTAAATTTTT     TATAAAAACGCCTGA ATAA TCAGGCGTTTTT-TA      TTTTGTATTTACTAT 100 36
HKO16_RS15210 3220330 .. 3220346 +  -5.8  -6.09196   GTTGGCATAAAAAAA              TGGCCT CAAGC GGGCCA              TTTTTTTATTTTACG 100 31
HKO16_RS15220 3221648 .. 3221660 +  -4.1  -3.53224   GTCCACGCTCATCTG                TCTAC CTT GTAGG                TTTGACCAAGAGGTA  52 316
HKO16_RS15235 3226099 .. 3226115 +    -3   -5.2422   CAAATTGCTCATTTT              TAGCTA AATTA TAGCTG              TTTTTTGATCTAGTT  71 58
        aspS 3228034 .. 3228049 + -10.4   -5.4505   CTCTTTAATAAAAAA              CCCTGC AATT GCAGGG               TTTTTTATTAAGAAA 100 44
HKO16_RS15245 NONE
HKO16_RS15250 3229182 .. 3229218 +  -9.1  -2.59797   AACTTATACGTTATT    TTATACAATATAAACTA AAG TAATTTATATTGTATGA    CTATATTTATCCAAA  72 3
HKO16_RS15260 NONE
HKO16_RS15265 3232280 .. 3232311 +  -7.3  -4.18018   TTAAGCGTCTGCTCA      GCCATGGCTGGTAC AGTCA GT-TCAGCCTTGGC      TTTTGCATACAAAGG  76 65
HKO16_RS15310 3242341 .. 3242358 + -12.7  -3.94846   AATGAATTAAAAGCC             CCCCAGC TTAG GCTGGGG              TTTGAATTTTACTAA 100 36
HKO16_RS15320 3247447 .. 3247478 + -12.4  -2.71791   TCTTAATTCAAAAAA      GGGGCATTTAGTTT ATTT AAGCTTAATGCCCC       ATTTACAAAGGGACT  89 35
HKO16_RS15330 3248994 .. 3249004 +  -5.4  -3.57119   TATTTTGAGTCACGC                 TCAG ACT CTGA                 TTTAAAGAATCTATC  59 361
        queA 3253203 .. 3253246 +  -4.7  -3.00774   AAGTTTAAAGATTAA AGCTGGGTTAAGTCTTA TTAGTTAATT TGAGGTTTAACCCAGCA TCTATAATTAAAATA  52 33
HKO16_RS15360 NONE
HKO16_RS15365 3255165 .. 3255184 +  -7.8  -3.46509   TGTTTTTTCGCCCTT            GCACTGCC CTAC GGCATTGC             TTGCTATTGTTCAGG  71 158
         tgt 3256398 .. 3256411 +  -6.7  -3.09579   ACGAATTAGGATTAT               GTCAG GTAT CTGAC                TCATATTTTTTAACT  62 82
        yajC 3256780 .. 3256797 +  -9.1  -4.98531   TTTAATCATAAAACA             GTCGTGC TTTA GCACGGC              TTTTTCATTTAAGAA  95 36
        secD NONE
        secF 3259722 .. 3259738 +  -9.4  -6.01187   AAGACTATAAAAAAA              CCGCGA TTTAT TCGCGG              TTTTTTTATTTGGTT 100 51
        radC NONE
HKO16_RS15400 3263263 .. 3263275 +  -6.3  -3.86015   TGGTAATCCGGTCTG                GTTGA TTT TCAAC                TTTATCGAGCACATC  66 482
HKO16_RS15410 NONE
HKO16_RS15415 NONE
HKO16_RS15420 NONE
        mnmC 3267073 .. 3267086 +  -8.1  -5.60993   GGTCCCAATAAAAAA               GCACC CGAA GGTGC                TTTTTTTATGCGCCC 100 58
HKO16_RS15435 3268098 .. 3268135 +  -9.2   -5.2112   AAAACACCATAGAAA   CGGGTAAGATGA-CGGG TATAT CCCAATCCTCTTACCCG   TTTTTTCATCATGTT  95 137
HKO16_RS15440 NONE
HKO16_RS15445 3270217 .. 3270230 +  -3.9  -3.12529   TATATCAACACCGTT               TTAAC TATT GTTAA                TATATCTTAAGTTAC  48 219
HKO16_RS15455 3273999 .. 3274010 +  -5.8  -3.28712   CTATTTCATCGACTA                CTGC TCTG GCAG                 TTCTAGAAACCCCAA  59 208
HKO16_RS15470 NONE
HKO16_RS15475 NONE
HKO16_RS15480 3278121 .. 3278150 + -13.7   -4.2349   AGAATCTTTTATAAA       GACAAATGGATGC CTTC GCATCCATTCGTC        TTTTAAGTATCAAAC 100 49
HKO16_RS15525 NONE
HKO16_RS15530 3291081 .. 3291096 +  -2.5  -3.81339   ATTTATTAACCAGTT              CCAGT TTATCT GCTGG               TTTAACTTCTCCGTA  53 486
HKO16_RS15540 3293736 .. 3293758 + -16.4  -3.26471   AACGAAGTTAGTAAA           CATGCCAGCA ATT TGCTGGCATG           TTGCTATAACAATGG 100 47
HKO16_RS15545 3294734 .. 3294744 +    -4   -4.2748   GATTTCATCATTGGT                 TCAA TCC TTGA                 TATTTTTTCTAACTC  60 96
HKO16_RS15585 NONE
HKO16_RS15590 3300225 .. 3300253 +  -4.8  -2.74314   CTGATGACGATTAAG       TT-TTAGGGCCTAT TTA AT-GGCCCTAATAA       ACTTTTTAATTTAAG  50 27
HKO16_RS15595 3302295 .. 3302321 +  -4.4  -5.36441   TACGTCCACTTATCA         AACCTTGGGC ATAAACA GCTCAAGGTA         TTTTTTCTATAAAAA  81 103
HKO16_RS15610 3304699 .. 3304743 + -10.2   -5.4492   TTTTAAGTCGATAAA TGATTTATAGAGTAAAGCCC AACTA GGGCTTTACTCTACGGATTG TTTTTTATCTATCTA 100 27
HKO16_RS15620 3307288 .. 3307325 +  -8.6   -3.7282   TCCCAAGTGAAACAA   TATCTGGCAGGATTCT AACTAA AGAATACTGCTAGGTA    TTCTTACTCAGCTCG  77 72
HKO16_RS15625 NONE
HKO16_RS15630 NONE
HKO16_RS15635 3310185 .. 3310207 + -12.1  -5.43621   GCTTCGATTTGCTAA           TATGCCCCT GTACA AGGGGCATA           TTTTTTGTAGTTTGT 100 60
HKO16_RS15640 3310877 .. 3310896 + -10.8   -5.4756   TAAAGATATAAAAAA            GCCCAAAT TCAA ATTTGGGC             TTTTTTATTACGATT 100 38
HKO16_RS15660 3313211 .. 3313236 +  -9.9  -5.14563   TAAATAAATTCATAA         GCTCTATTTTT ATTT AAAGATAGAGC          TTTTTTAATAAAAAA 100 46
HKO16_RS15665 3314762 .. 3314778 +  -5.8  -5.09685   AATAAGCAAAACAAA              CCCTCT GCTTA GGAGGG              TTTTTCTATATATTC  80 46
HKO16_RS15670 3316362 .. 3316389 + -14.2  -3.62096   ACCCCCAAAAAAAAA        CACCCCAACCTC TTTT GAGATTGGGGTG         TTTAGAATAATGAGC 100 187
HKO16_RS15700 NONE
HKO16_RS15705 NONE
HKO16_RS15710 3324526 .. 3324545 +  -7.9  -5.86976   TCTCATTATAAAAAA            GCCAATC CTTTGT GATTGGC             TTTTTTGTTTTATAC 100 44
HKO16_RS15720 3327727 .. 3327738 +  -5.8  -3.55622   ACGTTTAATAAATAA                GGTG CCCC CACC                 TTTCGCCAAATTGCC  58 455
        hflX NONE
HKO16_RS15735 3330066 .. 3330076 +  -2.6  -3.07537   TGGTTATAAGGAGAA                 TAAA ATG TTTA                 TGATTCTTTATGGAT  43 32
HKO16_RS15740 3330800 .. 3330817 +  -2.7  -3.78682   TACAAATAAGATGGA             CCTTTCA AATC TAAAAGG              ATTTTTTGATTATGG  51 81
HKO16_RS15745 3331292 .. 3331305 +  -5.9  -6.11243   CTTAAAAATAAAAAA               GCCGT TTCA GCGGC                TTTTTTTTATTACAT 100 45
        rplM NONE
        rpsI 3334999 .. 3335017 + -10.3  -5.49234   CGAATCGGACAAAAA             GCCTTGG TTTTC CCAAGGC             TTTTTTATTGCATAT 100 50
HKO16_RS15775 NONE
HKO16_RS15780 NONE
HKO16_RS15785 3336928 .. 3336943 +    -9  -5.38497   TTTTTTATAATTAAA              GGGAAC GTAT GTTCCC               TTTTTTGATTTAAAT 100 46
HKO16_RS15820 3346170 .. 3346187 +  -6.3  -3.33737   CTTTGAAATAAAAAA             GGTGG-CT CAA AGTCCACC             TTATAAGAATTAATA  61 30
HKO16_RS15880 3357899 .. 3357918 +  -2.2  -4.20516   AAACTCAATTTGGGT            TTAAAAGA AAGC TCTTTAAA             TTTCTTAAATGGACC  54 22
HKO16_RS15885 3358499 .. 3358548 + -16.1  -5.04385   TAAGAACTCACTAAC TTATTAATGAAAAAGGCCTGTTA ACTA TAACAGGCCTTTTTCATTTGTTA TTTTTTCACACTATC 100 27
        miaB 3364580 .. 3364590 +    -4  -3.08679   ATTCTAAAGTCTACT                 GAAA GGT TTTC                 TCTTGACTGCAGCGA  48 50
HKO16_RS15915 NONE
        ybeY 3366223 .. 3366248 +  -6.2  -5.30155   AATACATTTTAAAAA         TGTGGATATC CTAAAA GTTATCCACA          TTTTTTCATTAATGA  84 81
HKO16_RS15930 3368168 .. 3368179 +  -4.4  -2.87683   ATAGATGCATCAGCA                CTGA CCTA TCAG                 TCTGTACAAGGATAT  49 150
HKO16_RS15935 NONE
HKO16_RS15940 3369581 .. 3369596 + -10.4  -5.46657   AGTTTAAATAAAAAA              GAGCGG AAAC CCGCTC               TTTTTTATTGCCATA 100 44
HKO16_RS15950 3371758 .. 3371787 +  -8.5  -2.77222   ATACTCAACTAAAGT       CAGGGCTTAGCTG CTGT TAGCTTTGCCCTG        CTTTAGACTCATAAT  69 40
HKO16_RS15960 3373604 .. 3373628 +  -7.3  -3.73107   AGTATAATAAAAAAA          CCCTATTAT CCGGTTA ATAATAGGG          TTTAAAGTTTAATAA  70 51
HKO16_RS15975 3376094 .. 3376104 +  -2.6  -5.86332   ATTGCCTATAAAATG                 TATT TGA AATA                 TTTTTTTTCAATTAA  79 369
HKO16_RS15985 3378916 .. 3378942 + -13.9  -5.28755   TTTAATAATTACAAA         GAAAGCCACTT TATAT AAGTGGCTTTC         TTTTTTAATATATTT 100 36
         rnr 3382663 .. 3382691 + -11.1  -4.60924   ATTTGCATTAATTAT        GATTAAGCTCCCA AAA TGGGGGCTTAATG        TTTTTAAAACGTTTA 100 50
HKO16_RS16015 NONE
HKO16_RS16020 NONE
HKO16_RS16025 3385551 .. 3385571 + -10.5  -5.68438   GATATGATGCAAAAA            GCTAGTTCA CTC TGAGCTAGC            TTTTTTATTTACTAA 100 57
HKO16_RS16055 3392575 .. 3392603 + -13.3  -4.16943   TTTAATCTTTACTAT        AAAAAAGGAGGCT TAT AGCCTCCTTTTTA        TTTTCGAATATCAAG 100 36
HKO16_RS16210 NONE
HKO16_RS16215 3411801 .. 3411825 +    -8  -5.16472   AAATCAGTATATTAA          TTTAGGGGAT TTTAT ATCCCTTAAA          TTTTTTAAGGTTTTT  93 52
HKO16_RS16225 3412728 .. 3412752 +  -2.8  -4.35327   TTCTTTAGACTTTCA          GGCTAAGATG ATCAA CCTCTTAACC          TTTAGTTTTTGGTGA  58 69
HKO16_RS16230 NONE
HKO16_RS16235 NONE
HKO16_RS16240 3415161 .. 3415208 + -13.8  -3.11192   GCTGAATTACAAGCA GCTTAAAATAAAAAAGCAGGAT ATAA ATCCTGCTTTTTTATTTAGAGA TTAGATACTAATATC 100 20
        plsB 3420318 .. 3420343 +  -9.9  -4.59027   AATCTTCATGCAAAA         TAAAAGGTAAC TTAA GTTGCCTTTTA          TTTTATCTACTCATT  93 41
        recG NONE
HKO16_RS16275 3425400 .. 3425416 +  -8.1  -4.52589   ATATTGCTCAAATTG              TTGAAGA ATA TCTTCAA              TTTTGTCTGAGGCAA  82 504
HKO16_RS16290 3427118 .. 3427153 + -13.6  -3.78775   CCCGCAAATTTTGTA    TATAAAAAAGCACCTA AATT TAGGTGCTTTTTTATC     TTTGCTCATCAAACC 100 51
        ribA 3436853 .. 3436890 +  -8.7  -5.68039   ATTTAAAAACTATAT   TTAAGGGATTTTTTC AGGAATTA GAAAAAATCCCTTAC    TTTTTTTATGGATTT 100 54
        hemF 3437914 .. 3437947 +  -8.3  -5.38497   CTAATTTTTTGTTTT     GGGGATTCTTT-GGCT TCC ACCCTAAAGAATCTCC     TTTTTTGATTTCCAT 100 37
        aroE 3438875 .. 3438894 + -10.8  -5.82172   TATAAACCAAAAAAA            GAACCTAC ATAT GTAGGTTC             TTTTTTTATCTTACT 100 36
HKO16_RS16360 3443322 .. 3443343 + -13.1  -5.83211   ACTCTAAAATCAAAA           GAGCGCAAT TGAT ATTGCGCTC            TTTTTTATTTTGCTA 100 51
HKO16_RS16370 3444545 .. 3444575 +  -9.2  -5.88197   TAGTTTATTTTGGTC      GCTACGGTTGCAT CCCCTA AT-CAACCGTAGC       TTTTTTTATGTTTAA 100 47
        glyQ NONE
HKO16_RS16400 3452708 .. 3452736 +  -8.3   -5.4505   AAGCTTTAATAAAAA        CCATGTTTTCA CTCTAGT TGGAAACATGG        TTTTTTATTGAAGAA 100 71
HKO16_RS16405 3453749 .. 3453782 + -12.7  -2.90194   TATAAAATAAATAGA     ATAGAGAACTACTTA AGCT TAAGTAGTTCTCTAA      TGTAGTTAAACAAAT 100 58
HKO16_RS16415 NONE
HKO16_RS16425 3457161 .. 3457173 +  -2.7  -3.65351   ATTAAGTCTGAGTTT                TGTTT ATA AAGCA                TTTGGGTAAGGATGC  48 17
HKO16_RS16430 3457753 .. 3457769 + -12.3  -3.53012   GATTAAACCAGATTA              GCGCGAT CAT ATCGCGC              TTTCAAAGAAACACA  91 41
HKO16_RS16435 3458265 .. 3458281 +  -2.3  -2.71681   CAAAGTGTGATTAAG              GCTTTTT CAT AAAAAAC              TCGTTGCAGAAGTTA  40 27
HKO16_RS16450 3461437 .. 3461452 +  -7.5  -5.65927   TTAGCAATAAAAAAA              GGGCG ATTCAA CGCCC               TTTTTTATTTGCCTA 100 46
HKO16_RS16495 NONE
HKO16_RS16500 3474629 .. 3474647 + -11.8  -5.38497   TACATGCAATAAAAA             GCCTTCTT ATA AAGAAGGC             TTTTTTAATTTAAAT 100 47
HKO16_RS16515 3476619 .. 3476639 +  -4.8  -4.68908   ATTGAAGATAAATCT           GAG-TGGTT CTAA AACCATCTC            TTTATTTTAGGTGGG  69 14
HKO16_RS16520 NONE
HKO16_RS16525 3478577 .. 3478604 + -12.2  -4.59591   AATGCTATTTTTAAA        TTGTGGGTATCT AAAA AGATATCCACAA         TTTTGCTATTTTATT 100 40
        yccS 3480916 .. 3480937 + -11.7  -5.22312   AATAGAATAAAAAAA           TACCGGAAT ATAA ATTCCGGTA            TTTTTTAATGTAAGT 100 36
HKO16_RS16545 NONE
HKO16_RS16550 3484063 .. 3484080 +  -8.5  -5.37345   TTAAGAAATAAAAAA             GACGATA TATT TATCGTC              TTTTTTATGCTTAAG 100 42
        serA 3487597 .. 3487616 +  -9.3  -5.30686   ACTGTAAATTTAAAA            GCCACAG CATTGT CTGTGGC             TTTTTTATAGGTATT  95 46
HKO16_RS16570 NONE
HKO16_RS16575 3489730 .. 3489740 +  -5.4  -3.05844   GCTCGACCAACTCAT                 CCAT TTC ATGG                 TGTTCAGATAAAGCA  53 245
HKO16_RS16595 3493096 .. 3493109 +  -4.5   -3.4072   GCCAAACCTTATCCA               GCAGT AGAA GCTGC                TTCTCATACAAAATA  54 61
HKO16_RS16600 3494133 .. 3494148 + -10.4  -5.17353   CTTTAAAACAAAAAA              TGCGCC AAAA GGCGCA               TTTTTTACTCGCTAT 100 42
         gmk NONE
        rpoZ 3506369 .. 3506388 +  -5.7  -5.67283   TGTTTCTATAAAAAA            CCATCGT TTTTTT GCGATGG             TTTTTTATTTGGCTT  90 48
HKO16_RS16680 3508714 .. 3508745 + -11.8  -3.40403   ACTTAATCAATTAAA      TCGATGATACTTTT GTCA AAACGTATCATCGA       TTATGATGAAAAAAG  91 79
HKO16_RS16685 3509245 .. 3509256 +  -3.6  -4.45201   GTAACTCTCAGATTT                CCGC TTAG GTGG                 TATTTTTTTATCCAA  61 106
HKO16_RS16690 3509608 .. 3509647 +  -7.2  -5.75342   TTATTGACTCCTCCA  CCGCTTT-TTGCGGAACGT TAA ATGTTCCTCATTGAAGCGG  TTTTTTTTGGAAGGA 100 65
         bfr 3510295 .. 3510314 +  -8.6  -6.32017   CCTCATAAAAAAAAA            TCCCCTTG TACT TAAGGGGA             TTTTTTTTATTTATT 100 43
        ponA 3533292 .. 3533307 +    -9   -5.4756   AGTAAAAATAAAAAA              GCCATC GTTA GATGGC               TTTTTTATTACGCTT 100 36
HKO16_RS16830 3543573 .. 3543597 +  -7.3  -3.53224   CACACTTCTTAATAT          TTGAAACGA CCCCTCA TCGTTTCAA          TTTCAGCCCAGACTG  68 29
HKO16_RS16835 3545250 .. 3545266 +  -2.9  -3.14564   TTGCGCTCACACAAA              CTGGGGT CAT AGCTCAG              TTGGTAGAGCGCTAC  45 81
HKO16_RS16840 3545314 .. 3545330 +    -8  -3.15228   CAGCGGTTCGATCCC              GCTTGG CTCCA CCAAGC              TCCTTTGTGTTTGCC  70 12
HKO16_RS16845 3545511 .. 3545530 +  -2.2  -2.72632   TTGATTGCACATTTG            TCTATTTT ATCT AAAATAGC             GTCTTTCTCAAATTC  40 108
HKO16_RS16850 3546997 .. 3547015 +  -8.9  -6.23209   TTTGTAATTTAAAAA             GTGTAGC AAAAA GCTACAC             TTTTTTTTTGCTTAG 100 44
HKO16_RS16855 NONE
HKO16_RS16860 NONE
HKO16_RS16865 3548308 .. 3548329 +  -7.3  -5.60689   GCCAAATTCTAAAAA           GCCACTG CATAACGC CAGTGGC            TTTTTTCTTATCTAG 100 37
HKO16_RS16875 3549955 .. 3549985 + -13.5  -3.24091   GGAAATTTAAAACAG       TATTCACATCAGC TTAAT GCTGATGTGAATG       TGTCTTGTCATTATC 100 31
HKO16_RS16905 3558156 .. 3558181 + -16.3  -3.56862   TTACTAATCTAAAAA         CAAAACCAGCC CTTA GGCTGGTTTTG          TTTAAGAAAATTTCT 100 47
HKO16_RS16910 3558865 .. 3558880 + -10.4  -4.81249   CCTTCTAACAAAAAA              CCAGCC CTTA GGCTGG               TTTTTAAATTTAGCA 100 33
HKO16_RS16920 3562157 .. 3562175 +  -6.7  -5.29782   AAACTCATCTAACAA             GCCTCTG GAATA TAGAGGC             TTTTTTATGACTATA  88 46
HKO16_RS16930 3563827 .. 3563847 +  -8.3  -4.59853   ACTAATGTAGACGAA            GCTCAATCA TCA TGATCGAGC            TTTTTACGACATTAA  85 11
HKO16_RS16935 3564359 .. 3564378 +    -8  -2.67717   TATCTCAATCAACAT            TTTAGAGT TTTT ACTCTAAA             TAAATTGTTAAATTT  67 121
HKO16_RS16940 3565447 .. 3565488 +   -17  -3.82202   AAATATTCAGCGAAC TTAAATAAAAAAGCGCCT CATGAA AGGCGCTTTTTTATTTGA  TTCTATTTACGCATC 100 45
        ompR NONE
HKO16_RS16960 NONE
HKO16_RS16965 NONE
HKO16_RS16970 3574955 .. 3574972 +  -9.1   -5.5353   ATACTTTTAATTTAA             GCACTCC TACG GGGGTGC              TTTTTTATTAGTGTA 100 44
HKO16_RS16975 3575636 .. 3575658 + -16.4  -4.65168   ATAGGCATGAAAAAA           GCCCCATACT TTA AGTATGGGGC           TTTTTCGAATATGGT 100 163
        hisB NONE
        hisH 3577769 .. 3577795 + -10.2  -6.02919   ATTCAAAAACTAAAA         CAGATCAGGTCA AGA TAGCCTGATCTG         TTTTTTTATTTATAA 100 45
HKO16_RS17005 3578468 .. 3578491 + -12.6  -3.32498   TTTTAAAGATGTACA          TAAAGCCTAG TTCT CTAGGCTTTA           TTCATATATAAAGTG  90 42
HKO16_RS17010 NONE
        hisA 3580017 .. 3580046 + -15.3  -3.24747   TTAATTTTTAAGATG       TAAAAAAGAGCCT GATT AGGCTCTTTTTTA        TTGCTGATATGAAAA 100 37
HKO16_RS17025 3581623 .. 3581653 + -14.3   -3.1709   AAAAGAGTTCGAGAA       TAAAAAAGAGAGC TTAAC GCTCTCTTTTTTA       TATATCATTTTTCTT 100 23
        hisF 3584871 .. 3584895 + -15.9  -5.24129   TAAGTTTATTTATAT          TTAAAGGGGCA ATA TGCCCCTTTAA          TTTTTTATGCAGCAC 100 38
HKO16_RS17060 3586733 .. 3586748 +  -3.3  -3.34344   ACATGCTTAATTTTT              TGTGA CGCATT TCACA               TTAATTAAAAAATAG  48 106
        aqpZ 3587832 .. 3587843 +    -3  -3.20236   TCACGCAATCGACAT                CATT TTCT AATG                 TTAAATCTTCAATTG  44 383
HKO16_RS17085 3590433 .. 3590450 +  -9.9   -5.8187   CGAGCCATAAAAAAA             CCAAGAC ATAT GTCTTGG              TTTTTTTATTACATC 100 43
HKO16_RS17095 3592575 .. 3592597 +  -7.8   -5.4833   TTCAAATTTAAAGAA           GCTTAAACTT AAT GGGTTTAAGC           TTTTTTATTGGCTAA 100 44
HKO16_RS17100 NONE
        elbB 3594267 .. 3594292 + -14.9  -3.97959   AATTAAAATGTTTAA         TGAGGGATAGA AATT TCTATCCCTCA          TTTGATGTGTTCTTT 100 35
HKO16_RS17130 3597315 .. 3597326 +    -3  -3.75517   CCAATGGGGCGAGCG                GAAT ATGA ATTC                 TTAGTTTTATAAACT  50 10
HKO16_RS17135 3597623 .. 3597637 +  -4.4  -2.89285   GTAAATTAAACCTTT               TTTTTA TTT TAAAAA               CTTCTATTTAACATA  49 84
HKO16_RS17155 NONE
HKO16_RS17165 3602129 .. 3602142 +  -5.3  -3.95475   GTTTGAAAAGTTAAG               CTCAT CTGG ATGAG                TCTTTCTTTTGAATG  61 474
HKO16_RS17175 NONE
HKO16_RS17180 3605162 .. 3605172 +  -5.4  -2.85354   CGTGACAAAGTGTTC                 TTGG CGA CCAA                 ATTTGGCTTCCGCTA  53 368
HKO16_RS17200 3608268 .. 3608311 +  -4.6   -3.1637   AGCCGATTTCATCTA TTTCGTTGGCGTGGTGACAAG CCA CTTG-CACCACACTGGCAAAG TTAATCGCCATCTGT  50 39
HKO16_RS17210 NONE
HKO16_RS17215 3610763 .. 3610787 +  -5.8  -5.62045   GGCACCATCATTAAA          CCTCATGAAT ATTTG ATTTATGGGG          TTTTTTGTTGTCTGT  90 34
HKO16_RS17225 3611454 .. 3611492 +   -17  -3.95584   AATTCGTTAATAAGA   AATGAAAAAAGCCCAACA TCC TGTTGGGCTTTTTTCGTA   TTTCGTTACTAGGCA 100 31
HKO16_RS17250 3616467 .. 3616500 + -14.1   -2.8085   AAATAAGTTCTATTG     CCAAGATTAGAATGC TTAA GCATTCTAATCTTGA      ATTTAAATGGGTTGA 100 35
HKO16_RS17255 3617461 .. 3617484 + -12.5  -5.60993   GACTTAAATAAAAAA          CCGGTCATG AATGGG CATGACCGG           TTTTTTTGTGAAACA 100 34
HKO16_RS17270 3621980 .. 3621998 + -13.2  -5.63517   TAAAACAAACAAAAA             GAGCCTCA CAG TGAGGCTC             TTTTTTATTTAAAAA 100 55
HKO16_RS17285 NONE
HKO16_RS17290 3625403 .. 3625419 +  -9.4  -5.07107   TTGAATAATAAAAAA              GGCGAG ATAAA CTCGCC              TTTTTTGAAACTTTG 100 33
        tenA 3629613 .. 3629640 + -12.2  -3.64028   AAAATAAGATGAGTT        CTGACCATTTAG TTCA TTAAATGGTCAG         TGTTTAATTTAACTT  95 39
        uvrA 3635184 .. 3635203 +  -9.3  -5.65177   ACAATAAAACAAAAA            GCCGGAA TTTATT TTCCGGC             TTTTTTTATCCCTCT 100 34
    omp33-36 3638836 .. 3638851 +    -9  -5.96219   TTGAATTAAAAAAAA              GGACTC AATT GAGTCC               TTTTTTTTATGGCTA 100 54
HKO16_RS17370 3647608 .. 3647639 + -13.8  -2.76815   AGACTAATCATTTAT      CGCTTCCCAACCTT TCAT AAGTTTGGGGAGCG       GTTCTTGGCAAAAAT 100 34
HKO16_RS17375 3648771 .. 3648800 + -15.3  -4.57275   CCTAAGTGGAACATA       TAAAAAAGACCTC AATT GAGGTCTTTTTTA        TTTTAGATTTTTTTA 100 36
        msuE NONE
        sfnG 3651785 .. 3651806 + -10.2  -5.42198   AATAAAGACATATTG           GCTCCAAG ACTCGG CTTGGAGC            TTTTATTTTTTAAGC 100 86
HKO16_RS17400 3652880 .. 3652923 + -11.2  -4.61353   AGCAAAATCTTAAAC AGGCTTAATAAAAAAGCCCC TATC GGGGCTTTTTTATTAAAACG TTATTTTTGTCTATC 100 28
HKO16_RS17410 3655811 .. 3655829 +  -3.1  -2.76941   ATCTCCTACTATGAT             GGAAGCT GAAAA GGCTTTC             TGAATTTATTCAATT  42 93
HKO16_RS17415 3656871 .. 3656900 + -10.1  -5.24129   TCGGTTCTTAAAATA       CGGTTGCCTAAGTT CAT AGCTT-GGCAGCCG       TTTTTTATGAGCAAA 100 60
HKO16_RS17445 3662847 .. 3662864 + -11.3   -5.9003   CTAGATTAAAAAAAA             TCCGCTC AATT GAGCGGA              TTTTTTTATTAATTT 100 47
HKO16_RS17480 3671983 .. 3672001 + -10.3  -5.41746   ACTCGTTAGAAAAAA             CGCACTC TTAAT GAGTGCG             TTTTTTTGGCAGCTT 100 42
HKO16_RS17510 3679507 .. 3679522 +  -6.2  -2.88768   GAATCGTTCTTAATA              TGTGAT AAAA ATCACA               CTTATTAGTGTTACA  58 63
HKO16_RS17555 3689175 .. 3689220 +  -9.4  -2.70932   TCAAAAATAATGCGT GATTTTAGAGGGGGCATTTTTA TCCA TAAAAA-GCCCC-TCTAAAACC TAATTAACAAGAAAA  74 24
HKO16_RS17560 3691610 .. 3691635 + -11.9  -5.63236   AGTAAATATTAAAAA         GGCATACCCCT ATTT AGAGGTATGCC          TTTTTGTTTTTAGAT 100 40
         xth 3693941 .. 3693959 +  -7.6  -3.55071   CGTAGGAAGATAAAA             TAAACTTA AGA TAAGTTTA             TTTGCAAGGATGTGA  71 179
HKO16_RS17580 3694592 .. 3694621 + -12.3  -3.78087   AAAACTTAAGCGCAT       AAAAAAACGAGCC CACT GGCTCGTTTTTTA        TTTAAGCTTTTAGTT 100 24
HKO16_RS17590 3696134 .. 3696174 + -14.3  -4.59773   ATAAGACGTAATCAA  AATGAAGAAGTGACAAATT TAA AATTTGTCACTTCTTCTTA  TTTTTCACAATCCAA 100 30
HKO16_RS17595 3697708 .. 3697726 +  -3.8  -4.14243   AGTAAGGCGCAAGAG             CCATCTGA ACC TCAGGTGC             TTTTAAAATACGATG  61 235
        puuE 3702435 .. 3702487 +  -4.4  -4.58685   TCAGATCACTCTTGG CACTGTTATTGCTAAAACTCTATAT CACG ACAACGAGTTT-AGGAATAACAGTG TTTTTAGCCGAGTTT  68 75
        uraD NONE
        uraH NONE
HKO16_RS17635 3704719 .. 3704734 +  -4.6  -5.43866   GTTAGTTTTTTAGCG              CCCCAC TTCG GTGGGC               TTTTTTTAACCGTTG  81 44
HKO16_RS17640 3705570 .. 3705590 + -14.1  -5.65496   ATTTAGAAGATAAAA            CAGCAAGGA AAA TCCTTGCTG            TTTTTGTTTTTAATC 100 48
HKO16_RS17650 NONE
HKO16_RS17655 3708554 .. 3708574 +  -9.7   -5.1517   GATTTACACAAAAAA            TCCCCGC CATTTGA GCGGGGA            TTTTTCATTTATTTT 100 112
HKO16_RS17670 3712619 .. 3712655 + -14.8  -3.92716   AAGGAATTGTAGAGA   CGTAAAAAAAGCCCAAC TTAT GTTGGG-TTTTTTTACG    TTTAAATTATTTTAA 100 21
HKO16_RS17680 3713894 .. 3713931 + -15.9  -3.79481   AAGACTAAATAAAGA   TAGCATAGGCACTTTTA GTAA TAAAGGTGTCTATGCTA    TTTAAATTAAATTTC 100 76
HKO16_RS17705 3720265 .. 3720284 +  -8.6  -3.05596   TGATAAGATTAACCC            GTTAGGTC AGGT GGCCTAAC             TTAAATAAAAAAGTC  72 7
HKO16_RS17725 3724393 .. 3724412 +   -10   -3.5518   ATCAAGCTGCGCGAC            CTGGCCCT ATAG AGGGCTAG             TTATATGGCTCTTGA  84 6
HKO16_RS17730 NONE
HKO16_RS17735 3726242 .. 3726258 + -11.5  -3.36492   ATGCGCGGTGCAGCT              CGCGCCT TGA GGGCGCG              TTCTGACCTTGCCAA  88 155
HKO16_RS17740 3727410 .. 3727444 +  -7.1  -2.76936   CTCTTCGATGAAACG     TTGCCGAGAACAAGC ACAAC GCTTGGTCAAGGCAA     TGCCTTCTTTTCATC  62 102
        trbJ NONE
        trbK NONE
        trbL NONE
HKO16_RS17760 3730196 .. 3730225 + -10.6  -3.64822   GCTGTACCTGTAGGC       GCACCGGGCTGG CCACAA CCAGCCCGGCAC        TTTCAATCAACACCT  87 28
HKO16_RS17765 3730491 .. 3730513 + -13.4  -4.74706   AGCTAATGACGAAAG           GGCGGCCACT CGA ACTGGCCGCC           TTTTTCAATCTTCAC 100 35
HKO16_RS17795 NONE
HKO16_RS17800 3734600 .. 3734616 +  -3.7  -3.98256   AAGCCGTGTTCAACC              TCATGAT CTG GTCATGG              TATTTTTCATGGCAC  56 20
HKO16_RS17805 NONE
HKO16_RS17810 3736694 .. 3736717 +  -9.5  -3.56092   GAAAGACACGGCCAG          CCGCCATGC CGACGC GCAAGGCGG           TTTCCGCCGTCATCG  80 128
HKO16_RS17825 3739027 .. 3739059 +  -6.9  -2.61272   AAAGCCAGGAAAGCG      GCCTATGGAGCTGTG CGG CAGCGCTCAGTAGGC      AATTTTTCAAAATAT  59 180
HKO16_RS17865 NONE
HKO16_RS17870 3746270 .. 3746293 + -12.6  -5.37593   TTAATATCAATACGA          GAGACACTAT AATT ATAGTGTCTC           TTTTTTAATTTAAAG 100 56
HKO16_RS17875 NONE
HKO16_RS17880 3748100 .. 3748117 +  -9.9  -5.38321   AATAATATAAGAAAA             GGCTCAT TATG ATGAGCC              TTTTTTCTAATCTTT 100 36
HKO16_RS17885 3750204 .. 3750227 +  -6.2  -4.59081   ATACAATCATATGTT          CATGAAATTAC TTG GTA-TTTCATG          TTTTCTATAAATTTG  76 57
HKO16_RS17890 NONE
HKO16_RS17895 3752824 .. 3752854 +    -7  -4.77759   ACTACGATAATTTCA       TGAAGGGGTAGA ATTTTGA TCTATCCCTTTA       TTTTTAATAAGTTAT  83 31
HKO16_RS17900 NONE
HKO16_RS17905 3753960 .. 3753987 + -11.5  -4.23892   CTGAAATCTCAATAA        TAATGATCAGC TAACTC GCTGATCATTA         TTTTAAGTGCTTCAA 100 356
HKO16_RS17935 3761242 .. 3761253 +  -5.8  -3.24532   AAAAGTCACCATTCA                GGCA CTCG TGCC                 TATTAATGTAATTTT  59 486
HKO16_RS17945 3762040 .. 3762060 + -11.9  -4.43307   ATTCTTAAAATTAAA            CAGCGGATT ATG AGTCCGCTG            TTCTTTTATTAAAGA 100 33
HKO16_RS17955 NONE
HKO16_RS17960 3765271 .. 3765288 +  -9.1  -5.00616   AAAACTAATAAAAAA             GCGGGTT TATT GACCCGC              TTTTTTAAAACCCCA  95 33
HKO16_RS17970 3768354 .. 3768377 +  -9.6   -5.4505   TCAAGCATAAAAAAA          CCTACCTCTG GTCA CACAGGTAGG           TTTTTTATTAAGCCC 100 53
HKO16_RS17985 3769987 .. 3770000 +  -9.5  -5.52023   ATTAAACAAAAAAAA               GCGCC TTAT GGCGC                TTTTTTATTCATCAT 100 36
HKO16_RS18020 3779560 .. 3779573 +  -8.1  -6.14618   TACCTCAACAAAAAA               GCGGA TTCT TCCGC                TTTTTTTATTTTATC 100 47
        mdtD 3781141 .. 3781171 +  -5.5  -2.64973   AAGCAGTTGCATTTT      TAGCGTGGTTTCTC GCTC GCGAA-TCACGCTA       TGATGTGAACTTCAT  52 39
HKO16_RS18030 NONE
        dinB 3783024 .. 3783047 +  -6.2  -3.04398   TCTTTATGGTGAGTG          TTGTTTTTTT ATAC AAAAGAACAA           GTTTTAAACAAAAAC  59 29
HKO16_RS18040 3783721 .. 3783750 +  -6.5  -5.69068   TTTAATCAATAAAAA       CTGAGCAATATTG ATCA TGATAGTGCTCAG        TTTTTTATATTTTTA  93 52
HKO16_RS18065 NONE
HKO16_RS18070 3790388 .. 3790422 +   -13  -3.68351   ACATAAAGCTGAATA     CGAAGAAACCTCGACA GGA TGTCGGGGTTTTTTCA     TTTCAATAATACAAA 100 205
HKO16_RS18075 3791135 .. 3791166 + -13.3  -3.02386   TAAATTAAGATTAAA      TAAAAAAGCCCAT TTATTC ATGGGCTTTTTTA       TATGGTTAATTTTAT 100 38
HKO16_RS18120 3800830 .. 3800854 +  -4.2   -4.1964   TAAAAAAGCAAAAAA          TGGAAGCCCG TTATC CAGACTTCCA          TTTTCAACTATTAAG  60 51
HKO16_RS18145 NONE
        dprA NONE
HKO16_RS18155 3807394 .. 3807408 +    -5  -2.98823   TGGGTATATACCACA               TCCAGA GGG TTTGGA               TATCTCTGGAACGAA  52 94
HKO16_RS18170 NONE
HKO16_RS18175 NONE
HKO16_RS18180 3812221 .. 3812238 +  -6.9  -5.60689   GACAAACTAATAAAA             GGAGCGC TATA GCACTCC              TTTTTTATTGTCTAC 100 48
HKO16_RS18185 3812967 .. 3812982 + -10.4  -6.01187   TTAGCAATAAAAAAA              GCCACC GAAA GGTGGC               TTTTTTTATTTAATT 100 49
HKO16_RS18245 NONE
HKO16_RS18250 NONE
HKO16_RS18255 3823989 .. 3824007 + -10.3   -3.1505   AAAAATCAAACTCAA             GCAGCCT AAATC AGGCTGC             TTGATGGACCGTACT  83 17
HKO16_RS18265 3825715 .. 3825732 + -11.3  -4.22338   CTTAAAAGAAAAAAA             GAGGAGC TTAA GCTCCTC              TTTTCACATTCTCAT 100 36
HKO16_RS18275 3829743 .. 3829770 +  -8.4  -3.41745   ATGTAAGTTAGTGTT        GGGGTGTTTGGT CAAA GCCATATACCCC         TTCATGTTGTAAGAA  73 35
HKO16_RS18280 3830532 .. 3830549 +  -8.5  -5.24647   TTAAGTAATAAAAAA             GGAACAA ATAT TTGTTCC              TTTTCTTTTATATAT  95 44
HKO16_RS18320 3838004 .. 3838024 + -11.2  -5.41941   TTAAATATAAAAAAA            CCGGATGA ATGAA TCATCCGG            TTTTTATTTGCTTTA 100 44
HKO16_RS18330 3839372 .. 3839399 + -10.6  -5.25976   TAAAATAAGTAACAT        GGCCGATCCTTT ATAT AGATGATCGGCC         TTTATTTTTTTCATT 100 81
HKO16_RS18360 NONE
HKO16_RS18365 3842596 .. 3842619 + -11.8  -5.52079   GCTCCAAATTCAAAA          GGCACTTATC GAAA GGTAAGTGCC           TTTTTCTTTTGATCT 100 35
HKO16_RS18415 NONE
HKO16_RS18420 3861379 .. 3861415 + -11.7  -4.66163   TATCTAATTTCTTAT    ATAGGACTCATGCCT ATCTTTG GGGCATGAGTCCTAA    TTTTTACATAGCAAT 100 34
HKO16_RS18460 3871119 .. 3871136 +  -9.9  -3.97947   AATAATAAATAAAAA             GCCAATC ATAT GATTGGC              TTTCTGGTAAATCGA  90 40
HKO16_RS18490 3877929 .. 3877948 +  -2.1  -3.79021   ATGTGAGCAAGTAAA            GCGAG CATTACTGAA CTCGC             TTTACTCACCTTTTG  50 27
HKO16_RS18500 3881309 .. 3881326 + -11.3  -4.18197   CTATAAAATAAAAAA             GCCCGAA TGGT TTCGGGC              TTTTCACTAAAACAT 100 46
HKO16_RS18525 3885220 .. 3885255 +  -5.4  -5.50313   AAATAATTTTCTTAT    GAGAGGAGAAGCGTAA TTAA TTACGCTTCTCTGAAC     TTTTTTAATTTTATG  84 39
HKO16_RS18560 3892022 .. 3892039 +  -2.7  -2.83403   CTGAACCGTTTTGCT             TGGC-TTC TGC GAGTGCCA             GTTTAATGCACCGGG  42 403
HKO16_RS18570 3893834 .. 3893855 + -10.9  -4.19483   TGACAAAAGTAGTCT           GGGCTAAGC GTTG GCTTAGCTC            TTTATCTCTGTGTCG 100 19
HKO16_RS18615 3904788 .. 3904803 +  -4.8  -3.65754   AATGAAAGCATGAGT              TAGAAA TTAG TTTCTA               TTTACCGTAATTTCT  58 159
HKO16_RS18620 3906221 .. 3906234 +  -9.5  -5.76633   TCATCTATTAAAAAA               GGCGC TTCG GCGCC                TTTTTTTATGTCTCG 100 42
HKO16_RS18645 3913598 .. 3913612 +  -7.1  -5.25803   ATTAAAAATAAAAAA               GGAGC AAATC GCTCC               TTTTTTATCCGAATT  91 40
HKO16_RS18730 NONE
HKO16_RS18735 NONE
HKO16_RS18740 3934726 .. 3934759 + -14.1  -4.34557   CTAATTAAAACTCTT     TATAAAAACCGGATC AAAT GATCCGGTTTTTTTA      TTTGCTTTTTAAGTT 100 37
HKO16_RS18745 3935638 .. 3935661 + -11.1  -5.75945   GAAATAATAACAATC          CAGGAGAGT CGTTAT ACTCTCCTG           TTTTTTTTGGAAAAT 100 34
HKO16_RS18750 3936394 .. 3936411 +    -7  -5.83211   TCGAAGATCAAAAAA             GCGATC TAAATT GATCGC              TTTTTTATTTTAGTG 100 44
HKO16_RS18765 3940061 .. 3940092 +  -8.9  -3.13343   AGATGACAAATGCAT      TTGGTTACTTTGG GCGAAA CCAAAGTAACGAA       TTAGCTACTTCCACT  74 456
HKO16_RS18780 3942622 .. 3942637 +    -9  -5.01732   GAAGGTATAAAAAAA              CGCATC CGAA GATGCG               TTTTTTAGAAAACTT  95 102
HKO16_RS18800 3946614 .. 3946627 +  -3.9  -4.57073   AGGCGAAAATTTCGA               GAAAA GTCT TTTTC                TTTTTACAGGAAGTA  65 97
HKO16_RS18805 3947367 .. 3947384 + -11.3  -4.57569   AAATTTTATAAAAAA             GGGCTTC TTAT GAAGCCC              TTTTTAAAGCAATAA 100 66
HKO16_RS18815 NONE
HKO16_RS18820 NONE
HKO16_RS18825 3950474 .. 3950507 +  -5.3  -5.64873   CCGATCATCACATCT     GGCTTGGCTATACCT GAAA AGATATATACAAGCC      TTTTTTATTATTGAG  87 75
HKO16_RS18830 3951087 .. 3951110 +  -8.2  -6.23317   TCGCTTAGTAGGAAA          GGATGAAGCT GATC GGCTTTATCC           TTTTTTTATTTTTAT 100 60
HKO16_RS18835 3951613 .. 3951633 +  -9.8  -5.71712   TCATAAAACATCTAA            CACCCAAA GCTAA TTTGGGTG            TTTTTTTATCTAAAA 100 43
        argA 3953122 .. 3953156 +  -5.9  -5.54264   AGCTTAGTCTAAAAA     GTACAACCATAAA GGTAATTAA TGTATGGTTGTAC     TTTTTTTAAATCTTT  90 76
HKO16_RS18845 3954384 .. 3954417 +  -6.7  -3.65812   AATAAACCCAGCTTG     GGCACAGCTTAAATA ACGA TATAAATGCTGTGCC      TTGTGTTAAGGGAAC  67 36
HKO16_RS18850 3955412 .. 3955425 +  -3.1   -2.9462   GCATTAAACAAGCTG               TTTGG GGTG CCAAG                TAATTTCAATAGATA  43 9
        ssuD NONE
        ssuC 3957400 .. 3957411 +  -3.6  -3.30124   ACGTTATTTACTACG                CTGG CATG CCGG                 TTATCAAAAATAAAG  48 1
HKO16_RS18865 3958288 .. 3958315 +   -10  -5.00616   AAATGCCCAATTAAC        GAGCAATAAAAC TGAT GATTTATTGCTC         TTTTTTAGGGCGAAG 100 75
HKO16_RS18870 3959129 .. 3959148 + -12.2  -5.42259   CGCTAAAATAAAAAA            GATCGGCA AATT TGCCGATC             TTTTTTTAGAAATGA 100 35
        ribF NONE
        ileS NONE
        lspA NONE
HKO16_RS18900 3966056 .. 3966071 + -10.4  -6.01369   GATCATGTAAAAAAA              GCCCTC GATT GAGGGC               TTTTTTTATTATTTA 100 31
HKO16_RS18905 3967205 .. 3967232 + -14.2  -3.62096   TCCCACATAAAAAAA        CACCCCAACCTC TTTT GAGATTGGGGTG         TTTGGAATAATGAGC 100 503
HKO16_RS18950 3975303 .. 3975329 +  -4.5  -5.02476   ACTTCTATATAAAAA        GCCCCAA-AG CAATAAGT CTCTTGGGGC         TTTTTTGAGGAATAT  73 48
        grpE 3978723 .. 3978735 +  -3.5  -2.70932   AGAGTTTTTTGATTT                TTTTT CAT AAAAA                TGCTTGAAAAAAACC  44 87
        dnaK 3980775 .. 3980790 + -11.8  -5.72254   TTTCTTTAAAAAAGA              CCGCGC GAAG GCGCGG               TTTTTTATTATTTAC 100 45
HKO16_RS18980 3982083 .. 3982104 + -10.3  -4.40572   GCATTTGGTAAAAAA           TAATGAGAC TCAA GTCTCATTA            TTTTATCGAAATTGT  95 105
HKO16_RS18985 3983112 .. 3983146 + -14.6  -2.55668   TAGATACTGAACTCA     TACGATGTATCTATTT TAT AAATAGATACATCGAA     ATTCATGTCAAAGTC 100 42
HKO16_RS18990 3983585 .. 3983630 + -23.1  -4.69656   AATCTATAGTTTAGC TGTTCAATAAAAAAGGTCTGC ATAT GCAGACCTTTTTTATTGAATA TTTTATTGCATCATT 100 27
         mpl 3989447 .. 3989467 + -14.1  -5.73563   TGATTCAATAAAAAA            CGGGTTTCA AAT TGAAACCCG            TTTTTTTAGTTTAAT 100 54
HKO16_RS19025 3991703 .. 3991751 +    -2  -5.60993   ATGATGTAGGCAAGA CCTTGATCATGTTGATACAGATG TTTATT CATCTG-G-CAAC-TGGTCGAGG TTTTTTTATGCCCAA  74 257
HKO16_RS19030 3992756 .. 3992782 +   -11  -3.59984   CTTAATTCATCATAA         CAAGGCATCT ACACGTG AGATGCCTTG         TTATCTAAATTTTAA  89 36
HKO16_RS19035 NONE
HKO16_RS19040 3994730 .. 3994751 +  -8.7  -5.02074   AAAAAGCCTAGATTT           TAAGGGCTC GTCA GAGCCCTAA            TTTTTTAAGGAGTGA  95 274
HKO16_RS19045 NONE
        guaD 3997365 .. 3997383 +  -8.9  -6.07374   AACTCAGATTTTCGA             GGTGTTG CTGGT CAACACC             TTTTTTATTTTTTCT 100 182
         hpt 3997962 .. 3997979 +  -7.7  -5.71712   TAAATTTTATAAAAA             TGGCACC GCAA GGTGCTA              TTTTTTTATATAAAG 100 38
HKO16_RS19060 3998397 .. 3998410 +  -8.1  -5.49729   TTTAATTTTAAAAAA               GCACC GAAA GGTGC                TTTTTTTAAGTCATT 100 49
HKO16_RS19075 4000536 .. 4000565 +  -7.9  -6.04419   CGGCTGAGAAAAGTA       CTGGATGACATAG CACT CTACATCATCCAG        TTTTTTTATTATTTT 100 34
        rpmH 4004503 .. 4004514 -  -2.2  -3.76413   TGCTAAAACTGTAAA                GTGC CATC ACAC                 CCAAGTCTGGTCAGC  47 50
        rnpA NONE
        yidD NONE
        yidC 4001969 .. 4001996 - -13.6  -5.31519   ACAGCCAAAGAAAAA        TCCGCCTAAGAT TACC ATCTTAAGCGGA         TTGATTCAGCAAAAG 100 49
        mnmE 4000536 .. 4000565 - -12.3   -3.1733   CGGCTGAGAAAAGTA       CTGGATGACATAG CACT CTACATCATCCAG        TTTTTTTATTATTTT  90 34
        dmeF 3999165 .. 3999186 -  -5.2  -2.75803   AGAACATTTTAATCA           GTTCCGTT AGTGAA AACAGAAC            TGATTACTGAGTTAT  52 59
HKO16_RS19065 3998397 .. 3998410 -  -8.1  -5.09426   TTTAATTTTAAAAAA               GCACC GAAA GGTGC                TTTTTTTAAGTCATT  91 41
HKO16_RS19020 3989447 .. 3989467 - -14.1   -5.4833   TGATTCAATAAAAAA            CGGGTTTCA AAT TGAAACCCG            TTTTTTTAGTTTAAT 100 47
HKO16_RS19010 3987289 .. 3987309 -  -8.3   -4.7657   TAAAAATGGTAAAAA            CTCGACTTG TAC CAAGCCAAG            CATGAGAGAAAAAGA  90 157
        purE NONE
HKO16_RS19000 3985577 .. 3985592 -    -9   -5.9362   TAAAAGACAAAAAAA              GCGATC CGAA GATCGC               TTTTTAAAAAATTTA 100 47
HKO16_RS18995 3983599 .. 3983616 - -11.3   -5.4505   CTGTTCAATAAAAAA             GGTCTGC ATAT GCAGACC              TTTTTTATTGAATAT 100 42
HKO16_RS18960 3976025 .. 3976042 - -11.3  -4.15044   TTTTTCTGTAAGAAA             GCCGTGA ATTG TCACGGC              TTTCTTGAAAGTTAA 100 59
HKO16_RS18955 3975303 .. 3975329 -  -4.5   -4.9725   ACTTCTATATAAAAA        GCCCCAA-AG CAATAAGT CTCTTGGGGC         TTTTTTGAGGAATAT  73 150
HKO16_RS18945 3973636 .. 3973659 -  -8.2   -3.2614   TAGCTTTTATATTAA          TCCACGTTCC ACGT GAAACATGGA           TTAATCAGCTTACTT  71 39
HKO16_RS18940 3972689 .. 3972700 -    -3  -2.68014   AACCAATCAATCAAT                GAAA ATTA TTTC                 GATTAATCAATCAGT  42 297
HKO16_RS18935 NONE
HKO16_RS18930 NONE
HKO16_RS18925 3970706 .. 3970757 -  -8.4  -3.99678   ACCGTGATAATGAAA TCACAGAAGTTAATAAACCAAGAT CTCA ATCTTTATTTACTAATTTCTGTAA TCCGAACTTATCTTA  79 46
HKO16_RS18920 3967416 .. 3967426 -  -5.4  -3.53761   GAAGCGTTTTCCAAA                 TCTG TAA CAGA                 CTGGGCTGAATTGAA  58 126
         rrf 3967205 .. 3967232 - -16.4  -5.71712   TCCCACATAAAAAAA        CACCCCAACCTC TTTT GAGATTGGGGTG         TTTGGAATAATGAGC 100 38
HKO16_RS18910 3966389 .. 3966408 -  -2.1  -4.16033   CCTAAACAACAAGAA            TGGGC TGATAAAATT GCCCA             AGCTGATGCATTTAT  56 390
HKO16_RS18880 3959771 .. 3959791 - -12.7  -3.07222   AGTAAGTATAAATCA            GGTGCAAAA GCT TTTTGCACC            TTTTCACCTTTACTG 100 35
HKO16_RS18875 3959129 .. 3959148 - -12.2  -5.79595   CGCTAAAATAAAAAA            GATCGGCA AATT TGCCGATC             TTTTTTTAGAAATGA 100 31
HKO16_RS18810 3947367 .. 3947384 - -11.3  -5.28826   AAATTTTATAAAAAA             GGGCTTC TTAT GAAGCCC              TTTTTAAAGCAATAA 100 45
HKO16_RS18795 NONE
HKO16_RS18790 3943496 .. 3943515 -  -8.6  -5.63236   ACTTAAAAATAAAAA            TAGCCCCT TTTT AGGAGCTA             TTTATTGGTCTATCT 100 42
         rph 3942622 .. 3942637 -    -9  -5.66684   GAAGGTATAAAAAAA              CGCATC CGAA GATGCG               TTTTTTAGAAAACTT 100 45
HKO16_RS18775 3940057 .. 3940097 -  -4.9  -3.00651   TTGTAGATGACAAAT GC-ATTTGGTTACTTTGG GCGAAA CCAAAGTAACGAATTAGC  TACTTCCACTGGATG  52 127
HKO16_RS18770 3939137 .. 3939156 -    -5  -4.82901   CTGTGGCTACAAAAA            CTGCTGAA TATG TTCAGCAT             CTTGAAGGTTTAAAC  74 496
        ampD 3938011 .. 3938022 -    -3  -3.02434   ATTGTAATGAAACTA                GAAA ATCT TTTC                 GTTGTGAAATGATGA  45 47
        murJ 3936394 .. 3936411 -    -7  -5.27779   TCGAAGATCAAAAAA             GCGATC TAAATT GATCGC              TTTTTTATTTTAGTG  88 35
        tviB NONE
HKO16_RS18720 NONE
HKO16_RS18715 3927753 .. 3927767 -  -3.6  -4.39696   TTTTAAATCAATAAA               GTCAAT CAT ATTAAC               CTTGCTTTGTTAGTG  61 21
HKO16_RS18710 3926654 .. 3926665 -    -3  -2.56475   TAACCTCATATTAAT                CTTT TCAA AAAG                 GCTTTTCACAGCTTA  42 42
HKO16_RS18705 NONE
HKO16_RS18700 3924649 .. 3924661 -  -6.3  -2.81683   ACATTTAAAATCAAC                TTGAG AAA CTCAA                TCCAACCATTCATCT  58 96
HKO16_RS18695 3923336 .. 3923346 -    -4  -3.50045   ACTTATATATTATAA                 CTAA ATA TTAG                 CACCTACGACATCAT  51 71
HKO16_RS18690 3922161 .. 3922173 -  -2.7  -2.89285   GACTTCAAATACAAC                GTACA TTT TATAC                TAGACGAAATAAAGA  42 61
HKO16_RS18685 NONE
HKO16_RS18680 NONE
HKO16_RS18675 3919227 .. 3919238 -    -3  -3.03243   ACTCATTTTTTAATA                TCTT TACG AAGA                 AAGGTATTATAAATT  45 1
HKO16_RS18670 NONE
        galU 3917595 .. 3917619 -  -9.4  -4.42619   TAATATTCTATAAAA          TTCTCTTCCC TTTAC AGGAAGAGAA          TATATTGCTCTGCTC  91 87
HKO16_RS18660 NONE
         pgi NONE
        galE 3913591 .. 3913619 - -14.1   -4.9445   AGAACTAATTAAAAA        TAAAAAAGGAGCA AAT CGCTCCTTTTTTA        TCCGAATTTAATTGT 100 33
        lldP NONE
        lldR NONE
        lldD 3908113 .. 3908130 -    -7  -3.14132   CCGCCTGTTGAGCAA             CCGTAC AAGGAA GTACGG              TTTGCTCAACAAAAG  62 146
         dld 3906221 .. 3906234 -  -9.5   -5.1675   TCATCTATTAAAAAA               GGCGC TTCG GCGCC                TTTTTTTATGTCTCG 100 44
HKO16_RS18610 NONE
        prpB 3902657 .. 3902673 -  -8.7  -3.19389   GAATTTATTTATTAA              GCACGAC GGA GTCGTAC              CATTTTCACTTCTTA  74 239
        prpC NONE
        acnD 3898797 .. 3898815 -  -6.7  -5.01422   TCATATAAAAATAAA             CCCCATC ATCAA GATAGGG             CTTTTTTTGAACAAT  85 64
HKO16_RS18590 3896239 .. 3896257 - -14.6    -4.946   ACCAAATACGAAAAA             GCCCGACA GGA TGTCGGGC             TTTTTTTATGAACCT 100 44
HKO16_RS18585 3895748 .. 3895787 - -18.2  -3.57263   AGTCTTATTTTTAAA  TTAACAAAAAGCCCCATC GGGT GACAGGGCTTTTTGTTAA   ATGCGAACGCAAATA 100 52
HKO16_RS18580 3895058 .. 3895076 - -14.6  -4.53047   ACCAAATACAAGAAA             GCCCGACA GGA TGTCGGGC             TTTTTTTATGCTTAT 100 64
HKO16_RS18575 3894141 .. 3894159 - -11.7    -4.946   ACCAAATACGAAAAA             GCCCGAC AGGAA GTCGGGC             TTTTTTTATGCTTAT 100 66
HKO16_RS18565 3891462 .. 3891487 -  -4.7  -3.23984   CAAAGCGATGAGCAA         GCC-CTTAAGTG GTA CACCAAAGCGGC         TGAGCATAATGAAAG  51 192
HKO16_RS18555 NONE
HKO16_RS18550 NONE
HKO16_RS18545 NONE
HKO16_RS18540 NONE
HKO16_RS18535 NONE
HKO16_RS18530 3885227 .. 3885248 - -11.7  -2.66316   TTTCTTATGAGAGGA           GAAGCGTAA TTAA TTACGCTTC            TCTGAACTTTTTTAA  87 72
HKO16_RS18520 3882905 .. 3882919 -  -4.2  -3.34715   CATGGTCGTGAAACA               GCAATG GAG CATGGC               GGCAAATCATAAAGA  49 109
HKO16_RS18515 3882217 .. 3882232 -  -3.4  -3.76492   GCGAATTGCATCAAA              TTTTAA TTTT TTAAAA               AGGCACTTGTGACTC  54 20
HKO16_RS18510 NONE
HKO16_RS18505 3881309 .. 3881326 - -11.3  -5.86976   CTATAAAATAAAAAA             GCCCGAA TGGT TTCGGGC              TTTTCACTAAAACAT 100 32
HKO16_RS18495 3877924 .. 3877953 -  -8.7  -3.16564   TCTCGATGTGAGCAA       GTAAAGCGAGC ATTACTGA ACTCGCTTTAC        TCACCTTTTGAAAAT  72 40
HKO16_RS18485 NONE
         alr NONE
HKO16_RS18475 3874436 .. 3874481 -  -4.8  -3.01791   ATTCCTTTGTTAAGA TCAGCAACCTATGGCGAA AATCGAACCG TATGCCATAGGTCACTGA ATCTGTTCACCAAAA  52 108
HKO16_RS18470 3872930 .. 3872949 -  -8.6  -6.17669   AAGAAAATAAAAAAA            GCCAATCA TGTT CGATTGGC             TTTTTAATAAAACTT 100 39
HKO16_RS18465 3871119 .. 3871136 -  -9.9  -5.52807   AATAATAAATAAAAA             GCCAATC ATAT GATTGGC              TTTCTGGTAAATCGA 100 51
HKO16_RS18455 NONE
        mmsB 3867618 .. 3867630 -  -4.8  -3.54543   ATTTATTCGTTTAAA                GCCA TCCTT TGGC                TTTACCGTTATGCTT  56 33
HKO16_RS18445 NONE
HKO16_RS18440 NONE
HKO16_RS18435 NONE
HKO16_RS18430 NONE
HKO16_RS18425 3861382 .. 3861412 - -12.7  -2.88579   CTAATTTCTTATATA       GGACTCATGCC TATCTTTGG GGCATGAGTCC       TAATTTTTACATAGC 100 76
HKO16_RS18410 3858381 .. 3858398 -  -8.5  -2.80816   GTGTTATTTATTACA             CCTGTAA GTGT TTACAGG              TTAGTGGTCTCTTAT  71 475
HKO16_RS18405 NONE
HKO16_RS18400 NONE
HKO16_RS18395 3854266 .. 3854280 -  -3.5  -3.14463   AAGGTTGTTCATGAA               GCAAC TCCCT GCTGC               AACTCAGAAACAAGA  46 4
HKO16_RS18390 NONE
HKO16_RS18385 NONE
HKO16_RS18380 3845308 .. 3845321 -  -6.7  -2.97012   AAATTATCCATAAAT               CACCT TATT AGGTG                CTGGGCACTCCAGCA  61 61
HKO16_RS18375 NONE
HKO16_RS18370 3842596 .. 3842619 -  -9.6  -4.35524   GCTCCAAATTCAAAA          GGCACTTATC GAAA GGTAAGTGCC           TTTTTCTTTTGATCT  91 87
HKO16_RS18355 3841842 .. 3841853 -    -3  -3.92075   ATGTGCATCCATAAA                CTAA GCCC TTAG                 CTTTTAGGTGCATGT  52 22
HKO16_RS18350 NONE
HKO16_RS18345 NONE
HKO16_RS18340 3840077 .. 3840122 -  -7.2  -2.73007   AACATTTTGCTAAAC TTTATTCATCACAATATGCAA TTAGT TAGCATATTGTGATGCA-AAA CCGATGATTAATTCG  62 33
HKO16_RS18335 3839112 .. 3839135 -  -5.5  -3.21099   CGCTGGCAGCATGAA          TTATAAGTT TTTCTT AACTTATAA           CATAATTGGCGCATT  54 214
HKO16_RS18325 3838004 .. 3838024 - -11.2  -5.88197   TTAAATATAAAAAAA            CCGGATGA ATGAA TCATCCGG            TTTTTATTTGCTTTA 100 45
        guaA 3834782 .. 3834800 - -13.2  -5.46276   AACAGATATAAAAAA             GGCAGGAT TTA ATCCTGCC             TTTTCATTTGATTAT 100 37
HKO16_RS18310 3833887 .. 3833902 -    -9   -5.5604   TTAAGTAATAAAAAA              GAGTGC TTAA GCACTC               TTATATAGCCGTATG 100 81
HKO16_RS18305 NONE
HKO16_RS18300 NONE
HKO16_RS18295 NONE
HKO16_RS18290 3831265 .. 3831282 -  -9.9  -5.36441   TTTTTACATAAAAAA             CAGCATG TGAA CATGCTG              TTTTATTCCATTTGT 100 81
HKO16_RS18285 3830532 .. 3830549 -  -8.5   -5.5604   TTAAGTAATAAAAAA             GGAACAA ATAT TTGTTCC              TTTTCTTTTATATAT 100 33
HKO16_RS18270 3825715 .. 3825732 - -11.3  -6.09196   CTTAAAAGAAAAAAA             GAGGAGC TTAA GCTCCTC              TTTTCACATTCTCAT 100 43
HKO16_RS18260 3823984 .. 3824012 - -12.5  -4.39092   AAATCAAAAATCAAA        CTCAAGCAGCCTA AAT CAGGCTGCTTGAT        GGACCGTACTTAGCA 100 12
HKO16_RS18240 3820859 .. 3820869 -  -3.2  -2.80935   ATCGCAGGCATTATA                 GAGT TAC ACCC                 CTGAACATGCAATCT  43 115
HKO16_RS18235 3820320 .. 3820365 -    -4  -4.81083   GTCAATTACTAAAAA GAAGGGAAACGA-ACATCGGC GTACT GTCGATATCTCGCCACCCTCC AAAAAATCTTCAATT  68 51
        atpB 3819378 .. 3819403 -  -8.3  -3.01767   AATTAAAAAAATTCA         GCCCAACCATC GTTT GACAGTTAGGC          AATACCATTAATGTT  70 33
        atpE NONE
HKO16_RS18220 NONE
HKO16_RS18215 NONE
HKO16_RS18210 3816377 .. 3816388 -  -3.6  -3.62275   ACCTAGTATTCGAAA                GCCC TTTC GAGC                 TTCCGAAGGTTGATC  52 69
        atpG NONE
        atpD NONE
HKO16_RS18195 3813586 .. 3813601 - -10.4  -5.58179   TATGATAATAAAAAA              GCCACC TTTC GGTGGC               TTTTCAATCTCGAAC 100 47
HKO16_RS18190 3812967 .. 3812982 - -10.4  -5.84381   TTAGCAATAAAAAAA              GCCACC GAAA GGTGGC               TTTTTTTATTTAATT 100 35
HKO16_RS18165 3808728 .. 3808755 -  -3.6  -3.20878   TAATATTGAACTTAA        GACATCATTT ATTTTTTA AAATAATGTC         CAAGTTTTCATGGCG  48 13
HKO16_RS18160 3807342 .. 3807367 - -10.6  -6.02914   TCCAGACAAAAAAAA         GCTCAGTTAT ATAGGG ATAACTGAGC          ATAAAAAAGGATGGG 100 375
HKO16_RS18140 NONE
HKO16_RS18135 NONE
HKO16_RS18130 NONE
HKO16_RS18125 3800830 .. 3800854 -  -8.6  -5.59502   TAAAAAAGCAAAAAA          TGGAAGCCCG TTATC CAGACTTCCA          TTTTCAACTATTAAG 100 45
HKO16_RS18115 3798822 .. 3798832 -  -2.6  -4.27316   CTTTGCAAGCGAAAA                 TTAA AAT TTAA                 TGACTCGAGCGTTTA  55 99
HKO16_RS18110 NONE
HKO16_RS18105 NONE
HKO16_RS18100 3796537 .. 3796588 -  -8.4  -3.99678   ACCGTGATAATGAAA TCACAGAAGTTAATAAACCAAGAT CTCA ATCTTTATTTACTAATTTCTGTAA TCCGAACTTATCTTA  79 46
HKO16_RS18095 3793247 .. 3793257 -  -5.4  -3.53761   GAAGCGTTTTCCAAA                 TCTG TAA CAGA                 CTGGGCTGAATTGAA  58 126
         rrf 3793039 .. 3793063 - -16.5  -5.60993   CTTGCTATAAAAAAA          CACCCCCAACC AAT GGTTGAGGGTG          TTTAGAATAATGAGC 100 38
HKO16_RS18085 3792273 .. 3792283 -  -2.6  -3.59223   AAATAAAAAATGGAA                 TTTA CAT TAAA                 AATAAGAAGACATAA  48 125
        cysK 3791135 .. 3791166 - -13.3  -3.98816   TAAATTAAGATTAAA      TAAAAAAGCCCAT TTATTC ATGGGCTTTTTTA       TATGGTTAATTTTAT 100 37
HKO16_RS18060 3788559 .. 3788575 -  -2.3  -3.15579   TCAAGCTTGTATGAA              GTTTTTG CTT CAAAAAT              ATGAAATCTTTATGG  42 104
HKO16_RS18055 3787198 .. 3787221 - -10.3  -3.83502   TATTCTTAGATTAAA          TACGGCGGA ATAAAA TCCGCCGCA           GATCGAACTCATTTA  89 51
HKO16_RS18050 3784620 .. 3784650 - -14.3  -4.62783   CACTCACTTTAAAAA       TAAAAAAGGCTCT TAAAC AGAGCCTTTTTTA       TCGTTATCCACGAGC 100 29
HKO16_RS18045 3783721 .. 3783750 -  -5.1   -5.1963   TTTAATCAATAAAAA       CTGAGCAATAT TGATCATG ATAGTGCTCAG        TTTTTTATATTTTTA  79 115
HKO16_RS18015 3776947 .. 3776964 -  -8.5  -5.63517   TTCTCAAATAAAAAA             TAGCTCA AAGT TGAGCTA              TTTTATGATGTTTCT 100 57
HKO16_RS18010 NONE
HKO16_RS18005 NONE
HKO16_RS18000 3774286 .. 3774300 -  -5.6  -2.78197   TGTTACAGACACAAG               GGGGAC TCT GTCACC               TGAGCGTCAAATTGT  52 90
        parC NONE
HKO16_RS17990 3769987 .. 3770000 -  -9.5  -6.25578   ATTAAACAAAAAAAA               GCGCC TTAT GGCGC                TTTTTTATTCATCAT 100 40
HKO16_RS17980 3769082 .. 3769107 -  -5.5  -3.50447   TGAATGGTGACAGAA         TGACACTCAAG TCAA CTTAATTGTCA          CGATCAACAAGAATA  58 6
         ppa 3768354 .. 3768377 -  -9.6  -5.71983   TCAAGCATAAAAAAA          CCTACCTCTG GTCA CACAGGTAGG           TTTTTTATTAAGCCC 100 81
HKO16_RS17965 3765264 .. 3765295 - -14.7  -3.84852   GAAATAGAAAACTAA      TAAAAAAGCGGGT TTATTG ACCCGCTTTTTTA       AAACCCCAACTTAGA 100 36
HKO16_RS17950 3762040 .. 3762060 -  -9.7  -4.20136   ATTCTTAAAATTAAA            CAGCGGATT ATG AGTCCGCTG            TTCTTTTATTAAAGA  90 34
HKO16_RS17940 3760267 .. 3760282 -  -3.3  -4.81249   CTGGAAATCTAAAAA              CCATA AGAAAA TATGG               TATTCGATTTATGTT  67 515
HKO16_RS17925 NONE
HKO16_RS17920 3756576 .. 3756586 -  -5.4  -3.67175   ATTTCGCAAAATTAA                 CTCA GGC TGAG                 ATTTATATTTCTAAT  59 11
HKO16_RS17915 NONE
HKO16_RS17910 3753960 .. 3753987 - -11.5  -3.70919   CTGAAATCTCAATAA        TAATGATCAGC TAACTC GCTGATCATTA         TTTTAAGTGCTTCAA  93 42
HKO16_RS17860 NONE
HKO16_RS17855 NONE
HKO16_RS17850 3742559 .. 3742571 -    -2   -3.8512   TAGCGATCAGAACAA                TTCA GCTAA TGAA                CGTGCGTGATTTTCA  50 4
HKO16_RS17845 3742141 .. 3742157 -  -3.7  -3.78442   GATAAGAATACATAA              CTTTGAA TAT TTCATAG              TTTAGTCCTAGATAT  54 95
HKO16_RS17840 NONE
HKO16_RS17835 3738842 .. 3738870 -  -8.9  -2.80612   GGCAATTTTAAGAAG        GCAGAACCCTGAT AGG ATAAGGGTTCTGT        GAAATTTGTCGTGTA  73 449
        sul2 3736683 .. 3736703 -  -6.8  -3.73775   GTCACCGCGACGAAA            GACACGGC CAGCC GCCATGCC            GACGCGCAAGGCGGT  67 196
HKO16_RS17790 NONE
        arsH NONE
HKO16_RS17780 NONE
        arsB 3730773 .. 3730795 -    -4  -3.07935   AGGTCAGTGATCGAA           TGCGCCAG GAAGCGG CCGGCGCG           GCAATCTGCAATCAT  48 66
HKO16_RS17770 3730491 .. 3730513 - -13.4  -2.90494   AGCTAATGACGAAAG           GGCGGCCACT CGA ACTGGCCGCC           TTTTTCAATCTTCAC 100 30
HKO16_RS17715 NONE
HKO16_RS17710 3720259 .. 3720273 -  -2.8  -2.57243   GTACTATGATAAGAT               TAACCC GTT AGGTCA               GGTGGCCTAACTTAA  40 330
HKO16_RS17700 NONE
HKO16_RS17695 3715493 .. 3715536 - -10.8  -2.81702   CAATATTACCAATTA CTTATAAGCAGCAA-AAATTA TAT TAATTTATTACTGCTTATAAA AATATATTTATATTA  83 49
HKO16_RS17690 NONE
HKO16_RS17685 3713894 .. 3713931 - -11.5  -3.88114   AAGACTAAATAAAGA   TAGCATAGGCACTTTTA GTAA TAAAGGTGTCTATGCTA    TTTAAATTAAATTTC  95 72
HKO16_RS17675 3712619 .. 3712655 - -14.8  -2.92425   AAGGAATTGTAGAGA   CGTAAAAAAAGCCCAAC TTAT GTTGGG-TTTTTTTACG    TTTAAATTATTTTAA 100 58
HKO16_RS17665 NONE
        parE 3708554 .. 3708574 - -10.4  -5.38047   GATTTACACAAAAAA            TCCCCGCC ATTTG AGCGGGGA            TTTTTCATTTATTTT 100 40
        hpxO 3705565 .. 3705595 - -14.2  -3.24924   TTTTTATTTAGAAGA       TAAAACAGCAAGGA AAA TCCTTGCTGTTTTT       GTTTTTAATCGAGTG 100 30
HKO16_RS17615 3700792 .. 3700803 -  -7.2  -5.60993   GTCTTCATAAAAAAA                GCCC CGAA GGGC                 TTTTTAGTGTTTTTT 100 39
HKO16_RS17610 NONE
HKO16_RS17605 NONE
        dsbD 3697310 .. 3697330 -  -4.1   -3.8062   CAAGCTTTACAAGAA            TTGACTATC TTC AATAATCAA            AATATCCAAATTCAT  57 185
HKO16_RS17585 3694599 .. 3694614 - -10.4  -5.63504   AAGCGCATAAAAAAA              CGAGCC CACT GGCTCG               TTTTTTATTTAAGCT 100 42
        pyrE 3692240 .. 3692255 -    -9  -5.46129   CAACAAAGCAAAAAA              GGAAGC CTTA GCTTCC               TTTTTCTACATCTAA 100 44
HKO16_RS17565 3691610 .. 3691635 - -14.1    -4.946   AGTAAATATTAAAAA         GGCATACCCCT ATTT AGAGGTATGCC          TTTTTGTTTTTAGAT 100 229
        gshB 3687646 .. 3687657 -    -3  -5.15969   CTTCAACTCAAAAAA                CAAT GGAA ATTG                 TCATCTATTTTTGTA  71 227
        murG NONE
        murC NONE
HKO16_RS17535 NONE
HKO16_RS17530 3683215 .. 3683225 -  -6.8  -2.73875   TGTTGTCTAATACCA                 GGCA AAT TGCC                 TATTTTAAAGCCACG  59 43
        ftsA NONE
        ftsZ 3680538 .. 3680557 - -12.2  -6.20267   TCAAAAATAAAAAAA            GGCAGTGT TTAT ACACTGCC             TTTCAATAGATTGTA 100 48
HKO16_RS17515 3679518 .. 3679535 -  -2.7  -4.87273   AATATGTGATAAAAA             TCACACT TATT AGTGTTA              CATTATAACATAGCC  63 57
HKO16_RS17505 3678128 .. 3678141 -  -5.2  -6.04419   AAAATAACAAAAAAA               CGCC AATAAA GGCG                TTTTTTTATACAATC  95 113
        aceE NONE
HKO16_RS17495 3673226 .. 3673251 - -10.5  -4.43864   AAATAGACATTAAAA         CAAAACCCCGC CGAA GCGAGGTTTTA          GTATGTTCTTTCAGA  95 44
HKO16_RS17490 3672657 .. 3672667 -    -4  -3.40597   CCTGCTAGCCAAATA                 TCAT AAA ATGA                 TTGCAGAGTGGTAAA  51 207
HKO16_RS17485 3671983 .. 3672001 - -10.3  -5.24531   ACTCGTTAGAAAAAA             CGCACTC TTAAT GAGTGCG             TTTTTTTGGCAGCTT 100 49
HKO16_RS17475 3668768 .. 3668795 -  -4.2  -3.10071   AAATTGGACTCAATA        TGTCGAACATTA TTTT TTATGTTGGACA         GCTAAAAATTTGTTC  48 14
HKO16_RS17470 3668198 .. 3668218 -  -3.3  -2.90322   GGTCAGCATAACAAT           CTCACTGG TAAATT CC-GTGAG            CTATTATAAACAAAT  45 134
        guaB 3666672 .. 3666704 - -14.4  -4.80882   ACTTTACACCAAAAA     CAA-AAAGCCGTCAG TGTA CTGACGGCTTTCTTG      ATTGTTTTGGTTACC 100 46
        glmM NONE
        pdxH NONE
        recJ 3662847 .. 3662864 - -11.3  -5.90981   CTAGATTAAAAAAAA             TCCGCTC AATT GAGCGGA              TTTTTTTATTAATTT 100 34
        prfB 3660393 .. 3660408 -  -6.2  -2.72263   ACACGTCTTGTAAAC              GAACAA AGCT TTGTTC               AGCATTTCGAAAACA  57 187
HKO16_RS17435 NONE
HKO16_RS17430 3658875 .. 3658904 - -10.1  -6.06529   CATAGATAAAAAAAA       TGGCAGAGTTTCG ATAC CTAAACTCTACCA        TATACAAGAAAAGTC 100 102
HKO16_RS17425 NONE
HKO16_RS17420 3656766 .. 3656812 -  -4.6  -3.05935   ATATTCCTTACCCAA TTCAGGAATTAAAAATGGTA TCTAATC CACCAGCTTTAAACCCTGAA ACATCAGCTAAACAA  50 29
         acs 3652879 .. 3652923 - -13.2  -3.77484   TAGCAAAATCTTAAA CAGGCTTAATAAAAAAGCCCC TATC GGGGCTTTTTTATTAAAAC-G TTATTTTTGTCTATC 100 26
HKO16_RS17395 3651528 .. 3651540 -  -6.3  -4.08945   ATGATGGCTTTAAAA                CCAAT TTA ATTGG                TACACCTCAGCAAAT  69 301
HKO16_RS17380 3648771 .. 3648800 - -15.3  -3.10612   CCTAAGTGGAACATA       TAAAAAAGACCTC AATT GAGGTCTTTTTTA        TTTTAGATTTTTTTA 100 28
HKO16_RS17365 NONE
HKO16_RS17360 3641828 .. 3641839 -  -7.2  -6.02919   TGATAAATAAAAAAA                GCCC CGTA GGGC                 TTTTTTGAGATGTTC 100 55
HKO16_RS17355 3640874 .. 3640884 -  -6.8  -3.14708   TTAATGAAAATGACA                 GGCT TAA AGCC                 AATAAAGACATTCAG  62 148
        betT 3638836 .. 3638851 -    -9  -5.95166   TTGAATTAAAAAAAA              GGACTC AATT GAGTCC               TTTTTTTTATGGCTA 100 48
HKO16_RS17340 3635178 .. 3635209 - -10.3  -5.00196   GTTGAAACAATAAAA      CAAAAAGCCGGAA TTTATT TTCCGGCTTTTTT       TATCCCTCTACTACA 100 25
HKO16_RS17330 NONE
HKO16_RS17325 3630431 .. 3630450 - -10.8  -5.28755   AAAGATATGAAAAAA            GATCAGTC TCTC GACTGATC             TTTTAGTGTTTTACG 100 36
HKO16_RS17320 NONE
HKO16_RS17315 3629200 .. 3629216 -  -9.5   -4.7373   TGACTTTATGAAAAA              CTTTGGT GTC ACCAAAG              AAGAATTTAAAAATA  93 458
HKO16_RS17305 3627530 .. 3627552 - -10.7  -5.40072   TTGGGCTTAAAAAAA           TAAAGAGGC GTTTA GCCTCTTTA           GTTTATCGAAGTTTG 100 53
HKO16_RS17300 NONE
         ssb 3625403 .. 3625419 -  -9.4  -5.64873   TTGAATAATAAAAAA              GGCGAG ATAAA CTCGCC              TTTTTTGAAACTTTG 100 42
HKO16_RS17280 NONE
HKO16_RS17275 3621980 .. 3621998 - -13.2  -5.59962   TAAAACAAACAAAAA             GAGCCTCA CAG TGAGGCTC             TTTTTTATTTAAAAA 100 42
        gabT NONE
HKO16_RS17260 3617461 .. 3617484 - -12.5  -5.65927   GACTTAAATAAAAAA          CCGGTCATG AATGGG CATGACCGG           TTTTTTTGTGAAACA 100 98
HKO16_RS17245 3614608 .. 3614634 - -11.7  -4.70659   CTTTACAGCGAAAAA        GCCCGCTATTCA CACT TGA-TAGCGGGC         TTTTTATTACTTTGC 100 72
HKO16_RS17240 NONE
HKO16_RS17235 NONE
HKO16_RS17230 3611452 .. 3611496 - -14.8  -3.64283   GAAATTCGTTAATAA GAAAT--GAAAAAAGCCCAACA TCC TGTTGGGCTTTTTTCGTATTTC GTTACTAGGCATACA 100 206
HKO16_RS17220 3610706 .. 3610720 -    -5   -3.2614   CAGTTGGTAGAGCAA               CTGACT TGT AATCAG               TAGGTCCACAGTTCG  53 63
HKO16_RS17205 3607900 .. 3607912 -  -2.7  -4.65895   GGTTTTAGTGAAAAA                GTTCA AAT TAAAC                GGCGGCCTGTTTCTG  62 364
HKO16_RS17195 NONE
HKO16_RS17190 3605951 .. 3605969 - -10.3   -5.3236   ATAAGTCATAAAAAA             GTCCGAC TGAGT GTCGGAC             TTTTTAATTTAGTCT 100 34
HKO16_RS17170 3601729 .. 3601744 -    -9  -4.70879   TTTAAATTTTAAAAA              GGCCTA AATC TAGGCC               TTCCCCCCTTAAACC  90 34
HKO16_RS17160 3600645 .. 3600668 -  -5.3  -3.33815   ATTTTTCGTAAGCAA          GCTCAACAT GATTCT ATGATGAGC           AAAGAATTTAACTTC  54 195
HKO16_RS17150 NONE
HKO16_RS17145 NONE
HKO16_RS17140 3597595 .. 3597619 -  -2.2  -4.24963   TAGAATTATTTAAAA          GGCTTAAATT TAAGT AAATTAAACC          TTTTTTTTATTTTAA  54 47
HKO16_RS17125 3596283 .. 3596306 -  -5.3  -3.91084   TTATTTGTAAGGAAA          GACCCAAAC TCTCAC GCTTAGGTC           TCTCTTTTAAAAATT  61 39
HKO16_RS17120 NONE
HKO16_RS17115 3594699 .. 3594713 -  -2.9  -2.94912   TTTTCAACTTATAGA               CAAAA TTGGT TTTTG               CAAACGATTTAAAAA  43 51
HKO16_RS17110 3594270 .. 3594289 - -10.8  -2.75229   TAAAATGTTTAATGA            GGGATAGA AATT TCTATCCC             TCATTTGATGTGTTC  82 52
HKO16_RS17090 3590433 .. 3590450 -  -9.9  -5.64274   CGAGCCATAAAAAAA             CCAAGAC ATAT GTCTTGG              TTTTTTTATTACATC 100 46
HKO16_RS17080 3588565 .. 3588596 - -13.2   -4.1822   CCTTATTCGAATAAA      TAGATGAACAGACA GATC TGTCTGTTCATCTT       ATTGTATCGTTTCAG 100 66
HKO16_RS17075 NONE
HKO16_RS17070 3587603 .. 3587620 - -12.7  -3.42283   TAACGCAGTGAAACA             GGCGGCA TCCG TGCCGCC              GTCGAGATAGCAAAT 100 58
HKO16_RS17055 3584876 .. 3584890 - -11.4  -3.71873   TTATTTATATTTAAA               GGGGCA ATA TGCCCC               TTTAATTTTTTATGC  93 35
HKO16_RS17045 NONE
HKO16_RS17040 NONE
HKO16_RS17035 NONE
HKO16_RS17030 3581623 .. 3581653 - -14.3  -3.34431   AAAAGAGTTCGAGAA       TAAAAAAGAGAGC TTAAC GCTCTCTTTTTTA       TATATCATTTTTCTT 100 23
HKO16_RS17020 3580024 .. 3580039 -    -9   -5.1615   TTAAGATGTAAAAAA              GAGCCT GATT AGGCTC               TTTTTTATTGCTGAT  95 59
HKO16_RS16990 NONE
HKO16_RS16985 3575837 .. 3575855 - -11.8  -5.83822   TATACTCAAAAAAAA             TCCCTGAT GGG ATCAGGGA             TTGAAAACACAAATA 100 42
HKO16_RS16980 3575636 .. 3575658 - -16.4  -5.17353   ATAGGCATGAAAAAA           GCCCCATACT TTA AGTATGGGGC           TTTTTCGAATATGGT 100 37
HKO16_RS16950 3567946 .. 3567963 -  -9.1  -5.74288   AGAAACAATAAAAAA             GCCTCCC GTTT AGGAGGC              TTTTTTAAGTTCTCT 100 49
HKO16_RS16945 3565459 .. 3565476 -  -9.1  -5.67283   AACTTAAATAAAAAA             GCGCCTC ATGA AAGGCGC              TTTTTTATTTGATTC 100 44
HKO16_RS16925 3562157 .. 3562175 -    -6  -3.69684   AAACTCATCTAACAA             GCCTCT GGAATAT AGAGGC             TTTTTTATGACTATA  62 108
        ettA 3558865 .. 3558880 - -10.4   -5.4505   CCTTCTAACAAAAAA              CCAGCC CTTA GGCTGG               TTTTTAAATTTAGCA 100 45
HKO16_RS16900 NONE
HKO16_RS16895 NONE
HKO16_RS16890 NONE
HKO16_RS16885 3550966 .. 3550987 -  -5.9  -4.18494   TATGGTGAGTTAAAA           GTAAAGATG AAGA CATCATTAC            CTTTAACTCTTACAA  69 95
HKO16_RS16880 3549957 .. 3549983 - -13.9  -2.96755   AAATTTAAAACAGTA         TTCACATCAGC TTAAT GCTGATGTGAA         TGTGTCTTGTCATTA 100 10
HKO16_RS16870 3548357 .. 3548373 -  -5.1   -5.9218   TAGACAATAAAAAAA              GCTGATC ATA AACCAGC              TTCCCGTCACACTTA  93 42
HKO16_RS16825 3541790 .. 3541817 -  -2.6  -5.85244   AAGCAAAACAAAAAA        GCAAGCTCACCT TTTC AGGCTCACTTGC         TTCACTATAAAAAAG  79 80
        rsmH NONE
        ftsL NONE
        ftsI NONE
HKO16_RS16805 NONE
        murF NONE
HKO16_RS16795 3534479 .. 3534494 -    -9   -5.7946   TCTCCAATAAAAAAA              GCCAGT AGAA ACTGGC               TTTATATTGACACCA 100 50
HKO16_RS16790 NONE
HKO16_RS16785 3533285 .. 3533314 - -15.3  -4.78764   CAAATTGAGTAAAAA       TAAAAAAGCCATC GTTA GATGGCTTTTTTA        TTACGCTTTTGAAAA 100 10
HKO16_RS16775 3529492 .. 3529508 -  -2.3    -3.794   CGCCAAGGCAGTAAA              TTAATTG TTG CCATTAA              TCAAAACTCCTTAAA  50 22
HKO16_RS16770 NONE
HKO16_RS16765 NONE
HKO16_RS16760 NONE
HKO16_RS16755 NONE
        aroK 3524731 .. 3524747 -  -3.7  -3.17075   GTTCGCCTAATTCAA              CATGTAA AGT TTGCATG              AATTTATAAAACCAC  46 53
        aroB NONE
HKO16_RS16740 3522691 .. 3522717 -  -5.2  -5.06451   TATCATGTTAAAAAA         TGACTAAATATG CAC CACATCTGGTCA         AAAAATATTAATACA  76 81
        gltB NONE
HKO16_RS16730 3516292 .. 3516315 -   -14  -5.10029   ATTAATGGTAAAAAA          TAAAGCCTGC AATC GCAGGCTTTA           TCAAAAACTTTAATA 100 55
HKO16_RS16725 3515259 .. 3515276 -  -9.9  -5.51402   ATAGATTTAAAAAAA             CCGGATT TTTA AATCCGG              TTTTTTATTAGCTTG 100 33
HKO16_RS16720 3514568 .. 3514582 -  -7.2  -2.72324   TTGATTTAAATTAAT               CAAAAG AAA CTTTTG               GAGCCTGCTGAGCAG  62 6
HKO16_RS16715 NONE
HKO16_RS16710 3512717 .. 3512731 -  -7.2  -2.61199   TAAGCTGTAATTAAC               TGACAA AAA TTGTCA               CTAGGAATTTAGTAG  62 199
HKO16_RS16705 3512054 .. 3512087 - -17.1  -2.52795   AATTTTTTGAATGTA     TATAAAAAACACCTC TTAA GAGGTGTTTTTTATA      CATTTTTAATATTAA 100 37
HKO16_RS16700 3510295 .. 3510314 -  -7.9  -6.22802   CCTCATAAAAAAAAA            TCCCCTT GTACTT AAGGGGA             TTTTTTTTATTTATT 100 32
        ispH 3504225 .. 3504253 - -10.5  -5.63504   AAGGGTATAAAAAAA        CAGATAACTGTCA TGT TAACAATTATCTG        TTTAACTATTTAAAA 100 65
HKO16_RS16655 3503654 .. 3503665 -  -2.2  -3.19091   ATAGTGATGCATTAA                CAAG TCTC CTCG                 GCCTTAAAAACTAAA  44 10
        pilV 3503084 .. 3503112 -  -4.6  -4.59342   TTTATTAGAAATAAA        TGATTGAGCCAT TTAAT ATGCCTCCATCA        TTAAGCAAGTTGAAT  68 9
HKO16_RS16645 NONE
HKO16_RS16640 NONE
HKO16_RS16635 NONE
HKO16_RS16630 NONE
HKO16_RS16625 3496410 .. 3496424 -  -3.5  -3.66803   CGGCAACACTTCAAA               CCCCT TTCAT AGAGG               GCGACATTCTACGTG  52 97
        rpsP NONE
        rimM 3495528 .. 3495538 -    -4  -3.51948   TAATCCTATAAAAAG                 GATT AAT AATC                 TACGCCCCAATTGAC  51 17
        trmD 3494730 .. 3494742 -  -3.4  -4.87665   TTTTACTCAGAAAAA                CACA GGGGA TGTG                CTTACCCTTGTTCAT  66 27
        rplS 3494126 .. 3494155 - -14.5   -4.1585   TTATAAGCTTTAAAA       CAAAAAATGCGCC AAAA GGCGCATTTTTTA        CTCGCTATAAGCTTA 100 38
        truB NONE
HKO16_RS16585 3490129 .. 3490158 -  -7.3   -4.7189   AAAAGATACATAAAA       GTATGAACCACTCC TCA GGA-CAGTTCATAC       TTTTTATCTTATTTA  80 38
HKO16_RS16580 NONE
HKO16_RS16560 3484481 .. 3484504 -  -9.6  -5.45813   CACCAAAAAACAAAA          GGCATAGCTT TATG ATGCTATGCC           TTTGCCGGTTACTCT 100 76
HKO16_RS16555 3484063 .. 3484080 -  -8.5  -5.80003   TTAAGAAATAAAAAA             GACGATA TATT TATCGTC              TTTTTTATGCTTAAG 100 36
HKO16_RS16540 3482311 .. 3482330 -  -4.4  -3.31263   AGTGCATGTTTAGAA            TGTGAA-AC ACC GTATTCACA            AGGTGTCTAAAACGA  52 236
HKO16_RS16535 3480916 .. 3480937 - -11.7  -5.94214   AATAGAATAAAAAAA           TACCGGAAT ATAA ATTCCGGTA            TTTTTTAATGTAAGT 100 30
HKO16_RS16510 3475355 .. 3475365 -    -4  -3.54146   GTGCCTAATTAAATA                 GATT ATT AATC                 TTCAAAATCTATTCT  51 20
HKO16_RS16505 3474629 .. 3474647 - -11.8  -5.12068   TACATGCAATAAAAA             GCCTTCTT ATA AAGAAGGC             TTTTTTAATTTAAAT 100 35
HKO16_RS16490 3471811 .. 3471840 - -15.3  -5.26875   TTTTTAAGCAAAAAA       TAAAGCTCAAATC TCAA GATTTGAGCTTTA        TTTAATCGAGGAAAT 100 44
HKO16_RS16485 3469965 .. 3469980 -  -8.2  -5.14563   GCGCCCATGAAAAAA              GGCCCC ATAA GGAGCC               TTCAATCAACACAAC  93 57
HKO16_RS16480 3467690 .. 3467722 -  -6.4  -4.08216   CCACCTTTCCTAAAA     GGTAGTTTCCTCAGA TTAG CCTG-GGAAAATACC      GCGTTCTTTACGAGC  68 8
HKO16_RS16475 3466358 .. 3466368 -    -4  -3.07816   TTTTTATTTAGCCAA                 CTTT GCC AAAG                 CTCTTTTTAAACGAG  48 3
        astA NONE
        astD NONE
        astB NONE
        astE 3461437 .. 3461452 -  -7.5  -5.84381   TTAGCAATAAAAAAA              GGGCG ATTCAA CGCCC               TTTTTTATTTGCCTA 100 52
HKO16_RS16445 NONE
HKO16_RS16440 3458281 .. 3458310 - -13.7  -5.24129   CTTTTTCATAAAAAA       CTCGTTGCAGAAG TTAT CTTTTGCAACGAG        CCATAGCCATTTAAA 100 77
HKO16_RS16420 3454948 .. 3454965 -  -5.7  -3.43492   CTAGAGGTATCAGAA             TTTATAC AAGG GTATAAA              AATATGGCATATCCC  56 361
HKO16_RS16410 3453745 .. 3453786 - -11.9  -4.88163   TTAATATAAAATAAA TAGAATAGAGAACTACTTA AGCT TAAGTAGTTCTCTAATGTA  GTTAAACAAATTCTT 100 27
HKO16_RS16390 3448044 .. 3448054 -  -3.2  -4.62622   TTAAGTATAAATAAA                 GAGC CCA ACTC                 CACTTTGCTATCTTT  62 33
HKO16_RS16385 NONE
HKO16_RS16380 3445728 .. 3445745 -  -3.3  -2.61264   GCCGTTATTTATAAC             GGGCAAA AGTA TACGCCC              AAAGCCGCATAAAGT  44 106
HKO16_RS16375 NONE
HKO16_RS16365 3443317 .. 3443348 - -13.2  -3.10558   TATAGACTCTAAAAT      CAAAAGAGCGCAAT TGAT ATTGCGCTCTTTTT       TATTTTGCTAAAATT 100 45
HKO16_RS16355 3438875 .. 3438894 - -10.8  -5.75822   TATAAACCAAAAAAA            GAACCTAC ATAT GTAGGTTC             TTTTTTTATCTTACT 100 43
         dxs 3433947 .. 3433974 - -12.2  -4.50943   GAATAATGCATAAAA        GCGTATCCATTT TAGC AAATGAATACGC         TTTTTGGGAAAAAAT 100 65
HKO16_RS16330 3433012 .. 3433041 - -11.6  -4.77438   ACCGACCATTAAAAA       GTAAAACCCTCT ATAAAA AGAGGGTCTTAC        TCAGAAATAATTTTT 100 45
HKO16_RS16325 3430763 .. 3430782 -  -9.3  -6.04324   CTAAAAAATAAAAAA            GGCCAGT ATGTAA ACTGGCC             TTTTTTTAAATCTCT 100 47
HKO16_RS16320 3430486 .. 3430511 -  -3.3  -4.73108   TTGACAAAAGCAAAA         CAAGCTAATAT AGGA ATATGAGCTAG          ATTTTGAAAAGAAAT  63 41
HKO16_RS16315 NONE
        mlaE NONE
HKO16_RS16305 NONE
HKO16_RS16300 NONE
HKO16_RS16295 3427127 .. 3427144 -  -9.9  -5.36441   TTTGTATATAAAAAA             GCACCTA AATT TAGGTGC              TTTTTTATCTTTGCT 100 43
HKO16_RS16285 NONE
HKO16_RS16280 3424778 .. 3424791 -  -3.7  -5.10461   CTCACTCAAGAAAAA               CGGCG TTAT CGTCG                TGTACTGATTATTGA  74 158
HKO16_RS16265 3421399 .. 3421409 -  -2.6  -2.78679   TGTTGTTATTTAAAG                 TTTA GTC TAAA                 TTTTAATTTGTACCA  40 28
       adeT2 3420318 .. 3420343 -  -7.7  -4.18762   AATCTTCATGCAAAA         TAAAAGGTAAC TTAA GTTGCCTTTTA          TTTTATCTACTCATT  80 28
HKO16_RS16250 3416553 .. 3416570 -  -9.9  -5.95286   ATTAAAAATAAAAAA             GCCATCT TTTC AGATGGC              TCATCGTTATTTATT 100 36
HKO16_RS16245 3415176 .. 3415193 -  -9.9  -5.79595   GCTTAAAATAAAAAA             GCAGGAT ATAA ATCCTGC              TTTTTTATTTAGAGA 100 41
HKO16_RS16205 3407965 .. 3407991 -    -6  -2.54193   CACGACTGTAATGCA         CATTTACTAC TTTCTTC GCAGTAAATG         CCCTCTTCTTGAGGG  54 131
        rpsJ 3407498 .. 3407527 -  -5.2   -3.6318   AAACCTCTAAAAAAG       CGGCCTAATTAAC TAATC GTTAATTA-ACCG       AAAGCCTTAACCCAA  59 32
        rplC NONE
        rplD NONE
        rplW NONE
        rplB NONE
        rpsS NONE
        rplV NONE
        rpsC NONE
        rplP NONE
        rpmC NONE
        rpsQ 3402746 .. 3402803 -  -6.6  -2.75577   CTACTCCAAAACCGA GCATCACCGGTCACAATTTCGAAAGGCTC AAA GAGTACT-CGAAATTG--ACCGATGATGC AACAAGAACGTCGAA  59 41
        rplN NONE
        rplX NONE
        rplE NONE
        rpsN NONE
        rpsH NONE
        rplF NONE
        rplR NONE
        rpsE NONE
        rpmD NONE
        rplO NONE
        secY NONE
        rpmJ 3397144 .. 3397170 - -14.4  -3.52717   AGTAGAGATAATCAA         CCGCCCCACAAA AAT CTTGAGGGGCGG         ATATTAACCCAATTC 100 71
        rpsM NONE
        rpsK NONE
        rpsD NONE
        rpoA 3394647 .. 3394671 -  -4.3  -2.64794   CCTAATTTCACACCA          CTATTACGATG ACG CATGGTGATAG          TCCTACTTAATTAAC  48 36
        rplQ 3394249 .. 3394267 - -11.7  -5.79595   TTGGAAAATAAAAAA             GACCGGC ATAAA GCCGGTC             TTTTTTGAATAATAT 100 44
HKO16_RS16060 3392581 .. 3392597 - -12.3  -5.31275   CTTTACTATAAAAAA              GGAGGCT TAT AGCCTCC              TTTTTATTTTCGAAT 100 42
HKO16_RS16050 NONE
HKO16_RS16045 3390540 .. 3390550 -    -4  -4.41177   TATACAAATGTAAAA                 TTGT CTA ACAA                 TTAATAGAGTTTTTC  62 26
HKO16_RS16040 3388640 .. 3388675 - -12.8  -3.00525   TCCTTTTAAACCAGA    CTCCTTACGATTACTA GAGT TAGTAACCCTAAGGAG     TGAGTTCCTTCAGAT 100 46
        rrtA 3387982 .. 3387992 -    -4  -3.84961   TATTCAACGATCAAA                 TTTG CAT CAAA                 CTTTATCAATAAAGA  56 84
HKO16_RS16030 3385623 .. 3385641 -  -9.6  -5.74122   TACCACATAAAAAAA             CACCCTCT TAA AGAGAGTG             TTTTTGCTCTGCGTA 100 52
HKO16_RS16005 3379882 .. 3379894 -  -3.3  -2.87463   AATGGCGGTGAGAGA                GGGAT TCG AACCC                TCGATACCAGTAATA  45 0
HKO16_RS16000 NONE
HKO16_RS15995 3379637 .. 3379651 -  -7.1  -5.76633   GCAGATACAAAAAAA               CCGCT ATAAA AGCGG               TTAATTCTTCAAGTT 100 40
HKO16_RS15990 3378916 .. 3378942 - -13.9  -4.14257   TTTAATAATTACAAA         GAAAGCCACTT TATAT AAGTGGCTTTC         TTTTTTAATATATTT 100 48
HKO16_RS15980 3375842 .. 3375857 -    -9  -5.65177   ACAGGCACAAAAAAA              CCGCTA TATA TAGCGG               TTAATTCTTCAAGTG 100 39
HKO16_RS15970 NONE
HKO16_RS15965 3373604 .. 3373628 -    -8  -5.89921   AGTATAATAAAAAAA          CCCTATTATC CGGTT AATAATAGGG          TTTAAAGTTTAATAA 100 52
HKO16_RS15955 3371756 .. 3371788 -  -4.1  -3.95817   TAATACTCAACTAAA     GTCAGGGCTTAGCT GCTGTT AGCTTTGCCCTG-C      TTTAGACTCATAATG  56 1
        wrbA 3369574 .. 3369603 - -16.7   -3.7229   ATAAAATAGTTTAAA       TAAAAAAGAGCGG AAAC CCGCTCTTTTTTA        TTGCCATAAATTTAA 100 37
HKO16_RS15925 3366223 .. 3366248 -  -6.9   -4.6644   AATACATTTTAAAAA         TGTGGATATCC TAAA AGTTATCCACA          TTTTTTCATTAATGA  79 34
HKO16_RS15905 3360845 .. 3360860 -  -3.3  -4.42238   TTATGCCAATTAAAA              GAATG TTCCAT CATTC               ATCATCTAAAACTAA  61 37
HKO16_RS15900 NONE
HKO16_RS15895 3358911 .. 3358929 -  -6.7   -5.4251   TTCACATATAAAAAA             GCACCCT ACAAG AGAGTGC             TTTCCAACTCATCAA  93 50
HKO16_RS15890 3358502 .. 3358545 - -15.6  -2.57721   GAACTCACTAACTTA TTAATGAAAAAGGCCTGTTA ACTA TAACAGGCCTTTTTCATTTG TTATTTTTTCACACT 100 26
HKO16_RS15875 NONE
        pssA NONE
HKO16_RS15865 3354350 .. 3354372 -  -2.2  -3.39216   TTTTTACCCAAAAAT           TATAAAAA TATTCAT TTTTTATA           TAAACACGGCTGTAA  46 14
HKO16_RS15860 NONE
HKO16_RS15855 NONE
HKO16_RS15850 3352023 .. 3352074 -  -8.4  -3.99678   ACCGTGATAATGAAA TCACAGAAGTTAATAAACCAAGAT CTCA ATCTTTATTTACTAATTTCTGTAA TCCGAACTTATCTTA  79 46
HKO16_RS15845 3348734 .. 3348744 -  -5.4  -3.53761   GAAGCGTTTTCCAAA                 TCTG TAA CAGA                 CTGGGCTGATTGAAT  58 125
         rrf 3348523 .. 3348550 - -14.2  -5.71712   TCCCATATAAAAAAA        CACCCCAACCTC TTTT GAGATTGGGGCG         TTTAGAATAATGAGC 100 38
HKO16_RS15835 NONE
HKO16_RS15830 NONE
HKO16_RS15825 3346170 .. 3346187 -  -6.3  -5.63517   CTTTGAAATAAAAAA             GGTGG-CT CAA AGTCCACC             TTATAAGAATTAATA  93 35
HKO16_RS15815 NONE
HKO16_RS15810 NONE
HKO16_RS15805 NONE
HKO16_RS15800 NONE
HKO16_RS15795 NONE
HKO16_RS15790 3336928 .. 3336943 -    -9   -3.9941   TTTTTTATAATTAAA              GGGAAC GTAT GTTCCC               TTTTTTGATTTAAAT  85 94
        pdxA 3332974 .. 3332988 -  -3.6  -3.39896   TTGATACATAGAACA               TTTCCA ACA TGAAAA               ATTTAACTCGCTGCC  50 28
        rsmA NONE
HKO16_RS15750 3331292 .. 3331305 -  -5.2  -5.93252   CTTAAAAATAAAAAA               GCCG TTTCAG CGGC                TTTTTTTTATTACAT  95 35
HKO16_RS15725 3327249 .. 3327278 -  -9.3  -4.10453   GAAATGGTGGCAAAA       GGCAGGCATGAAA CTAC TATCATGGCTGCC        ACTCGAAGGTTTTAT  85 45
HKO16_RS15715 3324526 .. 3324545 -  -7.9  -5.31275   TCTCATTATAAAAAA            GCCAATC CTTTGT GATTGGC             TTTTTTGTTTTATAC  91 35
HKO16_RS15695 NONE
HKO16_RS15690 NONE
HKO16_RS15685 3319863 .. 3319914 -  -8.4  -3.99678   ACCGTGATAATGAAA TCACAGAAGTTAATAAACCAAGAT CTCA ATCTTTATTTACTAATTTCTGTAA TCCGAACTTATCTTA  79 46
HKO16_RS15680 3316573 .. 3316583 -  -5.4  -3.53761   GAAGCGTTTTCCAAA                 TCTG TAA CAGA                 CTGGGCTGAATTGAA  58 126
         rrf 3316362 .. 3316389 - -16.4  -6.07627   ACCCCCAAAAAAAAA        CACCCCAACCTC TTTT GAGATTGGGGTG         TTTAGAATAATGAGC 100 38
HKO16_RS15655 NONE
        trxC NONE
HKO16_RS15645 3310866 .. 3310907 - -13.3  -4.68209   AGCGTAAGAAATAAA GATATAAAAAAGCCCAAAT TCAA ATTTGGGCTTTTTTATTAC  GATTCTTGAGAGGCA 100 22
HKO16_RS15615 3304710 .. 3304732 - -12.1   -2.9415   TAAATGATTTATAGA           GTAAAGCCC AACTA GGGCTTTAC           TCTACGGATTGTTTT  88 346
HKO16_RS15605 NONE
HKO16_RS15600 3302337 .. 3302347 -  -3.2  -4.82901   TTTTTTCTATAAAAA                 CACA GAC CGTG                 TCTAAGTGAACATTC  65 76
HKO16_RS15580 3298868 .. 3298889 -  -5.8  -3.07994   GGTAAGCCTATCCAA           CCCACTGC TCTATG GCAGCAGG            TGAGATCAAAAGATA  57 71
HKO16_RS15575 NONE
HKO16_RS15570 NONE
HKO16_RS15565 3296799 .. 3296826 -  -2.1  -2.92425   AACGAATGCTACAGA        CCA-GCTTTAAT TAGTG ACCAAAGCATGG        CTGGTATCCTTCGTG  41 8
HKO16_RS15560 3296364 .. 3296383 - -12.2  -5.97575   AAGGCATAAAAAAAA            CCACAAGC AAAT GCTTGTGG             TTTGATTGAGCTTTA 100 63
HKO16_RS15555 3296006 .. 3296016 -  -2.6  -3.68886   ATTAAGTGATTTAAA                 TAAT TTG ATTA                 AGAGTTTGGGATGAA  48 42
HKO16_RS15550 3294827 .. 3294846 -  -8.6  -3.40175   ATCTTTTAAAATATA            GGGGTAAA ATTA CTTACCCC             ATAATCTGCCCATGT  76 108
HKO16_RS15535 3290248 .. 3290258 -  -6.8  -4.07885   TATCGCTGCTGAAAA                 GGGA ATG TCCC                 TAGAACAAAGTGGAC  71 465
HKO16_RS15520 3288022 .. 3288051 -  -7.3  -3.73982   CGGATATCAAGATAA       GGGATAAAACATGT TTA AC-TGCTTTACCCC       CAATCTCTCATTTAT  70 49
HKO16_RS15515 NONE
HKO16_RS15510 3285062 .. 3285103 - -15.5  -3.52063   GAAATTAAATAGCAA TAATTTCATGAATGATAGC CAAA GCTATCATTCATGATACTA  AGTCATATCACCTTA 100 38
HKO16_RS15505 3284591 .. 3284606 -    -4  -3.23611   AAAAAATGCTATGAA              TGACGA TGAA TCATCA               AATTAGTTAGAGCGT  49 28
HKO16_RS15500 NONE
HKO16_RS15495 3281701 .. 3281724 -  -3.7  -3.58785   GAAAAACGAATAATA          CGGGCGATC ATAATA GTTCTCCCG           TTAGTTCTTCATAGA  52 26
HKO16_RS15490 3278562 .. 3278579 -  -2.7  -5.02606   GACGAAATAATAAAA             CGATCAA TGTG TTGATAG              TTTTCTTTTGATTAA  66 11
HKO16_RS15485 3278121 .. 3278150 - -15.9  -3.88137   AGAATCTTTTATAAA       GACAAATGGATGC CTTC GCATCCATTCGTC        TTTTAAGTATCAAAC 100 44
        cadR 3274064 .. 3274079 -  -3.2   -3.4252   GTCCATTCACCATAA              CCAACT AGCC AGATGG               TCTGCAAAATACAAT  48 177
HKO16_RS15450 3270053 .. 3270064 -  -5.8  -3.65046   CTGTTATTTTAACAA                CGCT AAAC AGCG                 AATTATTGATTAACT  62 212
HKO16_RS15430 3267073 .. 3267086 -  -8.1   -5.4505   GGTCCCAATAAAAAA               GCACC CGAA GGTGC                TTTTTTTATGCGCCC 100 31
HKO16_RS15405 3262694 .. 3262705 -    -3   -3.6502   CATTTGGTACGCAAA                GTAA TGAT TTAC                 CTTTAGATGCAATGG  50 134
       coaBC 3259712 .. 3259748 -   -14  -2.72371   TTGTCTAAATAAGAC    TATAAAAAAACCGCGA TTTAT TCGCGGTTTTTTTATT    TGGTTCAAAAATTAT 100 37
HKO16_RS15350 3251752 .. 3251770 - -10.4  -4.28389   AAAAATAGACATAAA             CTTATTGG GGA CCAATAAG             GGTACCTATTTTTAA  95 145
HKO16_RS15345 NONE
HKO16_RS15340 3249538 .. 3249567 -  -6.7  -3.24289   AGGCTAAATAGTTAA       GATACCTA-GTTAA AAC TTAACCTAAGTATC       CACATCTTTTAGAAT  63 68
HKO16_RS15335 3248656 .. 3248669 -  -3.9  -3.73858   TTAGATCAAAATCAA               TAGAT TTAA ATCTA                AACAAAGATTGAAGA  53 117
HKO16_RS15325 3247447 .. 3247478 - -10.2  -5.15969   TCTTAATTCAAAAAA      GGGGCATTTAGTTT ATTT AAGCTTAATGCCCC       ATTTACAAAGGGACT 100 39
HKO16_RS15315 3242340 .. 3242359 -  -9.2  -2.57298   AAATGAATTAAAAGC            CCCCCAGC TTAG GCTGGGGT             TTGAATTTTACTAAA  71 14
HKO16_RS15305 NONE
        glnE 3237730 .. 3237741 -  -4.4  -2.66748   GATCAGCCAAATTCA                TGGA ACAC TCCA                 AATTGTTATAAAATC  48 39
HKO16_RS15295 3236758 .. 3236788 -  -9.2  -4.74103   TCCCTAACCCAAAAA       TAAAAAGGCGAA ACCAACG TTCGCCTTTTCA       TGTTAACGGATTAAC  93 41
HKO16_RS15290 3235838 .. 3235848 -  -2.6  -4.19817   TTTATTTACTCAAAA                 TAAA AAA TTTA                 ATTTTTCGCTAAAAG  55 23
HKO16_RS15285 NONE
HKO16_RS15280 NONE
HKO16_RS15275 NONE
HKO16_RS15270 3232125 .. 3232135 -    -4  -3.67413   CTTATGAAGAAAAAT                 TACT AGA AGTA                 GTTTTACCAGATTGG  54 127
        wecB 3229086 .. 3229135 - -10.5  -2.88634   ATTTTAATGAACAAT TAGAATCTTTAGAAAA-TATTACT CAC AGTAAAAACTTTCTAAAGACTCTA GCTACTCGTATTAAA  73 96
HKO16_RS15230 3223022 .. 3223050 - -11.2  -5.30686   AATACGCATAAAAAA        GACCTAACTTGA TAGTT TCAAATTAGGTC        TTTTGGCTTGATTTT 100 66
HKO16_RS15225 3221494 .. 3221513 -   -10  -3.76775   TGCAACACAGTGAAA            CGGCGACA TCCA TGTCGCCA             ATCACCTTGCTACTT  87 64
HKO16_RS15215 3220330 .. 3220346 -  -5.1  -5.60993   GTTGGCATAAAAAAA              TGGCC TCAAGCG GGCCA              TTTTTTTATTTTACG  85 42
        baeS NONE
HKO16_RS15185 3212309 .. 3212321 -  -3.3   -5.0538   GGTTATGTCAAAAAA                TGGGG CTT CCTCA                TTTTCATAAAGACAG  72 510
HKO16_RS15170 3209257 .. 3209272 -    -9  -5.19879   CTTTAAATATAAAAA              GGTGGT ATTG ACCACC               TTTTATTTTTTCTCG  95 28
HKO16_RS15150 NONE
        trpB NONE
HKO16_RS15140 NONE
HKO16_RS15135 3201586 .. 3201616 -    -4  -4.78572   TTTGAACTAACAAAA       CGTTCACCACAATA TAA TATTGCCATGACCG       CTGCCGCTGAACATT  69 525
HKO16_RS15125 NONE
HKO16_RS15120 NONE
HKO16_RS15115 NONE
        folC NONE
HKO16_RS15105 3195718 .. 3195757 - -11.8  -4.60041   ATTTACCCCTAAAAA  TGTAAAATGGATTCAACAG CAA CTGTCGAATCCATCTTA-A  TTAGATTTCAGAATA 100 45
        secA 3190258 .. 3190275 -  -9.9   -6.0458   ACAAACGAAAAAAAA             GCAGAAC AATC GTTCTGC              TTTTTTTATAACACA 100 43
HKO16_RS15080 3189667 .. 3189716 - -13.4  -2.62439   AATATTTTCAAACAC CCTA-ATATAAAAAAGCCGGTTCA AAAT TGA-CCGGCTTTTTTATATATAGA ACTTAGTTCAATGAT 100 28
HKO16_RS15065 NONE
HKO16_RS15060 3185773 .. 3185800 -   -10  -3.81428   ATGAAGTAATTCAAA        GTTGAGATTTCT AAAA AGGAATCTCAAC         TTAACGCTAAAGTCA  87 21
HKO16_RS15030 NONE
HKO16_RS15025 3177191 .. 3177202 -  -5.8  -3.31322   TTTAACCCTCGACAA                TCCG TTTT CGGA                 ATAATTACTTAGAAT  59 34
HKO16_RS15020 3174596 .. 3174613 -  -9.1  -5.72616   ATTGACATAAAAAAA             GCCCAGA TAAA TCCGGGC              TTTTTTGATAGCAAA 100 44
HKO16_RS15015 3172826 .. 3172837 -  -2.2  -3.16191   GTAGAGCTGTATTAA                GCAT ATGC ACGC                 TCCTTAAATGGTTGA  42 10
HKO16_RS15010 3172307 .. 3172324 -  -9.9  -5.64274   TTATTTATAAAAAAA             GCTGAAC CTGA GTTCAGC              CTTTTCACTTAGAAG 100 45
HKO16_RS15005 3171533 .. 3171546 -  -5.9  -2.93382   CGCTATAGCGATATA               CCGCC TAAT GACGG                TGTGACATTATCCGA  53 387
HKO16_RS14985 3168002 .. 3168019 - -11.3  -5.61596   ATCGCCATAAAAAAA             GCGACTC TAAC GAGTCGC              TTTTTTACTGTTCAA 100 50
        typA 3160302 .. 3160321 - -10.8   -5.5604   GTAAGCAATAAAAAA            CCGCTAAA CGAA TTTAGCGG             TTTTTCTTTTTTATT 100 50
        mscL 3159611 .. 3159641 - -14.3  -3.09681   TAAAATGCTATGTAA       TAAAAAACGGTAC TCTAG GTACCGTTTTTTA       TACTCAAATTCTTTT 100 43
HKO16_RS14945 3159097 .. 3159107 -  -6.8  -4.41895   AAGGTCCAATCAAAA                 GCCA GTT TGGC                 TATCATCTCTTAGAA  76 81
HKO16_RS14930 3157269 .. 3157279 -    -4   -2.8655   TTTATTTATATTATA                 GTTA TGA TAAC                 AAAAAGCAGTGTCTT  47 122
HKO16_RS14925 NONE
HKO16_RS14920 3153887 .. 3153908 - -13.1  -5.46706   ATTTCAAAAGAAAAA           CGGGCAAAT CTTA ATTTGCCCG            AATATTAAAAACTAA 100 37
HKO16_RS14915 3152895 .. 3152936 -  -5.4  -5.02074   CCAGCTCCTAAAAAA TAGTAAAGAGACAATGCCCC ACAT GGGGCTTT-TCT-TTTACCA CCACAAAGCAATAAG  76 20
HKO16_RS14895 3149594 .. 3149612 -  -7.5  -6.04324   TTAAAAAATAAAAAA             TGAGTAG TTTTT CTACTCA             CTTTTTATTTAAATC 100 59
HKO16_RS14890 3149115 .. 3149127 -  -3.5  -3.63968   TTTTAAAGTTTTAAA                TAAAA GAC TTTTA                CCAAAAAAAAATTTA  52 46
HKO16_RS14885 3148662 .. 3148689 - -11.4  -4.81249   GTTGAAATGTAAAAA        GGTAGAGATCAC GCCT GCAATCTCTACC         AAAATGTAATTAAAA 100 49
HKO16_RS14880 3148126 .. 3148143 -  -9.9  -5.76237   TACATAAATAAAAAA             GCAGCTT TTAG AAGCTGC              TTTTTTTAATTTAAT 100 42
        pilG NONE
HKO16_RS14850 3140306 .. 3140322 -  -2.2   -4.4009   CTCGATCCTATAAAA              CGGG CGTATTTAT CCCG              TTATTTATGTTTTTA  57 53
HKO16_RS14845 3139727 .. 3139748 -  -5.2  -4.82901   TTCTCCCCAGAAAAA           TACGCTGT TCATTC ACAGCATA            AAAATTAGTTTATAA  74 30
HKO16_RS14840 3137590 .. 3137615 -  -4.8  -4.13014   CTCATACTTTTAAAA         GAATAGCGAT ATGAGA ATAGCTATTC          TTATCCCCCAATTTA  62 38
HKO16_RS14835 NONE
HKO16_RS14830 3132474 .. 3132491 -  -9.9  -4.51933   CAATAAAATAAAGAA             GGAACTC AAAA GAGTTCC              TTTTTCTTTTATAAA  93 34
HKO16_RS14810 3129568 .. 3129590 -  -9.4  -4.07568   TGTCTTGTGCCAAAA           TTAAAAGATT ATC AATCTTTTAA           CTTTGGCTCAGGACG  86 14
HKO16_RS14805 3128919 .. 3128929 -  -5.4  -3.09429   AATAATCTTTAAAAT                 CCTA TTT TAGG                 TTAAAGATTGTTCAG  54 21
HKO16_RS14800 NONE
HKO16_RS14795 NONE
HKO16_RS14790 NONE
HKO16_RS14785 3128292 .. 3128305 -  -3.9  -3.04144   GCTGCACTTGCAATA               CTTTA AAAA TAAAG                TATGGTCACAAATTA  48 41
HKO16_RS14780 3128177 .. 3128206 -  -6.5   -2.6927   AGTCTTTATACATTA       CATCCTCTAGATC AGGG AATCAAGAGAATG        GCGCAGCGGACGGGG  57 24
HKO16_RS14775 3127583 .. 3127594 -  -2.2  -4.84311   TTTCATATAACAAAA                GACC GAAT GATC                 CTTGAAGACAAAAGC  67 494
HKO16_RS14750 3120033 .. 3120058 -  -9.1   -2.6428   AAAGATGCAAGCAAG         CCACTCTCTTA AAAT CAAGAGAGTGA          TTGGCTTTTTGCTTG  72 14
HKO16_RS14740 3118545 .. 3118576 -  -5.2  -3.10082   AAAAACTGGATTTAA      GCCAATAAGCATAT TTAC ATATACTTTTGGGC       GAATGTCTAAACTGG  54 50
HKO16_RS14735 3118247 .. 3118264 -  -7.7  -5.80003   GCAATAAACAAAAAA             GCCCCTA AAAA TAGGGAC              TTCTTCAGTACATTT 100 39
HKO16_RS14730 3116670 .. 3116689 -  -8.6  -5.42259   TTATGCCGAAAAAAA            GCCCCTTA TTTC TAAGAGGC             TTTTCTTACAAAATT 100 39
HKO16_RS14725 3115517 .. 3115529 -  -6.2   -5.4505   TTTTTCAACAAAAAA                GCCC TTAGT GGGC                TTTTACTTAATTTTT  88 59
HKO16_RS14720 3113949 .. 3113981 -  -2.1  -3.26758   AAGGAATACTAAAAC      CTAAACCTTAAAATT GTG AAGGCTAAAGTTTAG      AGAATTGTCAATTTT  44 174
        sbmA 3112528 .. 3112546 -  -4.7  -3.81408   CAAAATTAAAATCAA             TATAGAA GCAAA TTCTATA             CCGCGAAAATATAAT  60 179
HKO16_RS14710 3110360 .. 3110373 -  -9.5   -5.4111   AATAACCATAAAAAA               CCCGC TTTC GCGGG                CTTTCTTAATTACCA 100 35
HKO16_RS14700 NONE
HKO16_RS14695 3107742 .. 3107776 - -10.3  -3.38046   TCTTCATCCCAAATA    CAATAAAGCCTGC-AT TTAG ATAGCAGGCTTTATTA     CTAAAATAGGAAACT  85 47
HKO16_RS14670 3102454 .. 3102466 -  -3.3  -3.07655   GTCTTGAAAAAATAT                TCGGT TGC ACCGC                CTAATCCTTAAACTT  46 39
        mreC NONE
        mreD NONE
HKO16_RS14655 3100525 .. 3100551 -  -3.7  -2.53263   GGGACTGTTAATGTA         GCTTTGTCCAT TGTTC ATCGACAATGC         AATTCAATCAAGAAT  44 54
         rng 3098952 .. 3098963 -    -3   -4.2231   AAGTAGTATTTAAAA                TTCA TGAA TGAA                 AGTAAAATTTCAGTT  57 74
HKO16_RS14645 3098677 .. 3098701 -  -7.2    -3.445   CGAGTTAGGAAAAAT          TAAGGGGC TTTAAAATG GCCCCTTA          TTTTTTAATTGCGCG  68 23
        thrH 3095529 .. 3095557 - -17.7  -3.85724   AAAAACCAATCTAAA        TAAAAAAGGCGCT ATA AGCGCCTTTTTTA        TTGTCTATTTTTTCT 100 44
HKO16_RS14615 3091384 .. 3091399 - -10.4  -2.85581   AAATATTAAGAGAAC              GTGGGC ATGT GCCCAC               TCCACCGAGCTATTT  73 129
HKO16_RS14600 3088349 .. 3088364 -  -7.6  -5.96219   TAGGCATAAAAAAAA              CCTAGA TTTC TCTAGG               TTTTTTATCCTTAAC 100 48
HKO16_RS14595 NONE
HKO16_RS14590 3086240 .. 3086278 -  -3.2  -4.61747   TTAATAATTATAAAA   TTTCAGTTTAGGCAAACA TGT CATTCACCTAAACTGTCA   CAGATAAGATTAAGC  62 35
        hchA 3085078 .. 3085097 -  -6.4  -5.09245   TTAAAACTATAAAAA            GTCATTGC CTCG GCAATGGC             TTTTTTGTTTATAAT  82 138
        prpF 3082086 .. 3082106 - -14.1  -5.32944   GTCAGAAGTAAAAAA            GCCTCTCTA GGG TAGAGAGGC            TTTTCATTTAAATGA 100 44
HKO16_RS14565 NONE
HKO16_RS14560 3080592 .. 3080611 - -13.6  -5.30616   TCATTGAAATAAAAA            CGGCGACA ATCA TGTCGCCG             TTTTTTCTTTTATAT 100 40
HKO16_RS14535 3075668 .. 3075700 - -10.1  -3.56568   CAACCATCCTCCAAA      TTTGATTGCATTAAT TTT ATTACCGCAATCAAA      ACCAATTTTAACGCT  84 446
HKO16_RS14530 3074218 .. 3074241 -   -14  -6.08342   TAACAAATAAAAAAA          GACGAGGTTA AGTT TAACCTCGTC           TTTTCTATTTTTAGC 100 55
HKO16_RS14525 NONE
HKO16_RS14520 NONE
HKO16_RS14515 3070369 .. 3070404 -  -9.9  -3.24256   AGTTCGAAAAACAAG    TGAAACAAGAGCTTA CGTAAT CACGCTCTTGTTTCA     TGTAAATGTAAGACT  82 10
HKO16_RS14495 NONE
HKO16_RS14490 3065001 .. 3065011 -  -3.2  -3.83169   TAGAAACTGATTAAA                 GCAC CCC ATGC                 CCCAACAGCATTTCC  52 10
HKO16_RS14485 3064236 .. 3064263 -  -9.9  -3.55524   AATTAGTTAAATGAA        CCCAGAATCTG TGCAAG CAGGTTCTGGG         TTTTCTATATTTAAA  84 36
HKO16_RS14475 NONE
HKO16_RS14470 3059609 .. 3059623 -  -2.8  -3.14132   GGGTTTTTCCATCAA               TTTAGC ACG GCGAAA               TCTTTTTTTTATTTC  43 34
HKO16_RS14465 3058820 .. 3058835 -  -5.4   -4.8543   GAACTTCTAGAAAAA              GAGCAA CAAT TTGCCC               ATATCAGAATTGATA  79 333
        rplU NONE
        rpmA 3047397 .. 3047413 - -12.3  -5.61596   ATTTCCATAAAAAAA              GCCCACA AAA TGTGGGC              TTTTTCTTAAGCTAA 100 44
        lolA 3046458 .. 3046482 -   -13  -5.03994   CTTGATATATAAAAA          GAAAGCCATC GTAAA GATGGCTTTC          TAAATAATCAGGCTT 100 39
HKO16_RS14400 3045572 .. 3045586 -  -5.8  -2.50252   ATTCTTAGAATAGAT               CTTATA TTT TATAAG               TTATAGTTCGGTACA  54 19
        serS 3044180 .. 3044210 -  -5.5   -2.5955   ACCGTGCACAATTTA       GATGCAAAGCTTA ATCAA TAAACGTTGCACC       ACCCATATATGGGCG  52 5
        cobA NONE
HKO16_RS14385 3042151 .. 3042182 - -13.3  -3.73122   TAGAACAAGCTTAAA      TAAAAATAAGGCC ACTAAG GGCCTTATTTTTA       TTCAGTACTTAAGAA 100 42
HKO16_RS14375 3041060 .. 3041075 - -10.4  -5.66229   ATGAATAATAAAAAA              GGCGCT TAAA AGCGCC               TTTTTTTATGGACTC 100 42
HKO16_RS14340 NONE
HKO16_RS14335 3033288 .. 3033303 -  -6.8   -5.4588   TAAAACCATAAAAAA              CGCCCT AGAA AGGACG               TTATTTATTATTTCT  93 50
HKO16_RS14330 3031942 .. 3031973 - -14.6  -2.60714   GTAAACGTTTATAAT      TAAAAGAGGGCATC ATTT GATGCCCTCTTTTT       TTCTATTTTATTTAT 100 33
HKO16_RS14320 3030368 .. 3030383 - -10.4  -5.17576   CATTAATGTAAAAAA              GCTGCC TAAT GGCAGC               TTTTTTTATAAATAA 100 53
        sdhC NONE
        sdhD NONE
HKO16_RS14300 NONE
HKO16_RS14295 3024734 .. 3024752 - -13.2  -6.31682   AAAATTAAAAAAAAA             CGCACATC AAG GATGTGCG             TTCTCTATTTGCGCA 100 44
HKO16_RS14280 NONE
        odhB 3020117 .. 3020143 - -13.1  -3.87815   TTTTATCTCCATAAA         CCAGGATAGAG GATTA CTCTACCCTGG         TAGGTATTTATTCGA 100 46
        lpdA 3018646 .. 3018661 - -10.4  -4.67234   ATCGAATGTGAAAAA              GAGCGG AGGA CCGCTC               TTTATTTTATTTACG  95 32
        sucC NONE
        sucD 3016399 .. 3016424 -  -9.1  -6.12328   ATAATACAAAAAAAA         TACCGCATC ATTTTTCA GATGCGGTA          TTTTTTAAAGATTCA 100 50
HKO16_RS14250 NONE
HKO16_RS14245 3012915 .. 3012947 -  -2.1  -4.77438   AGGGATGATTAAAAA      GATGAGCCTAC TTAAACACCTT GTAAACTCATC      TTATTTATAGATTTA  62 38
HKO16_RS14240 3010853 .. 3010864 -    -3  -4.78149   CCTACAACTTAAAAA                CATT AAGT AATG                 TGATCATTTTTACAT  65 381
HKO16_RS14235 3001368 .. 3001385 -  -9.9  -6.20267   TTAAAAATAAAAAAA             GAGAACC CTAG GGTTCTC              TTTTTCTGATGAGTC 100 50
HKO16_RS14230 2999597 .. 2999619 -  -2.6  -3.41222   GCTTAATTTCAAATA           GAGGGTAAGT CAT ATCTCCCCTC           CTTCGAAATCTTTTA  46 12
HKO16_RS14225 2997792 .. 2997811 -    -5  -2.67902   CAATATTATGACAAG            TGCCGAAT GTAA ATTAGGCA             GTGGTGGCTTAAGAA  49 99
HKO16_RS14215 2996715 .. 2996744 -  -7.8   -5.0925   CGTTAAAACTAAAAA       GCCTGTCTAGCT TAATAC AGCAAGGCAGGC        AATTATTAAAATACT  89 42
HKO16_RS14195 2994232 .. 2994247 - -10.4  -4.47551   ACTTAAGTTATAAAA              CCCCTC AATT GAGGGG               TTTTTTATATTTCAG  95 60
HKO16_RS14175 2988306 .. 2988324 -  -8.9  -6.04324   TTAAAAAACAAAAAA             GCGAGAA ATTAA TTCTCGC             TTTTTTATTAACTTT 100 54
        rlmE 2986499 .. 2986511 -  -3.4  -3.90316   ATCGTCTTAAAAACA                GCAA TTGTC TTGC                TTGCGGATAACCTAA  54 84
HKO16_RS14155 2984501 .. 2984530 - -15.3   -4.3341   CAAAATTAAGACAAA       TAAAAAAGCCACA TGAC TGTGGCTTTTTTA        TTAATTAACTTAATT 100 35
        folP 2983439 .. 2983454 -  -5.4  -3.54721   CAAAAGTTTACACAA              CAGCAA AAAC TTGCCG               CTTATAACATATTTT  58 128
HKO16_RS14145 2983098 .. 2983120 -  -9.2  -4.20883   CAAAAATTTTGAAAA           TCGAGAGTAA TCA CCACTCTCGA           TTCATCACCAACTCT  88 13
HKO16_RS14130 2980609 .. 2980625 -  -8.7  -5.50499   TTATACTTAAAAAAA              GGGCTAC TAT GTAACCC              TCTATTTTTTTTAAT 100 42
        folD 2979320 .. 2979351 -  -3.1   -2.8028   AAAAGTAACATACGA      GC-TCCTAACATTT GCGTT AAACGGTAGGACGC      CGCTGTGAATAAATT  43 44
HKO16_RS14110 2978449 .. 2978470 - -10.2  -5.55698   CATAACCTAAAAAAA           GACGCTGT TCTCTT ACAGCGTC            TTATAAAAACTTACA 100 16
        glpK 2974572 .. 2974584 -  -6.3  -4.82678   TTATAAAAATTAAAA                CATCA AAT TGATG                AAACAACAATCAAAA  80 126
        glpD 2972989 .. 2973005 -  -9.4  -5.36441   GCTCTATATAAAAAA              GGTCGC CATGT GCGACC              TTTTTTATTATGCGG 100 33
HKO16_RS14080 NONE
HKO16_RS14075 2968919 .. 2968949 -    -7  -3.14211   AGTCTTTTTGATTAA       TCGTTATTGCTTTA ATC CAGAGCAATAACAA       AATATTTAGATGTCA  62 146
HKO16_RS14070 NONE
        groL 2966854 .. 2966871 -  -9.1  -6.20267   GGAAAAATAAAAAAA             CCCCTGC GAAT GCAGGGA              TTTTTTTGGGTTAAA 100 55
HKO16_RS14055 2965259 .. 2965277 - -10.3  -5.61596   ATCTTCATAAAAAAA             CAGGGCA ATGAA TGCCCTG             TTTTTTTATTTATCA 100 31
HKO16_RS14045 NONE
HKO16_RS14040 2960057 .. 2960080 -   -14  -3.73068   CGTTTAATGTAACAA          TAAAGCCTCC AAAT GGAGGCTTTA           TTTTTTTGATTACAT 100 35
        ttcA 2956555 .. 2956585 -  -9.2  -2.88861   TAGTATTTTGATACA       TTAAAGGCACTT GTTTATA AAGTGCCTTCAA       TTGACTTATTAATTC  73 44
HKO16_RS14020 2955965 .. 2955995 - -14.3  -3.86015   CATTGTTTGTATAAA       TAAAAAGCTTACC TCTCG GGTAAGCTTTTTA       TATGAATTCTTTTTC 100 44
        greB NONE
HKO16_RS14005 2953730 .. 2953750 - -11.9  -5.96219   TATGCATAAAAAAAA            GCCCTTGTC ATT AACAAGGGC            TTTTTAAGAATTTTG 100 39
HKO16_RS13995 2948509 .. 2948526 -  -9.9  -4.86133   CACACATAGTAAAAA             GCCTCTA TTTA TAGAGGC              TTTTTTTCAATTCAA 100 48
HKO16_RS13980 2946921 .. 2946931 -  -6.8  -3.54424   TTTCATTTTTTCAAA                 GGTG GGT CACC                 AAAAAAATTCTATGT  65 78
HKO16_RS13975 2946065 .. 2946084 -   -10  -5.37345   CTTAAGCATAAAAAA            GCCCCTGT TTCT ACAGAGGC             TTTTTTCAATTCAAC 100 47
HKO16_RS13945 2941451 .. 2941484 - -15.5  -3.88603   AGCTAGAAAAACCAA     TCTATAAAAGCCCTC ATCA GCGGGCTTTTATAGA      AATAAGGATTTTAAT 100 62
HKO16_RS13935 2939666 .. 2939676 -  -5.4  -3.53091   ATTGCGGTTGGTAAA                 TCAG CTT CTGA                 ACCTTACCCGCGCGT  58 201
HKO16_RS13920 2937364 .. 2937388 -  -2.7  -4.25458   AATTTGACCAACAAA          CCTTAAGCGGT AAA ACCGTTTTTGG          GGTAAGCCAAATTGC  57 260
HKO16_RS13910 2933610 .. 2933630 -  -8.3  -4.13767   TCCTTTATTTCAAAA            TGGCGCT TGTTTAG AGCGCCA            TTTGCTTAAATTTCA  79 61
        fdhD 2932702 .. 2932721 -    -3  -3.33261   TCTGAACCTTTAGAA            TTTTATAA TAAT CTATAAAA             ACTAACCTTAGCTTA  46 100
HKO16_RS13900 NONE
HKO16_RS13895 NONE
        genX 2930100 .. 2930129 - -15.3   -3.6512   TAAATAAGTTCTAAA       TAAAAAAGCCACA TTAT TGTGGCTTTTTTA        TTTCGTTGTTTTCAG 100 37
HKO16_RS13875 2925690 .. 2925709 -  -7.8  -5.30686   AATATGCATAAAAAA            CGCCAGCT TTTC AGCCAGCG             TTTGATCATAACCAA  91 51
HKO16_RS13870 NONE
        lysA NONE
        dapF 2923193 .. 2923226 -  -7.7  -4.85653   TACATATAAAAGAAA     GCCTCTTTT-ATCA CGTTAAC TGATGAAAAGAGGC     TTCTATTTAGGCCAT  87 45
HKO16_RS13850 2921428 .. 2921445 -  -2.8  -4.41348   TTTCTTTTAAACAAA             TTTGTA AAAAAA TACAAA              TGATCTCTACATTCT  58 66
HKO16_RS13845 NONE
HKO16_RS13840 2919306 .. 2919326 - -14.1  -5.79595   CTGTAAAACAAAAAA            CCCCTAGTT CAA AACTAGGGG            TTTTTAACTTTAATC 100 49
        gyrA 2916228 .. 2916257 - -15.3  -4.23391   GAAATAAACCAGAAA       TAAAAAAGGAAGC CGAA GCTTCCTTTTTTA        TTTTAAAACGTTTTA 100 38
        serC 2905807 .. 2905831 -   -13  -4.99035   TCATTTATATAAAAA          TAAAGCCCTC TTTTT GAGGGCTTTA          TTCATTTTATGACTT 100 39
HKO16_RS13775 2903919 .. 2903929 -  -3.2  -2.53822   GGGATGGCATAAGAG                 GCTC ACT AAGC                 AGTTTTACGTTTTTG  42 20
HKO16_RS13770 2902792 .. 2902811 -  -6.5  -3.95214   ATTGATGGAAAAAGA            GAAGTGT TCATTC ACACTTC             TTATTTAGCCATATC  66 219
HKO16_RS13765 NONE
        lolD 2900793 .. 2900818 - -10.6  -4.11394   ATTTTAGGGGCAAAA         TTAAAGCCCA ACTCAG TGGGCTTTAA          CAATGTGATTTAATG  91 50
HKO16_RS13755 2898316 .. 2898338 -  -5.6  -3.60234   GTAGATAGGCTCAAA           GCAGAAGCTT TAA AAACCTCTAC           TCAACCAGAGCCTAT  58 12
        sppA NONE
HKO16_RS13740 2895375 .. 2895392 -  -9.9  -5.27477   ACGTCAATTAAAAAA             GGACATG CATG CATGTCC              TTTTTTCGCGAAAGC 100 45
HKO16_RS13725 NONE
         hda 2891483 .. 2891496 -  -2.5  -4.39568   ATTGATATATGAAAA               TTTTA CTTA TAAAA                AATTTAAAAGTATTT  58 133
        rbtA NONE
HKO16_RS13710 2886932 .. 2886961 - -16.7  -4.27474   AAAGTTACTAACAAA       TAAAAAAGCCTCC TAGT GGAGGCTTTTTTA        TTTTTCTCATCACTT 100 35
HKO16_RS13680 2883203 .. 2883226 -   -14  -5.10077   AAACATCCCAAAAAA          TAAACGCCCA AATA TGGGCGTTTA           TTTTTACATCCTTAC 100 42
        purL 2869262 .. 2869283 - -13.1   -4.1523   TGTACTACATACAAA           TAAGCCACC TTAC GGTGGCTTA            TTTCAATTTTTATAT 100 40
HKO16_RS13600 NONE
HKO16_RS13595 NONE
        dhbA NONE
HKO16_RS13585 NONE
HKO16_RS13580 NONE
HKO16_RS13575 2852686 .. 2852704 -  -2.4  -3.06162   TAGCCCAGTTGAATA             TCTTGTTC TAT AAACATGA             CTGAATCCTTTAAAC  43 35
HKO16_RS13570 NONE
HKO16_RS13565 NONE
HKO16_RS13560 2848523 .. 2848550 -  -7.1  -2.63785   AATTTAAAAAATGAG        TGGGATGCTTT ATGTGA AAAGCATCCTA         AAATTGAATCAGTTC  62 34
HKO16_RS13555 2847789 .. 2847802 -  -5.3  -2.81281   GTATTTAAAACCAAT               TCTTC AAAT GAAGA                CACGCCCTAGCATCA  53 74
HKO16_RS13535 2842749 .. 2842762 -  -3.9  -4.80882   ATTTCAGATTAAAAA               TCAAT TTGC ATTGA                TAATTTATAACTACG  68 5
HKO16_RS13530 NONE
HKO16_RS13525 NONE
HKO16_RS13520 2838863 .. 2838882 -  -8.6  -5.58454   TTCAGATTAAAAAAA            GCAGATGC TTTC ACATCTGC             TATAGTGCTAACGAC 100 67
HKO16_RS13445 2821653 .. 2821664 -  -4.4  -3.55444   TTTGTACTCCTTAAA                TCTG CTGC CAGA                 TTATCGAAGCCGCTT  54 514
HKO16_RS13435 2820210 .. 2820228 -    -6  -2.99727   TGCAATTAATCAAAT             TCGACAAG ATT CTCGTCAA             TGTGGTCAGCAGTAT  56 453
        carO 2814822 .. 2814851 - -15.3  -2.88544   TTTTATTTTTAGATA       TAAAAAAACGAGC CGAA GCTCGTTTTTTTA        CTATTTATTACCAGT 100 33
        pabC 2808186 .. 2808198 -  -4.9  -3.25823   GCTTCGGCATATTAA                TGAAT CTG ATTCA                AGTTAAGAGTATGAA  54 9
        mltG NONE
HKO16_RS13350 2806387 .. 2806413 -  -3.8  -3.32844   TCTTCGATTTCAGAA         CAGTATTCAA AATAGCA TAGAATACTG         CCCAATATTTTCTAT  49 113
HKO16_RS13345 2805910 .. 2805927 - -11.3  -5.24531   AGTTTTTATAAAAAA             GCACGGT TCAT ACCGTGC              TTTTTTATTACTTAA 100 44
HKO16_RS13335 2802606 .. 2802624 -  -7.4  -5.74288   ACAAATAATAAAAAA             CCACCC ATTTTCA GGGTGG             TTCATTTTTATAATA 100 43
HKO16_RS13330 NONE
HKO16_RS13325 2801437 .. 2801451 -  -2.2  -3.13813   AAAAGATATAAATTA               TTTCTT TTA AAAAAA               GCTTTTAAAGTTCTC  42 78
        lepA NONE
        lepB NONE
HKO16_RS13310 NONE
         rnc 2797527 .. 2797540 -  -5.3  -3.41602   TTGATTTGATCAGAA               TGCAT CGAC ATGCA                GGTTATTGCTCCAAT  58 28
         era NONE
HKO16_RS13295 NONE
        recO NONE
        pdxJ NONE
HKO16_RS13280 2794134 .. 2794153 -  -6.5   -5.4833   CTACTTAATAAAAAA            GTTTACC GTGAAA GGTAAAC             TTTTTAACTTGAGGT  88 49
HKO16_RS13275 2793013 .. 2793033 -  -7.6  -5.65177   ATACCTATAAAAAAA            TCCCCTAC TGCCT GTAGAGGA            TTTGCTTTTCATAAT 100 117
HKO16_RS13265 2792678 .. 2792692 -  -2.8  -3.54459   GCAAGTTGGTTTAAA               TCCACA CTG TTTGGA               TTACTCCAAACGCTT  46 6
HKO16_RS13260 2792196 .. 2792215 -  -6.4  -3.89607   GACCATAAAAACCAA            GGCAGC TTTAAACG GCTGCC             TTTTTTATTAAGTAA  66 13
HKO16_RS13250 2791121 .. 2791138 - -11.3  -4.72486   TAGAAATTTTAAAAA             GGCCTCA AAAT TGAGGCC              TTTTTTATAATTAAA 100 42
HKO16_RS13245 2789042 .. 2789085 -  -9.1  -4.58395   TCTAGCTGCTAAAAA TATCCCCTTGTATGTA-TCT AACAA AGAATTCATACAGGGGGATA TAAATTAATACTCTT  90 30
HKO16_RS13230 2785209 .. 2785223 -   -10  -5.67063   TCTACCATAAAAAAA               CAGGCA TAT TGCCTG               TTTTTTTATTTAAAT 100 40
        uvrB NONE
HKO16_RS13210 2779880 .. 2779909 - -13.1  -5.31877   ATCCACTATAAAAAA       GAAAAAACCATGC GAAA ACATGGTTTTTTC        TTAAGCAGCATATAT 100 41
        rarD NONE
HKO16_RS13200 2777141 .. 2777156 -    -9  -5.40474   ACGGTTGTAAAAAAA              CCCAGT CTAA ACTGGG               TCTTTTTGTCACATT 100 64
HKO16_RS13195 NONE
HKO16_RS13190 2775463 .. 2775475 -    -2  -4.39426   CATATTTTCAGAAAA                TTCT CGAAT AGAA                AATCGAGAGAATTCT  57 175
        cgtA NONE
HKO16_RS13180 2773003 .. 2773019 - -12.3  -5.63504   AACCCCACAAAAAAA              GCTCGCA TGA TGCGAGC              TTTTTTCATTTAGAA 100 45
        dusB 2770038 .. 2770069 -  -8.1  -2.77888   GAATAGATAAAAATT      CCAAGCAACCAGT CTCTAT ACTGGTTGCTTTA       TTTTAGTGAGTATCT  67 28
HKO16_RS13150 2766678 .. 2766692 -  -2.2  -3.87116   CAAATACAATTGAAA               TAAAAA TTT TCTTTA               TTATTAGAAATCCTT  50 29
HKO16_RS13095 2752962 .. 2752980 -  -6.7  -5.77571   AGGAAAAAACAAAAA             CCGATGC ACGAA ACATCGG             TTTTTTATAAATTAA 100 52
HKO16_RS13090 2750321 .. 2750340 -   -15  -5.69262   TTATAAAAATAAAAA            GCCGGTGC TTAT GCACCGGC             TTTTAGCTATGTACT 100 54
         icd 2747976 .. 2747991 - -10.4  -4.21827   CTAAAGACTTTAAAA              GCCCTC AATT GAGGGC               TTTTCTATGAAAGTT  95 40
HKO16_RS13055 2744289 .. 2744304 -  -3.2  -3.23042   AATATTGATGATTAA              GGGTAT ATTC ATTCCC               AAACTCCAAATTATT  46 219
HKO16_RS13050 2742868 .. 2742891 -  -8.2  -5.77988   ACACATATAAAAAAA          CGGCTCATCCA GAG TGAA-GAGCCG          TTTAATATTAACTCT 100 40
HKO16_RS13045 2741916 .. 2741933 -  -9.9  -5.79526   AGATTTGAAAAAAAA             GCCGTTT ATTT AAACGGC              CTTATATTTTAAGGA 100 34
HKO16_RS13040 2739018 .. 2739044 - -12.5  -3.68529   ATTTTACCACTCAAA         TAAAAAGCCAC ATGAA GTGGCTTTTTA         TTTGGCAATTATTTA  95 38
HKO16_RS13030 2737793 .. 2737804 -  -2.2  -4.42653   ACCTTATTTACAAAA                TCAG TCTG CCGA                 AGCTTTGCAAAAATT  59 101
HKO16_RS13020 2735775 .. 2735810 -  -5.5  -2.66538   ATAAGTCATCATAAG    TACCGATTGATATAG GCTTAT CAGTACCAATCGGTA     TATTAAAAATAGAAA  52 47
HKO16_RS13015 NONE
        hemL 2733739 .. 2733755 - -12.3  -4.99134   AGCTCAAATTAAAAA              GCCCGTT TAA AACGGGC              CTTTTTGCTTACTTC 100 34
HKO16_RS13005 NONE
HKO16_RS13000 2732165 .. 2732203 -  -7.1  -4.54727   GTCTTTAAAGCAAAA  TTTTGCAGCAGAAACCAAT TAA ATTG-TTTC-GCTACAAAA  ATTACTCATTGAAAG  80 49
        rapA 2729205 .. 2729233 - -14.8   -3.1319   CCAAAATTTACTCAA        TAAAAAAGCGCC CGTGT GGCGCTTTTTTA        TTACTCATTGCTTAT 100 37
HKO16_RS12980 NONE
HKO16_RS12975 2724944 .. 2724969 - -16.3  -5.86332   CTAAGTCAAAAAAAA         CGCACTTCTGA AAAA TCAGAAGTGCG          TACAATGTTATAAGA 100 49
HKO16_RS12965 2722833 .. 2722843 -  -2.4  -4.42237   AATAAATTAAAAGAA                 TGGC GTG GCCG                 CGCGGAAATTCGTCT  59 517
HKO16_RS12955 NONE
HKO16_RS12950 2719100 .. 2719118 -  -5.9  -5.49234   ATATGTAATAAAAAA             GCCCGGC AATAA ACCGAGC             TTTTTGGGGTATCAA  86 46
HKO16_RS12945 2717400 .. 2717418 - -10.3  -5.49568   AAGTGAAAATAAAAA             GGCGGAT ACTAA ATCCGCC             TTAAAATTAATATTT 100 39
HKO16_RS12935 2714933 .. 2714959 - -18.8  -2.83164   TTATTCAGCACCATA         TCCGAAGGCCAG AAA CCGGCCTTCGGA         CATAAGTTGCTTTAG 100 85
HKO16_RS12930 2713447 .. 2713474 - -10.6  -5.56263   ATGACAAAACAAAAA        CGGTTACCTGCC TTAT GTCAGATAACCG         CAATATCACTGTAAA 100 50
HKO16_RS12925 2711969 .. 2711996 - -12.1  -4.96848   CGTGTTAGACAAAAA        GGCTGATGATC GCTTGA GATCACCAGCC         CCTATTCAAACCAAC 100 41
        pstC NONE
        pstA 2709087 .. 2709100 -  -5.3  -2.57244   GTATTCACTAACTTA               TCCTT TTCT AAGGA                ATTCGTAATATCAAT  51 63
HKO16_RS12910 2708188 .. 2708200 -  -4.8  -5.99154   TATTAAATAAAAAAA                GAGC ACTAG GCTC                TTTTTCTTTTACAAC  93 47
        sohB 2707069 .. 2707089 -  -3.9  -5.24129   CTTTCGCATAAAAAA            GAGCACCCC TAA AAGGCACTC            TTTAATTTGAAAATA  74 49
HKO16_RS12900 2704602 .. 2704628 - -16.8  -3.77136   ACAATAAACCGTAAA         TAAAAAGCGCTC ATT GAGCGCTTTTTA         TTTGTTACCAAACGG 100 45
        surE 2696150 .. 2696166 -  -6.6  -3.96447   GTACCAAAAAAGTAA              GAGGAA ACATG TTCCTC              TTTTTCTTTATTCAC  71 67
HKO16_RS12845 NONE
HKO16_RS12840 2694178 .. 2694220 - -13.1  -2.90235   AAGCAAAAATAACAC TGACATAAAAAAGGGCTTGT AATA ACAAGCCCTTTTTTATGA-A TAAGGTAAAAATTAA 100 37
HKO16_RS12830 NONE
        gloA 2688705 .. 2688720 -  -7.6  -3.89524   AGCCCAGTTGATAAA              TTGACC ATTT GGTCAA               GCCTTCATCATACTG  74 101
HKO16_RS12820 2687571 .. 2687582 -  -4.4  -3.82499   ATTAAATTGAGGAAA                GCTT TTAC AAGC                 AGATCAACACCACAA  58 134
        rpmE 2687230 .. 2687257 - -17.2   -4.8048   CTTGTATATTAAAAA        CAAAAAACGGGC ATAA GCCCGTTTTTTG         TTTCGTTTTGAAGTA 100 41
         efp 2681639 .. 2681658 - -10.8  -5.60993   TTTCGCATAAAAAAA            GGGATGAT TGAC ATCATCCC             TTCGATAATAGTTTA 100 52
HKO16_RS12790 NONE
HKO16_RS12785 2679063 .. 2679087 - -11.5  -4.77757   TCCCAAAAAGTAAAA          CGGTACATGGT TCA ACCACATACCG          TCTTTGTTTAGCCAA 100 55
HKO16_RS12780 2678801 .. 2678825 - -17.3  -5.59655   TAAAGCAATAAAAAA          GCCCTAAACCA TTA TGGTTTAGGGC          TTTTCAAGTCATATA 100 72
HKO16_RS12770 NONE
HKO16_RS12765 2673203 .. 2673233 -  -5.5  -5.12987   TTAAAGAAAAAGAAA       GCTTAAGGATATG TTTTT CATATCCTTATTC       ATTTGTAATCAAATA  80 100
HKO16_RS12760 NONE
HKO16_RS12755 NONE
HKO16_RS12750 2670146 .. 2670169 -  -9.7  -3.59979   GTTTTTCAGCTTAAA          TGTCCAATC TCTTAC GATTGGACA           TTTAAAATAAATCTA  82 41
HKO16_RS12740 2668339 .. 2668350 -    -3  -2.52543   ACTGCTTTTAATTTA                GTTA TCGA TAAC                 CTAACAAGTCTTTAT  42 15
HKO16_RS12735 2667126 .. 2667151 - -13.5  -5.64006   ATCTAAGTAAAAAAA         GATCAAGATAC CGAA GTATCTTGATC          TTTTAATAAGTACGA 100 42
HKO16_RS12710 2660991 .. 2661010 -  -7.9  -3.36202   ATATAGACCCTAGAA            GTACCTC AAATAG GAGGTAC             TTCATTAATTTTAAT  69 429
HKO16_RS12700 2659407 .. 2659431 - -13.7  -5.59655   TAAAGTAATAAAAAA          GCCCTAAACCA TTA TAGTTTAGGGC          TTTTTAAGTCATGTA 100 166
HKO16_RS12695 2658316 .. 2658332 -  -6.7  -4.08706   TTTTGATGATAGAAA              TTTCAAA GAG TTTGAAA              AGAAAGTTTTCAAAC  71 448
HKO16_RS12685 NONE
HKO16_RS12680 2655893 .. 2655912 -  -7.9  -4.12942   TTAAACTGCTTAAAA            GCCCTTT TATATG AAAGGGC             TTTTTAGTCACTGCT  77 29
HKO16_RS12665 2653052 .. 2653085 -  -6.9  -3.24902   CAACATTATCAGGAA     CATATTCA-GCAAGGT AAG ACCTTGAACGAATATG     ATGACCTCGATTTGG  63 45
        basA 2649709 .. 2649733 -  -6.5   -3.9693   TATCCATTCAAATAA          TGCTTTAAACG GCG CGCTCAAAACA          CCTCAGGGACAAGAC  69 300
        bauD NONE
        bauC 2645398 .. 2645408 -  -3.2  -3.14404   ACATGAATCATGCAA                 CACC TCG GGTA                 CGAACCGTCAGCGCA  45 7
        bauE NONE
        bauB NONE
HKO16_RS12625 2641171 .. 2641220 -  -7.5  -6.11229   ACCAAAATAAAAAAA CGCTTAATAAAAAAACTGCCAAAT CAA ATTTGGCAGTTTTTTTAT-ATGTT CTTTTTAGATCAAAT 100 40
        basE NONE
        basF NONE
        basG 2632639 .. 2632650 -  -4.4  -2.54098   GGTGCCAAGGAAGAG                TCTG TCAT CAGA                 TGAGATAACTTTAAA  48 294
        barA NONE
        barB 2629417 .. 2629448 -  -8.3  -3.36837   AGAATTCTCCAAATA      TTAAGCATTTTTC TTTTAT AAAAAATGCTTAA       ATCAGATTTCTGCTC  71 48
        basH NONE
        basI 2627877 .. 2627895 -    -4  -2.98034   CATTAATGCAAATGA             TTATTATT ATC AATAACAA             ATTTAGTTTTCAATG  47 28
        basJ 2626501 .. 2626517 -  -9.4   -3.8125   CTCTTAATTAAAAGA              GCCTGC TTTAT GCAGGC              TTTTTTATTAAATTT  83 112
HKO16_RS12565 2623864 .. 2623874 -    -4  -3.75067   TATTGCACAAAAAAC                 TATC CTA GATA                 TTTAGCACTATACTC  53 14
HKO16_RS12560 2623061 .. 2623071 -  -2.6  -5.46706   AGTGCAAAAGAAAAA                 TTTA TCT TAAA                 TTCCAGTTACCTTGA  72 16
HKO16_RS12550 2620440 .. 2620468 -  -4.7  -5.45802   TCCCTAAAATAAAAA        GAGAGAAATAG TCATCAT CTATTTCTCTA        TTTTTTATAGGTATA  82 45
        xdhA NONE
        xdhB NONE
        xdhC 2613417 .. 2613432 -  -7.6  -6.09888   TTTGAACAAAAAAAA              TGATCC TTTG GGATCA               TTTTTTTACATCAAA 100 23
HKO16_RS12505 NONE
HKO16_RS12500 2604942 .. 2604961 -  -8.6  -5.45652   ACCCTGAATAAAAAA            GCCAACTA CGAT CAGTTGGC             TTTTTTTATGGCTGA 100 46
        glnA 2598474 .. 2598503 - -16.7  -3.37499   CAACATTCCAAGCAA       TAAAAAAGCCTGC ATAA GCAGGCTTTTTTA        TGAAGTATGTATTAC 100 37
HKO16_RS12475 NONE
        ubiA 2596963 .. 2596980 -  -6.3  -5.80248   TAAGACATAAAAAAA             GTGCTCT GCAT AGAACAC              TTTTCAACCTCACGG 100 50
HKO16_RS12465 2595382 .. 2595401 -  -8.6  -5.31072   ACAATATAACAAAAA            GAGCCTCT ATAA AGAGACTC             TTTTTTAAAACTAAT  95 61
HKO16_RS12460 2594629 .. 2594647 - -10.3  -4.62302   CAAGATTCTTAAAAA             CCCACTC CTTAT GAGTGGG             TTTTTATTTGTATGA  95 503
HKO16_RS12425 2591114 .. 2591150 - -11.9  -3.81414   ACTCCTAATGAACAA    CAATAAAAAAAGCCTCA AAA TAAGGCTTTTTTTATTT    AGGTTTTAACGTCTT 100 31
HKO16_RS12390 2580039 .. 2580052 -  -8.1  -4.48877   TAAACAGCCATAAAA               GCGTC ACTC GACGC                TTTTATTTTTAGGAG  85 469
        sthA 2574556 .. 2574573 - -12.7  -6.01725   AATAAAAATAAAAAA             GCCCGCA AGTT TGCGGGC              TTTTTTATGAAAAAC 100 51
        rpsB 2568003 .. 2568025 - -15.6  -5.06414   TCTGTTCAACAAAAA           CGGCCCAAAG AAA CTCTGGGCCG           TTTGCACTCTCGACG 100 95
HKO16_RS12340 2567050 .. 2567063 -  -9.5  -5.77988   ACAGAGATAAAAAAA               GCCCC ATAG GGGGC                TTTTTTTGAAGATAC 100 44
HKO16_RS12335 2566469 .. 2566487 -  -4.6  -3.72236   TCTACAAAAAACATA             GCATGTTT TAA AAAGATGC             ATAGAACAAAATTGC  56 69
HKO16_RS12330 2565584 .. 2565601 -  -4.1  -4.63218   TTCTCTTGAACAAAA             TTGCGGT TAGC ACTGCAA              ATAAATTTTAAAGAT  65 33
HKO16_RS12325 NONE
HKO16_RS12320 2564450 .. 2564472 - -11.4  -3.67173   ATAAATTTTTAAGAA           GCTGAATCCT AAA AAGATTCAGC           TTTAACTTAATGATT  93 32
HKO16_RS12260 2553667 .. 2553694 -  -5.6  -5.27938   AGTTTTAAATAAAAA        TGGCTCAAGTTT TATA AAAAATGAGCCA         TTGTTTATAAATCAA  85 133
HKO16_RS12250 2552263 .. 2552292 - -16.7  -3.09516   GGTTGGAGTAGTTAA       TAAAAAAAGCGCC TTAC GGCGCTTTTTTTA        TATACACAAATTATT 100 36
        adeL NONE
HKO16_RS12225 2544178 .. 2544196 - -10.3  -4.74453   GAATAGATTTAAAAA             TGTCGGC ACTCA GCCGACA             TTTTTCACATCATTA 100 38
        hisQ NONE
HKO16_RS12215 NONE
HKO16_RS12210 2541876 .. 2541921 -  -8.6  -4.35682   CTATAACTAAAACAA CCGAGTAAGATGCAAACCCTT GTTTT AAAAATTT-CACCTTACTCGG TATGAACAGCTTATT  88 36
HKO16_RS12185 2537002 .. 2537019 -  -8.4  -5.26875   TTTCTAATTAAAAAA             CCGAGG CAAAGT CCTCGG              TTTTTTATTTCTGTT  93 42
        tsaA 2535140 .. 2535155 -  -6.8  -3.24232   TTTGTTCGAAATACA              TGCCGC TATT GCAGCA               GTGATTGTACAAGGT  60 239
HKO16_RS12165 2531958 .. 2531968 -  -2.6  -3.40134   AAATTACTTTAAACA                 TTTT CAT AAAA                 TTACCCTCTGTTATT  46 103
HKO16_RS12160 2531555 .. 2531575 -  -8.3  -4.55485   TATAAAAAAAGCAAA            GCCGCAT GATTTAA ATGCGGC            TAAAAGGAATAAATG  85 55
HKO16_RS12155 NONE
HKO16_RS12150 2529463 .. 2529482 - -10.8  -3.03203   AAAACAAAAAATGGA            TAGCATGG GCAA CCATGCTA             TTTTTGTATTTCACG  84 23
HKO16_RS12140 2528169 .. 2528196 -   -10  -3.92963   CAAGAAGCACAACAA        GCATTGAAAGCT TTCT AGCTTTTAATGC         TTTATTTCTTATTAA  87 37
HKO16_RS12125 NONE
HKO16_RS12120 2523489 .. 2523510 -  -3.7  -3.61764   TTAGCAACCTTTAAA           GCTGTCTGGC TTG GTCA-ACAGC           ATCATGAATATGGGG  54 370
HKO16_RS12110 2520737 .. 2520766 - -15.3  -3.07816   TTTTCAGTCAGCCAA       TAAAAAAGGAAGC CAAA GCTTCCTTTTTTA        TATAGGTAGATCTGA 100 42
HKO16_RS12105 2519439 .. 2519456 -    -7  -6.01369   TAAATAATAAAAAAA             GCCTAC TCAAAG GTAGGC              TTTTTTTGAAACTAT 100 43
        pheA 2517144 .. 2517175 -  -6.8  -2.70932   TTTGTTTTTTAAGCA      TAATGACATGC-CCA TCT TGATACATGTCATTA      TTCCAACATGAGTGA  59 41
HKO16_RS12090 2514763 .. 2514790 - -11.4  -4.73297   TAAGCAATAAACAAA        CAGCAGCCAAGCC TTT AGCTTG-CTGCTG        CCGTTGCTATTGTGT 100 71
HKO16_RS12085 2514271 .. 2514295 - -12.3    -2.569   TAATTTAAAGAAATT          GTACGACTTTT CTA AAAAGCCGTAC          TTCACAAATAAGTCT  89 55
HKO16_RS12080 2512662 .. 2512675 -  -6.7  -3.70919   GTTAAAGTTTAAGAA               GCTCA CAAT TGAGC                TTCTTATCTCTTAAA  67 44
HKO16_RS12050 2506280 .. 2506310 - -17.1    -3.158   AAATAAACGGTAACA       TGATGGGCATAGA TTGAG TCTATGCCCATCA       AGTTATATAACGTGT 100 43
        yaaA 2504706 .. 2504719 -  -2.3  -4.07618   GTTTTAATAAGTAAA               GTTGC ATCA GCATC                TATTAACCACGCTTA  52 44
HKO16_RS12035 2504035 .. 2504045 -    -4  -4.58395   TTCACTTTTCAAAAA                 GATT AAA AATC                 TATATAACTTTATTC  65 75
HKO16_RS12005 2500591 .. 2500614 - -11.8  -5.40464   CATTATAAACAAAAA          CGCCCCAATT CAAA AATTGGAGCG           TCCATGATTCATCAA 100 50
        rhlB 2499357 .. 2499376 - -10.8  -5.66868   AATTAATCAAAAAAA            TCCCAATC AAAT GATTGGGA             TTTTTTATTAGCAAT 100 33
HKO16_RS11990 NONE
HKO16_RS11985 NONE
HKO16_RS11980 NONE
HKO16_RS11975 NONE
HKO16_RS11970 2494899 .. 2494913 -  -8.6  -2.99458   CAGCACAAAACACCA               TGCTTG ACA CAAGCA               TATTTTGATATGTTA  72 38
HKO16_RS11965 NONE
HKO16_RS11960 2493218 .. 2493235 -  -2.6  -3.35197   CTCCACACATAGCAA             CCTCGC AGACAA GCTAGG              AATTAATAAAAAGGA  44 28
        purF 2491634 .. 2491662 - -16.2   -4.4648   AGTTTCATCATAAAA        GAAAAAAGCGGG AAATA CCCGCTTTTTTC        GGCTATTTCTATTCT 100 34
HKO16_RS11950 NONE
HKO16_RS11945 NONE
HKO16_RS11940 2487932 .. 2487958 -  -5.3  -3.40522   AGGCTTTCACTATAA         CATTGAAAATA GACTA TATTTGCAATG         AAGTGTTATTCATCC  58 42
HKO16_RS11935 2486295 .. 2486305 -  -5.4  -4.35327   TCAGCAAAAATTAAA                 GCTA AAT TAGC                 TTAATCCCCTCTCTT  69 120
        tsaD 2484075 .. 2484086 -  -2.2  -3.79445   AATTATCAATTTAAA                CGAG GCCA CTCA                 ACTTCTTCTTACCAA  50 404
HKO16_RS11905 2480686 .. 2480701 -    -4  -4.51777   ATATGAGAAGCAAAA              TCATGC TTCA GCATAA               TAAGATTCTGGCTGT  62 10
HKO16_RS11900 2479831 .. 2479852 -  -3.1   -3.4277   ATCTAACAGTGACAA           GTGTTTTTT TTTC AAAAAAAAC            TGACCGAGTAATTTG  48 69
HKO16_RS11895 2479686 .. 2479705 -  -5.1  -4.81551   CATCTATATCAAAAA            CTTTAAG ACTTAA CTTAAAG             TGGTGGGGGCGAAGA  72 26
HKO16_RS11890 NONE
HKO16_RS11885 2479437 .. 2479454 -  -5.6  -5.71983   TTAATCATAAAAAAA             GCAAGA TCATCG TCTTGC              TTCTTTCTATGGTGG  91 35
HKO16_RS11880 2479289 .. 2479318 - -12.4  -3.71873   GTACTGATATTGAAA       TAAAAAAGCTCC ACAAAA GGAGCTTTTTTA        GAATCTTGGCAGAGG  95 31
HKO16_RS11870 2476825 .. 2476849 -  -5.7  -3.05343   TTTAGATTTTGAAGA          TGGGTCTGT TGACATT ACAGACCCC          GATAAAATGCCTAAT  57 46
HKO16_RS11865 2475159 .. 2475178 - -10.8  -5.17353   ACAGTCATGAAAAAA            GGGAAAAC GGCT GTTTTCCC             TGATAATAAAAATTA 100 38
HKO16_RS11860 2473628 .. 2473662 -  -8.8  -5.48054   ATTAAAATTAAAAAA     GTAAAAAGCTCCTT TTCTATT AAGGAGCTTTTTAT     TTATATGGTTAAAAA 100 54
HKO16_RS11850 NONE
HKO16_RS11845 NONE
HKO16_RS11840 NONE
HKO16_RS11835 2469917 .. 2469934 -  -9.9  -5.98781   CATAATGAAAAAAAA             CCACATC GGGT GATGTGG              CAAAAAGGTATAGCT 100 130
HKO16_RS11830 2469351 .. 2469369 -  -6.7  -5.46657   TATTTCAATAAAAAA             GCCCGAA TCTAG TTCGAGC             TTTTTATTTAAAATG  93 46
HKO16_RS11825 2468368 .. 2468403 -  -7.9   -2.7166   TCAAAAAATGAATAT   GTACTATCTTTCCTCTG GAAA CAGAGGAAAGAT--TAC    TTTTTAAATCTTCAG  65 378
        gltS 2463451 .. 2463462 -  -7.2  -5.60993   TGCCCCATAAAAAAA                GCCC TTAC GGGC                 TTTTTTTAATTAAGC 100 35
HKO16_RS11790 NONE
HKO16_RS11785 2461444 .. 2461465 -  -8.8  -4.26189   CCATAAATTTTAAAA           CATAGGAG CCAGTT CTCCTATG            TTTTTAATATATGGT  87 63
       csuAB 2459619 .. 2459646 - -11.4  -4.18018   TCCCTCCATTTAAAA        CAGGTCTACTCA TATT TGAGCAAACCTG         CTACTCAATTAATTA 100 55
HKO16_RS11770 NONE
        csuB NONE
        csuC NONE
        csuD NONE
        csuE 2454144 .. 2454172 -  -8.3  -3.54307   AATAGTTTGGTTAAA        GATAAAAGCCC TTTAACT GAGCTTTTATC        TTCTATATAAAACAG  73 44
HKO16_RS11720 2448175 .. 2448194 -  -2.2   -4.1822   CTTTAGCTCAATAAA            TTTAGTTA ACCC TCACTAAA             AAATAATCTAACAAC  54 7
HKO16_RS11715 2446978 .. 2447015 -  -9.3  -5.67711   TAAATAAAAGAAAAA   GAACTAAAAGCCCCTTT TCTC AAAGGAGCTTTTAACAC    GTTTAAAATTAAATG 100 61
HKO16_RS11710 NONE
HKO16_RS11705 NONE
HKO16_RS11700 NONE
HKO16_RS11695 2442980 .. 2442999 - -10.8  -5.74086   AAAGTAAATAAAAAA            GCTCCTTA GCCA TAAGGAGC             CTTTTATTAAACGTA 100 58
HKO16_RS11685 2441493 .. 2441510 -  -3.3  -2.52464   GCTTTTGGCAAGGTA             CAGCCAT GGTC ACGGCGG              GTTCACTGATCTGCT  42 105
HKO16_RS11675 NONE
HKO16_RS11670 2438418 .. 2438435 -  -9.9  -4.94222   AATAAGCCATAAAAA             TAGCCTC ACTA GAGGCTA              TTTTTTTTAATAGAT 100 56
HKO16_RS11660 2436302 .. 2436312 -  -2.6  -4.38712   TGCATGTTTATAAAA                 TAAT TTA ATTA                 ATTACATCATGCATT  58 213
HKO16_RS11655 2434709 .. 2434750 -    -6  -5.02606   CATTAAATAATAAAA CCTGTAGC-AC-AGCACCTC TCCC GATTTGCTAGTTGCTACAGG TTTTTTATTTCGAAT  80 48
        mnmG 2422159 .. 2422176 -  -9.1  -5.86976   TCAGAAAATAAAAAA             GCCCAGT CTTA ACCGGGC              TTTTTTACACGCTTA 100 46
HKO16_RS11585 2419024 .. 2419034 -    -4  -2.60075   TCCTCTTTAACCAAC                 CATT AAG AATG                 TAGCGTTTCAACGAC  46 17
HKO16_RS11580 NONE
HKO16_RS11575 2417629 .. 2417642 -  -3.1  -3.12351   TCTCTTTACATTCAA               CAAGC CAGC ACTTG                AACCACAGACATCAT  45 8
HKO16_RS11570 2416841 .. 2416857 - -10.9  -5.68438   TTACTAAATAAAAAA              TCCAAGC ACT GCTTGGA              TTTTTTTGAATAAAT 100 42
HKO16_RS11505 2403352 .. 2403392 -  -7.1   -4.2349   GTTTTATATTTAAAA  CCATTCAATTTAATCAT ATTAATA AAGTTTAAATTGAATGG  TTAAAATAAATAATT  76 48
        pgaA NONE
        pgaB NONE
        pgaC NONE
        pgaD 2397024 .. 2397043 -  -7.9  -5.93252   CTTAAAAATAAAAAA            GCATGGT TGATAG ACCATGC             TTTTTTTCACTCATT 100 36
HKO16_RS11455 2391908 .. 2391929 -  -8.1  -4.84914   ATCCATATAATAAAA           GAGACTTTA TTTA TAAAGCCTC            TTTAACCTCTATAGT  90 40
        prfA NONE
        prmC 2389703 .. 2389717 -  -2.8  -4.41895   AACGCTTAAGCAAAA               GTAATG ATT CAATAC               AAGACATTAGTGAAG  60 152
HKO16_RS11435 NONE
HKO16_RS11430 2386659 .. 2386675 - -12.3  -4.20918   TTCAATTGCAAGAAA              CCGCACA TGG TGTGCGG              CTTCTTGCAGTTTTA 100 67
HKO16_RS11425 2384815 .. 2384849 -  -8.8  -4.19624   GATCTTTAATATAAA     GAATAAAGGGAAAT TCTAAAT ATTTCCCTTTGTTC     AAATTAGCTTGCGTA  87 29
HKO16_RS11415 NONE
HKO16_RS11410 2381899 .. 2381913 -  -2.8  -3.63569   TCAAGCCTTCAATAA               TAATGG CAT CCATAA               ATTTAAACTGACCTT  48 39
        folB NONE
HKO16_RS11400 2381034 .. 2381046 -  -6.3  -3.33815   ATTGTCCTGAAGTAA                CACTA ATT TAGTG                GATTTCAGTATGGAT  61 101
        kdpA NONE
        kdpB NONE
        kdpC NONE
HKO16_RS11380 NONE
HKO16_RS11375 2373041 .. 2373063 -  -9.2  -2.73619   AACCACTTTGCAAAC           CCTTAGGG AGAAATA CCCTAAGG           TTTTTTTTACATCTA  72 42
HKO16_RS11365 2370581 .. 2370613 - -10.8  -5.76949   TATCTTTAAAAAAAA      CAAAGGATTGATCT CAAAC AGATCAATCCTTTT      TTAAAATATTATTTT 100 34
HKO16_RS11350 NONE
HKO16_RS11345 2361154 .. 2361173 - -12.2  -5.45652   ACCTTCAATAAAAAA            CCGAGATG TTTT CATCTCGG             TTTTTAGTGTTCTTA 100 47
HKO16_RS11340 2360650 .. 2360669 - -12.2  -4.25859   TTTAAGTTAAAAGAA            CACTCCAC CTTA GTGGAGTG             TTTGATGATGTCTTA 100 46
HKO16_RS11335 2357751 .. 2357770 - -12.2  -5.50723   TCATTAAAATAAAAA            GGAGCTGA ATAA TCAGCTCC             TTTTTGTACTAAATC 100 47
HKO16_RS11330 2357047 .. 2357058 -  -3.6  -2.66451   ACGTACGTAAATTCA                CCAC TATA GCGG                 CCAATAAAATATTTT  44 97
HKO16_RS11325 2355613 .. 2355632 -    -5  -4.96848   GCTTGCAGATAAAAA            CCTCAATA AAAC TATTGTGG             GCGTACTCATTAGCT  77 401
HKO16_RS11315 2354096 .. 2354119 - -11.8   -4.9725   ATCTTTATATAAAAA          GAAAAAGGCC AAGT GGCCTCTTTC           ATTTTCTCATTGTTC 100 32
HKO16_RS11310 2353133 .. 2353150 -  -2.7  -5.80003   CTAACAAATAAAAAA             TAGACCC ATTC AGATCTA              TTTTTTATAAAATGA  79 49
HKO16_RS11305 2351975 .. 2352000 - -11.3  -3.70902   TTGTTTATAGGTAAA         TAAAAGGCACC CGAA GGTACCTTTTA          ATAAATGCTTAGGCT  93 53
HKO16_RS11295 2350977 .. 2350989 -  -2.7  -3.11359   TCTTTAAAACGAAAC                CATTA TTT TAACG                TAATTTTAGTGTTTT  43 89
HKO16_RS11290 2350177 .. 2350230 -  -6.9  -2.96329   CCAATCGAATAATCA TGAATCTCACCGCCTCTATGAAA AAATGGGG TTTATTAGAGACAGTGAGTTTCA GACATTTCATTGTTT  61 43
        tsaE 2347804 .. 2347814 -  -2.4  -3.19463   TTCATCAGTCATGAA                 GCTG TTC CTGC                 AAAGTCTGGTATAAA  44 4
        mutL 2345849 .. 2345863 -  -2.1  -2.82327   GTTTGACATGTAAAC               TACTC TCCTC GAGCA               AATAATTTATCTAGT  41 10
        miaA NONE
         hfq 2344260 .. 2344277 -  -9.9  -5.68039   AAAGCCATAAAAAAA             CCAGTCA TCAC TGACTGG              TTTTTTTCAAGCTAA 100 45
HKO16_RS11250 2343277 .. 2343310 -  -9.7  -2.69073   ATTTATAAGAATTCA     GTGGAGTTCAAAAGA ACAG TCTTTTGAACTCCTA      TTTCATAGCTAAGGC  74 23
HKO16_RS11240 2342056 .. 2342068 -  -6.3  -2.80056   ATTATGGATGTAAAT                GAACA AGC TGTTC                TCTCTGCCCTCACAG  55 215
HKO16_RS11225 2339021 .. 2339040 - -12.2  -5.47159   TTTGAATATAAAAAA            GCCCAACT TTAC AGTTGGGC             TTTTTTATATCTGCT 100 95
HKO16_RS11195 2330891 .. 2330904 -  -4.5  -5.01811   GCACCAAACTAAAAA               CCCAC GCAA ATGGG                GACCCGATGCAACTC  76 213
HKO16_RS11180 2326815 .. 2326827 -  -3.5  -2.85574   TTAAGCCCATTAAAC                TTTAT TCA ATAAA                TAATAAAGCTAATCG  45 14
HKO16_RS11175 2326283 .. 2326306 -  -8.2   -4.4448   AAACTTTTAAATAAA          CAGGCATAAC CTAA ACTATGCCTG           AATTACACTAGACTC  85 132
        pepN 2320895 .. 2320918 -  -9.6  -5.42131   TAATTATATAAAAAA          TAAAGGCCCC TCAA GAGGCCTCTA           TTCAATATGCTTAAA 100 46
HKO16_RS11150 2319814 .. 2319834 - -12.7  -2.90813   TATCTTTCTAAAGTA            TTAGCCCTT TTA AAGGGCTAA            CTATATTTATAATTT 100 48
HKO16_RS11145 2319061 .. 2319073 -  -3.5  -3.42985   ATAAGACACCTATAA                TATAT TTC ATATA                AGCCTCTTATAGCGT  50 32
HKO16_RS11140 NONE
HKO16_RS11135 2315486 .. 2315496 -    -4  -3.23216   TTTGATGACGACCAA                 GTTT CAA AAAC                 TGAGAATATTTTAAC  49 130
HKO16_RS11130 NONE
HKO16_RS11125 2313911 .. 2313921 -  -5.4  -2.78463   ATTGTTTTTAGCATA                 TGAG TCT CTCA                 AAATTTTTCTTGGTA  52 23
HKO16_RS11120 NONE
HKO16_RS11115 2312101 .. 2312113 -  -3.4  -2.77834   ACAGAATACACACTA                GATC GCATA GATC                GGAAAATATTATCTG  44 503
HKO16_RS11105 2311063 .. 2311096 -  -9.8  -2.98802   TAGTAAATTTATAGA     CCGATAAAATGAAT AATTAA ATCCATCTTATCGG      CTTGCTAGAAGAGGT  76 58
HKO16_RS11100 2309602 .. 2309627 - -12.7  -2.81413   TAGTAACTAACATTA         TAAAAGCCCCA TTAT CGGGGCTTTTA          TTTTTAATCTAGGAC 100 34
HKO16_RS11090 2305572 .. 2305602 - -11.4  -4.02953   AAATTATTAAAAAGA       TGCTATCTATTTGA AAA TAAAATAGATAGCA       CACTAACAGTTGTTT 100 39
HKO16_RS11085 2304984 .. 2304996 -  -4.1  -3.67597   TGCCTTACTGAATAA                CTAAG TTG CCTAG                TCGAGGGGCTAGAAC  53 95
HKO16_RS11080 2304110 .. 2304125 -  -8.2  -5.09259   TATGGCAAAAGAAAA              CCGCCC CAGA AGGCGG               TTGCTGAAATTTTCC  91 83
HKO16_RS11075 NONE
HKO16_RS11070 2303102 .. 2303112 -  -5.4   -3.2327   GTAAGCTACCATGAA                 GCAT TTA ATGC                 CCAAGAATAGTTTAG  56 68
HKO16_RS11060 2300235 .. 2300248 -  -8.1  -6.02345   GAATTATAAAAAAAA               GCACC CGTA GGTGC                TTTAAAAAAATAACT 100 44
HKO16_RS11055 NONE
HKO16_RS11050 2298496 .. 2298527 -   -14  -2.70315   GACACAGCAAAGTTA      TTTTAAAGCCCATC TAAC GATAGGCTTTAAAA       TTTATAAAAATTAGG 100 36
HKO16_RS11045 2297645 .. 2297661 -  -9.5  -4.53303   TATGCCTATATAAAA              GCTCTAA CTA TTAGAGC              TTTTATATAAATCTT  91 53
HKO16_RS11030 2294784 .. 2294811 - -11.6  -5.38549   TGTAAACAACAAAAA        TATAAATGTGAT AAAT ATCACATTTATA         TTTTATTTAACTTCA 100 28
HKO16_RS11025 2294399 .. 2294418 - -10.8  -2.99074   AAAATATTTAAATTA            CACCTCAT TTAT ATGAGGTG             AAAACTAATTATATT  84 69
HKO16_RS11020 2293546 .. 2293566 -  -6.9    -4.183   CTAATTTTTAACAAA            GCTATCTCA TTG CAAGATAGC            CTCTCCTAAAGGTTA  74 205
HKO16_RS11015 2293275 .. 2293288 -  -5.3  -2.95877   GAAAGGAATAGGAGA               TCGTA GACT TACGA                TGAAGAAGAGAAAAT  53 20
        mgtA 2290400 .. 2290416 -  -2.3  -2.91924   GTATGTTGTAGAAAT              TGCAA TTTCATT TTGCA              CCTATTGTTTTATTG  41 35
HKO16_RS11005 2289631 .. 2289682 - -10.5  -4.06903   AAGGCTTAAACGAAA GAGTTTGCGCTTCATCATTTA-GA GAAAT TCATAAAAAATTAAGCGCAAACTC TCGTTAAATTAATTA  91 34
HKO16_RS10995 2287728 .. 2287757 -    -3  -2.72144   GGATTTGGCTTAAAG      CT-GGCAACTT-CA ACAA TGTAAGCTGCCGAG       TCAAGGAAGTCTGAA  42 53
        aceI 2284439 .. 2284470 - -13.2  -3.08133   TATTTATCGACCTAA      CAAAATAAGCACCC ATTT GGGTGCTTATTTCA       TTTCAATCTATGTGA 100 42
HKO16_RS10965 2281189 .. 2281206 -  -9.1   -5.4505   TTCTTGAATAAAAAA             GGGATGC ACAA GCACCCC              TCTTTAACTAAAAGT 100 43
HKO16_RS10960 2280261 .. 2280286 - -11.9  -4.08216   TTATTTTGCTCAAAA         GCAGCCCAAAC CTCT GTTCAGGCTGC          TGCTATTTTTATAAT 100 34
HKO16_RS10955 2278842 .. 2278854 -  -3.4  -3.93583   GAAGGGATTTATAAA                CTTG GTTTA CAAG                GTTTAGTTGAAGAAG  54 135
        amvA 2276680 .. 2276720 - -11.6  -2.64695   GGACTATCAATGAAT TTTAAAGTTTCGA-AGAAA AAGT TTTCTACCGAAACTTTAAA  TACTGTGAAAAATAT  86 40
HKO16_RS10940 2274267 .. 2274278 -  -4.4   -3.8186   ATAAGAATATTTAAA                GGAA GTTG TTCC                 TATGCATTGCCTTTT  58 188
HKO16_RS10935 2271845 .. 2271881 -   -14  -5.31275   TTTTATTATAAAAAA    TGAGGCAAAAAGAAAA TAAGT TCCTCTTTTTGCCTCA    TCCTAACTTAGATCA 100 33
HKO16_RS10920 2268684 .. 2268702 -  -3.2  -3.18199   CAATCCTCAACTCAA             TCTTGA TTGCCTT TCAAGA             TTGAGTATCTGTAGC  46 102
HKO16_RS10915 2267970 .. 2267981 -    -3  -2.63208   TTGTATTGAAAAACC                TGTT CTTA AACA                 TTCAATTGTTTTTTT  42 19
        murB NONE
HKO16_RS10905 NONE
HKO16_RS10900 2264727 .. 2264754 - -10.6    -4.323   TTTAAATAGTTAAAA        CTGGAGCTGCCT ATAG AGGCAGCTTCAA         ACTTTAATAATAAAA  95 29
HKO16_RS10880 2259106 .. 2259127 - -11.7    -5.243   TAAAGTATTAAAAAA           GCCTATTCA TATG TGAATAGGC            TTTTTAGTTTTTATC 100 68
HKO16_RS10875 2257363 .. 2257393 - -10.6  -3.83102   TAAAGTATGAGCAAA      GCAAGACTGTGCT TAATAC AGCACAG-CTTGC       AACAGTTTAAGGCGG  89 41
HKO16_RS10810 NONE
HKO16_RS10805 2249526 .. 2249546 -  -6.9   -3.3344   ATTGAATGCCTAGAA            GCCTGAT CTCGACC ATCAGGC            TTTTTTAATTTCTAG  63 20
HKO16_RS10800 NONE
HKO16_RS10795 NONE
HKO16_RS10790 NONE
HKO16_RS10785 NONE
HKO16_RS10780 NONE
HKO16_RS10775 2244979 .. 2245001 -  -2.7  -4.11216   TTCCCAGTCCGAAAA           CACATGTTC ACAAG GCACATATG           TTTCAAAGAAAAACG  53 388
HKO16_RS10765 NONE
HKO16_RS10760 NONE
HKO16_RS10755 2243621 .. 2243638 -  -8.4  -3.79787   GGAGACCAATCCAAA             CACCCG ATTTTG CGGGTG              CATATTTAAATTAAC  77 36
HKO16_RS10750 2242484 .. 2242501 -  -6.9  -5.88197   TCAAATACAAAAAAA             GCTCACC GATT GGAGAGC              TTTTAAAACATTTTG 100 112
HKO16_RS10745 2241854 .. 2241890 - -11.8  -4.14764   CTTCAAACAATGAAA    TGCAAAAAGCCTATTC GAAAA GAATAGGCTTTATACA    GTATTTCAGGATTAA 100 335
HKO16_RS10735 2240870 .. 2240890 -    -9  -5.32699   GTAAACATTAAAAAA            CCCGCTTC AAAAA GAAACGGG            TCACAAAAACAAAAA 100 106
HKO16_RS10725 NONE
HKO16_RS10720 2239196 .. 2239209 -  -8.1  -6.00086   ACAGGACAAAAAAAA               GAGCC AAAA GGCTC                AATTGATTACACAAT 100 24
HKO16_RS10715 NONE
        terL NONE
HKO16_RS10705 NONE
HKO16_RS10700 2234721 .. 2234731 -    -4  -3.18086   AAATTACAGACCCAA                 CTTT TTA AAAG                 CTTTTTCATCCAACT  49 3
HKO16_RS10695 2234199 .. 2234213 -  -8.5  -4.64846   CCATAAATGACAAAA               GCGCC ATTTG GGCGC               TTATATAGGTGAAAA  89 84
HKO16_RS10690 2233732 .. 2233745 -  -8.1  -5.40072   CTTCTCGCAAAAAAA               GCACC TGAA GGTGC                TATGGTTAAAAATTA 100 217
HKO16_RS10685 2233489 .. 2233504 -  -8.2   -5.4833   GCAGGCAATAAAAAA              GCGCCC TTTA GGACGC               TTCATTTCTATAAAT 100 43
HKO16_RS10680 NONE
HKO16_RS10675 2231618 .. 2231635 -  -9.1  -5.64873   CTTAATAATAAAAAA             GAGGGCT TATT AGCCCCC              TTAGATTTTAATTTT 100 47
HKO16_RS10670 NONE
HKO16_RS10665 NONE
HKO16_RS10660 NONE
HKO16_RS10655 NONE
HKO16_RS10650 NONE
HKO16_RS10645 NONE
HKO16_RS10640 2228699 .. 2228717 -  -5.4  -2.91924   CCATTTGTTATAAAT             TTCTATTA CTG TAACAGAA             TGTAATCACAAATGA  53 94
HKO16_RS10635 2228086 .. 2228100 -  -7.1  -5.77988   ATAGACATAAAAAAA               CCACC GATGA GGTGG               TAGTGAATAAGACAT 100 81
HKO16_RS10630 NONE
HKO16_RS10625 2226508 .. 2226524 - -12.3   -5.4833   TTAGGCAATAAAAAA              CCCGCTA AAA TAGCGGG              TTATTAAAGTGTTTC 100 29
HKO16_RS10620 2225511 .. 2225544 - -11.9  -3.89614   TCTAATTTTTAGAAA     TAAAAAAGCCCATGG GATT CCATAGGCTTTGTTA      CTGAATAAGTTGATT 100 39
HKO16_RS10615 2224680 .. 2224718 - -16.4   -3.9093   TTGATGAGATAATAA   TAACCCTAGAGTTATT ATATGTA AATAACTCTAGGGTTA   CTTTTTTGAGGACTT 100 280
HKO16_RS10610 2224460 .. 2224479 - -10.7  -3.37283   TAAAGTCGGGAAACA            GCGGGTC AATTTA GACCCGC             TTGTTTCAAAATGCT  83 11
HKO16_RS10605 2223938 .. 2223955 - -11.3  -3.65294   TGTCACATAAAGCAA             GACCACC CGAA GGTGGTC              TTTTAAATCAAGCTA  93 38
HKO16_RS10600 NONE
HKO16_RS10595 NONE
HKO16_RS10590 2222872 .. 2222888 -  -7.9   -5.4833   CTAGGCAATAAAAAA              CCGCCAT TAA AAGGCGG              TCATTAATCAAAAAT 100 74
HKO16_RS10585 2217924 .. 2217939 -  -6.8   -5.4833   TCAGGTAATAAAAAA              CCACCC CGAA AGGTGG               TTTTATTGATTAACG  93 35
HKO16_RS10580 NONE
HKO16_RS10575 NONE
HKO16_RS10570 NONE
HKO16_RS10565 2213162 .. 2213178 -  -9.4   -5.8187   TAGGCAATAAAAAAA              GCACCC GAATT GGGTGC              TCAAAGTTCTTTTAA 100 44
HKO16_RS10560 NONE
HKO16_RS10555 NONE
HKO16_RS10550 NONE
HKO16_RS10545 2211848 .. 2211869 -  -8.7  -5.72622   TTTATAAATAAAAAA           GAAGCCCTC AATT GAGGGCTTT            TATAATTCCATCATG 100 11
HKO16_RS10520 2206719 .. 2206732 -  -2.5  -2.82933   GTTTAAGTTAGCACA               TTTTT TTAG AAAAA                CATTGTTTCATAACC  42 142
HKO16_RS10515 2206162 .. 2206179 -  -9.9  -5.36441   GCTTCATATAAAAAA             GCCTCTT AAAT AAGAGGC              TTTTTTATATCTACT 100 44
HKO16_RS10475 NONE
        nirB NONE
        nirD NONE
HKO16_RS10460 NONE
HKO16_RS10455 2191920 .. 2191940 -  -5.5  -4.35682   CTAGAATGAAAATAA            CAAGTTCCA AAA TAGAACTTA            AATTCTAAACAGTCA  69 108
HKO16_RS10450 NONE
        moaA NONE
HKO16_RS10440 NONE
HKO16_RS10435 NONE
HKO16_RS10430 NONE
HKO16_RS10425 2185354 .. 2185385 - -13.4  -4.49781   AAAATAGTTATAAAA      TATAATTAATCCAT CAGT ATGGATTAATTATA       TTCAGCTTATTTATA 100 43
HKO16_RS10420 2184667 .. 2184696 - -12.3  -3.40299   TGATTATATTTATAA       GACCCTTGCAGAA GCAC TTCTACAAGAGTC        ATTAGAGAAACAAGT  91 41
HKO16_RS10410 2182231 .. 2182245 -  -8.6  -3.80018   TCCAGATATTAATAA               TGCTGT TTT ACAGCA               AAAATTTAATACCGG  77 106
        galE NONE
        fumC 2177852 .. 2177868 -  -3.8  -3.79335   AATAAAAAGTAAACA              GTTTTA GCTTT TAAAAC              GCGCCACACTACTCA  56 500
HKO16_RS10365 2176434 .. 2176454 -  -8.4  -5.37345   TTTAATTATAAAAAA            GGTGAATT ATAAG AATTCACC            TTTTGATATTCGTTA 100 38
HKO16_RS10360 2174784 .. 2174803 -   -10   -5.8901   ATATAAAATAAAAAA            GCCAGTGC ATAG ACACTGGC             TTTTCTTTTTATGCG 100 34
        ispF 2173420 .. 2173432 -  -6.3  -3.72695   ATTTGCTTCATGAAA                TTTGG GAG CCAAA                TGAAACATGGACAGG  64 128
HKO16_RS10320 2167983 .. 2167994 -  -2.2  -2.90075   CTCGTCTCAAGCATA                GGTGG AAA CC-CC                ACTCTTTGTGTAATG  41 5
        rimO NONE
        pyrH NONE
         frr NONE
        uppS NONE
HKO16_RS10295 NONE
HKO16_RS10290 NONE
        rseP NONE
        bamA 2158471 .. 2158493 - -11.4  -5.00895   TTCATTATACAAAAA           GATCGTACTT AGA AAGTACGACC           AATTTCAAACTGAAT 100 11
HKO16_RS10275 NONE
        lpxD NONE
        fabZ NONE
        lpxA 2155543 .. 2155562 - -10.8  -5.28176   TTTAGTTATAAAAAA            GACACTGT TAAA ACAGTGTC             TTTTTTTATGTCTTC 100 45
         ffs 2154222 .. 2154235 -  -3.1  -4.25658   ATTGGATTAAAAGAA               TGGTGG CAA CC-CCA               CTAGCAAAACTTCGG  57 21
HKO16_RS10225 NONE
HKO16_RS10220 NONE
HKO16_RS10215 2149992 .. 2150010 -  -8.2  -3.26319   AAGCTTCCAGATGAA             CATGCCTT ACA AAAGCATG             TTCTTTATGAAATAT  65 115
        kynU NONE
HKO16_RS10195 NONE
HKO16_RS10190 2145006 .. 2145030 -  -9.3  -5.98675   TACAAAAATAAAAAA          GTCCGCATCTT GGG AAGCTACGGAC          TATAAACTCATCTAA 100 413
HKO16_RS10185 2142967 .. 2142980 -  -8.1  -5.30575   CAAAAATTTAAAAAA               GGTCC TTCG GGACC                TTTTCAATCATAGAG  93 54
HKO16_RS10170 2138803 .. 2138820 - -11.3  -5.36441   CCTTTACATAAAAAA             CCCAGCT ATAT AGCTGGG              TTTTTTGAAATAAGT 100 40
HKO16_RS10125 2126748 .. 2126765 -  -8.5  -4.70626   TAAGAATTCTAAAAA             TGGATGA GCGA TCATCCA              TTTTTATTTGCTTAA  89 29
         map 2123139 .. 2123157 - -10.4  -5.61596   AGCCGCATAAAAAAA             GTTCGATA GAT TATCGAAC             TTTTTTATGCATATT 100 39
HKO16_RS10095 2121613 .. 2121630 -  -9.9  -5.64873   CTTAATAATAAAAAA             GCCAATC AAAA GATTGGC              TTTTTTATACTTATA 100 44
HKO16_RS10085 2119786 .. 2119814 - -14.8  -5.19879   GGCTAAATACAAAAA        TAAAAATGGGCG ATTAA CGCCCATTTTTA        TTTTTTAAACTTAAA 100 36
HKO16_RS10065 2117643 .. 2117676 - -10.5  -4.22338   AGCACAAGGTCAAAA     TCCAGTAAGGCTA TTATTCTT TAACCTTACTGGA      TGACAATTGCTAGCC  95 35
HKO16_RS10060 2117256 .. 2117268 -    -2  -4.02911   TTGAAATAAAGACAA                TACT TATTG AGTA                TCTTCTTGCGCTAAT  52 16
        ftsY 2116005 .. 2116022 -    -7  -5.72616   ATGGATATAAAAAAA             CCTCAC TATTTT GTGAGG              TTTTTTAAGTCTTGG 100 48
HKO16_RS10050 2115226 .. 2115244 -  -9.6  -5.77632   AAAAGCATAAAAAAA             GAGTACCC TCT AGGTACTC             TTTTCATCCACTCAA 100 42
HKO16_RS10045 2114326 .. 2114350 - -11.6  -4.69464   AAAATATTCTAAAAA          TAAAGCCGAT ATTAA ATCGGCTTTA          TTTTGAATAGCAATT 100 39
HKO16_RS10040 2113762 .. 2113779 - -11.3  -5.33026   TAACCTAAACAAAAA             GGACCTC ATTT GAGGTCC              TTTTTCATTTCGATT 100 13
HKO16_RS09995 2105697 .. 2105715 -  -8.9  -5.73978   ACGACAAATAAAAAA             GCTCATC GAAAT GATGAGC             TTTTTAGAGTTTTTT 100 44
HKO16_RS09990 2102494 .. 2102523 -  -5.1  -3.57971   ATACTTAGCTGTAAA       GATGTGCGTTCAAA TTG TCTGAACGC-CATG       TTCATCTCCAATTTT  58 45
HKO16_RS09985 2101337 .. 2101353 -  -9.4   -5.4505   TTGGTTAATAAAAAA              GCCGCT GTAAA AGCGGC              ATTTTTATAGGTCAA 100 43
        rpiA NONE
HKO16_RS09960 2096030 .. 2096041 -  -4.4  -3.19371   ATTTACTTAACTCAA                GTTC ATCC GAAC                 CTAACAATTCAACAC  51 162
HKO16_RS09950 2093374 .. 2093403 - -13.9  -3.13566   AGATCAGAGTCAAGA       CACACATTTAAAT CGAA ATTTAAATGTGTG        TGAAGCAAAAAAGAG 100 45
HKO16_RS09945 NONE
        clpS NONE
        clpA 2089884 .. 2089894 -  -2.4  -3.69943   ATTAACATAAATTAA                 GCTG GTT CTGC                 CGTATGGTGATCTTC  48 11
HKO16_RS09930 2089262 .. 2089284 - -13.5  -5.75599   TAAAGCATAAAAAAA           CCTGATCGG GGTTG CCGATCAGG           TATTAACTGTGATGG 100 255
HKO16_RS09925 2087995 .. 2088016 - -10.9  -5.75342   GCTTCTTAAAAAAAA           GGGATCTGC TAAA ACAGATCCC            TTTTTAAATATTTAA 100 41
HKO16_RS09910 2084309 .. 2084338 - -10.9  -3.15427   AATAGGTTTTAGTAA       TGAGCATTCTCTT ACAC AAGACAATGCTCA        TTTAAGTCATTAAAT  84 35
HKO16_RS09905 NONE
HKO16_RS09900 2083085 .. 2083098 -  -3.9  -3.98658   ATTTTATTAAAAACA               GATAT GCCC ATATC                CAATAACTACCTATG  58 42
HKO16_RS09895 2081960 .. 2081982 - -11.4  -5.66684   TAAGGTATAAAAAAA           TAAAGCCCAA GAT CTGGGCTTTA           TTTATATTCAAAGAT 100 44
HKO16_RS09880 NONE
        kdsA NONE
         eno 2076205 .. 2076233 - -16.3  -5.64421   AGGGTAAATAAAAAA        GTGCTATTTCTAA CAC TTAGAAATAGCAC        TTATATTTAAATATT 100 85
        ftsB NONE
HKO16_RS09855 2073787 .. 2073797 -    -4  -3.33162   TAGGCTATTTTATAA                 GTAA AAA TTAC                 CATCTATCCTGTATA  49 48
HKO16_RS09850 NONE
HKO16_RS09845 NONE
        pcaF NONE
HKO16_RS09835 NONE
        pcaD 2068755 .. 2068766 -    -3  -2.90615   ATTCCTTTTAAATTA                CTAA GCGA TTAG                 ATTTGCTGAATAAAT  43 22
HKO16_RS09825 NONE
        pcaC NONE
        pcaH NONE
        pcaG NONE
HKO16_RS09805 NONE
HKO16_RS09800 2063158 .. 2063177 -  -8.5  -2.71712   TGTCTTTTCTGAAAT            GCGCCCC TGTTTT GAGGCGC             TTTATTTTTTGTTAT  69 37
HKO16_RS09795 2061752 .. 2061766 -  -2.8  -3.17797   TCCACATATACTGAA               CCCGAA TAG TTCAAG               CATTTGGGCCAGTTA  43 69
HKO16_RS09790 2058814 .. 2058833 -   -10  -5.75478   AAGCACATAAAAAAA            GGCCCATC GTTA GATGAGCC             TTAAGCCAATTAAAG 100 490
HKO16_RS09785 2058174 .. 2058191 - -11.3  -5.29445   TCTTAACAAGAAAAA             GCCCCAA GATT TTGGGGC              TTTTATCATTAAATT 100 34
HKO16_RS09780 NONE
HKO16_RS09775 NONE
HKO16_RS09770 2055976 .. 2055990 -  -4.3  -4.10566   AGCCAACAAGAACAA               TTGGA CTGGC TCCAA               AAATATCCACTCCAG  61 397
HKO16_RS09755 NONE
HKO16_RS09750 NONE
HKO16_RS09745 NONE
HKO16_RS09740 2050537 .. 2050561 - -11.5  -5.29846   AATTCTAAATAAAAA          TTACCCCCTAA ACT TTAGGGGGTAT          TTTTTTATCCTAATT 100 30
HKO16_RS09720 2045690 .. 2045708 -  -4.6  -2.52543   ACTCCTTGTAATTTA             TTGCATTG CAT CAACACAA             AATTTAGCTATAGCG  48 4
HKO16_RS09715 2044512 .. 2044522 -  -2.4  -3.63054   TAAACTTATAGATAA                 CCTG GGG CTGG                 CTTTAACCCGAAACT  48 5
HKO16_RS09710 NONE
HKO16_RS09705 NONE
HKO16_RS09700 NONE
HKO16_RS09695 2041785 .. 2041796 -  -2.2  -2.71101   CTCCTAAAGAATGTA                GCTA ATAC CAGC                 CAAGGTATCGGTTGA  40 2
HKO16_RS09690 NONE
HKO16_RS09685 2040037 .. 2040048 -    -3  -2.64107   TAAATCGCGAGAGCA                TTAG ATAT CTAA                 AACTAATCTCGGTGT  42 14
HKO16_RS09680 2038998 .. 2039024 -  -9.6  -3.98913   GCTAGATGTAAAGAA         GCTGATAAATCA ATT CAATTTATCAGC         TTAATGGGGCTTATG  86 36
        feaR 2037737 .. 2037747 -  -5.4  -2.71731   TCTATCCCTGAACTA                 TCTG AAT CAGA                 CAGTTAAAATGCACT  52 200
        tynA 2035275 .. 2035287 -  -7.7  -4.24562   AAAAAATGAGACAAA                GAGAG TCC CTCTC                ACAACCTGAGAAAAT  80 136
HKO16_RS09665 2034032 .. 2034043 -    -3  -3.11476   ATTCATTTAAAAGGA                TCTA TTAA TAGA                 TGTATTGCAAAATTA  45 18
HKO16_RS09660 2032474 .. 2032506 -  -9.3  -2.79831   TTTATGTTAAAAGAC      TGAGGTTTGTTATTT ATA AAATGACAAACCTCT      TTATTAGTTTAATAC  73 34
HKO16_RS09615 NONE
HKO16_RS09610 2021297 .. 2021327 -  -2.5   -4.9218   TATGTATTAGAAAAA       GCCTGCTGACTCC TAATT AAAGTGATCAGGC       TTTTTATGTATAAAT  63 40
        abaQ NONE
HKO16_RS09590 NONE
HKO16_RS09585 2014638 .. 2014668 - -14.3  -2.87564   CTATTCTTCGAGATA       TAAAAAGAGACCA ACTTG TGGTCTCTTTTTA       TTCTTAGATCGCTTC 100 29
HKO16_RS09575 2012519 .. 2012537 -  -6.7  -5.72622   TTTATAAATAAAAAA             GAGGCAC TTAAT ATGCCTC             TTTTTTTTAAAGTTT 100 52
HKO16_RS09570 NONE
HKO16_RS09565 2009920 .. 2009930 -    -4  -2.80443   CTACATTTCAGTATA                 TTCA ATT TGAA                 TTATTTCTCGTGGAG  47 176
HKO16_RS09560 2009238 .. 2009268 - -12.8  -4.86939   CAATAAATCTAAAAA       GACGAATTACAG CCCCATT CTGTAATTCGTC       TTTTCCATATAAATA 100 53
HKO16_RS09545 2007024 .. 2007061 - -15.1  -4.19817   TCCATTTATTTAAAA   CCCTAAAAGTAAGACCA TCGT TGGTTCTACTTTTAGGG    TTTATATTTGAATTA 100 46
HKO16_RS09515 NONE
HKO16_RS09510 2000403 .. 2000413 -  -2.6  -3.10255   ATAAGATGTATTTAA                 TAAA TGT TTTA                 ATAAGCTGTCACGCC  43 23
HKO16_RS09505 NONE
HKO16_RS09500 NONE
HKO16_RS09495 1997149 .. 1997166 -  -8.5  -3.33696   GGCGCGGTTAAGGAA             TGGTTCT TACT AGAACCA              TTCTTCTGACATATT  74 17
HKO16_RS09490 1995519 .. 1995529 -  -5.4   -2.9699   ATGAGAGGGAGAAAT                 GGAA CTA TTCC                 TACTCCACTTTTTAT  53 123
HKO16_RS09485 NONE
HKO16_RS09480 1992798 .. 1992813 -  -6.1  -5.21709   TTTGAGACTAAAAAA              GGAGG TATTAG CCTCC               TCTTTTAATTCAAAC  84 84
HKO16_RS09470 1991457 .. 1991472 -    -4   -3.7511   TTTTGCACAATACAA              CTCCAT CACA ATGGAA               AAAGTTAAAGCAGTT  53 82
HKO16_RS09465 1990629 .. 1990643 -  -3.6  -4.63542   TATAAGGCTTAAAAA               CTTAAC TTG ATTAAG               AGTGTTAGAGTCAAG  63 316
HKO16_RS09460 NONE
HKO16_RS09455 NONE
HKO16_RS09450 1988500 .. 1988516 -  -2.3  -5.54079   TCAAAAATCAAAAAA              TTATCAT AGA ATGCTAA              TACTCAATAAATTCA  74 22
HKO16_RS09445 1987906 .. 1987916 -  -2.6  -3.03159   CTAATTTTCTTAACA                 TTAA ATA TTAA                 CTAAAACTCTATTTA  43 42
HKO16_RS09440 1986798 .. 1986808 -    -4    -3.338   ACTAATCAAAGCTAA                 CAAT TTC ATTG                 CTCACCTCACTTATT  49 226
HKO16_RS09435 1986613 .. 1986642 - -13.1  -3.34029   TAAACACCGCTACAA       TAAAAAGCCCATC TTCC GATGAGCTTTTTA        TTTAATTAAGATTAT 100 49
HKO16_RS09430 1986032 .. 1986079 - -17.6  -2.95448   TTAAACCCAACTATA TTAACATCATGATAAATTTAAA GATC TTAAAATTTATCATGATGTTAA TTTTCAAAAAATAAA 100 154
HKO16_RS09425 1985168 .. 1985185 -  -9.9  -4.45151   AAGATTTAATTAAAA             GAGACCA TTAA TGGTCTC              TTTTTTATTTATAAG  93 94
HKO16_RS09405 1980792 .. 1980833 -  -6.7   -2.7556   AACGGTAGTGAACCA GCTCTGCAGCTTAATAAGG AAAT CTTTATTAAGCTGCATAAA  GAATTAATTAATTGT  59 29
HKO16_RS09395 1978214 .. 1978227 -  -2.5  -4.31329   CTAAAAACTTGAAAA               TAAAT AAGA ATTTA                ATTTGCACTCAAACT  55 23
HKO16_RS09385 NONE
HKO16_RS09380 1976124 .. 1976154 -  -5.4   -2.9587   TCAAACTTTAAATGA       GCCTCATTGTTAGT CTT ACTCCTAATGAGGC       CTCATCAAATTCAAT  53 60
HKO16_RS09365 1972574 .. 1972592 -  -8.9  -5.63236   ATCTAAAAATAAAAA             GAGACCA CGAGT TGGTCTC             TTTTTTACTTCTACA 100 76
HKO16_RS09345 1966839 .. 1966864 -  -7.6  -4.27316   TCTTTTAATTTAAAA         GCCCCAAGTC TTCTAT AACTTGAGGC          TGAGGACTTTACTTA  80 34
HKO16_RS09340 1965675 .. 1965689 -  -2.8  -2.55847   AACTCTCACATGAAT               TGGC GATCACT GCCA               TTAATTTTGGGTATC  40 26
HKO16_RS09335 NONE
HKO16_RS09330 1963357 .. 1963391 - -11.6  -5.70829   AATACCAGAAAAAAA     GCGGTACTTGATTA TGTCTAT TCATCAAGTACCGC     TAAAATTAAAGCAAT 100 42
HKO16_RS09320 1961082 .. 1961103 -  -7.4  -3.95378   GCACAGCTCAAATAA           TGTCTGAA TTAATC TTCAGACA            GTGTTTTCATATCAA  72 12
HKO16_RS09315 1959649 .. 1959660 -  -4.4  -2.82015   TCCATATTCATGACA                CCAA CGCT TTGG                 CAAGTTGCTCACCAT  49 6
HKO16_RS09310 NONE
HKO16_RS09305 1957880 .. 1957892 -  -2.7   -3.7104   ATTCATAGCCAAGAA                TGATC AGG AATCA                CAATGGTTTTGTCTT  48 0
HKO16_RS09300 1957013 .. 1957023 -  -6.8  -3.55487   TTATATGAACTAGAA                 GCTG CAC CAGC                 CCTGCCTCTGTTTAT  64 381
HKO16_RS09290 1955547 .. 1955573 -  -6.7   -3.1505   ATGACCTTCGATGAA         TATATAGTGGC ACAAA GCCAATATATA         TTTCAAGTCTAATTT  62 146
HKO16_RS09285 NONE
HKO16_RS09280 1953084 .. 1953113 - -12.9  -3.24146   TCTCTCAATGAAAAT       GATGAGCCGATAC TCAT GCAACGGCTCATC        TAAACTCAGTTATGC 100 35
HKO16_RS09275 1952280 .. 1952295 -  -3.2  -4.63479   CATTATAAATCAAAA              GTGCAT CAAG ATGCGC               TAGTCAGAAAGCTCA  62 25
HKO16_RS09270 1950509 .. 1950525 - -12.3  -4.15565   TGCAGCATTGTAAAA              CCCACTC ATT GAGTGGG              CTTTTTTATTACTAA 100 327
HKO16_RS09260 1949206 .. 1949221 -  -4.6  -5.57396   AGAATCAATAAAAAA              GCCCAC TTAT GCGAGC               TTTTCAAAACGGAAT  83 95
HKO16_RS09255 1948621 .. 1948633 -    -2  -3.71527   TTTTAACTATTGAAA                TTCA TCTTC TGAA                ATTACTTATCTAATA  47 27
HKO16_RS09250 NONE
        iaaH 1946109 .. 1946124 -  -6.2  -5.10029   ATTAATGTTAAAAAA              GAGTTA CTTT TAACTC               TTTTTTATTTAGGAA  82 65
HKO16_RS09235 NONE
HKO16_RS09230 NONE
HKO16_RS09225 1940211 .. 1940237 -   -13  -3.27022   TGTATTCGACACTAA         CAACACGCCTAG AAA CAAGGCGTGTCG         AAGTGTTAAAAACCG 100 64
HKO16_RS09220 NONE
HKO16_RS09215 1937756 .. 1937769 -  -8.1  -5.33331   TAAATATAACAAAAA               CCCAC TTTC GTGGG                CTTCATTAAAATTAC 100 54
HKO16_RS09210 1936670 .. 1936690 -  -2.5   -4.3534   GCCCAAGGAGTAAAA            CCAATAAAC AAC GTTTCATGG            TCTTGCTCCTTACTT  58 35
HKO16_RS09205 1936012 .. 1936034 -  -6.3  -4.55118   TAAGTTGAGATAAAA           GACAACGAA ATAAA TCCGTTGCC           TTTTTATTTTTAAGA  76 35
HKO16_RS09195 NONE
HKO16_RS09190 1933325 .. 1933344 -  -2.2  -4.42653   AGTTTACGCACAAAA            CTATTCCT CAGA AGAAATAA             TCCTGATGCGGTCTT  57 318
HKO16_RS09185 1932356 .. 1932367 -  -4.4  -4.12296   GTGATAACCAAATAA                GGAA TTAT TTCC                 CCATCCCCCTCAAAA  60 18
HKO16_RS09180 NONE
HKO16_RS09175 1930418 .. 1930431 -  -9.5   -4.7416   TTAAAATTTTAAAAA               GCGCC CTTA GGCGC                TTTCTTCTATAATTC 100 18
HKO16_RS09170 1929862 .. 1929875 -  -2.3  -5.74288   ATAAATAATAAAAAA               GCATC TCAA GGTGC                TTTTTTTAACCAAAA  78 17
HKO16_RS09165 1929054 .. 1929071 -  -9.9  -3.02829   GATATGTCTTGAATA             GCCCTAA TTAT TTAGGGC              TTTTTCATAGTGCTT  81 155
HKO16_RS09125 1922337 .. 1922374 -  -8.7  -3.46007   AGAAAACCCAAGTAA   TTTTGAATGTGCATTAA ACGA TGAATGAACATTCAAAA    CATCTGCATATCTTT  76 91
HKO16_RS09115 1920218 .. 1920230 -  -2.6  -3.55219   AAGCTTAGTAGAGAA                CCAG CAACT CCGG                TTAAATTATGAATTG  48 519
        adeA NONE
        adeB 1914354 .. 1914388 - -16.7  -4.79223   TCAGATCAGTAAAAA     TGCATCAGAGGAAAT TGAGT ATTTCCCCTGATGCA     TTGAACTTAAGATGA 100 32
HKO16_RS09070 1908688 .. 1908715 - -10.1  -5.66684   TAAGTCATAAAAAAA        GCCTTTTATAT TTATTG ATATAAAAGGC         TTTATCTATTTTTAG 100 42
HKO16_RS09040 1902068 .. 1902089 - -10.3  -5.63517   TTTCCAAATAAAAAA           CTGATTTAG GCAA CTAAATCAG            TTTTTTATTTATCGA 100 48
HKO16_RS09000 1894774 .. 1894785 -    -3  -4.19336   AATTACTTTAATAAA                TTGT CCCA ACAA                 AACTCGTTTCTATTA  57 1
HKO16_RS08995 1893674 .. 1893686 -  -3.5  -4.94992   TGAAATTTATAAAAA                TTAAA GAA TTTAA                CTTATCCATAAGCTT  69 71
HKO16_RS08990 NONE
HKO16_RS08985 1892059 .. 1892071 -  -4.8   -3.0094   TCTTATTTATAGACA                GCAC ATCCG GTGC                TTGATAGGGCTAAGA  52 93
HKO16_RS08980 1890580 .. 1890605 -  -2.5  -2.73124   GTGTATTTGCTAAAT         TTGCCTTTAGC CTAA ACTAAAGGCGC          CACTAAATTAAAAAG  40 33
HKO16_RS08975 1889334 .. 1889361 - -12.2  -5.37345   TTTAATTATAAAAAA        GAAGATGTAAGA AAAT CCTTACATCTTC         TTTTAATTTTAAATT 100 39
HKO16_RS08950 1884142 .. 1884158 - -10.9  -5.80003   GGAACAAATAAAAAA              GGAGCTT TAA AAGCTCC              TTTTTTTATTTCAGG 100 43
HKO16_RS08940 1880067 .. 1880095 -   -14  -4.28254   TGCTAAGAGCTAAAA        GATGCCTTCTGC TTGGG ACAGAAGGCATC        TTATTTAATTAATGA 100 34
        chrA 1871190 .. 1871215 - -13.4  -3.87576   TTAAAAATATAAATA         GCCGAACAGT AAAGGA ACTGTTCGGC          CTTATTGAGATTATG 100 72
HKO16_RS08885 1869910 .. 1869922 -  -5.5  -3.15346   AACAGTCCATGAATA                TGGCG CCT CACCA                ATATGTCATGCAAAG  54 182
HKO16_RS08875 1868136 .. 1868153 -  -8.4  -5.64274   TGATTTATAAAAAAA             GCAGGC TTTTAT GCCTGC              TTCTCACAATTTTTT 100 16
HKO16_RS08850 1862193 .. 1862206 -  -3.1  -2.62735   ATACGCCTTAGATGA               GCTAA ATAC CTAGC                TAAAGCTTATGCTTT  42 25
HKO16_RS08845 1861202 .. 1861217 -    -9  -5.27923   TAAGCCTATAAAAAA              GAGCGA ATCA TCGCTC               TTTTTTATTAAAGTA  95 33
        lipA NONE
HKO16_RS08805 1851651 .. 1851675 - -11.6  -4.62336   ATCTCATCTTAAAAA          GGGAGAATAT TCTAC ATATTCTCCC          TTTTATTTTATTCAA 100 33
HKO16_RS08795 1849264 .. 1849287 -  -9.7  -5.15634   CAGCGTATTAAAAAA          GCCACATAA ACAAAA TTATGTGGC           TTTTCTATTTTTATT 100 72
HKO16_RS08755 1842227 .. 1842263 - -12.6  -3.62591   GTTAGAATGTTGAAA    GATACTTCTTTAGTCA TAGGC CAACTAAAGAAGTATC    CAGTGGTAGTTTTAA  95 37
HKO16_RS08715 1835479 .. 1835495 -  -5.8  -4.53705   AAGCGTTAGATAAAA              GCCCTC ATATA GAGGAC              TTTTTTATGCCTAAA  72 42
HKO16_RS08685 NONE
HKO16_RS08680 1831457 .. 1831474 - -11.3  -5.95539   TTTTAAATAAAAAAA             GCGGAGT TTAA ACTCCGC              TTTTATCTCTTAAAA 100 41
HKO16_RS08675 1830075 .. 1830106 - -16.2  -3.46602   TTTTTGATAGCACAA      TAAAATAAAAGGGC ATAA GCCCTTTTATTTTA       GATATGAATCGAACA 100 48
HKO16_RS08660 1827927 .. 1827944 - -11.3  -4.76041   TATATTGATTAAAAA             GCCCCAT TTTT ATGGGGC              TTTTTTTAAATCGAC 100 41
HKO16_RS08635 1821813 .. 1821828 -  -5.4  -2.67747   CGGCGACATTAGAAG              CCATGC TCAT GCATAG               ACCAATGGTCACTTT  51 311
HKO16_RS08625 1818551 .. 1818580 -  -7.9  -6.12458   TAAAAAAATAAAAAA       GAAAGCCAACCCCA AAT TGGGATTGGCTA-C       GCTATTAATATTTAA 100 30
HKO16_RS08620 NONE
HKO16_RS08615 NONE
HKO16_RS08610 1816334 .. 1816359 -  -4.8  -5.81412   CTTATGCAAAAAAAA         GCTAAGCA ATCAAAATCA TGCTTAGC          TTGAGGAAATTTTAT  90 41
HKO16_RS08605 NONE
HKO16_RS08600 1814104 .. 1814122 - -10.3  -6.17669   AATAAAATAAAAAAA             GCCCTCA AAAAA TGAGGGC             TTAATTTTCAATCTT 100 52
HKO16_RS08495 1789422 .. 1789437 -  -2.6  -3.10597   CTGGTGATCTAAAAT              TGTAAC GAAT ATTACA               TGTTTTGAACGTATT  43 195
HKO16_RS08490 1787839 .. 1787852 -  -2.4  -3.53281   TATAAGAAAAAACTA               TGTC GTTGCT GACA                TTCAAAAAATGAGTA  46 170
HKO16_RS08485 NONE
HKO16_RS08480 1785227 .. 1785249 - -14.2   -3.6968   TTATAATGCTAAGAA           GCAAGGAGGC GAA ACCTCCTTGC           AATATTTCTATTTTA 100 33
HKO16_RS08470 1782761 .. 1782772 -  -7.2   -5.4833   CTATGTAATAAAAAA                GCGC TTCG GCGC                 TTTTTTTATTATTCA 100 34
HKO16_RS08450 1778924 .. 1778942 -    -6  -2.50113   TAGGATTTTATGAAT             CCCGACTA AAA TAGTCAAG             TTTTTTTATTTTTAA  54 73
HKO16_RS08445 NONE
HKO16_RS08440 1777172 .. 1777192 -    -7  -4.12456   ATATGAGGGTTAAAA            CACTAATT TCAAT AATTAGTG            TTCTGCCCATTCAAC  71 20
        iscU NONE
        iscA 1776326 .. 1776362 - -12.6  -3.57915   CACATTAATTAAATA    CATTAAAACAGTGC TGTTAAAAG GCACTGTTTTAATG    AGAAAAAGGAAAGGA  95 46
        hscB NONE
        hscA NONE
         fdx 1773496 .. 1773509 -  -8.1  -6.04953   ATATAAATAAAAAAA               GCTGC CTAA GCAGC                TTTTTTATTATTTAT 100 40
        rpsT 1763702 .. 1763729 - -14.4  -3.78699   CAAAAACATAGACAA        TAAAAAAAGCCC TGTT GGGCTTTTTTTA         CATGCTTCAATTAGT 100 36
HKO16_RS08355 1760866 .. 1760882 -  -5.9  -3.72695   ACGCCCGTCATGAAA              CGATTTT CCA AAAACCG              AGTTTTCAAGAAGCT  60 499
HKO16_RS08315 1750422 .. 1750437 -  -6.2  -5.01422   TGATATAAAAATAAA              TTTTCC ATTT GGAAAA               TTTTTTGATGTTGGC  82 361
HKO16_RS08310 1747518 .. 1747536 -  -3.9  -3.53224   TATTCGGTCTGCAAA            CACGATCT CTAA AG-TCGTG             TTTGCAAAATAACCA  51 42
HKO16_RS08305 NONE
HKO16_RS08300 NONE
HKO16_RS08295 NONE
HKO16_RS08290 1744873 .. 1744897 -    -8  -5.00616   TTTCTTTTTAAAAAA         CGCTAAC-TGA GAAT TCAAGTTAGCG          TTGAAGGAAATGGAA  91 63
HKO16_RS08070 1711314 .. 1711329 - -10.4  -6.02919   TTAGAAATAAAAAAA              GGCCCA TATG TGGGCC               TTTTGTTCGCATCTG 100 46
HKO16_RS08065 NONE
HKO16_RS08060 1710285 .. 1710301 -  -4.3  -2.70275   CAATTGCAGAGAGTA              GGGCGTT TAT ATCACCC              ATATCATTTTTCGCT  48 117
HKO16_RS08050 NONE
HKO16_RS08045 NONE
HKO16_RS08040 NONE
HKO16_RS08035 NONE
HKO16_RS08030 NONE
HKO16_RS08025 NONE
HKO16_RS08020 1707726 .. 1707742 -  -4.4  -3.42996   GATGATTTACTACAA              TCCCAC ATCTA GTGAGA              TTGCAGCGCGGCTTT  52 17
HKO16_RS08000 1702673 .. 1702704 - -12.6  -3.50572   ATGGACTGCATATAA      TAATAGATAGATTG TTAT CAACCTATCTATTA       TGTATTGAACATATT  91 39
HKO16_RS07995 1701396 .. 1701409 -  -3.1  -3.84961   CAGGTAATTATCAAA               CACAA TTAA TTGCG                GTAACAGTTTTAACT  54 373
HKO16_RS07850 NONE
HKO16_RS07845 1675811 .. 1675827 -    -8  -5.60993   TTGTTTATAAAAAAA              CCTGTG ATCAA CACAGG              TTTTAACGACAAAAG 100 47
HKO16_RS07825 NONE
         maf NONE
HKO16_RS07815 1670665 .. 1670686 - -10.3  -5.86976   TTATAAAAGAAAAAA           GGAGAAATT TTAT AATTTCTCC            TTTTTATATATTTAG 100 47
HKO16_RS07810 1669717 .. 1669729 -  -2.7   -3.8615   TAAAAAAATGTCAAA                CTCTA AGC TAGAA                TGACTTTCAGACGCA  51 100
HKO16_RS07805 1669020 .. 1669039 -  -3.6  -2.65271   TATAAGTTTAGAGCA            GTTATTCT ATGC AGTATAAC             TGGTAAAGCATATTT  44 7
        sstT NONE
HKO16_RS07795 NONE
HKO16_RS07790 1666129 .. 1666166 - -10.1  -2.73681   TATTTATTTTAAGCA   GTATGAGCCTTTATC CGAATATT GATAAAGGCTCATAA    CAGTTACCACATTAA  77 29
HKO16_RS07785 NONE
HKO16_RS07780 1663516 .. 1663527 -    -3  -2.67667   CGATTCATTAAACAT                TCTT TTTA AAGA                 CAACGATTTTTGTCG  42 6
HKO16_RS07775 NONE
        gcvH 1661917 .. 1661935 -    -6  -5.77988   ACATATATAAAAAAA             CCAGTTAA ATC TAAACTGG             TTTTTTTATTAAAAC  95 51
HKO16_RS07765 1660984 .. 1661001 -  -2.1  -3.29781   AAATAATATCAAAAC             TTATTAA AAAA CTAATAA              TATAAAAAAACTAAG  44 184
        putP 1659223 .. 1659252 - -16.7  -5.13016   AATCAAAACTAAAAA       TAAATAAAGGGGC CGAA GCCCCTTTATTTA        TTTCAATGAGTTATG 100 36
        putA 1654823 .. 1654844 -  -8.8  -5.68438   TTATTAAACAAAAAA           GCCCAAAT ATCGTA ATTTGGGC            TTTTTAGAAAATTAC 100 45
HKO16_RS07745 NONE
        trmA 1653044 .. 1653066 -  -9.3  -4.62904   AAACACCTTGAAAAA           TAAGGAGAT ATTTA ATCTCCTTA           TAAAATAGGGTTACA  90 55
HKO16_RS07735 1652593 .. 1652609 -    -8  -5.63645   GTAAAATATAAAAAA              GCCAGT ACAAG ACTGGC              TTTTTAATTAATGAA 100 33
HKO16_RS07725 1651033 .. 1651049 - -10.9  -5.01732   AAGTTTTCTAAAAAA              GTCCTCA ACT TGAGGAC              TTTTTTAATTAGATA 100 34
HKO16_RS07715 1649765 .. 1649782 -  -8.3  -5.22006   TGAGCAGAATAAAAA             GCGTCCC GATT GGGGCGC              TTTTTTTATGAGCTA  93 42
HKO16_RS07705 1646031 .. 1646048 - -12.7  -5.80727   AAAAATAATAAAAAA             GCCCGCT AAAG AGCGGGC              TTTTAATATAATCAG 100 42
HKO16_RS07695 1645205 .. 1645231 - -18.2  -5.31877   ATCCATTATAAAAAA         GGGCCTAAATCT AAA AGATTTAGGCCC         TTTTTAATTTATAAC 100 43
HKO16_RS07685 1643216 .. 1643228 -  -5.5  -4.46212   GCCTTCATGAGAAAA                TGGGC TTT ACCCA                CGCTGGTACTTTTAA  70 200
        ruvC 1641394 .. 1641408 -  -2.9  -3.47226   AGATGAACCAAGCAA               TTACT CAAGT AGTAA               ACCAGTAAAGCTTTA  48 38
        queG 1638770 .. 1638787 -  -2.7  -2.56914   GATGGCATTAATTCA             CTGTACA TAAT CATACAG              AATTCGTATTAAAGC  40 77
        bioB 1637714 .. 1637731 - -11.3  -5.42514   GTATAAATGAAAAAA             GCCCTGA ATGA TCAGGGC              TTTTCAATTTTGATG 100 44
HKO16_RS07640 1636064 .. 1636085 - -10.3  -3.05385   AATAGATGAGATATA           GCTTCTATT TAAA AATAGAAGC            TGGTTTTAATTTATT  83 36
HKO16_RS07635 NONE
HKO16_RS07630 NONE
HKO16_RS07625 1631517 .. 1631545 -  -7.5  -3.21218   AGTGGTTATCACTAA        TGCTCATTAGC TTTTTTC GCTTATGAGCA        TTTTTTTAATTTATT  69 160
HKO16_RS07620 1630813 .. 1630831 -  -5.3   -2.5007   GTAATTCATGAAGAT            CTGC-GGA GTAG TCCTGCAG             TAAGGGTAGTGATGG  48 118
HKO16_RS07610 NONE
HKO16_RS07605 1628410 .. 1628425 - -10.4  -5.26316   TCAGTTTATAAAAAA              GCCCTC CATT GAGGGC               AGATAATCAGACTTC 100 32
HKO16_RS07600 1626719 .. 1626754 - -10.7  -2.77439   TAGAAAAATATTAAT    GAGATATCAAAGTAT TATTTT AGACTTTGATATCTC     GTCTTAACATTATTT  80 35
HKO16_RS07590 1624922 .. 1624942 - -12.7  -3.83811   GAAATACAGTAAGAA            GCCTATTCA TCA TGAATAGGC            TTTTTGCTTTCTTTA 100 363
HKO16_RS07580 1623201 .. 1623225 - -15.9  -5.22039   TCTAAAGTTAAAAAA          CCCCAAAAACT TAA AGTTTTTGGGG          TTTGTATTTGGTGGG 100 34
HKO16_RS07570 1621210 .. 1621222 -  -2.7  -2.83903   TTGTCTAAAAAGGTA                GAAAA TTA TCTTC                CAAACAAATTTTATT  42 140
HKO16_RS07565 1620546 .. 1620562 -  -7.3  -3.93288   TGTTAGCCAATTAAA              TAAGCTC AGA GAGCCTA              AATTTACATAAAAAT  72 69
HKO16_RS07560 1619668 .. 1619683 - -10.4  -5.43621   ATAAAGTATAAAAAA              CGCACC ATTT GGTGCG               TTTTCTCATCTTAGG 100 36
HKO16_RS07550 1617497 .. 1617512 -    -9  -5.55769   TGTGACAATAAAAAA              GAGCCA TGAG TGGCTC               TTTTTTTACATCTAA 100 44
HKO16_RS07520 NONE
HKO16_RS07515 NONE
HKO16_RS07510 NONE
HKO16_RS07505 NONE
HKO16_RS07500 NONE
HKO16_RS07495 NONE
HKO16_RS07490 1605229 .. 1605247 - -13.2  -3.83998   TGATTTTACATGAAA             GCCATGAC AAA GTCATGGC             TAGAGCAGGGTTCTG 100 47
        ychF 1604049 .. 1604066 -  -8.4   -5.5762   ATTAAATATAAAAAA             GCCCCA ATCTAG TGGGGC              TTTTTTTAAGCTTTA 100 43
HKO16_RS07475 NONE
HKO16_RS07470 1602156 .. 1602174 -  -8.9   -5.4492   TATACATATAAAAAA             GCGAGAT GATCA ATCTCGC             TTTTTTGCTTTAAAC 100 60
HKO16_RS07460 NONE
        ygaH 1600406 .. 1600451 -  -4.9  -2.55019   AATTTCAAAAATGAG TTTTTATGCTAGAAGTTATTA TTCT TAATCACTTCTAGCATTTATA TATTATATAAGGTTG  50 55
HKO16_RS07450 1599970 .. 1599986 -  -2.3   -2.8805   AGTAGTTTTTAGATA              TTAACCT GAT AGTTTAA              AAGCAATTCATCTGC  41 2
        purT NONE
        glnD NONE
        dapC 1594464 .. 1594503 -  -3.1  -4.23298   TAAATCCAAAAAATA  TTATGTTTTATA-GTAGC TTAAT GCTGCTTATACAACATAA  ATTTAGTTTATTTCA  59 279
HKO16_RS07410 1590544 .. 1590563 -  -5.7  -6.20267   GTAAAAATAAAAAAA            GGCACCT AATTTA AGATGCC             TTTTTAGTATGCATT 100 44
HKO16_RS07405 1588746 .. 1588777 - -11.9  -5.95539   TTCGAAAGAAAAAAA      GAGCAATTTTATA AGGTCG TATAAAATTGCTC       TTAAGTTGGGAGAGT 100 57
HKO16_RS07400 1587021 .. 1587050 - -13.7  -5.16151   TAAAGCGAATAAAAA       GAACCAGCCCAAA TTGA TTTGGGCTGGTTA        GAAATTTTAGTACTG 100 32
        dnaE NONE
HKO16_RS07390 NONE
        cysE 1581557 .. 1581574 -  -6.3  -3.86481   AATAAGGTACAACAA             GTCTAGG AAAA CCTAAAC              CGACATGCAAGGGTA  66 68
HKO16_RS07380 1580535 .. 1580552 -  -8.4  -5.88197   TCAAACATAAAAAAA             GGGCTG TCAAAT CAGCCC              TTTTTTAAAGTTTAA 100 45
HKO16_RS07375 1578410 .. 1578443 - -15.5  -4.30448   AAATCTAACCTAAAA     CAAAAGAGCCAAAGG ATAT CCTTTGGCTCTTTTT      ATTTTTTATGGTTTA 100 31
HKO16_RS07355 1574526 .. 1574543 -    -7  -4.19336   AATGACTTTAATAAA             GTGCCT TTATAT AGGCAC              TTTTTATTGCCTAGT  74 49
        arsC 1572444 .. 1572468 -  -4.4  -5.08824   GTTTCATTCAAAAAA          GCTAAATG GTGCCATGT CATTTAGC          TTTTTATATTAATAA  73 51
HKO16_RS07320 1568194 .. 1568224 -   -14  -4.95957   CAAACTAATTAAAAA       TCTGGGCCAATTCC TGT GGAAAAGGCCCAGA       TTGGTTATTTTATGG 100 30
HKO16_RS07310 NONE
HKO16_RS07305 1564334 .. 1564357 -  -2.3  -4.81551   GAGTTACAGCAAAAA          TTGCGTGGC TTAACT GCAACGCAC           GATATTCGTAAGTCT  64 513
HKO16_RS07280 1559512 .. 1559537 - -16.3  -4.99638   ATATCTAGATAAAAA         CAAAGGCCAAC AACT GTTGGCCTTTG          TTCTTGAAGTTAGAA 100 35
HKO16_RS07255 NONE
        cydB 1550931 .. 1550945 -  -3.6  -3.05596   CACCCCCGTACTTAA               TGATAA CCT TCATCA               CCTACACGAACTTTG  46 7
HKO16_RS07245 1550733 .. 1550759 - -13.8  -4.51994   TGAACCAATAATAAA         TGCCGCTTGCAG AAT CTACAAACGGCA         TTTGTTTATAAGGAT 100 45
HKO16_RS07240 1549223 .. 1549235 -  -3.5  -4.04209   TGAAACTATCATAAA                TTAAA TAC TTTAA                AATTGTGCTTAGGTC  56 52
HKO16_RS07235 1548224 .. 1548244 -  -2.5  -3.71745   TAATCAGGCAAAAGA            GCTGTTG TTATTCG CAGCAGC            TTCTATCTTTTAAAA  48 28
HKO16_RS07180 1538998 .. 1539010 -  -4.9  -2.72661   TAGTATTTTGAAGCA                TAAAG AGC CTTTA                ATTATATTCCGCAAT  50 23
HKO16_RS07175 1537637 .. 1537659 -    -2  -2.78327   ATTAAATGTTCAAAG          CCAAGCCGC GATTGT AC-GCTTGG           GTGCAAAGCTCGATG  41 177
HKO16_RS07160 1534475 .. 1534509 -  -3.7  -3.57263   ATCGTTATCGGGAAA    CG-ATTCGTAAAAACC TCGG AGTTCTTACGATTGCG     ATTATTGTGGGCATG  52 441
HKO16_RS07145 NONE
        yfcF NONE
        yghU 1531077 .. 1531102 -  -7.7  -3.06261   TGCCAACTTTGAATA         CCCGCAAAA-AT GAA ATATCTTGCGGG         TAAGTCAAAAACTAA  67 50
HKO16_RS07125 1529271 .. 1529295 - -10.1  -5.53991   TATTTAGTAAAAAAA          CGTACAGATTA AAA TAATCCGCACG          GTTTTTTAAATTAAG 100 36
HKO16_RS07120 NONE
HKO16_RS07115 NONE
HKO16_RS07110 NONE
HKO16_RS07105 1524458 .. 1524475 -  -7.7   -5.3236   ATAATCCATAAAAAA             GACCGCT CGAA AGCAGTC              TTTTTTAATAAATTT 100 39
HKO16_RS07090 1522121 .. 1522145 -    -3  -3.00651   CTGTAGATGAGAAAG          TTTTTTGG TTACTTTTT CCAAAAAA          AAGTAACAGAATTAG  45 98
HKO16_RS07085 1521592 .. 1521609 -  -2.7  -4.81359   AACTTAAAGATAAAA             CCTTGCT GGTA AACAAAG              GTACAACGGCTGATT  65 438
HKO16_RS07055 1517651 .. 1517663 -  -2.7  -4.57516   AGATGTAAACGAAAA                TTATC GTG GACAA                GGCGTAGGTCGCCAA  62 267
HKO16_RS07035 1511102 .. 1511117 -  -7.6  -5.76633   TCAGATATAAAAAAA              GAAGCT TTAA AGCTTC               TTTTTTAGTTTCGAG 100 46
HKO16_RS07025 1509811 .. 1509839 - -11.9  -3.09834   TATTTTATTATTTAA        GTTACTGACCA GAAATGA TGGTCAGTAAC        TTTTCGTTGAATGAC  89 43
HKO16_RS07015 1508614 .. 1508638 - -15.9  -3.30007   AACAGTTTTTGAGAA          TAAAGGAGGCA TTA TGCCTCCTTTA          TTTTTATTATTTTAA 100 43
HKO16_RS07005 NONE
HKO16_RS07000 1505396 .. 1505423 - -11.4  -5.95539   GCTTAAATAAAAAAA        GCCCTGAAAG TTTAAACG CTTTCAGGGC         TTTTTCTAAATTATG 100 44
HKO16_RS06985 1500819 .. 1500840 -  -3.9  -3.67417   ATATTTAACTGTAAA           CTTAAAATT TATA AATTTTAAA            TAACTTGCTGATTTT  53 168
HKO16_RS06980 1500424 .. 1500435 -  -5.8  -3.18383   ATTTTGATTTAGGAA                GGTG AGGT CACC                 TTCCTAAATGATCGA  59 67
HKO16_RS06975 1499997 .. 1500027 -  -9.2  -5.58179   TATGACAATAAAAAA       GCCTATTTCCTA GGGCCAA TAGGAAATAAGC       TTATAGCTATGGACC 100 52
HKO16_RS06955 1497101 .. 1497118 -  -4.1  -3.05844   GTTGCGATTCGAACA             GGACCTT TGAA AAGCTCC              AATTTGGTGGCCCGC  47 468
HKO16_RS06945 1495266 .. 1495298 - -13.5  -3.02639   ATTTTTAAATAAGCA      GCCCCATCATGTGAA GAT TTCACCTGATGGGGG      AATCATTAATTTTTA 100 31
HKO16_RS06920 NONE
HKO16_RS06915 NONE
HKO16_RS06910 NONE
HKO16_RS06905 NONE
HKO16_RS06900 1483736 .. 1483755 -    -5  -4.43221   AAATAGGGTAGAAAA            TGCTTCTT TTTA AAGAGGCA             TTTAATACACAGATG  67 179
HKO16_RS06890 1478990 .. 1479007 -  -9.9   -5.4833   TGAGCCAATAAAAAA             GTCATCC CTAA GGATGAC              TTTTTTATTTTGAGA 100 49
HKO16_RS06880 1476775 .. 1476790 -    -9  -5.40072   GCCTGCGTAAAAAAA              CCTGCT ATAA AGCAGG               TTTTTTTGAAAGCTG 100 217
         alr 1465986 .. 1466001 -  -3.2  -5.67529   AAGTAAAAATAAAAA              GGGCAT GAAA ATGCTC               TTTTTTTATAGAAAA  77 138
        pobR 1463376 .. 1463391 -  -3.4  -3.14132   GCTTTGTCTGATGAA              TTAATT GCTG AATTAA               AAAGCGCTGATTTAT  46 428
HKO16_RS06820 1462035 .. 1462049 -  -3.6   -4.0641   TTTGATCTATATAAA               TTATGA TAT TCACAA               AGCAAGCATGACTGC  56 114
HKO16_RS06795 1456440 .. 1456471 - -13.4  -4.68424   TAAGGTATTTAAAAA      TATTAGACAATTAA ATAT TTAATTGTCTAATA       AATATTTTAAATATT 100 12
        paaZ 1441134 .. 1441162 - -13.2  -5.42259   TGAGTGTTAAAAAAA        TGAGATGGGGAC GAGGT GACCCCATCTCA        TTTTAAACATTAAGC 100 35
HKO16_RS06705 1437599 .. 1437621 -  -8.5  -3.12999   TCACTTGAGAGTGAA           CGTCAAAAG TGGTT CTTCTGACG           TTGGAGAGTTATCAA  72 132
HKO16_RS06700 1435961 .. 1435985 -  -9.4  -5.14563   TTTTGGACTAAAAAA          GGAGTTCATC TCTTG GATAAACTCC          TTTAAAAAATTAAAG 100 35
        abaF 1434493 .. 1434513 -  -9.8  -5.72616   ATTTAGATAAAAAAA            TGGGTTGT ATAAA ACAACCCA            AAATAATTATTAAGT 100 62
HKO16_RS06660 1427946 .. 1427965 - -10.8  -5.96219   TATCTATAAAAAAAA            GAGGCTAA CGAT TTAGCCTC             TTTTTTACTTCTATT 100 43
HKO16_RS06635 1423375 .. 1423395 -  -6.3  -2.53876   TCTTATTTTAAGCTA            GCTTTATTA TTC TAATAAAAC            AAAGCTCGTCTAAGT  56 150
HKO16_RS06630 1422711 .. 1422736 -  -3.4  -4.37711   TGATTAAAGCTAAAA         CACCAAAA GAGTAAAAAT TTTTGGTG          TTTAACTTCGCTTAG  61 37
HKO16_RS06605 1417623 .. 1417636 -  -4.5  -2.67189   GATAAAATGAACCCA               CGCTA TAAG CAGCG                TTTGCTTATGGTCTT  47 419
HKO16_RS06510 1394541 .. 1394574 -    -7  -2.80187   GATACAGATAAATAT     GAAACATATAATGT GTAATT ATATTATATGTTTC      TATAGGATTTGGTTT  61 39
HKO16_RS06495 1388115 .. 1388125 -  -3.2  -3.65812   TCCTTTGCAACATAA                 CCCA TAT TGAG                 AGCTCCCCATTTTGA  50 115
HKO16_RS06490 NONE
HKO16_RS06485 1386260 .. 1386278 - -13.2  -5.04601   TCCATAAAGCAAAAA             GCCCAAGT TGA ACTTGGGC             TTTTTAATGTCTTAC 100 41
HKO16_RS06450 1378819 .. 1378842 - -11.1  -4.54727   TCGCTTAAACCAAAA          GAGAGCATC GATATT GATGCTCTC           TTTTTTATTATGCTT 100 33
HKO16_RS06425 1371589 .. 1371616 - -14.4  -4.53036   CTAGAAACAGTAAAA        TAAAAAAGCCCA TCAC TGGGCTTTTTTA         GTGAGTATGGGGTTA 100 41
HKO16_RS06370 1357393 .. 1357432 -  -7.3  -3.88396   CTCTAAATCAAAATA  GCCCATCATAAG-GAATT GCTAA AAGCCACTCATGATGGGC  TTTTGTACTTAATGA  72 34
HKO16_RS06365 1356551 .. 1356573 -  -5.1  -3.78861   CGATATAAAACAAGA           TAAATAATT TAGCT AATTATTTA           AATTAGCCTTTTTCA  60 57
HKO16_RS06360 1355956 .. 1355986 -  -5.7  -4.17048   TCCTTCGTAAAAGAA       TATAGAAGTAT TCGTCCACC ATACTTCTATA       TATTGCTGGTTTAAA  69 84
HKO16_RS06340 NONE
HKO16_RS06335 1351707 .. 1351730 -  -8.2  -3.57971   ATATTTACGGGTAAA          TGGCTCTTCC TAAA AAAAGAGCCA           TTTAAATTGATAGAT  75 45
HKO16_RS06330 1350523 .. 1350549 -  -5.2  -3.32984   TTAAAATTGATAAGA         CAGGATTTTATA AAG TATTAATTCCTG         TTTTTCTGGTTGCAG  54 452
HKO16_RS06290 1342007 .. 1342019 -  -4.9  -4.59853   TCAAGTCTTTAAAAA                TGAAT GTA ATTCA                AGAAAAGTACAACAA  69 218
        mutS 1339253 .. 1339282 - -11.6  -3.51232   TTCTCCTTAAAGTAA       GAGCAAACATGC CTATAC ACATGTTTGCTC        AATGAGTGATTATGA  90 35
HKO16_RS06280 1338682 .. 1338702 -  -4.1  -3.84422   CGATAGACAAAAAAT            CTTTAAG TAATGAG CTTAAAG            TGTACAAAGTAAATG  56 20
HKO16_RS06275 1338002 .. 1338019 -  -9.9  -5.26918   ATAGGGTATAAAAAA             GATCAGC GGTT GCTGATC              TTTTTGAAATTATTT 100 35
HKO16_RS06270 1337141 .. 1337168 -  -6.3  -3.88015   TATAGAATGAGCAAA        TCCCCTTAAAC TGAAGC GCATAAGGGGA         TTTATATTTTAGAAA  66 34
HKO16_RS06265 1336258 .. 1336302 - -16.1   -2.8934   GGCTAAATGATGAGA TTTGCATATAGTTATCCGCAA ATC TTGTGGATAACTATATGGAAA AGCAGGGGTAATAAA 100 92
HKO16_RS06205 NONE
HKO16_RS06200 1323697 .. 1323722 - -11.3   -5.8187   CAGCCAATAAAAAAA         CCACCTAATTC TTTC GAATTAAGTGG          TTTTTGAATTTTGGA 100 37
HKO16_RS06175 1318614 .. 1318625 -  -4.4  -3.37755   AGATATTCCTAAAGA                TGAG CGGA CTCA                 GTTAATGGGCCAAAT  52 237
HKO16_RS06155 1315798 .. 1315834 - -13.3  -2.97951   TAGCTGATTACAAAG    TACCTTCCAAATATTAA CAC CTTATATTTGGAAGGTA    TTTTTTAACCACCAT 100 127
HKO16_RS06135 1312845 .. 1312887 - -13.8  -5.26316   TCAGCTTATAAAAAA GCCAACTTGCTAAAGCTAT TGAGTT ATAGCCTTA-CAAGTTGGC TCACTTTCATAAAAT 100 45
HKO16_RS06120 1310509 .. 1310532 -    -9  -5.77856   AATAAAGCAAAAAAA          CCTATC-CCTT TTA AAGGAGATAGG          TTTTTTTATATCGAG 100 126
HKO16_RS06105 NONE
HKO16_RS06100 1308245 .. 1308276 -  -8.8  -3.14211   AGTGGTGTTCACTAA      GCCCATTTCTTC AATGAGAA GTAGAAATGGGC       TTTTTTTATGGAAAT  72 41
HKO16_RS06085 1306375 .. 1306400 - -14.9  -3.86822   CAACTGGTCGATAAA         GAAAAAGCACC CACG GGTGCTTTTTC          TGTATGACTTGACTA 100 54
HKO16_RS06080 1305226 .. 1305240 - -11.4    -4.386   CAACGTTGCAGAAAA               GCCCGT GAA ACGGGC               TTTTTTAATGCCTAT 100 378
HKO16_RS06060 1301209 .. 1301239 -   -12  -3.33509   TTTTAAATAAGGGAA       GTGCATAGCCTCAA AGG TTGAAGCTATGCAG       TTTTATATCTTATTG  89 35
        benA NONE
        benB NONE
HKO16_RS06040 NONE
HKO16_RS06035 1296176 .. 1296195 - -12.2  -5.14985   CCAAATATATAAAAA            GATCAGGG TTAA CCCTGATC             TCCACCTCCGACCGG 100 14
        benE 1294851 .. 1294891 -  -8.6  -2.91664   ATTCAATAAAAAATT GCCAAATCAGGGATAGCGAA TTA TTTG-TATC-CTGATTTGGC GTTTGAAGCTTTATT  71 67
HKO16_RS06025 1293080 .. 1293098 -  -4.5  -3.91506   CCATTTCCAAAAAGA             TGCGCCA GTCCT CGGCACA             TTTGTGTTTACTGCT  58 33
HKO16_RS06020 1291755 .. 1291782 - -11.4  -4.40963   ATGGCTCAAAAATAA        TAAAGCGAGCCA AAAT TAGCCCGCTTTA         GTTGAATTAAAAATG 100 42
        ahpC 1285669 .. 1285702 - -12.6  -4.18018   TGTGCTTATTCAAAA     CAAAAGAACCATCC GATAAA GGATGGTTCTTTAG      GTTTTTAAAATCTAA 100 47
HKO16_RS06000 1285094 .. 1285105 -  -2.2  -3.13773   GGCCAGATTTAAAAC                GCCT AATG AAGC                 CTAAAGGTGGGGTTT  43 236
        ahpF 1282528 .. 1282551 -   -14  -5.14563   TCTCGTATTAAAAAA          GCCTAGCATT TTGT AATGCTAGGC           TTGAACCAAATGATA 100 56
HKO16_RS05980 1282014 .. 1282054 -   -23  -4.15508   AAGCAATTTTCAAAA  GCATTAAAAAAGCCCCTA AGCAA TAGGGGCTTTTTTAATGC  TAAAGCTAATTAGTG 100 35
        trmB 1277852 .. 1277874 - -12.1  -4.57516   ATATTGAAATGAAAA           GGGCTTAGT TTATT ACTAAGCCC           TGTTTCTTACTTAAT 100 32
HKO16_RS05960 1276764 .. 1276778 -  -2.8  -3.60948   CAATATACCTCCAAA               CAACGT TTA ACTTTG               CATTTGGCAGCCGTG  48 330
       rlmKL 1269359 .. 1269378 -  -5.8  -2.53581   TACATGGTGAAGTTA            TCATTACC GTGA AGTAATGA             TAACTTCCTGTTTCA  54 49
HKO16_RS05920 1268169 .. 1268190 - -10.3   -4.4267   TGCTAAAACCGAAAA           GAGAATATG GAAA CATATTCTC            TTTTTTTATATTTAA  95 37
HKO16_RS05910 1263974 .. 1263991 -  -4.1  -5.75538   CCTAAAAAATAAAAA             GCTAACA GTCA TGTTGGC              TTTTTTTATGATAAG  86 493
         crp 1262335 .. 1262350 -  -7.6  -5.71712   TTGCATATAAAAAAA              GCAAAC CGAA GTTTGC               TCTTTATTAAATAAT 100 50
HKO16_RS05890 1261137 .. 1261154 - -11.3  -4.63184   AACTGATGTTAAAAA             CGGATGC TTGA GCATCCG              TTTTTGTTTTTTAAG 100 36
        alaS 1252966 .. 1252991 - -10.5  -2.63079   GTTCCATATAAGCCA         TGACCCTGAGA GGCT TGTCAGGGTCA          GTTACACAAAAAGTG  80 46
HKO16_RS05855 1251121 .. 1251135 -  -5.7  -3.50488   AGAAAAACATAGTAA               TGCTG CCAAT CAGCA               TCTCGCCCATCATTG  58 410
        umuD NONE
HKO16_RS05835 1247711 .. 1247721 -  -2.6  -3.74526   TTATTAAGGTAATAA                 TAAT TAT ATTA                 ATTCAAAATAGTTAA  48 23
HKO16_RS05830 1247080 .. 1247126 - -14.7  -3.08812   GTTTGTGCAACAAAG CCTTACTGAGCTGTGCATCCTG CTAT CAGGATGCACAGCTCA-TACAA TTATTAATTATATAT 100 68
HKO16_RS05710 1226509 .. 1226525 -  -2.2  -3.85698   TCCGTTGGCCACAAA              GGTTGT GACTG ACACCC              AAAAGGAAGTGGACA  51 503
HKO16_RS05610 1214434 .. 1214448 -  -7.1  -5.72254   TTAAATAATAAAAAA               CCCAC AAAAA GTGGG               TTTAAAGTAAAAAAT 100 74
HKO16_RS05605 NONE
HKO16_RS05600 NONE
HKO16_RS05595 NONE
HKO16_RS05590 NONE
HKO16_RS05585 NONE
HKO16_RS05580 NONE
HKO16_RS05575 NONE
HKO16_RS05570 NONE
HKO16_RS05565 1210230 .. 1210242 -  -6.2  -3.18582   GAGTTTATCTAGCAA                GCCG TGATT CGGC                GGACAGTATATAGTA  61 113
HKO16_RS05560 1208741 .. 1208774 - -16.2  -3.65812   TTCCGTTTAATATAA     CAGAGCCGCTATAA AAAAAA CTATAGCGGCTCTG      TGTTTTCTTTGATTA 100 91
        csrA 1208290 .. 1208317 -   -10  -5.04385   TATATTCCCAAAAAA        TTTAAAGCGACT ATAA AGTCGCTTTAAT         TAGGGAGAGAACAAC 100 47
HKO16_RS05540 1206417 .. 1206433 -  -9.4  -5.96894   ATCTAAATAAAAAAA              CCGCCT GTGAT AGGCGG              TTTTTTTAACATTGA 100 43
HKO16_RS05505 1198358 .. 1198383 -  -9.8  -5.28826   AAATGCGATAAAAAA         CACCTGCATA TACTTC TACGCAGGTG          TTTTTACTATTTATG 100 36
HKO16_RS05495 1196188 .. 1196209 - -13.1  -4.44548   TAGATTTAAGGAAAA           CCAGCCATT AAGT AATGGCTGG            TTGCAAGCCAGTTAT 100 37
HKO16_RS05490 NONE
HKO16_RS05485 1193708 .. 1193743 - -13.6  -3.83006   AGATTGAATGAAGAA    GGCAGTGTATTTCATGA AAA TC-TAAAATACACTGCC    CATTCCTTACAACTG 100 60
HKO16_RS05480 1192735 .. 1192759 -  -6.5  -3.80133   CATGCTTATAAAAGA         TGGCATG-GG AAAACA CCTCATGCCA          TGCGGTTAAATAGCC  66 57
HKO16_RS05470 NONE
HKO16_RS05465 1189202 .. 1189234 -  -8.6  -2.64091   AAGCATGTGAGATTA     GCCAGCAT-CTCCTA AAAT TAAGAGCATGCTGAC      CACTATTTTTATTTT  69 34
HKO16_RS05460 NONE
HKO16_RS05455 1186530 .. 1186565 -   -15  -5.32699   TTAAATATTAAAAAA    GCAGGTTAAAACCT TTTATTTG AGGTTTTAACCTGC     TTTTGGATGTGGTTA 100 38
HKO16_RS05440 NONE
HKO16_RS05435 1181302 .. 1181327 - -12.1  -4.25859   CTTAAGGTAAAAGAA         GTTCCTTTATT TTTG AATAAAGGAAC          TTTCGAGTTAAAGCT 100 33
HKO16_RS05415 NONE
HKO16_RS05410 1176084 .. 1176097 -  -8.1  -3.65902   TTCACTCCATGGAAA               GCGCA TCAC TGCGC                TTTATTTTTTGCATC  75 83
HKO16_RS05405 1174136 .. 1174150 -  -2.1  -3.04398   TTTTTTTGGCAAAAG              TGAGGC TAAG GCC-CA               AACCGAAATTTGAGC  42 62
HKO16_RS05400 NONE
HKO16_RS05395 1171607 .. 1171631 -  -9.4  -5.27335   TTCCCGAAATAAAAA          GAGGTTCTAT GTGTG ACAGAACCTC          TGGTTTTAATTATTT 100 35
HKO16_RS05390 NONE
HKO16_RS05385 NONE
HKO16_RS05380 1168796 .. 1168815 - -10.8  -5.49569   GATCAAGATAAAAAA            GAGAGCTT ATTT AAGCTCTC             TTTTAATTTTTTGGG 100 43
HKO16_RS05355 1162103 .. 1162137 -  -8.7  -3.10053   ATACATTTGAAGAGA     GGCCATAACGCTTAA TGTGT TTAAGCGTTATGGTG     TAAAGGTTTAAGAAG  72 33
        garD 1160493 .. 1160514 -  -8.8  -4.57581   AGGGGAAATAAGAAA           GATGAGGT GATATA ACCTCATC            TTCTAAACCTTATTA  89 38
HKO16_RS05345 1159009 .. 1159023 -  -5.8  -3.49568   CTATGCAGAAGAATA               TGAAAA AGT TTTTCA               TTGTCCCGTTCAGTT  58 507
HKO16_RS05335 1156801 .. 1156815 -  -7.8  -4.90296   AAAATCGGATAAAAA               GCCTCA TTA CGAGGC               TTTTTTATAATTCTT  87 39
HKO16_RS05300 1150153 .. 1150184 -  -2.2  -4.62054   TTAATGAAAGGAAAA      TGGATGAGCTCAGCC GTA AGTTG-GCTCACCCC      ATGTTTAATTTAAGT  59 54
HKO16_RS05295 NONE
HKO16_RS05290 1147623 .. 1147642 - -10.8  -4.11484   GCGAATTCTCTAAAA            GCTAAGTC AAAA GACTTAGC             TTAATGAAGCGGATA  93 49
HKO16_RS05285 NONE
HKO16_RS05280 1146065 .. 1146083 -  -3.8  -2.64107   TAAAGTGCTATATCA             CCTTGGTG GTA CACTAAAG             CGGGAATAAAAGGCC  46 56
HKO16_RS05275 1144588 .. 1144604 -  -3.1  -5.01732   AAGTTCCTTAAAAAA              TTAATAA GCA TTACTAA              TTGCAATACTTTGTT  67 9
HKO16_RS05270 1143072 .. 1143095 - -10.4  -4.96848   GCTTTGATATAAAAA          GATTCGCACA AAAC TGTACGAATC           TTTTTTAGAAAATGA 100 53
HKO16_RS05265 1141586 .. 1141608 -  -8.5  -4.67697   CCCCAAAATAATAAA           GGCTTATCC TGTTT GAATAAGCC           TTATTTGAAGATTAG  89 37
HKO16_RS05260 1140795 .. 1140829 -  -7.9  -3.37431   TAAGATGAGATAAGA     GAGAGGAAAGCAACC TAAAT AGTGGCTTTCCTATC     TTTTAAAGTCACGAA  69 73
HKO16_RS05255 1140062 .. 1140092 - -11.4  -3.61517   AGTGCTTTGGAACAA       GATGCTTTTGAA AAGGTAG TTCAAAAGCATC       TTGCTCACTTAGTTT  93 106
HKO16_RS05230 1133665 .. 1133692 - -11.4   -4.2237   AAATGAATTTTAAAA        GCCTCTTAATCT AGAA AGTTTAAGAGGC         TTTATTTTTGCGAAG 100 135
HKO16_RS05220 NONE
HKO16_RS05215 NONE
HKO16_RS05210 1129477 .. 1129502 - -11.3  -3.23979   TGAACATGAAGTTAA         TAAAGCCAGTA AATT CACTGGCTTTA          TTTAAGGCAAATATT  88 39
HKO16_RS05170 1111299 .. 1111316 -  -4.8  -3.80014   ACATTTATTAGTAAA             GACGCC GAATAG GGCATC              TTGAGAATAAAAAAT  60 203
        argG 1109885 .. 1109916 - -13.2   -2.7566   ACTTAACTTTAAGTA      TGAAAAAGCCACCT ATTG AGGTGGCTTTTTGA       CGTTATAAGAAATTA 100 38
        pyrC NONE
         rnt NONE
HKO16_RS05145 NONE
HKO16_RS05140 1104340 .. 1104376 - -14.1   -2.7641   AAAAATTTCTTAAAG    TAAAGGTACTATTTC TAAGGAT GAAATAGTACCTTTA    TACTCAATTTAGAAC 100 34
        dnaQ 1092412 .. 1092427 -  -2.6  -3.22448   TCAAATTGAATCGAA              TTATGC TCAG ACATAA               AAATTCCCCTTTGCA  44 157
HKO16_RS05100 NONE
        nudC 1089890 .. 1089909 -  -5.8  -3.75418   TAGACAAAGCGGAAA            TCACAGTCA TAT TG-CTGTGA            TTCCTAAAACAGGTC  60 155
        rsmI NONE
HKO16_RS05070 1086233 .. 1086248 -  -6.2  -2.87344   TATTCCGGCGACAGA              TGCTTT TGTT AAAGCA               ATTCAACTAGGTTTG  55 226
HKO16_RS05060 1084807 .. 1084826 - -10.8  -5.26316   TGATTGCATAAAAAA            GTACCATG CTTA CATGGTAC             TTTTTTGTTTTTGAA 100 45
HKO16_RS05050 1083636 .. 1083653 -  -9.9  -5.27779   GTTAATATTAAAAAA             GCATCAC TTGA GTGATGC              TTTTTTATTGCCCAC 100 52
HKO16_RS05020 NONE
HKO16_RS05015 NONE
        ssrS 1077417 .. 1077436 -    -5  -5.64304   TAAGAGAATAAAAAA            TAGACTGA CAGG TCTGTCTA             GGTATTTTAATTTGA  85 78
HKO16_RS04990 1075191 .. 1075201 -  -5.4  -4.08394   ATAGCGTTGTGAAAA                 TTGC TGA GCAA                 ATTAAGAAAAGTCCA  65 397
         lon 1065765 .. 1065780 -  -6.8  -6.09888   GTGTAACAAAAAAAA              GAGAGC CGAA GCCCTC               TTTTTTTATATGTGA 100 42
        rlmH 1064926 .. 1064946 -  -3.3  -4.14243   CACCTGAGTTGAAAA            GCAGAATAA TAG TCATTATGC            CAAAATCAGGACATG  56 95
HKO16_RS04965 1064003 .. 1064017 -  -2.9  -3.70019   ACTAAGCTTAAAACA               TTCTT AAAAA AAGAA               AATGTAAACATTTGA  50 135
HKO16_RS04960 1062795 .. 1062845 - -12.3  -4.28548   AGGTATCTATTAAAA TATAGAAATAAAAAAATCCGATGC AAAA GCATCGGATTTTTTTAGT-CTAAA ATTTATTTTTTAGGC 100 28
HKO16_RS04950 NONE
         nth 1059609 .. 1059629 - -11.3  -4.04394   TTTAAAGTAACTAAA            TTGGGTATA AGC TATACCCAA            CTTTTATTCTGCCTC 100 29
        mrdA NONE
        rsmD 1053936 .. 1053952 -    -8  -4.65895   CTTTGTAGCGAAAAA              GGTAGC TTAAG GCTACC              TTTTTATTCGCTTAC  85 29
HKO16_RS04865 1047158 .. 1047197 - -16.2  -3.33162   TATTTTAGTTGAGAA  TTAAAAGTATCCACTAAA GTGA TTTAATGGATACTTTTAA   AAATTTATGGTTGGG 100 30
HKO16_RS04860 1046476 .. 1046493 - -12.7  -5.26316   TGACTTCATAAAAAA             CCCGCTC ATTT GAGCGGG              TTTTTTATTTATATT 100 51
HKO16_RS04850 1043200 .. 1043231 -   -11  -5.47159   TTTTAACACAAAAAA      GCGCTGAGGTAATCA GAT TGATTGC-TCAGCGC      TTAAAGATAATGTTT 100 68
HKO16_RS04845 1041788 .. 1041807 - -10.8  -5.09895   TATTTATCGAAAAAA            TATCCTGC ATTT GCAGGATA             TTTTGCACCAAAATA 100 43
HKO16_RS04840 1039885 .. 1039922 - -15.9  -4.47183   GAGTATGTAAATAAA   TAAAAAATAAAAGCCCC GATA GGGGCTTTTATTTTATA    GTAGAGCAGAATTAC 100 37
HKO16_RS04830 1038576 .. 1038589 -  -9.5  -4.64144   AATAAGTTCTAAAAA               CCCGC GTAA GCGGG                TTTTTTTATTGAGTT  93 40
HKO16_RS04800 1031380 .. 1031391 -  -4.4   -3.3447   GAGAAGGAAATGGAA                TGGT TTCG ACCA                 TTGAAGAAATGAAAA  52 343
HKO16_RS04790 1030560 .. 1030578 -  -6.7   -5.4251   GTGATATATAAAAAA             GACCATG TAAAT CATGGCC             TTTTAATTTAAGACA  93 41
HKO16_RS04785 1029289 .. 1029302 -  -2.4  -3.08679   TTCCTTGAGGGAATA               CTCA AGATCA TGAG                CATTCCCAATTTAAA  43 43
HKO16_RS04780 NONE
HKO16_RS04775 1027385 .. 1027400 -    -9  -5.52079   ACAGTAAAATAAAAA              GGAGTC CGCA GACTCC               TTTTTTTATTCATGT 100 31
HKO16_RS04765 1026565 .. 1026581 - -12.3  -5.03715   ATTATTTTTAAAAAA              GCCGACA TCA TGTCGGC              TTTTTAATTAACTGA 100 44
HKO16_RS04750 1022552 .. 1022564 -  -3.3  -3.96867   TAAAAATAAAATGAA                GCAGA TGC TCAGC                CTAGATATTGGTTTT  56 261
HKO16_RS04735 1018965 .. 1018991 - -13.9  -3.21168   AAAAATATTTAAAAC         TAAAAGGTGCC TATAG GGCACCTTTTA         TGTATGGGTAAGCTA 100 9
HKO16_RS04725 NONE
HKO16_RS04720 1015966 .. 1016004 - -17.8  -3.33815   ATTCTTTTTAATCAA   TAAAATAATAAAGGCGCT TTA AGCGCCTTTATTATTTAA   AATCTCTAATGCTTT 100 5
HKO16_RS04705 1012077 .. 1012099 -   -15  -5.75599   TAAATGAGAAAAAAA           GAAAAGCCCA TAT TGGGCTTTTC           TCAAAAATATGCATT 100 40
HKO16_RS04700 1010143 .. 1010175 -    -5  -3.05596   CACTGTTCGATGGAA     CCCAAAGCA-GCCGAT TGA AT-GGCATGCTTTGGT     AAAACCGTTTTAGTG  52 117
HKO16_RS04695 NONE
HKO16_RS04690 1008690 .. 1008704 -  -8.6  -2.56571   TATAGAGCGAATTCA               TCAGGT TTG ACCTGA               AGGTAAAATGATCAA  69 310
HKO16_RS04685 1006874 .. 1006893 - -10.8  -5.27923   TAATTGCACAAAAAA            GCCCAATT CTAA AATTGGGC             TTTCAACTTCATTAT 100 37
        metH  999529 ..  999556 - -12.7  -4.35524   CTTTCAAATTGAAAA        GGGCGTGATGG GAACTT CCTTCACGCCC         TATTTTTAATCAAGA 100 53
HKO16_RS04645  994418 ..  994432 -  -5.8  -3.93262   TTGAAGAAATTCAAA               TCATTT AAG AAATGA               TTTCTCAGCCTGCCA  64 30
HKO16_RS04635  992576 ..  992615 - -13.8  -4.57205   AAAAAGTTAAATAAA  TGAAAAGACTCTCAGCCA TATT CAGCTGAGAGTCTTTTTA   ATATGAACATAGCCT 100 52
HKO16_RS04620  988645 ..  988656 -    -3  -2.98381   CAACTGACCAAAGCA                CAAT CGTG ATTG                 ATTTAACCCAGATTT  43 237
HKO16_RS04605  985343 ..  985359 -  -9.4  -5.55664   GCAGCATTAAAAAAA              CCACGC AATCG GCGTGG              TTTTTTATTTAATAA 100 51
HKO16_RS04530  970749 ..  970787 - -13.5  -3.70444   ATTGAAGAAATAAGA   GTATTAAAAAAAGCGAC TTAAC GTCGCTTTTTTTAATAG   ATAAATTTTGAAATT 100 19
HKO16_RS04515  968721 ..  968737 - -12.3   -4.7878   CATTTATAAAAGAAA              GCCCACA TCA TGTGGGC              TTTTTTTTCGCTAAT 100 92
        dctA  962246 ..  962277 - -12.6  -3.75766   TGCAGAATTGAACAA      TAGAGAACATTGAA ATAC TTCAATATTCTCTA       TGAGAGATTTAATTT  95 34
HKO16_RS04475  960447 ..  960471 - -10.1  -5.75945   ACTTCTTAAAAAAAA          GATCGAACC GCAGCAT GGTTCGATC          TTTTTTCTTCACCGA 100 105
        betI NONE
        betB  952804 ..  952840 -  -5.2  -3.13403   CTTTTTTTACTAACA   GTTTGCCTGAGCAATCT ATAA AGACTGCTC-GGCATAT    ATGATTTAGGTTGAA  54 62
        betA  951081 ..  951117 - -11.8  -4.63048   GCTATAAATAATAAA    TTAAGGGCATATTCCT GCATA AGAAATATGCCCTTTA    AGATTTTATGATGCT 100 31
         mqo  948916 ..  948945 - -13.1  -5.06103   AGAAGTCTTAAAAAA       CAAAAGGACGAAT CGAA ATTCATCCTTTTG        ATATTTTACTTATAC 100 51
HKO16_RS04430  948369 ..  948382 -  -3.9  -4.62336   ACTTCATGTGAAAAA               GAAAA TACA TTTTC                ATGAAGTATACAGAC  65 52
HKO16_RS04425 NONE
HKO16_RS04420  945939 ..  945964 - -10.5  -4.36914   TTTGTTTTTAGAAAA         CCACTGCTGAA ATAG CTCAACAGTGG          TTGAAGTGATTAATT  95 35
HKO16_RS04405  942213 ..  942227 -  -4.2  -2.88425   TAAAGCAATCAATCA               GTTACC GCT GGTCAC               CTTTTGCAGGCCAAG  46 352
HKO16_RS04395  940488 ..  940507 -  -9.3  -5.58454   CGTACAGGAAAAAAA            GGCTAGC GTATAT GCTAGCC             CGAATGGAATTTAAG 100 36
HKO16_RS04390  938907 ..  938921 -  -2.1  -3.27298   TTTTTTAAGCATGAA               TAAGC CCTTT GCCTA               ACGCTGAGGTTAGGC  44 64
HKO16_RS04385  937510 ..  937528 -  -7.5   -4.8245   AATAAAAATAATAAA             GCTAAAC TAAAC GTTTAGC             CTGTACTTAAAATGT  87 32
HKO16_RS04380  936589 ..  936607 -  -8.9  -2.65591   CACAGAGATAAGGGA             GCTAAGC CAAAC GCTTAGC             CCATGTCGTTTTTAT  72 21
HKO16_RS04375  935691 ..  935702 -  -4.4  -4.49337   CTATAATTTATAAAA                GAGA AAGT TCTC                 TTTCATGCTCTAGTT  65 6
        hemB NONE
HKO16_RS04325  924633 ..  924647 -    -2  -3.22618   GCTTTAGAGAATATA               CTCGCC TCA GGCTAA               GATTTTATTTTGCAA  44 17
HKO16_RS04310  922388 ..  922412 - -12.9  -3.86684   ATAATTCATATGAAA          TAGCCACCGAT AAA AGCGGTGGCTA          TAAATTAAAATAAAT 100 57
HKO16_RS04300 NONE
HKO16_RS04295  916833 ..  916853 - -16.9   -5.1925   GCAGAATCTAAAAAA            GCCCCGACA GGA TGTCGGGGC            TTTTTAGTTTTTAAC 100 36
HKO16_RS04285 NONE
HKO16_RS04280  913622 ..  913643 - -11.7  -5.88476   AAAACAAATAAAAAA           GGAAGGTTA CGTT TAACCTTCC            TTTTTTTATGAAGAA 100 42
HKO16_RS04270  912595 ..  912619 - -10.7  -4.56133   GCTCAATAAGCAAAA          CCCCTCAAGTA TTT CACTAGAGGGG          TTTCTTTTTATTAGA  95 49
HKO16_RS04215 NONE
HKO16_RS04210 NONE
        minC  899456 ..  899467 -  -5.8    -3.052   ATGGTCATACATACA                CCCT TAAA AGGG                 CTGTTTTTTGGTGAT  57 53
        minD NONE
        minE  898277 ..  898302 - -13.5   -5.0538   CCTCATTTTAAAAAA         GGCAAAATAAC TTGC GTTATTTTGCC          TTGATTCTGTTTTAT 100 60
HKO16_RS04190  897934 ..  897962 - -11.9  -3.97689   GATAATTTTAAATAA        GAAAAAAGCCTCT TTA AGAGGCTTTTTTA        TTTTTAAGCAAACTT 100 29
        trxB  892867 ..  892886 - -12.2  -5.49809   TAAATTCCAAAAAAA            CAGCCGTT ATAA AACGGCTG             TTTTGAAATATCTAA 100 43
HKO16_RS04170 NONE
HKO16_RS04165  891177 ..  891212 -  -7.1  -3.65046   TCTTTATTCTAAGAA    TGCCTGTCTTGTTGCT GTTTG AACAACAAGACAGA-A    GCAGGTTATTTAATA  70 31
HKO16_RS04120 NONE
        hemJ  880277 ..  880294 -  -7.7  -5.60689   CTAGATAATAAAAAA             CCCCAGT TAAA ACTGAGG              TTTTACAACAACTAA 100 14
HKO16_RS04110  879187 ..  879199 -  -6.3  -3.16203   GTAGCATAACATACA                TCAAC TAT GTTGA                AAGACAGACGCAAAT  59 78
HKO16_RS04105  878458 ..  878486 -  -2.7  -3.34716   TTATCGCTCAAAAAT       TTG-AAATAAGT TTTTAT ACTTATTTTCAA        TAATTTGACATTAGT  44 140
HKO16_RS04100 NONE
HKO16_RS04095  875536 ..  875551 - -10.4  -4.63527   CCACCATTTTAAAAA              CCACGC TCCT GCGTGG               TTTCTTTTTATCTAT  95 44
HKO16_RS04055  866726 ..  866755 - -11.5  -2.64735   AGTTAAAAGTAATAT       TGCCCTAAGTGAA CAGG CTCACTTAGGGCT        TTTTTATAGAAAGAC  86 29
        smpB  863457 ..  863472 -    -9  -5.93252   GTGAAAAATAAAAAA              GCCTCT ATAA AGAGGC               TTTTTAGTCTATTAC 100 37
HKO16_RS04005  859584 ..  859615 - -16.1  -4.86001   ACTATTTTATAAAAA      CAAACAGGCAAGT GATATT ACTTGCCTGTTTG       TTGGTTATTTTTAAG 100 51
HKO16_RS04000  857141 ..  857154 -  -2.3  -5.52986   ACTGCATTAAAAAAA               CGCCG TTAT CAGCA                AATGTTAATGGTCGA  80 488
HKO16_RS03990 NONE
        lolB NONE
        ispE NONE
HKO16_RS03975 NONE
HKO16_RS03970 NONE
HKO16_RS03965 NONE
HKO16_RS03960 NONE
HKO16_RS03955  851642 ..  851659 -  -9.1  -4.55287   TTTAGTGATAGAAAA             CCCCAGC CAAA GCTAGGG              TTAAGAAAAAAGCTG  90 46
        rplY NONE
         pth  850545 ..  850555 -  -5.4  -3.10761   TTTTAATAAACGAGA                 TAGC ATG GCTA                 GCGTCTCCTGAGTAG  54 152
HKO16_RS03940  850130 ..  850145 - -10.4  -5.61596   AGTCTTATAAAAAAA              GCCCGT ATTT ACGGGC               TTTTTATTATTTTTA 100 50
        ribB  846651 ..  846684 -  -6.8  -2.64462   AAGAATTATAATTTA     GAGGTTTGACCTGC AAGTGA ACAAGTCAAACCTT      TTTATTTATTTTTAA  59 37
HKO16_RS03915  845052 ..  845084 - -15.1  -3.46509   CCTCAATAATAGGAA      TATAAAAAAGGCGCT TAA AGCGCCTTTTTTATT      TATTGGTTAAAACCG 100 32
HKO16_RS03880  840582 ..  840594 -  -4.1  -3.25088   TTTCAAACTTATGAA                GCAAG TAA CTTAC                GTAGTTTTTTTGTCA  49 42
HKO16_RS03875  839896 ..  839921 - -10.6  -4.86862   GGTAAAAAATGAAAA         GTAAGTGCTT ATTCAA AAGCACTTAC          ATCACCGACACCACG 100 8
HKO16_RS03870 NONE
        scpB NONE
        rluB  837285 ..  837302 -  -8.4  -5.26316   TTAGGCCATAAAAAA             CCGCTC TAAATT GAGCGG              TTTTTTTGATTTAAA  93 49
        otsB NONE
HKO16_RS03825  829951 ..  829961 -  -5.4  -4.30809   GAACATCGAGTAAAA                 CATC CTC GATG                 TTCCATAAGCTTAAA  66 44
HKO16_RS03785  818514 ..  818530 -  -5.9  -2.55351   GTTTCCGATATCAAG              CCATAAA CTT TTCATGG              GAAAAATACCTGATT  54 39
HKO16_RS03780  817747 ..  817785 -  -9.9  -5.26247   CCAAAAGAAATAAAA  CCATAAAATAAAAGGCGCC TAG AGCGCCTTTTATTT--TGG  TCCGTATTCTAGTCT 100 34
        ccsA  815329 ..  815357 - -11.9  -5.50723   TGAGCAAAACAAAAA        CAGCGTTATAC GGGATAT GTATAACGCTG        TCTAGTAGTGCTGAA 100 53
HKO16_RS03765  814309 ..  814346 - -14.3  -2.64412   CTTAACCTGAAATAC   CAAAAGAGGGCGGTTGT TTAA ACAATCGCTCTCTTTTG    TTTGAGTGATTAAAT 100 35
HKO16_RS03725  803805 ..  803821 -  -6.6  -3.03338   AGAAGCTTGCCAAGA              CTACGT GCTTA ACGTAG              CTGAAGAATATATGA  59 91
        metG  798576 ..  798593 -  -8.4  -5.72622   GTTAGAAATAAAAAA             GCTCCC AATGTA GGGAGC              TTTTTTTATATGTAG 100 46
HKO16_RS03690 NONE
HKO16_RS03685  795119 ..  795133 -  -4.2  -4.92757   TCATCAATAACAAAA               GCCG TTAAGGG CGGC               TAATTCCTCTGCGTT  68 15
HKO16_RS03680 NONE
HKO16_RS03675  792898 ..  792915 -  -4.1  -2.95316   GTTAGACATAAGAAG             TTCTCGA TTAG TCGTGAA              AATTAAAAAGGGGCA  47 119
HKO16_RS03670  791437 ..  791466 -  -7.8  -3.29144   TGATTTTTGTGATAA       GTTCGACCACTC TATATT GAGTGGTCGTTC        TGTCTTTGACAGCTA  69 251
HKO16_RS03650  788520 ..  788561 -  -9.8  -2.62958   TATTTTAAGAAAATT TTTTATGGATATGTTTAT TAATGG ACAAACATATCCATAAAC  TCACGGATCTCTGCA  74 1
HKO16_RS03640  786744 ..  786760 - -10.9  -4.46926   GATGGCATTAGAAAA              TCAGGCT TTA AGCCTGA              TCTTCATCGCAAAAT 100 16
HKO16_RS03555 NONE
HKO16_RS03550  767606 ..  767622 -    -8  -5.54885   AAGACCAATAAAAAA              GCACCT GCATA AGGTGC              TTTTTTTATTGCTTC 100 43
HKO16_RS03535  761816 ..  761840 - -11.6  -3.53811   TTTACCTCGTTTAAA          GTTGCTCTTT TTGTT AAAGAGCAAC          TTTATTGAATGTTAT  90 37
HKO16_RS03530 NONE
HKO16_RS03525  760201 ..  760219 -  -8.1   -5.4505   TCTGGTAATAAAAAA             GCCACTC TAGAT GAGCGGC             TTTTCGGGAAAGCGG 100 47
HKO16_RS03520  756473 ..  756501 -    -9   -5.4505   CTCTTTAATAAAAAA        CACCTTCCAAAC TCAAG ATTTGAAAGGTG        CTTTTATAGGGGTTA 100 57
HKO16_RS03510  755332 ..  755362 - -14.3  -3.24289   ATCTTAAAGACTCAA       TAAAAAACCGCTA ATAGA TAGCGGTTTTTTA       TTCACAATTTTTATA 100 36
HKO16_RS03495  747983 ..  747996 -  -2.3  -4.07618   GCCTTAATAACTAAA               TGAGG TTAT CCACA                ACTTTTACAAAGAAC  52 30
HKO16_RS03490 NONE
HKO16_RS03460  740054 ..  740085 -  -7.3  -3.65902   TTTATCTCACTTAAA      TGGACTGAGTTCT GTACGA AGCGCTCAGTCCA       TTAACCATAAACTCA  70 70
HKO16_RS03450  737739 ..  737756 -  -6.3  -5.96219   TACTCATAAAAAAAA             GATGCAC TTAC ATGCATC              TTTTTTGTCTAAGTT 100 49
HKO16_RS03435  733490 ..  733502 -  -2.7  -3.64822   AGGTTTGGACGTAAA                CTGAT TCA ATCAA                TAAACCTAAATAGGA  48 230
HKO16_RS03430  732053 ..  732082 - -11.6   -3.1136   AATTGCAAGAAAGCA       CAGTACGG-AGAC TTAAG GTCTGCCGTACTG       TTTATTAAAATTTCA  87 61
HKO16_RS03425  731194 ..  731218 -  -7.9  -4.00532   CGTTCAAAGAGTAAA          GGCAACATCCT CTC AAAATGCTGCC          TTTTAGAGCTTTTAT  77 37
HKO16_RS03420  730155 ..  730179 -  -4.4  -4.72272   GGTGTTTAGTAAAAA          TAAACACTAA TGGCT TAAGTGTTTA          TGAGTTCCGCACCGG  68 15
        tcuA NONE
        tcuB  727481 ..  727509 - -13.4  -3.06162   GATTGTAGTTGAATA        TAAAAAACCGCT TTTAT AGCGGTTTTTTA        TTAGGAAGTTTTTCT 100 52
HKO16_RS03390  722128 ..  722152 - -11.6  -4.89009   ACACTTAACTAAAAA          GGTTGTGATT TGATT AATCACAACC          TTTTTTTATGAGTAT 100 65
         add  719128 ..  719150 -  -8.4  -2.88544   GCTCAGTTGGATAGA           GCATCCGCCT TCT AAGCGGATGG           TCACAGGTTCGAATC  66 401
HKO16_RS03305  708594 ..  708613 -  -6.6  -4.59773   CTTCACCCTGAAAAA            TTTAAACA AGCA TGTTTAAA             GGCAGGACAGCCTTT  79 153
HKO16_RS03270  702858 ..  702873 - -10.4  -5.50925   AACCAAGATAAAAAA              GACCGC AAAA GCGGTC               TTTTTTTTATTATTT 100 47
HKO16_RS03235  692892 ..  692915 -  -2.4  -2.52676   CACGGTTGGAACTGA          TGAGCAAAAC GCGC GTTTAGTTCA           AACTTTGAAGCAAGA  39 54
HKO16_RS03170  678999 ..  679039 - -13.6   -4.3129   GATGTATGACCAAAA  TCAAGGTATTGCCTTTCT ATAAG AAAAATGCAATACCTTGA  TTTGTCCTTTAATTA 100 38
        gigA NONE
        gigB NONE
HKO16_RS03155 NONE
HKO16_RS03150  676050 ..  676073 -  -8.3  -5.20154   AGATAACGTAAAAAA          TGGAGTAAT CTAAAC ATTACTCCA           TCACTTAAAAATACT  93 53
HKO16_RS03145  675484 ..  675494 -  -2.6  -3.29013   ATTTTAACAAGTCAA                 TTTT GTA AAAA                 AATTGGTGATTATTT  44 35
HKO16_RS03140  674940 ..  674977 - -17.4  -3.07233   GCATAATTTGTAAGA   TATAAAAAATGCCCGA TATGAT TCGGGCATTTTTTATA    TTAAAACTTATTCAG 100 33
HKO16_RS03130 NONE
HKO16_RS03125  671588 ..  671612 - -13.7  -2.92618   TCTGTACAGAAGAAT          CAAGAGCCTAA GCT TTAGGCTCTCG          TTTTAACTCTTTTTG 100 8
        polA  665832 ..  665848 - -12.3  -5.63374   GTAAGATTAAAAAAA              GGGCTGT ATT ACAGCCC              TTTTTTATTGGTTTA 100 49
        trxA  660063 ..  660084 - -10.3  -5.45726   TATAGCCGAAAAAAA           TACGCTATA AAGG TATAGCGTA            TTTTCATCTGTAACG 100 48
         rho  658476 ..  658495 - -11.4  -5.72053   CAACCAAATAAAAAA            GGCCACTC AATA GAGCGGCC             TTTTTAGAATAAATA 100 47
HKO16_RS03070  657809 ..  657825 - -10.9  -5.64274   TTAGGTATAAAAAAA              GAGGACA AAA TGTCCTC              TTTTCTCGCTAATCT 100 51
HKO16_RS03050  652493 ..  652503 -  -3.2  -2.85659   ATGGAAAGAGATAAG                 CAGA AGT CCTG                 ATCATAGGTTATTTA  44 355
        nreB  649524 ..  649537 -  -6.7  -5.10933   TTATTTAAAATAAAA               GCATC CGAA GATGC                TTTATTAAAATGATT  85 44
HKO16_RS03000  643649 ..  643667 - -11.7  -5.27938   AGTTTTAAATAAAAA             GCGGCGT TAGAT ACGCCGC             TTTTATTTTTATAGG 100 48
HKO16_RS02950  636078 ..  636095 -  -6.9  -4.94992   CTAAATTGAGAAAAA             GGCCGTC AATT GATGGCC              TTTTTTATAAGCTAC  85 37
HKO16_RS02925  627552 ..  627569 -  -5.6  -3.71649   GCTGGAAATTGGAAA             CATGAC AGGTCA GTCATG              CCTATTTAGCAACTA  59 45
HKO16_RS02920 NONE
HKO16_RS02915  625814 ..  625826 -  -2.7  -2.93207   AAGACGACCCATACA                CAAAC TCC GTTTA                TTATTGCTCTACTAC  42 26
HKO16_RS02910  624934 ..  624944 -  -2.6  -2.64274   ATGGTTCTAAATTCA                 TATA GGG TATA                 TTTTCCTGACAATTA  40 97
        rsfS  624491 ..  624520 - -13.7  -3.93236   CAGTAAGTGTATAAA       CAAAAAGCGGCTC AAAA GAGCCGCTTTTTT        AAAAGCAAAATTTTA 100 38
HKO16_RS02900  623428 ..  623441 -  -8.1  -5.71712   TTTGATATAAAAAAA               CCACC TTCG GGTGG                TTTTTTATTTTTTTG 100 45
HKO16_RS02880  619295 ..  619312 -  -9.9  -3.11192   TAGATGAGTATCCAA             CCTCAAC TTAA GTTGAGG              TCAAGAGCATTTAGT  81 36
HKO16_RS02875 NONE
HKO16_RS02870 NONE
        dusA  616201 ..  616218 -  -4.8   -3.2511   CCGTATTTAGAAAAT             CACCAC CTACCT GTGGCG              TTCAGAGATACTAAT  54 299
HKO16_RS02860  615322 ..  615345 -  -3.2  -3.76611   AAAAGACTTAAAAGA          TGAGTGTTTTG TAT CAACAC-CTCA          TGCTGAAAGAGGAGG  52 328
HKO16_RS02850  614275 ..  614293 -  -4.6  -4.59773   TGGCATCTGTAAAAA             GCCAAA AGAGAAA TTTGGC             ATTACCTGTATTTAC  69 253
HKO16_RS02790  597168 ..  597218 - -15.8  -2.72436   GGATAACTAAATTTA TATAAAGTTCAGGCGGTTATGCTT TTA AAACATATCAACCTGAACTTTATA TTGAACCAGATAAAA 100 138
HKO16_RS02760  589422 ..  589445 - -10.4  -3.33509   TTTTAAATAATCGAA          GAGTGGTAAA AATA TTCACCACTC           TCATTTTAATTATCT  83 35
HKO16_RS02755 NONE
HKO16_RS02750 NONE
        holA  585076 ..  585096 -  -8.3  -4.19678   TGATATTTCAATAAA            GCAGGCAAA TGA TTTGGCTGC            CCTAATGTATAAATA  83 27
        macA NONE
        macB NONE
HKO16_RS02730  580196 ..  580217 - -10.2  -5.76633   TCAGACATAAAAAAA           GCCGTAGT TGAAGG ACTACGGC            TTTTTTACTGGGCGC 100 44
        rsgA  576546 ..  576563 -  -8.5  -3.00498   TATAGCGTATATAGA             TGGTGAT CAAA ATCACCA              CTTCAAGGGCAAATG  72 51
HKO16_RS02705 NONE
        grxC NONE
        secB  575277 ..  575291 -  -8.5  -5.61596   ACTCTCATAAAAAAA               CCGCG AATTA CGCGG               TTTTTTGAGTTTAGG 100 54
        nagZ  542542 ..  542558 -  -3.8  -3.46647   TGCATCTATCAAATA              TATTGA AGCAA TCAATA              TCCTTCAGCAGATGA  51 114
HKO16_RS02520  541336 ..  541348 -  -3.3  -3.09933   TTTGAAGCTACTGAA                CAAGG AGT CCGTG                CCTTATTTAAACATG  46 156
HKO16_RS02510  538496 ..  538537 - -15.5  -3.90744   TTCTGTGGGAAATAA CAAAATAAAAACGCCTGAT ATGG ATCAGGCGTTTTTATTTAA  GTAGGAGGCTTATTG 100 35
HKO16_RS02480 NONE
         pta  527854 ..  527878 -  -8.7  -6.47325   AAAAAATAAAAAAAA          GCCATTTGA GCGGATA TCAAATGGC          GAGAGGTAGAAAAGA 100 55
HKO16_RS02470  526128 ..  526143 - -10.4  -5.68039   AAAGGCATAAAAAAA              GCACCG AATC CGGTGC               TTTTCTTGATTAGCC 100 35
HKO16_RS02465  525206 ..  525231 -  -3.4  -5.28831   ATGAAGAAAATAAAA        TGGA-CCGTAGT GAGC AC-ACGGGTCCA         TTTATGTTAATGCAA  76 251
HKO16_RS02440  518250 ..  518268 -  -9.6  -4.59773   CTTCATTTGTAAAAA             TAGCCTCA TGA CGAGGCTA             TTTTATATGAACTTT  93 75
HKO16_RS02435  517352 ..  517364 -  -3.4  -2.72799   TGTTTAGATATACCA                CATC TAAAC GATG                ATTACACGTTGTGCA  44 190
HKO16_RS02425 NONE
        metW NONE
HKO16_RS02415  512894 ..  512930 - -18.4  -5.11033   TAGAAGCTTAAAAAA    CTAAAACCACCTTATA GGTGA TATAAGGTGGTTTTAG    TCGAGTAAGTATAAG 100 49
        rdgB  511863 ..  511876 -  -2.3  -3.54424   TTGTAGCTCTGGAAA               CCCAT TATC AAGGG                ACGGGTAGATCTGCG  47 311
HKO16_RS02400 NONE
        tatB NONE
        tatC  509370 ..  509391 - -13.1  -5.71712   TTCTACATAAAAAAA           GCCTGAACT TCTT AGTTCAGGC            TTTTTTATATTATTT 100 41
HKO16_RS02385  507005 ..  507037 - -12.2  -4.65168   ATGAGACTTTAAAAA      TAAAAGAAACCTGC ATAAA GCAGGCCTCTTTTA      TAGTGTTGAAAGAAA 100 41
HKO16_RS02380  504474 ..  504493 - -12.2  -4.86033   AAACCGTTAGAAAAA            TGCCGATC AAGT GATCGGCA             TTTTTTTGGGTAAAT 100 44
HKO16_RS02370  502748 ..  502765 -  -7.7  -5.31275   CTGTAGCATAAAAAA             GAGGAGC CGAA ACTCCTC              TGATTTAGATGTTAA  91 37
HKO16_RS02365 NONE
HKO16_RS02360  501838 ..  501849 -    -3  -3.62591   TGTAGAAGGTCTAAA                TATG CACG CATA                 ACACTCTCGAGTTCG  50 147
        thyA NONE
HKO16_RS02350 NONE
HKO16_RS02345 NONE
        msrA  498724 ..  498740 -  -8.7   -5.4833   TCACGTAATAAAAAA              GCAACCA ATT CGGTTGC              TTTTTTATTTTCTCA 100 45
HKO16_RS02310  493253 ..  493286 - -11.9  -4.64657   CGAAATTGGTAAAAA     CGAGGCATGATCTAGT ATA AC-AGATCATGCCTTG     ATCAGTTAACGCAAC 100 31
        rpmB NONE
        rpmG  492683 ..  492701 -  -8.9  -6.17292   AAATGCAAAAAAAAA             CGACTTC ATAAA GAAGTCG             TTTTTTTCGAGGCTA 100 44
HKO16_RS02295  490832 ..  490849 -  -9.9  -5.53288   CTTAAGTTAAAAAAA             GCGTACT CTTG AGTACGC              TTTTTTGTATGCATT 100 39
HKO16_RS02240  480878 ..  480898 - -15.5  -4.46615   CATTATTAATTAAAA            TGGCAAGCG TTA CGCTTGCCA            TTTATTTTCAAAAGT 100 46
HKO16_RS02230  478632 ..  478650 -   -11  -5.13473   ATTATATTTAAAAAA             GCCCCCTA ATC TAGGAGGC             TTTTTAAATTAATCA 100 58
HKO16_RS02225  477824 ..  477858 -  -3.8  -4.19276   TTAAAACTGCCAAAA    GTGTATCACGAACTGA ATTTA TC-GT-CGTAATACAC    AGGAGTAAATTGAAG  60 72
        lpxL  476612 ..  476622 -  -5.4  -4.39426   TATACGTTCATAAAA                 GATG GAT CATC                 CATAGATACATCATC  69 253
HKO16_RS02215  475448 ..  475464 - -13.7  -5.44119   TTTAGTCGAAAAAAA              CCCGCGA ACA TCGCGGG              TTTTTTTTATTGGGT 100 45
         asd  470965 ..  470984 - -12.2  -4.75372   ACCAGTTACGAAAAA            GCCGATCA AATG TGATCGGC             TTTTTATTTTGACTG 100 57
HKO16_RS02195  469466 ..  469476 -  -2.6  -5.04249   CCCTTAAAAAATAAA                 TATT TGC AATA                 TAAAGCATGCTAACT  66 52
HKO16_RS02190  468146 ..  468163 -  -9.9  -5.28176   TGCAGGCATAAAAAA             GCAGTCA TCTC TGACTGC              TTATGGTAAATCGAA 100 46
HKO16_RS02185 NONE
        truA  466332 ..  466363 - -13.2  -4.93365   CGTTAGAACTAAAAA      TTGGTTAAGCCTAC TCAG GTAGGTTTAACCAA       TGTGGCCCGAGCGGT 100 4
        infA  464791 ..  464808 -  -5.5  -5.61689   AAAAGCAATAAAAAA             GCCACAT GATG AAGTGGC              TTTTTTGCATTCACT  87 43
HKO16_RS02160  463796 ..  463812 - -12.3   -5.0133   TACTTTGCTAAAAAA              CGCAGCT TTA AGCTGCG              TTTTTTTATGGTTGT 100 43
HKO16_RS02135  459276 ..  459292 -  -2.3   -3.7697   AGATTCATAATACAA              CTCTACT TGG AATAGAA              AAATCGAGAGAGGCT  50 119
HKO16_RS02130  458214 ..  458227 -  -2.3  -4.25283   AGCGTGTTATCAAAA               GGGCA AACT TGCAC                GTCTTGAGGCATGGC  56 206
HKO16_RS02120 NONE
        ptsP  454674 ..  454693 -  -5.7  -4.76892   AGATGAATTGAAAAA            GGAGAGC TTTTTG ACTCTCC             TTTTTAAGTATTTAT  78 37
        katG  451991 ..  452011 - -14.1  -5.14563   TTTTGTATTAAAAAA            GCCAGTTCA ATT TGAACTGGC            TTTTTATTATTTTGG 100 47
        hcaR  449181 ..  449203 -  -2.1  -4.48823   AATTAATCGATAAAA           GATATTAAA TAAAT TTTAATTTC           ATTTATTTATACATA  57 100
HKO16_RS02095  448186 ..  448196 -  -5.4  -5.67529   AATTAAAAATAAAAA                 CGAT TGA ATCG                 CACCCAGCCATTACA  93 166
HKO16_RS02070  441140 ..  441161 - -11.7  -6.25741   AAATAACAAAAAAAA           CCTAGTCAT CGAA ATGACTAGG            TTTGTTTAAATTAGC 100 59
HKO16_RS02065  438943 ..  438959 -  -8.1  -3.45945   CTGAGCGAGAATTAA              GTAAAAC CTT GTTTTAC              TTGAATGCAGGAGAA  73 227
HKO16_RS02060 NONE
HKO16_RS02055  438725 ..  438743 - -10.3  -5.68489   GATAACAATAAAAAA             GCCTCTC GAACT GAGAGGC             TTTTTAGAATTTGGT 100 37
HKO16_RS02045  436898 ..  436917 -  -7.1  -5.38054   CGTTATAAAGAAAAA            GCCGCAC GATGAG ATGCGGC             TTTTTTAATTTTAGC 100 36
HKO16_RS02035  435143 ..  435155 -  -3.3  -4.49041   ATATAAAAAATGAAA                CTAGC GTT GCAAG                GTAAGTAATACACCA  61 13
        abeM  433739 ..  433755 - -12.3  -6.14618   CATAAAATAAAAAAA              GCCGATG TTT CATCGGC              TTTTTTATTAGGTTT 100 33
HKO16_RS02015  429600 ..  429628 - -11.9  -2.84002   ATAACACTCAATAAG        TCAATGTAACCCT AAA AAGGCTACATTGA        TAAGTAAATTAAGTT  88 39
HKO16_RS02010  429214 ..  429247 -  -2.5  -5.72616   ATGCACATAAAAAAA     GAAGCCTAAGT GGAGGAGATGAG TCTTAGGCTTC      CAATGGTTTAAGTGT  79 64
HKO16_RS02005  428321 ..  428346 - -10.6   -3.3903   GAAGCAGCTAATTAA         GTTACTTTGG TTTTGC CCAAAGTAAC          CAAAGGCATCTGTCA  85 380
HKO16_RS01980  424951 ..  424982 -  -4.4  -3.27901   GCTATGAAAAACAAT      TTAACCCGTTTGTC GCAG GTAAAGCGGGTTAA       TCCTCATAATCATCT  52 22
HKO16_RS01950  418607 ..  418624 - -12.7  -5.80364   ATTCCAATAAAAAAA             GCCCCGA ATAA TCGGGGC              TTTTTATTACATCTT 100 75
HKO16_RS01935 NONE
         lnt  414768 ..  414796 -  -9.8  -3.61536   AACCGAATTTTTAAA        TAAAACGTAGAC TCAAC ATCTACGTTTTA        TGTTTTAACTGGACT  82 455
HKO16_RS01905  409913 ..  409925 -  -3.4  -4.81249   GTGTAAAGGGAAAAA                GTGT TCTTC ACAC                CATGATATTCAAATC  66 43
HKO16_RS01900  407919 ..  407933 -   -10  -3.06302   ATCAGGCTTAGGGAA               TGCAGC GAA GCTGCA               AGCAGGACAACGGCA  81 117
HKO16_RS01895  406945 ..  406971 - -14.6  -4.19927   AAAATTATAGATAAA         TAAAAAGGCGGA TTG CCCGCCTTTTTA         TAAAGTAAGTAATTA 100 38
HKO16_RS01890  406199 ..  406227 -  -2.5  -5.13722   GTGAGCAAAATAAAA        GAGACATAG AGAGGTGAGAG CTATGCCTC        TCATTGTTTAAGTGA  69 33
HKO16_RS01885 NONE
HKO16_RS01880  404717 ..  404727 -  -3.2  -2.64735   ATCTGATTGATACCA                 CGCA GGT TGCA                 GATGGCTTTCTCGAC  42 85
HKO16_RS01860  399069 ..  399088 - -12.2  -4.61231   CTACAGCGCCAAAAA            CCCAAGCA GAAA TGCTTGGG             TTTTTTATTTTGTCG 100 56
HKO16_RS01840  388487 ..  388515 -  -8.9  -4.15006   AGAGCTATTTTAAAA        CAGCTGAGAGC AGATTAA ACTCTCAGCCG        TAAGTTAGATTTTAG  85 37
HKO16_RS01830  386129 ..  386148 -    -5  -3.48027   TATAATGAATAAAAT            CTCAACTT CGTG AGGTTGAG             TTTTTTCTATGTGCC  56 48
        ubiE NONE
HKO16_RS01820 NONE
HKO16_RS01815  382735 ..  382754 - -12.2  -5.64274   TTACCCATAAAAAAA            TCCCTTGC ATGG GCAAGGGA             CTTGGAAGTTATTTC 100 34
HKO16_RS01810 NONE
HKO16_RS01805 NONE
HKO16_RS01800 NONE
HKO16_RS01795  377286 ..  377306 -  -5.5   -4.0683   AAATAAAGCGAGAAA            CAAGTTG TATTGCG CAACTTG            AATAATAAAAACGCA  64 199
HKO16_RS01790  374316 ..  374337 -  -3.7  -2.66593   AGAATTCTAAACTGA           TCATGATGA TTTC TCCCCATGA            GGTACAGGACCAGAC  44 4
HKO16_RS01785 NONE
HKO16_RS01780 NONE
HKO16_RS01775 NONE
HKO16_RS01770 NONE
HKO16_RS01765  370878 ..  370907 - -16.7   -4.4518   AATGAAAACTCAAAA       TAAAAAAGCCACC TTGG GGTGGCTTTTTTA        TGTGTTCAAGTTTTT 100 39
        pilB NONE
HKO16_RS01715 NONE
HKO16_RS01710 NONE
HKO16_RS01705  359263 ..  359282 -  -4.2  -3.27298   TTGGTGAATCATTAA            GCCCATCA ATTG TAGTGGGC             TTAGTAGGTATGGGA  50 121
        recN NONE
HKO16_RS01675 NONE
        ruvX  352935 ..  352951 -  -9.5  -5.52096   AAACTCAATAAAAAA              GCATGTT TGA AACATGC              TTTTTTATTTTATGG 100 35
HKO16_RS01650  348131 ..  348151 -  -6.1   -5.4505   TTGGGCAAGAAAAAA            GCCCATGAT GGC AACATGAGC            TTATTCCTCTGAGGG  88 170
        fadB NONE
        fadA  337387 ..  337421 - -12.3  -5.12068   TATATTCAATAAAAA     CATAAAAATCCCCGC ACATA GCGGGGATTTTTTTA     TCTTGGTGTTAATTA 100 38
HKO16_RS01590  332798 ..  332833 - -14.3  -2.55034   AAATGTTAGAAAATT    GAT-AAAAATCCCCGC ATTGA GCGGGGATTTTTTATC    TTTACTGAAATTTGT 100 60
HKO16_RS01580  331356 ..  331367 -    -3  -3.10464   GTATCAATCCGAATA                TGAA AAAA TTCA                 TAAAACCTTCTTGGC  44 375
HKO16_RS01570  329853 ..  329870 -  -8.4  -5.95166   TTTAAGCAAAAAAAA             TCCCCC AAACTA GGGGGA              GTTTTTGATCAAGGA 100 210
HKO16_RS01565  328487 ..  328504 -  -2.1  -3.52963   TTGTAAGAAGAAAAG             CTTAAAT TTTT ATTTAAA              AGTATTTTATTATTC  46 78
HKO16_RS01560  327466 ..  327485 -  -7.8   -5.0916   TTTGCAATAGAAAAA            GCCTCTGA ATTA TCAGGGGC             TTTTTTGTGGATAAA  89 73
HKO16_RS01530  320953 ..  320972 - -12.2  -5.01042   AAGTGAAATGAAAAA            TAAGCGCC TTCA GGCGCTTA             TTTTATTAGTAGAAG 100 15
HKO16_RS01410  296847 ..  296864 -  -5.7  -2.89185   AATATATTACAATTA             TAATTAC TAAT GTAATTA              AAAAGTAAATTTATA  56 199
        argH NONE
HKO16_RS01365  288826 ..  288851 - -12.7  -5.47218   TTTCACGTAAAAAAA         GGCAGGTCTAT GTAT ATAAACCTGCC          TTTTTAAAAAATGAT 100 59
HKO16_RS01340 NONE
        thiC  281426 ..  281480 -  -3.3  -3.21924   GGACGCTCGACAATA CTCATGATT--CGATCAGGACGAAAT CTATTT ATTTCATCCTAACCGAGAATCATG-G CTAGGCAAGTGTTTT  48 51
HKO16_RS01330 NONE
        cpdA  279857 ..  279874 -  -9.9  -2.52775   TTTATAGAAAACCAT             CGATGGA TTTT TCCATCG              GGTCGTCATCATATA  77 138
        dksA NONE
      gluQRS  278225 ..  278243 - -10.3   -4.8543   GAAGCGTTATAAAAA             GCCCGAT ATCAA ATCGGGC             TTTTTATTATTTATA 100 36
        xerD NONE
HKO16_RS01280  270880 ..  270894 -  -7.8  -5.83822   CATAGCTAAAAAAAA               CGCCAG ACT CTAGCG               CTTTTAGCGCCTGTT 100 196
HKO16_RS01275 NONE
HKO16_RS01270  268284 ..  268302 - -10.3  -5.77632   AAAAGCATAAAAAAA             CGGCTGT ATTAA ACAGCCG             CTTTTTATAAAAACT 100 47
HKO16_RS01260  266258 ..  266284 -  -5.9  -3.30453   TATAAGCCATACCAA        GTGCCCAAACGA AAAA TCGTATGGG-AC         AAGGATGAATTTAAG  59 62
HKO16_RS01255  264743 ..  264755 -  -4.9  -4.07495   ACCTAATAAAAAAAT                CAATA TAT TATTG                GGCATTCTATTCTGA  62 12
HKO16_RS01250  263285 ..  263305 -  -3.3  -4.56775   ATCTCCTTCTAAAAA            GAAAGTAAA TTT TATACTTCC            TGTTCTGTCTCCGTA  63 16
HKO16_RS01225 NONE
HKO16_RS01220 NONE
HKO16_RS01215  255547 ..  255562 -  -6.2   -3.9941   TTTGTGACAATTAAA              TGTCAT TTTT ATGACA               GGAGGAATATTAAAA  68 43
HKO16_RS01210  255191 ..  255221 - -11.4  -4.17089   TTTAAATTGCCAAAA       TAAAAAACCGGA CATACGT TCCGGTTTTTTA       TTTTAAAAATTAATG 100 35
HKO16_RS01175 NONE
HKO16_RS01170  248161 ..  248171 -  -2.6  -2.95448   ATTAACAGGCATATA                 TTTT TAC AAAA                 TGAAAAATTAAAGCA  42 94
HKO16_RS01165  246306 ..  246329 -  -6.2  -4.59081   CAAATTTATAGAAAA          CATGAAA-TAC CAA GTAATTTCATG          AACATATGATTGTAT  76 57
HKO16_RS01160 NONE
HKO16_RS01155  243679 ..  243709 -    -7  -4.77759   ATAACTTATTAAAAA       TAAAGGGATAGA TCAAAAT TCTACCCCTTCA       TGAAATTATCGTAGT  83 31
HKO16_RS01150 NONE
HKO16_RS01145  242546 ..  242573 - -11.5  -4.23892   TTGAAGCACTTAAAA        TAATGATCAGC GAGTTA GCTGATCATTA         TTATTGAGATTTCAG 100 356
HKO16_RS01115  235280 ..  235291 -  -5.8  -3.24532   AAAATTACATTAATA                GGCA CGAG TGCC                 TGAATGGTGACTTTT  59 486
HKO16_RS01090 NONE
HKO16_RS01085 NONE
HKO16_RS01080  230339 ..  230353 -  -5.8  -2.88544   TCCCATCTGGAGAGA               CATTAA ATT TTAATG               GTCGTGCATAATCCG  56 13
HKO16_RS01075 NONE
HKO16_RS01070  228721 ..  228738 -  -9.9  -2.53119   AATTGGTTATAATAC             GGCTTGT GAAG ACAAGCC              TATGTACATTTTAAA  77 96
HKO16_RS01065 NONE
HKO16_RS01060 NONE
HKO16_RS01055  227044 ..  227064 -  -3.3  -4.62772   GTGAAATTAAACAAA            TAGACAAAC AAG GTTCGTTTA            AATATTGCGATATAA  63 195
HKO16_RS01050  226156 ..  226172 - -10.9  -5.85178   AACAGTGAAAAAAAA              GGAGTTC TAT GAACTCC              TTTTTATTTGATATT 100 60
HKO16_RS01040  224631 ..  224658 -  -2.7  -2.90617   ATTTGAAATGCAAAG        CGCCCCTAATT GAGCCA AATTTAAGGCG         TAACTTGGGTAAGTG  42 18
HKO16_RS01035  224220 ..  224239 -  -7.9  -5.64274   TGATGTATAAAAAAA            GCCTAGT TCATAT ACTAGGC             TTTTTTCTATCTAAA 100 84
HKO16_RS01015 NONE
HKO16_RS01010 NONE
HKO16_RS01005 NONE
HKO16_RS01000  210605 ..  210615 -  -8.2  -2.77043   TTTATTATCCCAAAT                 CCCC GCA GGGG                 TATTTGCATTATCAG  67 74
HKO16_RS00995 NONE
HKO16_RS00990 NONE
HKO16_RS00985 NONE
HKO16_RS00980  207057 ..  207068 -  -2.2  -2.57132   TTTCTTTTTCATAAT                TAGC TCCG GCCA                 GCCATTGTGCGATAA  39 13
HKO16_RS00975  205851 ..  205868 -  -7.1   -5.4833   TTACCCAATAAAAAA             GTTTTCA TTTA TGAAAAC              TTCTAGCAAGAATAG 100 77
HKO16_RS00970  201738 ..  201757 -  -3.6  -2.61199   TAATTTTCAATTAAG            TTCTTCAT CCAA AAGAAGAA             AAAAGGAGAAATAAG  44 330
HKO16_RS00965 NONE
HKO16_RS00960  200353 ..  200363 -  -2.6  -3.36492   CTGCTAATTCTACAA                 TATA GCC TATA                 GAAGATAATATAGGA  44 81
HKO16_RS00955 NONE
HKO16_RS00950  197877 ..  197892 -  -6.2  -3.29704   CCTTTATTAAATACA              TTACAC AAAA GTGTAA               AGCTTGAAATTCCTG  60 430
HKO16_RS00935  194166 ..  194190 -   -10  -5.77856   AATAAACCAAAAAAA          GAAGGCCGGT TATGT ACCGGCCTTT          TTACTATCAGTTTTT 100 32
HKO16_RS00925 NONE
HKO16_RS00920 NONE
HKO16_RS00915 NONE
HKO16_RS00910  190652 ..  190662 -  -6.8  -3.46858   TCAGATTAAAATACA                 GCTC CTT GAGC                 AAGAATCATCTTCGC  65 5
HKO16_RS00905  188901 ..  188913 -  -6.3  -3.54424   CTCGATGTCTTCAAA                CAAAC ATT GTTTG                TAAAAGTCATTTTTT  62 72
        umuD NONE
HKO16_RS00895  186832 ..  186845 -  -8.1  -4.62471   CGCAATTTGGAAAAA               CCACC GAAA GGTGG                TTTTTCTCTATCTAT  85 63
HKO16_RS00890  185646 ..  185663 -  -8.5  -5.52023   ATCAGTAATAAAAAA             GAGATCT TTAT AGATCTC              TTTTTTATTAGATTT 100 42
HKO16_RS00815  170479 ..  170500 -  -2.9  -6.01369   TAAATAATAAAAAAA           TGAGAGTGG CCCA CCAATCACA            ATAATTATGATAGCC  85 129
HKO16_RS00810 NONE
HKO16_RS00805  169766 ..  169779 -  -3.9  -3.23279   GCTATAAATACAAAC               TTTCA TTTA TGAAA                CTTTTTTAAACTCTT  49 18
HKO16_RS00800 NONE
HKO16_RS00795  168563 ..  168578 -    -9  -5.60993   GCTTGCACAAAAAAA              CCAGCT TTAA AGCTGG               TCTATTTTTAAATTA 100 466
HKO16_RS00790 NONE
HKO16_RS00785 NONE
HKO16_RS00780 NONE
HKO16_RS00775 NONE
HKO16_RS00770 NONE
HKO16_RS00765 NONE
HKO16_RS00760  162474 ..  162503 - -13.7  -2.73038   CATATTTAAATTAAG       CTGTAGGGAAAGC CGGA GCTCTCCCTACAA        TACCTCTTAAACGCG 100 42
HKO16_RS00755  161671 ..  161685 -  -3.6  -2.72344   GGTTACTTTCAATCA               TAATGA CCT CCATTA               ACCGGCTTTAAGAAG  44 23
HKO16_RS00750 NONE
HKO16_RS00745  157333 ..  157364 - -11.8  -5.41746   AATTTCTGAAAAAAA      GGAAAAAGGTTTCA TAAA TGAAAGCTTTTTCC       TTAACCTTAATTATG 100 36
HKO16_RS00740 NONE
HKO16_RS00735  154099 ..  154121 - -12.1  -4.60255   ATAATTTTTTAAAAA           GGCCCTAAA TTAAT TTTAGGGCC           TTTTTTAGAGGATGT 100 60
HKO16_RS00695 NONE
HKO16_RS00690  149827 ..  149843 -    -8  -5.83226   AACTTAATAAAAAAA              CTGCTC TTAGT GAGCAG              TTTTAACTTTCATTT 100 15
HKO16_RS00670 NONE
HKO16_RS00665 NONE
HKO16_RS00660 NONE
HKO16_RS00655  144369 ..  144385 -  -3.8  -2.84801   GATGCCCAAACAGTA              TGAAAT TAAGT ATTTCA              AATATTAAACAATAT  47 30
HKO16_RS00650  143992 ..  144006 -   -10  -5.26155   AGATAAAGATAAAAA               GCCCTT AAA AAGGGC               TTTTTTATTACCAAG 100 33
        topA  138770 ..  138807 -  -9.5  -2.50252   ATCTTTATAAGAGAT   TTATTTACAGTCTTATAC ATA GTATAAGACTGTATA-AA   TATATTCACTTATTT  74 435
HKO16_RS00625  136251 ..  136274 -    -4  -2.77135   CTTTAGAAATAATAT          TTCAATATTT CAAC AACTATTGAA           TTGTAAAAAAAGGTT  46 114
HKO16_RS00620 NONE
        feoB  133918 ..  133941 -  -6.8   -2.8507   TGATTCAATTAATCA          GGAGAAAG CTGGCTTT CTTTCTCC           ATCTTAGCCCCAGTA  61 29
HKO16_RS00610  133388 ..  133400 -  -2.7  -2.87026   TATATGGAGAGGACA                GAAAA CTA TTCTC                CTATTTTGATATAAC  42 18
HKO16_RS00605  132173 ..  132197 - -11.5  -4.03665   AGAATTAAAAGAGAA          GCCCAGCCTAT TTA ATAAGCTGGAC          AAATTTTATGTAAAT 100 221
HKO16_RS00590  129706 ..  129725 -  -8.6  -3.05596   GACTTTTTTATTTAA            GTTAGGCC ACCT GACCTAAC             GGGTTAATCTTATCA  72 7
HKO16_RS00570 NONE
HKO16_RS00565 NONE
HKO16_RS00560 NONE
HKO16_RS00555 NONE
HKO16_RS00550  118908 ..  118937 - -10.9  -4.17523   AAATAAGGTTTAAAA       GAAAAAAGCCATC AATT GATGGCTTTTTTT        ATAAGGTTTAATGCA 100 43
HKO16_RS00540  117061 ..  117071 -    -4  -3.75105   CGAATTTAGCAATAA                 TTTG TGA CAAA                 AATACGGCAAGCGCA  53 151
        phoB NONE
        phoR  114817 ..  114837 -  -8.3  -5.28826   AAATGCTACAAAAAA            GCCGACT TTTCATG AGTCGGC            TTTTTATATTTGAAA  93 51
HKO16_RS00495  107367 ..  107380 -  -8.1  -5.49234   AGATCTAACAAAAAA               CTCCC GTTC GGGAG                TTTTTTTATATCTAT 100 37
HKO16_RS00475  103243 ..  103260 - -11.3  -5.72616   ATTTAGATAAAAAAA             CCTAGCC GGAT GGCTAGG              TTTAAATGCGCACAA 100 48
HKO16_RS00470 NONE
        ribE NONE
        nusB NONE
        thiL NONE
HKO16_RS00450 NONE
        glmU NONE
        glmS   96247 ..   96275 -  -9.6   -5.5074   GAAGGCAATAAAAAA        GCCCAATAGGCA ATTAA TGCATATCGGGC        TTAATCAATCAATTA 100 79
HKO16_RS00430   93473 ..   93505 - -12.3  -5.01811   CTATCAAACTAAAAA      TCATCCAAAGAAT GATTTAA ATTCTTTGGATGA      CTGAAAATAAACTTA 100 110
HKO16_RS00425   92245 ..   92263 -  -3.8  -3.73982   CTTATAGCAATAGAA            CCAGCGG TAAAAC CCGC-GG             TAGCAATGACTTTGA  54 497
HKO16_RS00370   79073 ..   79091 -  -7.4   -5.4505   TCGCTTAATAAAAAA             GCCCCT ATTTTCA AGGGGC             TTATTTTTTATGATT 100 33
        fahA NONE
        maiA NONE
HKO16_RS00340   72497 ..   72544 - -13.1  -4.40333   TTTAAACAATATAAA TCGGCATTGATATAGAACAGTT CATTC AACTATTCC-CATCAATGCCGA CTTTTAAAACGATTG 100 52
HKO16_RS00335   71456 ..   71474 - -13.2  -5.86332   CTAATCTAAAAAAAA             CCAAGAGC AAG GCTCTTGG             TTTTTTTATGGCTAT 100 44
HKO16_RS00325   69372 ..   69392 -  -5.4  -3.28416   GATTAGGTAGATCAA            CACAACCT TAAAG AGGGTGTG            CTGTTAACCATTCTT  56 12
HKO16_RS00305 NONE
HKO16_RS00300   64344 ..   64364 -  -5.4  -5.75342   CCTTTTTAAAAAAAA            TGCCTAGT AAACG ACTAGGCT            GGCCAATTTTGGTAA  91 19
        purC   63563 ..   63580 -  -8.4  -6.09196   CTGAAAATAAAAAAA             CCGAGC TGAAAT GCTCGG              TTTTTTATAAAGTTG 100 47
HKO16_RS00290   63126 ..   63152 -  -2.3  -4.84492   TTAAGTATAAGAAAA         GATAGCAAACT CAATC AGCCTGCTATA         AAAAGTCTAACGTTG  62 79
HKO16_RS00285   62060 ..   62073 -  -3.9  -3.21925   AGATGGCAGCAGGAA               CAATA GTTT TATTG                TTTCCTGCTATTGTT  49 33
HKO16_RS00265   58560 ..   58577 -  -8.5   -5.8187   TATGCAATAAAAAAA             GAAGGAA CGAG TTCCTTC              TTTTTGATATGGTCA 100 49
HKO16_RS00260   57538 ..   57549 -  -7.2  -2.84602   GTTATTCCATTAAAC                CCCG AGTG CGGG                 AAATAAGACTAGGCT  63 168
HKO16_RS00255   57097 ..   57125 - -16.9  -4.39568   ATGGACATATGAAAA        CAGGGACTACATC AAA AATGTAGTCCCTG        TTCTATGGGTAAAAA 100 44
        mutY NONE
HKO16_RS00245 NONE
HKO16_RS00240 NONE
HKO16_RS00235 NONE
HKO16_RS00230   53406 ..   53437 -    -8  -2.92522   TGAGTTAACAGCAGA      TGTCCGCCAAGC AATTATGA GCTTGGCAGACT       GGTCTCGACAACAGA  68 60
HKO16_RS00220 NONE
HKO16_RS00215   51472 ..   51482 -    -4  -4.67608   TATTTGAAGACAAAA                 TTGA GCA TCAA                 TATCAAAGCATCCAT  69 123
        dkgB NONE
HKO16_RS00200   48549 ..   48566 - -12.7  -5.57054   AATAAGCTAAAAAAA             GCGCCTG ATCT CAGGCGC              TTTTTTTATTAGTCT 100 34
HKO16_RS00185   46388 ..   46418 - -11.3  -5.05505   ATCAGAAATTAAAAA       GAAGGCGGATATT GATAA AATATCCGCCTTT       TTATTGCGCTGATTC 100 83
HKO16_RS00160   39555 ..   39583 -  -3.9  -4.61482   TTGCTTAAAAAATAA        CATTTAAATCGCT TAT AACGCTTTAAAAG        TCGACATGCACCCGT  65 68
         ppc   36721 ..   36743 - -10.6   -4.8622   TTTTGCAAGTAAAAA           GCAGCACATC CGA GATGCACTGC           TTTAAGAAAGTGGTT 100 53
HKO16_RS00150   35150 ..   35165 - -10.4  -5.27477   ATCGGAATGAAAAAA              GGCAGC TTGC GCTGCC               TTTTAGAATTTAGGT 100 35
HKO16_RS00145   34025 ..   34036 -  -3.6  -3.46602   GTTTTTACACCATAA                CCCG ATGT CAGG                 GATATCACTGGACTA  50 194
         fmt   28638 ..   28657 -  -2.1  -2.62246   TGAATTTGAAGTAAC            CTGATTC ATGGCA GAATCTG             TCCTACGTGAAGTTT  40 11
        rsmB   27320 ..   27336 - -10.1  -5.53991   GATCTAGTAAAAAAA              GCAGGCA TAA CGCCTGC              TTTTTTTATGCAATC 100 31
HKO16_RS00105   24290 ..   24306 -  -9.5   -5.4505   TGGTTGAATAAAAAA              GAACTCT TAT AGAGTTC              TTTTTTATATGGAGA 100 62
HKO16_RS00065   14809 ..   14838 -  -3.1  -3.21695   TTATGACCAATTTAA       TAACAGCATTTC GGGTCAG GAAATG-TGTTA       TGAGGTCGAATCAGT  46 64
HKO16_RS00060   13870 ..   13887 -    -7  -5.95539   TTTTAAATAAAAAAA             CCTCTC TATGAT GAGAGG              TTTTTTACTTATAAG 100 42
HKO16_RS19255 NONE
HKO16_RS19250 NONE
HKO16_RS00035    7544 ..    7577 -  -2.4  -5.42605   CTAATAAAAATAAAA     GCCAGTACAGATAC TTAAAT ATACGAGTACTGGC      CAAGATATTTAGTTT  76 34
HKO16_RS00030    6715 ..    6743 - -11.2  -4.08485   TTGATCTAAATCAAA        TAAAGGGAATGA TTGAT TCATTCCCTCTA        TTTTTGGCTATACAA  93 60
HKO16_RS19135 NONE
HKO16_RS19130 NONE
HKO16_RS19125    3592 ..    3605 -  -2.4  -3.82191   TTAACCGCACAACAA               CGTT TAATTG AACG                ATTAAGCCAACTTGG  51 389
HKO16_RS19205 NONE
        lysA     724 ..     735 -  -2.2  -4.25104   CTTTTGGCAGGAAAA                GAAG CAAG CCTC                 GTTGAATTCTTCTAT   0 139
