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HBN41_RS03245  666270 ..  666286 +    -3  -5.24449   TTAAAAAATTAAACA              CGCTAA TTTAT TTAGTG              TTTTTTGCGTTTCTG  71 55
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HBN41_RS03295  678774 ..  678786 +  -6.2   -5.4505   AAAAATTAAGTAAAA                GCCC GCTAA GGGC                TTTTTTGTTGAAAAA  88 59
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        sbmA  681613 ..  681626 +  -9.5  -5.73339   CATAAGTAAAAAGAG               CCCGC GAAA GCGGG                TTTTTTTATGATTAT 100 32
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        thrH  699091 ..  699119 + -17.7  -3.85724   AGGACAAATACACAA        TAAAAAAGGCGCT TAT AGCGCCTTTTTTA        TTTAGATTGGTTTTT 100 44
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        prpF  712534 ..  712566 + -17.3  -2.59881   TAAAAGTCATTTAAA      TGAAAAGCCTCTCTA CCC TAGAGAGGCTTTTTA      CTTCTGACATCCATA 100 38
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        entE NONE
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        basG 1137592 .. 1137606 +  -2.2   -3.3422   GGTGGTTAGGAAGTT               TTTGAT GCA ATTAAA               GTTTTTAAAAAAATA  44 118
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        barB 1140969 .. 1141000 +  -8.3  -3.36837   GCGCAGAAACCTGAT      TTAAGCATTTTTT ATAAAA GAAAAATGCTTAA       TATTTGGAGAATTCT  71 48
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        basI 1142593 .. 1142621 +  -8.9  -2.80612   TACACGACAAATTTC        ACAGAACCCTTAT CCT ATCAGGGTTCTGC        CTTCTTAAAATTGCC  73 99
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HBN41_RS05385 1167829 .. 1167848 +  -8.6  -5.45652   TTCAGCCATAAAAAA            GCCAACTG ATCG TAGTTGGC             TTTTTTATTAAGGGT 100 45
        glnA 1174288 .. 1174317 + -16.7  -3.37499   GTAATACATACTTCA       TAAAAAAGCCTGC TTAT GCAGGCTTTTTTA        TTGCTTGGAATGTTG 100 37
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        sthA 1198202 .. 1198233 +   -11  -5.06816   TAAATAAGTTTTTCA      TGAAAAAGCCCACA AACT TGCGGGCTTTTTTA       TTTTTATTAGACCAT 100 44
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        pheA 1256366 .. 1256397 +  -6.8  -2.70932   TCACTCATGTTGGAA      TAATGACATGTATCA AGA TGG-GCATGTCATTA      TGCTTAAAAAACAAA  59 41
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        rhlB 1268970 .. 1268989 + -10.8  -5.96521   TTGCTAATAAAAAAA            TCCCAATC AAAT GATTGGGA             TTTTTTTTGATTAAT 100 34
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        purF 1276684 .. 1276712 + -16.2   -4.4648   AGAATAGAAATAGCC        GAAAAAAGCGGG TATTT CCCGCTTTTTTC        TTTTATGATGAAACT 100 34
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        tsaD 1284259 .. 1284270 +  -2.2  -3.79445   TTGGTAAGAAGAAGT                TGAG TGGC CTCG                 TTTAAATTGATAATT  51 404
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HBN41_RS05995 1293164 .. 1293183 + -10.8  -5.17353   TAATTTTTATTATTA            GGGAAAAC AGCC GTTTTCCC             TTTTTTCATGACTGT 100 38
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HBN41_RS06035 1299938 .. 1299973 +  -7.9   -2.7166   CTGAAGATTTAAAAA   GTA--ATCTTTCCTCTG TTTC CAGAGGAAAGATAGTAC    ATATTCATTTTTTGA  65 378
        gltS 1304880 .. 1304891 +  -7.2  -5.24531   GCTTAATTAAAAAAA                GCCC GTAA GGGC                 TTTTTTATGGGGCAT  91 35
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       csuAB 1308686 .. 1308713 + -11.4  -4.18018   TAATTAATTGAGTAG        CAGGTTTGCTCA AATA TGAGTAGACCTG         TTTTAAATGGAGGGA 100 55
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        mnmG 1355203 .. 1355220 +  -9.1  -5.86976   TAAGCGTGTAAAAAA             GCCCGGT TAAG ACTGGGC              TTTTTTATTTTCTGA 100 46
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        mutL 1433556 .. 1433570 +  -2.1  -3.13773   ACTAGATAAATTATT               TGCTC GAGGA GAGTA               GTTTTACATGTCAAA  42 10
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         hfq 1435143 .. 1435160 +  -9.9  -5.68039   TTAGCTTGAAAAAAA             CCAGTCA GTGA TGACTGG              TTTTTTTATGGCTTT 100 45
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        pepN 1459389 .. 1459415 + -10.2  -6.38655   ATTCATGTTTTCAAA         GCGCTATTTCTT TAA AAGGGGTAGCGC         TTTTTTTTTATATTT 100 57
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        mgtA 1486880 .. 1486896 +  -2.3  -2.91924   CAATAAAACAATAGG              TGCAA AATGAAA TTGCA              ATTTCTACAACATAC  41 35
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        aceI 1492831 .. 1492852 + -13.1   -5.1675   TAGATTGAAATGAAA           TAAGCACCC AGAT GGGTGCTTA            TTTTTTGGTCGATAA 100 47
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        amvA 1500574 .. 1500616 +  -8.1  -3.10715   AATATTTTTCACAGT ATTTAAAGTTTCGGTAGAAA ACTT TTTCT-TCGAAACTTTAAAA TTCACTGATAGTCCA  70 39
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HBN41_RS09110 1921398 .. 1921410 +  -3.5  -4.25104   AAACAATAATATTTT                TTTAA TAA TTAAA                TTTTACTAAGAGAGC  58 198
HBN41_RS09115 1923034 .. 1923047 +  -2.4  -3.96216   AGTGATTACGGTCTT               TACC GTAACA GGTA                TTGTTTAAATCAGCA  53 4
HBN41_RS09120 1923907 .. 1923935 +  -8.9  -2.80612   TACACGACAAATTTC        ACAGAACCCTTAT CCT ATCAGGGTTCTGC        CTTCTTAAAATTGCC  73 58
HBN41_RS09130 1926398 .. 1926419 + -10.3  -5.72622   TTCCAAATAAAAAAA           CTGATTTAG GCAA CTAAATCAG            TTTTTTATTTATCGA 100 50
HBN41_RS09140 NONE
HBN41_RS09145 1930155 .. 1930169 +  -2.8  -3.04517   GCTATTCCACGTTTA               GCTG AATAGCA CAGC               GTTTTAAAAGCACAT  43 17
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HBN41_RS09155 1932015 .. 1932035 +  -7.6  -5.60993   ATTAATTCACCACAA            TCACGATC AATCC GGTCGTGA            TTTTTTTATAGGAAA 100 36
HBN41_RS09160 1933010 .. 1933055 +  -9.4  -5.37593   ATCATTTTTAAGTCA TAAAAAAAAGCCTTTTATAT CAACAA ATATAAAAGGCTTTTATCTA TTTTTTAATTTAAGA 100 30
HBN41_RS09185 1938091 .. 1938110 +  -3.6   -4.6038   AAGGTTAAGATAAAA            GATTGCAT AACG ATGAAATC             TTTTGATTTGGTATA  63 33
        modA 1939040 .. 1939056 +  -3.7  -3.00574   ATGGCTTTAGCGTGT              TGGCT CCAGTCA AGCCA              TGATGTTTTCTCTAA  46 6
        modB NONE
HBN41_RS09200 1940415 .. 1940430 +  -3.3  -2.58544   AACTTACGAGAGTCG              GAGTT ATAGAG AACTC               ATTCTGAGCCTGCGG  44 67
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HBN41_RS09210 1942274 .. 1942290 +  -8.7  -4.99035   TTTAAGATATAAAGA              GCAGGTC ATT GATCTGC              TTTTTATATGGGTCG  95 82
HBN41_RS09215 1943171 .. 1943197 +   -11  -2.66602   AAACTGTTATAAAAA         TAAAGGACAGCA TCA TACTGTCCTTTA         TGCATTCTTAAATGA  82 50
        ppk1 1947384 .. 1947412 +  -8.9  -4.18697   CTGGGTAAGGCATAA        GTCATAACAGAAC ATT GACCTGTTATGAC        TTTTCAAATGCTTTT  88 33
        pqqA 1947693 .. 1947727 +   -13  -3.97388   TTTCTATTCAAATCT     GTCATAAGCCCTAG TCTTGTT CTAGGGCTTATGTC     TTTCTAATAAGATAT 100 44
        pqqB NONE
        pqqC NONE
        pqqD NONE
        pqqE NONE
HBN41_RS09255 1952101 .. 1952133 + -10.7  -5.18643   AGTGGTTTTCACTTA      CGCTCATTTCTTTTT GAG AAGTAGAAATGGGCG      TTTTCTTTTGCTTAA 100 197
HBN41_RS09260 1952699 .. 1952716 +  -7.7  -3.83768   TAAAGTTAAATGCAA             GGGTTCA TACG TGAGCCC              TTTAAATATTATTTT  74 38
HBN41_RS09265 1953217 .. 1953248 + -13.2  -2.70979   TAAAATTAGAAATGA      TTGAGGCGAAAC AACTAAAC GTTTCGCCTCAA       TACATTTAATTAAGA 100 66
HBN41_RS09270 1954054 .. 1954078 +  -5.8  -3.78409   GTTGGCTTGGTAATC          TAGCCAAG TAATTTGGC CTTGGCTA          TTTAGCTTAAGTTGA  60 148
HBN41_RS09280 1956463 .. 1956478 +  -8.2  -5.31456   GTTAAAATTCAGCAA              CCGCCT TTTG GGGCGG               TTTTTTGTGGCTTAA  93 89
HBN41_RS09300 1962095 .. 1962128 +  -8.4  -5.52384   TAAGAGAAGTAATCT     GATAGAAAACCTCTT CACTT AGGAGGTTTTCT-TC     TTTTTTTAGTACAGG 100 59
HBN41_RS09305 1963414 .. 1963430 +  -9.4  -4.93318   AAATGAAATAAAAAA              GGGCTG TGATT CAGCCC              TTTTTATGACTTATA 100 39
HBN41_RS09330 1970003 .. 1970019 +  -5.1  -3.54051   TTTAAGAAGGCAGAA              CCCTGAT AGG ATAAGGG              TTCTGTGAAATTTGT  56 1
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HBN41_RS09380 1982179 .. 1982209 +  -3.3  -5.42259   CATCTAAAGCAAAAA       TAAGCTGATTTGG AATAC CTCTATCAGCTTA       TTTTTTTAAGAGTGA  76 65
        adeR NONE
        adeS 1990079 .. 1990089 +  -2.6  -5.04325   TAACCTAACCAAGAT                 TTAT AAA ATAA                 TTTTTATAATTTAAA  66 107
       adeT1 1991168 .. 1991194 +   -11  -3.15252   TGTATAGACTTAAAA         GGTAGAACCTAT AGT ATAAGTTCTACC         TTAACTCATTCATTT  84 77
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HBN41_RS09430 1995112 .. 1995135 +  -7.5  -4.56702   TTAAATCTTTTAAAA          CACGGATGT TTTGAT ATATCCGTG           TTTATTTAATTAGCA  82 37
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HBN41_RS09445 1997264 .. 1997281 +  -6.9    -4.788   AAATTTAAATGAAAA             GCCCCGA ATAT TCAGGGC              TTTTTAAATTGCTTT  83 39
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HBN41_RS09570 2021599 .. 2021610 +    -3  -4.46926   TATTAAGACACTATT                GATT TTTC AATC                 TTTTATCATGACCTG  60 461
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HBN41_RS09675 2042017 .. 2042032 +  -2.6  -2.80935   GTATTATCGATCGGT              TGAATT GCAA GATTCA               TCTGGTAAATAAACT  42 48
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HBN41_RS09685 2045468 .. 2045498 + -14.3  -2.68356   AAGCGATCTAAAAAA       TAAAAAGAGACCA CAAGT TGGTCTCTTTTTA       CTTCTACATTTAGGT 100 30
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HBN41_RS09700 2049023 .. 2049041 +  -8.9  -5.07011   ATAATTAAGAAAAAA             GAGACCA TTCAC TGGTCTC             TTTTTAGTTTCTATG  95 57
HBN41_RS09725 2057243 .. 2057258 +  -3.3  -2.95081   ACTCAATAGCTAAAT              GAAAC TCAATT GTTTC               TAATATTTTAGATGC  45 28
HBN41_RS09730 2058649 .. 2058668 +  -7.8   -3.6849   AGTATAAATAAGAAA            GGGGCTAA ATCA TGAGCCCC             TTCTTGACATTAAAT  73 43
HBN41_RS09750 2061549 .. 2061584 + -11.4  -2.94218   GTTTTCTTATCAATG    CCAGCAAAGTAT-TCCA ATA TCGACATACTTTGCTGG    TGTCTCATCAGAGAT  86 40
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HBN41_RS09860 2091851 .. 2091887 + -10.3  -4.35044   TCCATTTATTTAAAA    CCCTAAAAGCAAGCC CATCGCT GTTTTGCTTTTAGGG    TTTATATTTGAATCA  95 60
HBN41_RS09870 2093276 .. 2093302 +  -8.1  -5.72616   CATAAATTTAAAAAA         CGAATTACAGA ATTAA TCAGTAATTCG         TTTTTTTATATACAT 100 132
HBN41_RS09895 2098276 .. 2098311 +   -18  -3.67564   TAATTAATGTAAATC    TTATAAAGAAAGCATG TCAT CATGCTTTCTTTATAA     TTTACCTGAATCATT 100 57
HBN41_RS09900 2099274 .. 2099302 + -14.8  -5.30155   AATATTTTAAAAAAA        GAGAACCAGAAT TTTAT ATTCTGGTTCTC        TTTTTTAATTCATAA 100 49
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HBN41_RS09920 2104717 .. 2104737 +  -4.8  -3.71804   TAATCATCAGTCAGT            TAGCTTAG GATCG TTAAGCTA            TGTTTTGAGGTTTAA  58 38
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HBN41_RS09995 2123066 .. 2123089 +  -6.1  -2.89683   TATTCTTGAAAAAGA          TGATCTTGT TAAAAC ACAAGGTCA           TCTATACCATAGGAT  58 45
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        catC NONE
        catA 2128316 .. 2128349 + -10.5  -2.89178   GCTTAATTGAAAGTG     TATGTGAGTTAAAAG TTCG CTTTTGACTCACAAA      ATTTACTCCATTTAT  81 35
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HBN41_RS10035 2129875 .. 2129891 +  -5.1  -5.28166   GAGGCATGGAAGCCT              CCTCTGT TCA ACAAAGG              TTTTTGTTACTTTTG  79 116
        pcaF 2131402 .. 2131413 +  -2.2  -3.53012   CTTTGATTATTGAAC                GTGT TGAA GCAC                 TTTAAGGAGAAACAA  46 9
        pcaD 2132245 .. 2132258 +  -5.2  -5.60689   TTCATTTCAAAAAAA               GGCC TATAAC GGCC                TTTTTTATTCTCTCA  87 62
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        gcvH 2161673 .. 2161691 +    -6  -5.77988   GTTTTAATAAAAAAA             CCAGTTTA GAT TTAACTGG             TTTTTTTATATATGT  95 51
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        putP 2164365 .. 2164378 +  -9.5  -4.53857   ATTGAAATAAACAAA               GGGGC TTCG GCCCC                TTATTTATTTTTAGT  91 44
        putA 2168764 .. 2168785 +  -8.8  -5.68438   GTAATTTTCTAAAAA           GCCCAAAT TACGAT ATTTGGGC            TTTTTTGTTTAATAA 100 45
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        trmA 2170542 .. 2170564 +  -9.3  -4.62904   TGTAACCCTATTTTA           TAAGGAGAT TAAAT ATCTCCTTA           TTTTTCAAGGTGTTT  90 55
HBN41_RS10210 2170999 .. 2171015 +    -8  -5.63645   TTCATTAATTAAAAA              GCCAGT CTTGT ACTGGC              TTTTTTATATTTTAC 100 33
HBN41_RS10220 2172558 .. 2172574 + -10.9  -5.01732   TATCTAATTAAAAAA              GTCCTCA AGT TGAGGAC              TTTTTTAGAAAACTT 100 34
HBN41_RS10230 2173824 .. 2173841 +  -8.3  -5.22006   TAGCTCATAAAAAAA             GCGCCCC AATC GGGACGC              TTTTTATTCTGCTCA  93 42
HBN41_RS10240 2177557 .. 2177574 + -12.7  -5.80727   CTGATTATATTAAAA             GCCCGCT CTTC AGCGGGC              TTTTTTATTATTTTT 100 42
HBN41_RS10250 2178374 .. 2178400 + -18.2  -5.00895   GTTATAAATTAAAAA         GGGCCTAAATCT TTT AGATTTAGGCCC         TTTTTGTATAATAGA 100 43
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        ruvC 2182476 .. 2182501 +  -3.3  -3.68757   CTGGCCTGCATATTT         TTGCTGCAA CGCATAAA TCGCAGCAA          TTCTGTCATTTTCAA  52 319
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HBN41_RS15335 3194321 .. 3194360 + -25.4  -4.36914   TTATCTTGTACAAAA  CAGTAAAAAGCTGGCTTG TTCC CAAGCCAGCTTTTTACTG   TTTTGTACACCAGCA 100 111
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HBN41_RS15405 3213823 .. 3213864 + -14.1  -2.68305   CTTAACTTTTAAAAA CTTAGAAAAAAAGATGCAT ATGA ATGCATCTTTTTTTATGAG  TAACTTACTTTTTAG 100 36
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HBN41_RS15425 3219508 .. 3219537 +  -2.9   -3.1136   TGAAATTTTAATAAA       CAGTACGGCTGA CCTTAAA TCT-CCGTACTG       TGCTTTCTTGCAATT  45 60
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        tcuB 3224089 .. 3224103 +  -7.1  -5.47159   CTTCCTAATAAGAAA               CCGCT ATAAA AGCGG               TTTTTTATATTCAAC 100 59
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         add 3232547 .. 3232569 +  -8.4  -2.88544   GATTCGAACCTGTGA           CCATCCGCTT AGA AGGCGGATGC           TCTATCCAACTGAGC  66 492
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HBN41_RS15730 3280051 .. 3280075 + -13.7  -2.92618   CAAAAAGAGTTAAAA          CGAGAGCCTAA AGC TTAGGCTCTTG          ATTCTTCTGTACAGA 100 8
        polA 3287004 .. 3287020 + -12.3  -5.63374   TAAACCAATAAAAAA              GGGCTGT AAT ACAGCCC              TTTTTTTAATCTTAC 100 49
        trxA 3292768 .. 3292789 + -10.3  -5.45726   CGTTACAGATGAAAA           TACGCTATA CCTT TATAGCGTA            TTTTTTTCGGCTATA 100 48
         rho 3294357 .. 3294376 + -11.4  -5.72053   TATTTATTCTAAAAA            GGCCGCTC TATT GAGTGGCC             TTTTTTATTTGGTTG 100 47
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        nreB 3303312 .. 3303325 +  -6.7  -5.10933   AATCATTTTAATAAA               GCATC TTCG GATGC                TTTTATTTTAAATAA  85 44
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        rsfS 3328332 .. 3328361 + -13.7  -4.14541   AAAATTTTGCTTTTA       AAAAAAGCGGCTC TTTT GAGCCGCTTTTTG        TTTATATACTTACTC 100 39
HBN41_RS15965 3329410 .. 3329423 +  -8.1  -5.71712   TCAAAAAATAAAAAA               CCACC CGAA GGTGG                TTTTTTTATATCAAA 100 44
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        infA 3483679 .. 3483696 +  -5.5  -5.52096   AGTGAATGCAAAAAA             GCCACTT CATC ATGTGGC              TTTTTTATTGCGTTT  87 43
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        dinB 3771482 .. 3771505 +  -6.2  -3.04398   TCCTTATGGTAAGTG          TTGTTTTTTT ATAC AAAAGAACAA           GTTTTAAACAAAAAC  59 29
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        rpsL 3048447 .. 3048461 -    -2   -3.8646   TATGAAGAATTCAAA               CAAGCG AAA CGCTAA               AGGGCTTTTGGACTA  50 52
        rpsG 3047714 .. 3047740 - -11.6  -3.65542   GTTATCTTTAAAACA         GGGCGCACCAAT TAA ATTGATGCGCAC         GAATACTCAAGCGGG  93 143
        fusA 3045469 .. 3045491 - -12.1  -2.77899   TTCCTTTATTAACTA           CTCATGGAG GGTCA CTCCATGAG           CACTTGGTTTTTAAC  87 75
         tuf 3044219 .. 3044236 - -10.5  -5.71712   TTCGATATAAAAAAA             GCGCCCC AAAA GGAGCGC              TTTTTTCACTGAAAA 100 45
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        rimI 3040989 .. 3041001 -  -6.3  -3.28416   TATGATCTATATGAA                CGTTA CAT TAACG                AGCGCCATGCCGATG  60 519
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        rhtC 3034707 .. 3034735 - -13.4   -2.5619   CTAAAAGTTAGTAAT        TAAAAAAGCCTC ATAAA GAGGCTTTTTTA        TTATCTGGATTTATC 100 36
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         rep 3026290 .. 3026312 -    -2  -5.85011   TAAAAATTAAAAAAA           TTAACGCTTT AAT AAAGCTTTTA           AATTTGCCAAATATT  78 3
         dut 3025764 .. 3025788 - -12.3  -4.62471   TTCAAGGTGTAAAAA          GAAACACTTGT AAA ACAAGCGTTTC          TTTTCATTATTTTTT 100 50
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        ssrA 2998483 .. 2998507 -  -9.4  -5.19261   AAAGGCATTAAAAAA          GCCCTAAATC ATTAA GATTTAAGGC          TTTTTGATCAACTCT 100 73
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HBN41_RS00185   46355 ..   46385 - -11.3  -5.05505   ATCAGAAATTAAAAA       GAAGGCGGATATT GATAA AATATCCGCCTTT       TTATTGCGCTGATTC 100 83
HBN41_RS00160   39522 ..   39550 -  -3.9  -4.61482   TTGCTTAAAAAATAA        CATTTAAATCGCT TAT AACGCTTTAAAAG        TCGACATGCACCCGT  65 68
         ppc   36688 ..   36710 - -10.6   -4.8622   TTTTGCAAGTAAAAA           GCAGCACATC CGA GATGCACTGC           TTTAAGAAAGTAGTT 100 53
HBN41_RS00150   35117 ..   35132 - -10.4  -5.27477   ATCGGAATGAAAAAA              GGCAGC TTGC GCTGCC               TTTTAGAATTTAGGT 100 35
HBN41_RS00145   33992 ..   34003 -  -3.6  -3.46602   GTTTTTACACCATAA                CCCG ATGT CAGG                 GATAACACTGGACTA  50 194
         fmt   28605 ..   28618 -  -2.3  -2.62246   TGAATTTGAAGTAAC               CTGAC TCAT GGCAG                AATCTGTCCTACGTG  40 17
        rsmB   27287 ..   27303 - -10.1   -5.1675   TGATCTAGTAAAAAA              GCAGGCA TAA CGCCTGC              TTTTTTTATGTAATC 100 31
HBN41_RS00105   24255 ..   24271 -  -9.5   -5.4505   TGGTTGAATAAAAAA              GAACTCT TAT AGAGTTC              TTTTTTATATGGGGA 100 62
HBN41_RS00065   14808 ..   14837 -  -3.1  -3.21695   TTATGACCAATTTAA       TAACAGCATTTC GGGTCAG GAAATG-TGTTA       TGAGGTCGAATCAGT  46 64
HBN41_RS00060   13869 ..   13886 -    -7  -6.23545   TTTAAATAAAAAAAA             CCTCTC TATGAT GAGAGG              TTTTTTATTTATAAG 100 42
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HBN41_RS00035    7542 ..    7575 -  -2.4  -5.42605   CTAATAAAAATAAAA     GCCAGTACAGATAC TTAAAT ATACGAGTACTGGC      CAAGGTATTTAATTT  72 34
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HBN41_RS00030    6715 ..    6743 - -13.4  -4.10672   TTAATCTAAATCAAA        TAAAGGGAATGA TTGAT TCATTCCCTTTA        TTTTTAGCTATATAA 100 58
  aph(3')-VI    4627 ..    4646 -  -2.2  -4.72497   TAGTTACCAAGAAAA            TGTTCGCTG TTT CA-CAAACA            ACATTCCACAAAAAG  64 83
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HBN41_RS19255     724 ..     735 -  -2.2  -4.25104   CTTTTGGCAGGAAAA                GAAG CAAG CCTC                 GTTGAATTCTTCTAT   0 30
