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CDIF29688_RS03795  725382 ..  725393 +  -4.4  -2.74012   GTCTCCATATTTAAA                CCTT AGTA AAGG                 TAGTTAAAGTGGTAG  48 347
CDIF29688_RS03800  726475 ..  726488 +  -2.5  -3.31799   GATATTATAATTTAT               TATTA GTAT TAATA                TTCTAGGGAATTATC  42 158
CDIF29688_RS03805  727025 ..  727043 +  -2.5   -4.1899   ACAATGTGTTGACAT             GTTGTAT CTATC ATATAAC             TTTTAGATAGGATAA  51 1
CDIF29688_RS03810  727672 ..  727682 +    -4  -3.68351   TGATATATAAGTTTA                 TAAG GTT CTTA                 TTTCAATAATGCAAA  52 310
CDIF29688_RS03815  728983 ..  729017 + -11.6  -3.78934   AGATATATAAGCTAA     GGAGATGATTCAAAAT AAA AGTTTGAACCATCTCC     TTCTTATAGAAAAAC  95 138
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CDIF29688_RS03975  762104 ..  762114 +  -2.6  -4.99134   ATTAATAAATTTGAA                 TATT TAT AATA                 TTTTTAATTTGAAGT  61 225
CDIF29688_RS03980  763099 ..  763135 + -15.6  -5.54264   ATTAAACAATAAAAA    TAAACAGTTAGTAAAA ATTTA TTTTACTAACTGTTTA    TTTTTTTACCTATTT 100 46
CDIF29688_RS03985  764815 ..  764846 +    -3  -5.86609   TTTTTAGATTATTTA      TACCCAATCGAGTT GCTT AGGTCAGTTGGGTA       TTTTTATTTTTTTAA  74 180
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        zapA  799895 ..  799919 +  -7.2  -4.30909   TAAACTAAAAGATTT          GCTGTCTC TTGTTTTTT GAGACAGC          TTCTTTTAATGTATA  76 38
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        thiI  869852 ..  869877 +  -4.9  -3.55603   GACAATTTATTAATA         TGTAGTATTTA AAAA TAAGTACTATA          ATTTTATTTAATGGG  56 110
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        recQ 1989580 .. 1989604 +  -5.1  -6.09196   TATACGATTATAAGA         GTGC-TTTCC AAACGA GGAAAAGCAC          TTTTTTTATTTTCAA  86 295
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        grdB 2030084 .. 2030123 +  -8.2   -5.8187   ACTGAAATAAAAAAA  GATATCAAAAAATAATTT TTTA AAATTATTTTACGATATC   TTTTTTTATTAGGTA 100 58
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         gap 2056897 .. 2056935 +  -4.3  -5.68438   TAAAACTAAAAAAAA  GATTATGAAAAATATT GAAGGAAA AAT-TTTTTCATAATC   TTTTTTCTTTCATGC  75 90
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CDIF29688_RS10400 2064982 .. 2065014 +  -3.6  -5.27938   ATATTTACAGTTTAA      TGGCAGTTTTAA AATAATAAA TTAAAGCTGTCA      TTTTTATTTAAAAAT  68 199
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CDIF29688_RS10430 2071328 .. 2071344 +  -5.3  -2.80784   GTTAAAAAAATACTT              TAATATT TTT AATATTA              TAATTAATAGATTTA  51 166
        larE 2072327 .. 2072337 +  -2.6  -2.66152   TAAGGAAACAGGAGG                 TTTT ATG AAAA                 ATTATACGTTAATAT  39 76
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        truA 2078242 .. 2078266 + -12.2  -5.28755   AACGCGGATATATTT          CGTCTCTTGG TTTTT CCAAGAGGCG          TTTTTTAATATATTT 100 334
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CDIF29688_RS10475 2082313 .. 2082345 +  -8.7  -3.72051   ATAAAAGCACAAAAA      TAAGGATGTAGAT TAGCTCC ATCTATATCCTTA      TTTAAAGTTATTAAA  77 71
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CDIF29688_RS10510 2087537 .. 2087547 +  -2.6  -4.22948   AGTCTAATTATATAG                 TATT TGT AATA                 TTTTAAATGAATTTT  51 42
CDIF29688_RS10515 2087888 .. 2087902 +  -5.8  -3.88603   TCAAAATTAATTTTA               GAATAT TGG ATATTC               TTACTTTTTGTACAT  63 31
CDIF29688_RS10530 2091798 .. 2091849 + -19.4  -3.09648   AAACAGTTTATAATA TATCTAAATAAAAATAAGAGTATA TCAA TATACTCTTATTTTTATTTAGACA TATTAGCCTATATTA 100 28
CDIF29688_RS10550 2095468 .. 2095500 +  -5.1  -2.55803   AGTAATATAAAAAAA      TTTATATAAATAAGC TAA GATGATTTATATAAA      ATTACTGATAATTTT  50 99
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CDIF29688_RS11975 2387704 .. 2387715 +  -2.2  -4.42235   GATGAGCAGTGAATA                TTGC AGTA GCAG                 TTATTTTTACACCTT  56 491
CDIF29688_RS11985 2389238 .. 2389288 + -10.8  -3.08187   TTTATAAAACTAATT TGAAATAGACTTTCTAAATCTAAT ACA GTTATTTTTAGAAAGTCTATTTCC TTAAATAAACTATTT  83 191
        typA 2397502 .. 2397543 +   -12  -5.29846   CTCTAATTAACAAAA TAGCCATATAGTACTGAAA AATTA TTTCAGT-TTATATGGCTA TTTTTATTTGAAATT 100 54
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CDIF29688_RS12040 2403494 .. 2403506 +  -6.3  -3.06483   TAGCCATTTTAGCTT                CCTTA AAA TAAGG                TGTATCATTTAAGTG  60 338
CDIF29688_RS12050 2405319 .. 2405356 +  -4.3  -4.74013   AATATTAATAAAAAA   GCCATTAGAATTAAT TGATTTAC ATTTATCCTAATGGC    TTTTATATATTTAAA  65 41
CDIF29688_RS12060 2408700 .. 2408758 + -14.4  -3.16651   TTTTAACACAATAGA GAAGTAAAATAGATTATCTTTAATGTAA ATT TTTTATTAAAGACACTCTATTTTACTTC TCTATTAGCTTCTTT 100 343
CDIF29688_RS12075 2410924 .. 2410944 +  -9.8  -4.80455   AATTTTATTCATATA            CAGCTGAT ATTAA ATCAGCTG            TTTTCTATTTAAATA  93 55
CDIF29688_RS12110 2417314 .. 2417324 +  -2.6  -5.28481   ATAGACTGATAAAAA                 TAAT TAT ATTA                 TTTTTTAGTTACATA  63 105
        ytaF 2429011 .. 2429068 + -10.9  -5.30448   GATTTATGAAGATAT GTTAATAAGAAAGCAATCTAAAGATAA ACTT TTCTCTTTAGATTGCTTTCTTTTGTGC TTTTTATATTTATTT 100 21
CDIF29688_RS12215 2439889 .. 2439908 +    -8  -5.46698   TTTCTTTTGTAGAAA            CTTTTCTT TACA AAGAAAAG             TTTTTTGATTTTGGA 100 333
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        hydF NONE
        hydE NONE
        hydG 2443922 .. 2443935 +  -2.5  -3.48027   GCGTGGAGAAAGAGA               TTTAT ACCT ATAAA                ATTTTATTACTTATA  44 13
CDIF29688_RS12240 2444461 .. 2444505 + -12.6  -2.92917   GTGGGTAACTTAAAA GAGTTATCTCA-TTTCAGAAA TAAT TTTCTAAAATTGAGATAACTC CTATTTTCATTTAAT  91 33
CDIF29688_RS12280 2452406 .. 2452416 +    -4  -4.59027   TAAATACGTTGGGCT                 TGAA CCT TTCA                 TTTTGTCTAGTGGTT  65 346
CDIF29688_RS12310 2459169 .. 2459191 +   -10  -3.73414   CCTTTATACAAAAAA           GGAGTATTAA TAA TTAATGCTCC           TTTAGCTATACTATA  85 98
CDIF29688_RS12330 2466055 .. 2466106 +  -3.4  -2.91912   CTAAATTATTTAATC CTACAGCTTAACTATATAAAT-TTG TTC TAACATTTATATAGTTAAGCTAAAA TATCTGAATAAATAA  44 37
CDIF29688_RS12400 2483324 .. 2483334 +  -2.6  -3.79419   GAATATTTTTCCATT                 TAAT ATT ATTA                 TATTTTATAAGAGCA  47 69
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CDIF29688_RS12575 2517279 .. 2517292 +  -6.7  -2.61274   CCTGTATGACACGGG               CCCAT AAGA ATGGG                ATTGGTTGAAATACC  60 305
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CDIF29688_RS12595 2518983 .. 2519023 + -15.8   -5.4251   TTTTTAATAAAAAAA  TCATGCTACATCAATAGT AAGCA ACTATTAATGTAGCATGA  TTTTTTGTATCTAAA 100 296
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CDIF29688_RS12750 2557303 .. 2557336 +  -2.7  -5.93809   TGTATAAATTAAAAA    CTACTCCTTTGACTT ATATAA AAGT-AA-GGAGTAG     TTTTTTTTATGAAGA  75 34
CDIF29688_RS12765 2560407 .. 2560451 + -12.6  -2.78935   AAAGTTAATAAAATA TACAATAAAAAATCGAGGCAT TATA ATACCTCGA-TTTTTATTGTA TCTAGTACAAACTAT  90 50
        ytvI 2576817 .. 2576842 +  -2.6  -4.99435   TATTTAAATTAAAAA         GGGCTT-TCTC AAATA GGGATAAGCTC         TTTTTAATTGTTAAA  61 58
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        modA 2615316 .. 2615326 +  -5.4   -3.1154   ATATTTAAAAAATAT                 GGTT TTG AACC                 TGTTAAGTAGTGATT  56 5
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        rpmB 2908211 .. 2908244 + -12.7  -3.96337   AGCTTAGTAACCACG     TTTAAAAGCCTACTT CCGT AAGTAGGCTTTTTAA      TTTAATCATTTTTAC 100 34
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CDIF29688_RS15095 3081989 .. 3082010 +  -8.9  -3.18383   TATAAAATAAAAAAA           TCTATACTT TTAA AAGTATAGA            TTCCTAACTGACAGT  76 87
CDIF29688_RS15140 3093700 .. 3093733 + -14.2   -2.8919   GATTTAAAACTCACA     GACACAGTTTAAAA CAATAA TTTTAAACTGTGTC      ATCTTTTATACCTAT 100 34
        pdaA 3100342 .. 3100364 +  -2.9  -4.31837   ATAGCTACACATCTA           TTTTTAATT TATAC AATTAAAGA           TTTATTCGATTTATT  54 349
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CDIF29688_RS17360 3649329 .. 3649348 +  -3.6  -5.03715   CTAAAGAAAATAATA            TTATGCAG GAAT CTGTATAG             TTTTTTAAGGGTAAT  65 6
CDIF29688_RS17380 3653963 .. 3653989 +  -4.5  -5.24799   AAAAAACACTGTAAA         TCCGCATGA TAACTAAAT TTATGCGGA         TTTTTGTGTTTCTGA  73 87
CDIF29688_RS17390 3655904 .. 3655936 + -10.7  -5.43329   ATTAATTATATTAAA      GCCATAAATACTGAA TTT TCCCGTATTTATGGC      TTTTCTTTTATTTTT 100 250
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CDIF29688_RS17400 3658873 .. 3658910 + -12.9  -2.92267   TAAAAAATTAATATT   TACCAAATCGTCAAGCT TAGA GGTGTGACGATTTGGTA    TACTTCATTTATAAG  93 30
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CDIF29688_RS17510 3682369 .. 3682402 + -10.5  -5.57729   AACAAATACTAAAAA     CCGTCAAGCACGAATA AAC TATTCAT-CTTGACGG     TTTTTTATGTTATTT 100 52
CDIF29688_RS17575 3697968 .. 3697990 + -10.7  -5.43414   GAGTGATAAATTAGA           CGTACAAAG TATAC CTTTGTACG           TTTTTTGTATATAAT 100 298
CDIF29688_RS17580 3699113 .. 3699129 +  -2.3  -2.64354   GCTTTATCATACGAT              TTAGTAT AAT ATACAAA              CTTGTAAATATATAA  38 17
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        dapD 3701974 .. 3702015 + -10.3  -5.10077   TAAAAAATTAATTAA AAAGGTGTCTCTGTGTGAAT TTA ATTCAC-CAGAGGCACCCTC TTTTTTACAATATTT 100 84
CDIF29688_RS17605 3704440 .. 3704494 + -10.5  -4.27117   TTTGTACATAATAAA TCTCAATCTATTTAGGTATTCATATT CATC AATTTGAATATCTAATT-GATTGAGA TTTCTATTCTAAAAG  93 43
CDIF29688_RS17625 3709447 .. 3709459 +  -4.9    -3.671   AGATTCTGCAAAACA                CTTAT AGT ATAAG                TTTAAAGCTTTCTTT  57 14
CDIF29688_RS17705 3727914 .. 3727948 +  -7.2  -4.41548   ATACATGTATAAAAA     GTGTCAAAAAATAGAC ACC GTCTTTTTATCGACAC     TTTTCTAACATATAC  79 47
CDIF29688_RS17715 3729297 .. 3729320 + -16.8  -4.25527   ACACCTGGGTATCAA          CAGGGCTGCT AATT AGCAGCCCTG           TTTCTCTATATTTAT 100 54
CDIF29688_RS17720 3730144 .. 3730155 +  -5.8   -4.5081   GATATTTCTAATCCT                TGGG GAAT CCCA                 TTTATTTCAATATTT  71 174
CDIF29688_RS17730 3731300 .. 3731343 +  -9.3  -5.42975   ATTAAAAACTTATTT TATATAAAAAGAGTTGTCCA TTTTT TAGACAACTCTTTTT-TATA TTTTTATTTGTATAC 100 67
CDIF29688_RS17755 3739323 .. 3739336 +  -3.9  -4.76312   AAATTTATTATAAGT               TTTCT TGCC AGAAA                TTTTTAGGTGTTATA  65 401
CDIF29688_RS17810 3749077 .. 3749108 + -13.2  -3.65294   AATGATTTATTCATT      GAAATCGTCTTGAT TGCC GTCAGGACGATTTC       TTAGTTTATGTAAAG 100 253
CDIF29688_RS17815 3749693 .. 3749715 +  -4.8   -3.0371   CAAAGAAATGAAAAA           GCACTCTCCA TAA TGAAGAATGC           TCTATATAATAATGT  50 30
CDIF29688_RS18110 3790909 .. 3790934 +  -7.7  -5.92399   AATGAGAAAAAATAA         GAAAGAGAAGA AAAC TATTCTCTTTC          TTTTTTATTTTCTTG 100 26
CDIF29688_RS18115 3793015 .. 3793049 +  -6.6  -4.51174   TAAAATAATAAAAGA     GCTACTTAAAATGATT AAA ACTAATTTTAAGTGGC     TTTTCCTTATGCTCA  76 33
CDIF29688_RS18120 3794965 .. 3794977 +  -3.5  -4.73448   CAAACAATTATACTT                TAATA AAA TATTA                TTTTTGAATATCTAT  60 48
CDIF29688_RS18125 3796581 .. 3796591 +  -5.4  -3.14522   TTTAAATAATAAAAA                 CTGA CTG TCAG                 TTAAATGTCAGTTGA  56 32
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        feoB 3808047 .. 3808085 +  -3.3  -5.24531   AAATAAGATAAAAGT  GGGTGTCTCA-AAATTAA CTTT TTAGTTCATGAGGCACTC   TTTTTTATAGAAAAT  66 61
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CDIF29688_RS18580 3896277 .. 3896317 +  -4.3  -4.35693   TTATAAATTTGCAAA  TAAGCTATATTAAAAAATA TAA TAATTTTTTATATAACTTA  TTCTTTTATAACTTT  60 299
         cls 3913604 .. 3913614 +  -2.6  -4.41844   TTATCAGCAGTTTTA                 TAAA TCT TTTA                 TTTTATAAAAATTTT  54 23
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        nagA 3977217 .. 3977240 +  -9.6  -4.54821   TATGTTAAATATAAA          GCAGAGTAGT TAAA ACTACCCTGC           TTTTGTAATTAAAAT  88 385
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       blaR1  548620 ..  548634 -  -4.4  -2.55351   GCCTTGTATATGAAT               TTAATT GAT AATTAA               TATGAAAATTATGTG  48 68
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        ltrA  497820 ..  497833 -  -2.4  -4.82901   TGCGTTTGATAAAAA               CCAT TGATAT ATGG                ATAGGTAAGTTCCTG  58 148
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        ltrA  473943 ..  473953 -  -5.4  -3.28791   ATGGGGTCGCCACAA                 TGGA GCA TCCA                 GCCATCCCCCACATA  57 344
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        mobC  470988 ..  471019 - -21.6  -5.47159   GCTTAATATAAAAAA      GCCGGGGAGCAGCC AAAC GGCCGCTCCCCGAC       AGGTCATAGCTCCAC 100 29
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         fba  449763 ..  449803 -  -4.3  -4.34267   TGATACAACTTAAAA GAGATGGCTTAAAAATAA ATTTAA TTA-CTTTAAGTCATCTC  TTTTCTTTTATAAAT  58 55
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CDIF29688_RS02460  436883 ..  436912 - -13.8  -3.46629   TTAATACAAGAGGAA       GAATCACCTGAA ATACCA TTCAGGTGATTC        TTAATGTTTTATAAT 100 49
CDIF29688_RS02375  420129 ..  420164 -  -6.2  -3.55071   TTATATCTTCTTAAA    TGCCCGTAGAGCCT-AT AAA ATAAGGCTTTGCGGACA    TTTAAGAAGATATAA  63 273
CDIF29688_RS02370  418286 ..  418311 - -13.5  -5.62045   ATATATAATAAAAAA         CTGTCTCAAAT ATAG ATTTGAGACAG          TTTTCGTTATTTAAA 100 50
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CDIF29688_RS02240  389201 ..  389227 -   -14  -4.98531   TTTTTAAATGAAAAA         GTCAGATAAAAT TAA ATTTTATCTGAC         TTTTTCTATGTTTAT 100 195
CDIF29688_RS02230  386931 ..  386965 - -13.2  -3.05963   ATTCTTAGTGCAACA     TATAAAAGCTTTGATT TTT AGTCAAAGCTTTTATA     TGTTAGATATAAATA  93 79
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CDIF29688_RS02015  351311 ..  351352 -  -7.5  -4.63748   AAATAAGTAAAGAAA GAGCTATCATA-GAACAAAT TTA ATTTGCTCATGCGACAGCTC CTTTTTAGATGATGC  81 249
CDIF29688_RS02010  349910 ..  349941 -  -5.9  -5.73978   ATTACAAATAAAAAA      GGGC-GTAGCACTA TTTTT TAGTGTCACAGCCC      CTTTTTTGTTTATAA 100 91
CDIF29688_RS01995  348224 ..  348248 -  -7.2  -3.68962   GCTTAACATATAGAA          CAGGATGAAT ATATA AGTCATCCTG          TTTTTATATTCAATC  70 91
CDIF29688_RS01645  281438 ..  281469 - -17.6  -3.29324   TTTAGTCAAAGCTAA      TGCCTTTAGAATAC AAAT GTATTCTAAAGGCA       TTTTTACTATGTATT 100 61
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CDIF29688_RS01625  278286 ..  278300 -  -7.2  -2.73875   CTGGTTGGAAGAGTA               TATGGT TGA ACCATA               GAGGACATGAGGTAG  63 327
        uvrA  266025 ..  266041 -  -2.3  -2.91438   AACTATTATAATAAT              TCTTCTA TAA TATAAGA              CATTCTATAATTTTA  39 70
CDIF29688_RS01580  265476 ..  265507 -  -8.9  -3.63627   TTTTTATATCTTAAA      TCCAAATAGCC AATAAAGTAA GGCTATTTGGA       TTTTTAATAAATTCT  80 80
CDIF29688_RS01565  262841 ..  262860 -  -7.2  -2.95007   AAAGAAATAAGATTA            TCAGAAGT AAAG ACTCCTGA             ATGGGATAAAATATA  64 477
CDIF29688_RS01505  249803 ..  249822 -  -3.6  -3.46602   GTTGCTATAGCACAA            GCAAAAGA CATA TCTCTTAC             GGAAGATGATGTGGA  50 288
CDIF29688_RS01440  237428 ..  237440 -    -2  -4.41302   CAGTAAATCAATAAA                TAGA GTTAT TCTA                AAATAAGAAAAATGA  53 108
CDIF29688_RS01415  232070 ..  232105 -  -4.2   -4.9755   ATACATAATTAAAAA    GAGGCTGATTAGTATTT ATA AAATAA-AATCAGTCTC    TTTATGAATAACGAA  67 44
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CDIF29688_RS01395  227112 ..  227155 -  -6.2  -3.91191   TAAAAAATAGAAATA GTCTCACTGAAAATCAAAAA TACT TTAGTTATTTTCAATGAGAC TGTTTAGAAATATTG  67 67
CDIF29688_RS01380  223744 ..  223754 -  -2.6  -4.64676   TTATTTTGAAGAAAA                 TATA TTT TATA                 TGCTAGTTTATATAA  56 195
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CDIF29688_RS01370  220905 ..  220922 -  -2.8  -2.72344   CTCCATTTCTAATTA             TTTCTA TAGTAT TAGAAA              AATAATTTTTAAATA  39 53
CDIF29688_RS01365  220210 ..  220255 -  -8.7  -5.67283   AATTTAAATAAAAAA TCGAAGTAAA-TATGAAATAGA AAA TATCTTTCATAATTTACTTCGA TTTTTGTGTTATATA 100 43
CDIF29688_RS01320  207352 ..  207381 -  -3.1  -5.36364   GCAAAAATATAAAAA       TAACTTGGA-TA TTCTATT TACTCCAAGTTA       TTTTTATATTCTTTT  69 13
        yyaC  173404 ..  173449 - -10.7  -5.15526   ATATAAAAGTAAAAA GGTAGATAATTTGGAGTATTT AATC AGATACTCTAAAATATCTACC TTTTTATATAAAGAA 100 66
CDIF29688_RS00970  136341 ..  136378 -  -6.5  -5.52986   ATTTGATGAAAAAAA   TAAAAGACTTACTGATT TTTA AATCTATAGGTCTTTTA    TTTTTTATCTAACAT 100 133
CDIF29688_RS00155   28250 ..   28283 - -12.7  -4.28791   AAGGCAGAAGAGAAA     TATAAAAATCGAGGT TAAT ACCTCGATTTTTGTA      GTTTTTTGAGTTAAA 100 429
